Os isômeros espaciais possuem a mesma fórmula molecular e estrutural plana, mas diferem na estrutura espacial. Eles podem ser geométricos ou ópticos. Os geométricos ocorrem quando há ligações duplas ou cadeias fechadas com distribuição espacial diferente dos ligantes, podendo ser classificados como cis ou trans. Os ópticos desviam a luz polarizada e são imagens especulares um do outro.