As mutações cromossómicas podem ser estruturais ou numéricas. As mutações estruturais incluem translocações, deleções e inversões cromossómicas. As mutações numéricas alteram o número de cromossomas e incluem trissomias (Síndrome de Down), monossomias (Síndrome de Turner) e poliploidias. Várias síndromes genéticas são causadas por mutações cromossómicas específicas, como a trissomia 21 que causa a Síndrome de Down.