Este documento descreve os passos realizados por um grupo de estudantes para amplificar e clonar o gene que codifica uma proteína transportadora encontrada em Arabidopsis thaliana, incluindo: 1) Seleção do vetor de clonagem PETBlue-II e das enzimas de restrição HindIII e Nhel; 2) Desenho de primers para a amplificação do gene; 3) Análise in silico da sequência do gene.
As 3 frases principais são:
1) O documento discute os mecanismos de controle da expressão gênica em procariotos e eucariotos.
2) Em procariotos, a expressão é regulada principalmente por sistemas de óperons e atenuadores que controlam a transcrição de grupos de genes.
3) Em eucariotos, a expressão é regulada principalmente por remodelamento da cromatina e fatores de transcrição que se ligam a seqüências regulatórias no DNA.
O documento discute diversos aspectos da ação farmacológica a nível molecular, incluindo a história do conceito de receptor, diferentes tipos de receptores e suas vias de sinalização, como receptores ligados a proteínas G, receptores com atividade enzimática intrínseca como receptores de tirosina quinase e guanilato ciclases, e receptores nucleares.
O documento resume os principais conceitos da biologia molecular e celular, incluindo a estrutura do DNA, a transcrição do RNA, as diferentes RNA polimerases, a transcrição do DNA mitocondrial, a diferença entre mRNA produzido por células procarióticas e eucarióticas, o controle da expressão gênica em procariotos e eucariotos, e os mecanismos moleculares de ativação e repressão da transcrição.
Regulação da expressão gênica em procariotos e eucariotosPriscila Rodrigues
O documento discute a regulação da expressão gênica em procariotos e eucariotos. Em procariotos, a regulação ocorre principalmente através de óperons, que controlam a transcrição de grupos de genes. Em eucariotos, a regulação envolve modificações na estrutura da cromatina e metilação do DNA, que afetam a acessibilidade da maquinaria de transcrição aos genes.
O documento fornece uma introdução sobre a natureza e organização do geneoma, incluindo a estrutura básica dos genes eucarióticos e procarióticos, com ênfase na variação no tamanho do genoma em plantas.
O documento discute a proteína Ras, que é codificada pelo proto-oncogene Ras e controla processos celulares como proliferação e diferenciação. Mutações no gene podem transformá-lo em oncogene, fazendo com que a proteína Ras fique ativa constantemente e cause câncer devido à proliferação descontrolada de células. A estrutura e função da proteína Ras é regulada por sua ligação a GTP ou GDP em diferentes conformações.
O documento descreve os processos de transcrição e regulação gênica em bactérias. A transcrição envolve as etapas de iniciação, alongamento e término, mediadas pela RNA polimerase e reconhecimento de seqüências específicas de DNA como promotores e terminadores. A expressão gênica pode ser regulada em diferentes níveis como transcrição, processamento e tradução do RNA.
O documento discute os mecanismos de ação dos hormônios nitrogenados, incluindo receptores, segundos mensageiros e expressão gênica. Também aborda a biossíntese de hormônios peptídicos, da tireóide e neurotransmissores, além da integração e regulação hormonal do metabolismo.
As 3 frases principais são:
1) O documento discute os mecanismos de controle da expressão gênica em procariotos e eucariotos.
2) Em procariotos, a expressão é regulada principalmente por sistemas de óperons e atenuadores que controlam a transcrição de grupos de genes.
3) Em eucariotos, a expressão é regulada principalmente por remodelamento da cromatina e fatores de transcrição que se ligam a seqüências regulatórias no DNA.
O documento discute diversos aspectos da ação farmacológica a nível molecular, incluindo a história do conceito de receptor, diferentes tipos de receptores e suas vias de sinalização, como receptores ligados a proteínas G, receptores com atividade enzimática intrínseca como receptores de tirosina quinase e guanilato ciclases, e receptores nucleares.
O documento resume os principais conceitos da biologia molecular e celular, incluindo a estrutura do DNA, a transcrição do RNA, as diferentes RNA polimerases, a transcrição do DNA mitocondrial, a diferença entre mRNA produzido por células procarióticas e eucarióticas, o controle da expressão gênica em procariotos e eucariotos, e os mecanismos moleculares de ativação e repressão da transcrição.
