O documento descreve os princípios da proteômica, incluindo a identificação e caracterização de todas as proteínas em uma amostra biológica através de eletroforese bidimensional e espectrometria de massas. Também discute as vantagens e limitações da proteômica, como a detecção de múltiplas isoformas de proteínas e a dificuldade de analisar proteínas em larga escala.
3. A nomenclatura ômica… Genômica DNA (Gene) Genômica Funcional Transcriptômica RNA Proteômica PROTEÍNA Metabolômica METABOLITE Transcrição Tradução Reação enzimática
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6. Por que estudar a expressão de proteínas? DNA Transcrito de RNA Primário mRNA mRNA proteína Proteína Controle Transcricional Controle do Proces De RNA Controle Transport RNA mRNA inativo Controle Degradação RNA Controle de Tradução Controle Pós-Transducional
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11. A primeira dimensão (separação por ponto isoelétrico) - Gel com um gradiente de pH imobilizado - Corrente elétrica leva aproteínas carregadas a mover até alcançar o ponto isoelétrico 2D-SDS PAGE gel
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13. A segunda dimensão (separação por massa) -pH gel strip e colocado em um gel SDS -SDS desnatura a proteína (movimento somente devido a massa) e elimina carga. 2D-SDS PAGE gel A primeira dimensão (separação por ponto isoelétrico) - Gel com um gradiente de pH imobilizado - Corrente elétrica leva aproteínas carregadas a mover até alcançar o ponto isoelétrico
27. Espectometria de massas é uma metodologia poderosa para analisar a estrutura de compostos orgânicos, mas tem algumas limitações: Nada pode ser caracterisado se não estiver em uma solução DEVIDAMENTE LIMPA A técnica não tem abilidade de apresentar uma análise seletiva de uma mistura complexa Para moléculas grandes, resultados são difíceis de interpretar.
28. Tandem MS ou MS/MS tem 2 mass spec em série: O primeiro (MS1) é usado para selecionar, de uma fonte primária de íons, aqueles que possuem um m/z particular, o qual passa para a região de fragmentação, onde ocorrerá a dissociação. No segundo (MS2), haverá a análise dos íons gerados. DE verdade, MS1 é uma fonte de íons para MS2. MS2 MS1
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31. Identificação de proteínas por MS Database of sequences (i.e. SwissProt) Spectrum of fragments generated MATCH Library Artificial spectra built Artificially trypsinated Spot removed from gel Fragmented using trypsin