Profª. Drª. Priscila Mello
Elaborado por: Profa. Dra. Marta Bastos
Seqüência alvo
✓ Reação que permite a amplificação
de um fragmento específico de DNA,
aumentando a possibilidade de
visualização.
✓ “XEROX MOLECULAR”
✓ 1952 - Watson & Crick:
 Modelo da molécula de DNA
✓ 1971 - Gobind Khorana:
replicação de um pedaço de
DNA 2 primers.
✓ Maquinaria de
Replicação.
✓ Separação da dupla fita de DNA
- Helicase X Aumento da temperatura
✓ 1985 - Kary B. Mullis- Amplificação
de sequências de DNA.
Limitações:
-Síntese de primers
- Purificação de DNA polimerase
✓ Limitações:
- Síntese de primers
- Purificação de DNA polimerase
✓ 1976 - Thomas D. Brock
- DNA polimerase termoestável de
Thermus aquaticus .
✓ Desnaturação
✓ Anelamento
✓ Elongação
✓ Termociclador
✓ amostra de DNA (template- molde)
- DNA genômico
- cDNA
✓ primers (iniciadores)
✓ dNTPs
✓ DNA polimerase
✓ MgCl2
✓ Solução Tampão e água destilada
✓ primers (iniciadores)
✓ dNTPs
✓ DNA polimerase
✓ MgCl2
✓ Solução Tampão e água destilada
DNA
Esta reação permite a amplificação de qualquer
sequência de DNA coletada de amostras de materiais
biológicos como sangue, urina, outros fluidos corporais,
cabelo e fragmentos teciduais. Amostras de
microorganismos, células vegetais ou animais mesmo
que com milhares de anos, também podem ser
detectadas pela PCR.
* Aplicável em organismos mortos. Uma vez que a amplificação
ocorre in vitro, e depende apenas da amostra genética coletada,
não do complexo enzimático do organismo.
VANTAGENS
* Facilidade de contaminação: Devido a sua alta sensibilidade,
os fragmentos de amostras anteriormente trabalhadas
(amplicons na forma de aerossóis) podem vir a serem
amplificados no processo.
Para reduzir o risco de contaminações são fundamentais os
seguintes cuidados:
DESVANTAGENS
• A separação física em dois laboratórios “pré-PCR” e “pós-PCR”,
de modo que cada um tenha o máximo de independência
possível
• Descarte de ponteiras e tubos utilizados.
• Controle do fluxo de pessoas, também de visitantes externos,
mas principalmente do pessoal que pode transitar de um
laboratório para o outro. O maior risco de contaminação é
através dos amplicons (fragmentos de DNA) produzidos no
laboratório pós “PCR” e transportados pelos experimentadores
ate o laboratório de “pre-PCR”.
DESVANTAGENS
✓ Composta por ciclos
✓Desnaturação das cadeias
✓Anelamento dos Primers ou iniciadores
✓ Polimerização das novas cadeias complementares pela
ação da enzima Taq DNA polimerase.
✓ Temperatura de 94 a 96ºC (3 a 5 minutos )
✓ Temperatura de 94 a 96ºC (30 segundos)
✓ Temperatura varia de acordo com os primers
✓Tempo
✓ Temperatura de 72ºC, tempo varia de acordo com tamanho
do amplicon
Desnaturação
Anelamento
Extensão
Final do ciclo
✓ Nº de ciclos variável: 25 a 30
1 ciclo = 2 Amplicons
2 ciclos = 4 Amplicons
3 ciclos = 8 Amplicons
4 ciclos = 16 Amplicons
5 ciclos = 32 Amplicons
6 ciclos = 64 Amplicons
7 ciclos = 128 Amplicons
No. No. Amplicons
Ciclos Copias do DNA alvo
1 2
2 4
3 8
4 16
5 32
6 64
20 1.048.576
30 1.073.741.824
✓ Eletroforese em gel de agarose
✓ Real time PCR ou PCR em tempo real
ou PCR quantitativo
Intensa padronização
Contaminação
Não automatizado
Necessidade de pós-processamento do produto
da PCR
Resultados não são expressos em números
✓ Real time PCR- PCR quantitativo
 Diagnósticos de doenças infecciosas:
 O diagnóstico de doenças infecciosas tem
como principio a detecção do patógêno ou de
sua ação..
