No início dos anos 80, São João do Caru oferecia apenas ensino fundamental de 1a a 8a série e tinha alto índice de analfabetismo acima de 51,6%. Atualmente, o município oferece educação infantil, ensino fundamental de 1o ao 9o ano e ensino médio, embora ainda haja problemas como distorção idade-série e evasão escolar principalmente na zona rural. Os resultados do IDEB também precisam melhorar para atingir as metas projetadas.