As propriedades físicas dos compostos orgânicos dependem das ligações químicas entre seus átomos e das forças intermoleculares. A solubilidade depende da polaridade, com substâncias polares se dissolvendo em outras polares. Moléculas polares possuem distribuição assimétrica de cargas, enquanto apolares têm distribuição simétrica. As forças intermoleculares incluem ligações de hidrogênio, dipolo-dipolo e van der Waals.