Atualmente, o PCR é utilizado em laboratórios de
investigação médica e biológica objetivando diferentes
tarefas, como a identificação de doenças hereditárias, a
construção de árvores filogenéticas, a clonagem de genes,
teste de paternidade, detecção de organismos causadores
de infecções, concepção de organismos transgênicos, entre
outras.
✓ Diagnósticos moleculares
Identificação de doenças hereditárias
Testes de paternidade
✓ Teste de paternidade
✓ Teste de paternidade
-Baseado em seqüências repetitivas encontradas no DNA
-Microssatélites (SNP- single nucleotide polimorphism): classe
de DNA repetitivo de poucas bases
- STR ou VNTRs : regiões com número variável de repetições
✓ Microsatélites (SNPs)
✓ Marcador molecular de
doença
✓ Teste de paternidade
(STRs ouVNTRs)
✓ Teste de paternidade
✓ Teste de paternidade
PM M F P1 P2
✓ Identificação de indivíduos
DNA controle
Acusado Vítima
Amostra
✓ Análise Forense
✓ Análise
Forense
✓ Análise da expressão de genes (RT-PCR)
- Extração de RNAm
- Preparo do cDNA
- gene de referência (gene constitutivo)
✓ RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA – DNA
polimórfico randomicamente amplificado)- DNA
fingerprinting
– PCR utilizando-se iniciadores aleatórios em baixa
estringência (especificidade no produto de DNA a ser
amplificado)
– Não é necessário um conhecimento prévio do genoma
– Uniformidade no padrão de bandas para espécies
relacionadas
400bp
310bp
260bp
75bp
✓ RAPD

Aula de Engenharia Genética sobre PCR

  • 1.
    Profª. Drª. PriscilaMello Elaborado por: Profa. Dra. Marta Bastos
  • 2.
    Seqüência alvo ✓ Reaçãoque permite a amplificação de um fragmento específico de DNA, aumentando a possibilidade de visualização. ✓ “XEROX MOLECULAR”
  • 3.
    ✓ 1952 -Watson & Crick:  Modelo da molécula de DNA ✓ 1971 - Gobind Khorana: replicação de um pedaço de DNA 2 primers.
  • 4.
  • 5.
    ✓ Separação dadupla fita de DNA - Helicase X Aumento da temperatura
  • 6.
    ✓ 1985 -Kary B. Mullis- Amplificação de sequências de DNA.
  • 7.
    Limitações: -Síntese de primers -Purificação de DNA polimerase ✓ Limitações: - Síntese de primers - Purificação de DNA polimerase
  • 8.
    ✓ 1976 -Thomas D. Brock - DNA polimerase termoestável de Thermus aquaticus .
  • 9.
  • 10.
  • 11.
    ✓ amostra deDNA (template- molde) - DNA genômico - cDNA
  • 12.
    ✓ primers (iniciadores) ✓dNTPs ✓ DNA polimerase ✓ MgCl2 ✓ Solução Tampão e água destilada
  • 15.
    ✓ primers (iniciadores) ✓dNTPs ✓ DNA polimerase ✓ MgCl2 ✓ Solução Tampão e água destilada DNA
  • 16.
    Esta reação permitea amplificação de qualquer sequência de DNA coletada de amostras de materiais biológicos como sangue, urina, outros fluidos corporais, cabelo e fragmentos teciduais. Amostras de microorganismos, células vegetais ou animais mesmo que com milhares de anos, também podem ser detectadas pela PCR.
  • 17.
    * Aplicável emorganismos mortos. Uma vez que a amplificação ocorre in vitro, e depende apenas da amostra genética coletada, não do complexo enzimático do organismo. VANTAGENS
  • 18.
