Mutações cromossômicas podem ser estruturais ou numéricas e surgem principalmente de erros na meiose. As mutações estruturais incluem quebras e trocas de cromossomos, enquanto as mutações numéricas resultam em ganho ou perda de cromossomos inteiros. Algumas mutações numéricas comuns são a Síndrome de Down, Síndrome de Klinefelter e Síndrome de Turner.