    * Facilidade decontaminação: Devido a sua alta sensibilidade, os fragmentos de amostras anteriormente trabalhadas (amplicons na forma de aerossóis) podem vir a serem amplificados no processo. Para reduzir o risco de contaminações são fundamentais os seguintes cuidados: DESVANTAGENS
  • 19.
    • A separaçãofísica em dois laboratórios “pré-PCR” e “pós-PCR”, de modo que cada um tenha o máximo de independência possível • Descarte de ponteiras e tubos utilizados. • Controle do fluxo de pessoas, também de visitantes externos, mas principalmente do pessoal que pode transitar de um laboratório para o outro. O maior risco de contaminação é através dos amplicons (fragmentos de DNA) produzidos no laboratório pós “PCR” e transportados pelos experimentadores ate o laboratório de “pre-PCR”. DESVANTAGENS
  • 20.
    ✓ Composta porciclos ✓Desnaturação das cadeias ✓Anelamento dos Primers ou iniciadores ✓ Polimerização das novas cadeias complementares pela ação da enzima Taq DNA polimerase.
  • 22.
    ✓ Temperatura de94 a 96ºC (3 a 5 minutos )
  • 23.
    ✓ Temperatura de94 a 96ºC (30 segundos)
  • 24.
    ✓ Temperatura variade acordo com os primers ✓Tempo
  • 25.
    ✓ Temperatura de72ºC, tempo varia de acordo com tamanho do amplicon
  • 26.
  • 29.
    1 ciclo =2 Amplicons 2 ciclos = 4 Amplicons 3 ciclos = 8 Amplicons 4 ciclos = 16 Amplicons 5 ciclos = 32 Amplicons 6 ciclos = 64 Amplicons 7 ciclos = 128 Amplicons No. No. Amplicons Ciclos Copias do DNA alvo 1 2 2 4 3 8 4 16 5 32 6 64 20 1.048.576 30 1.073.741.824
  • 30.
    ✓ Eletroforese emgel de agarose
  • 31.
    ✓ Real timePCR ou PCR em tempo real ou PCR quantitativo
  • 32.
    Intensa padronização Contaminação Não automatizado Necessidadede pós-processamento do produto da PCR Resultados não são expressos em números
  • 39.
    ✓ Real timePCR- PCR quantitativo
  • 41.
     Diagnósticos dedoenças infecciosas:  O diagnóstico de doenças infecciosas tem como principio a detecção do patógêno ou de sua ação..
  • 42.
    Atualmente, o PCRé utilizado em laboratórios de investigação médica e biológica objetivando diferentes tarefas, como a identificação de doenças hereditárias, a construção de árvores filogenéticas, a clonagem de genes, teste de paternidade, detecção de organismos causadores de infecções, concepção de organismos transgênicos, entre outras.
  • 43.
    ✓ Diagnósticos moleculares Identificaçãode doenças hereditárias Testes de paternidade
  • 44.
    ✓ Teste depaternidade
  • 45.
    ✓ Teste depaternidade -Baseado em seqüências repetitivas encontradas no DNA -Microssatélites (SNP- single nucleotide polimorphism): classe de DNA repetitivo de poucas bases - STR ou VNTRs : regiões com número variável de repetições
  • 46.
    ✓ Microsatélites (SNPs) ✓Marcador molecular de doença
  • 47.
    ✓ Teste depaternidade (STRs ouVNTRs)
  • 48.
    ✓ Teste depaternidade
  • 49.
    ✓ Teste depaternidade PM M F P1 P2
  • 50.
  • 51.
  • 52.
  • 53.
    ✓ Análise daexpressão de genes (RT-PCR) - Extração de RNAm - Preparo do cDNA - gene de referência (gene constitutivo)
  • 54.
    ✓ RAPD (RandomlyAmplified Polymorphic DNA – DNA polimórfico randomicamente amplificado)- DNA fingerprinting – PCR utilizando-se iniciadores aleatórios em baixa estringência (especificidade no produto de DNA a ser amplificado) – Não é necessário um conhecimento prévio do genoma – Uniformidade no padrão de bandas para espécies relacionadas
  • 55.
  • 56.