Regulação da expressão gênica em procariotos e eucariotosPriscila Rodrigues
O documento discute a regulação da expressão gênica em procariotos e eucariotos. Em procariotos, a regulação ocorre principalmente através de óperons, que controlam a transcrição de grupos de genes. Em eucariotos, a regulação envolve modificações na estrutura da cromatina e metilação do DNA, que afetam a acessibilidade da maquinaria de transcrição aos genes.
O documento fornece uma introdução sobre a natureza e organização do geneoma, incluindo a estrutura básica dos genes eucarióticos e procarióticos, com ênfase na variação no tamanho do genoma em plantas.
O documento discute a proteína Ras, que é codificada pelo proto-oncogene Ras e controla processos celulares como proliferação e diferenciação. Mutações no gene podem transformá-lo em oncogene, fazendo com que a proteína Ras fique ativa constantemente e cause câncer devido à proliferação descontrolada de células. A estrutura e função da proteína Ras é regulada por sua ligação a GTP ou GDP em diferentes conformações.
O documento descreve os processos de transcrição e regulação gênica em bactérias. A transcrição envolve as etapas de iniciação, alongamento e término, mediadas pela RNA polimerase e reconhecimento de seqüências específicas de DNA como promotores e terminadores. A expressão gênica pode ser regulada em diferentes níveis como transcrição, processamento e tradução do RNA.
O documento discute os mecanismos de ação dos hormônios nitrogenados, incluindo receptores, segundos mensageiros e expressão gênica. Também aborda a biossíntese de hormônios peptídicos, da tireóide e neurotransmissores, além da integração e regulação hormonal do metabolismo.
O documento descreve o ciclo de vida da levedura Saccharomyces cerevisiae, incluindo: 1) a conversão de células diplóides para haplóides através da esporulação, que liberta esporos haplóides; 2) a conjugação de esporos haplóides de tipos de acasalamento diferentes para formar células diplóides; 3) a troca do tipo de acasalamento em cada geração através da recombinação do locus MAT.
Este documento resume os principais mecanismos de sinalização celular, incluindo a fosforilação de proteínas, proteínas cinases e fosfatases, proteínas ligantes de GTP, segundos mensageiros como nucleótidos cíclicos, derivados de lípidos e cálcio, e vias de sinalização como a via da proteína Ras.
Este documento apresenta um resumo de conteúdos de Biologia Molecular e Celular para o 1o bimestre. Inclui informações sobre água, sais minerais, carboidratos, lipídeos e proteínas, ácidos nucleicos, membrana plasmática e organelas. Contém também gabaritos de questões sobre estes assuntos.
O documento discute como a informação genética é expressa e proteínas são continuamente produzidas. Explica que o RNA participa na expressão da informação genética armazenada no DNA através da transcrição e tradução, que envolvem RNA mensageiro, RNA de transporte e ribossomos.
1) A transdução de sinais permite que as células recebam e respondam a sinais externos através de receptores.
2) Existem diferentes tipos de transdutores de sinais como canais iônicos, receptores enzimáticos e receptores acoplados a proteínas G.
3) A transdução de sinais envolve mecanismos como a fosforilação de proteínas e a produção de segundos mensageiros que amplificam o sinal inicial.
O documento discute os processos de transdução de sinais celulares, incluindo receptores de membrana, proteínas G e mensageiros intracelulares. Descreve os principais sistemas de transdução de sinais, como o sistema adenilil ciclase, guanilil ciclase e fosfolipase C, que convertem sinais extracelulares em respostas celulares por meio de segundos mensageiros como AMPc, GMPc e IP3/DAG.
Pitágoras fundou a Escola Pitagórica na Grécia antiga, onde ensinou que os números eram a base da realidade e desenvolveu importantes conceitos matemáticos como os números perfeitos e o Teorema de Pitágoras. A escola defendia a metempsicose e praticava rituais de purificação.
Tabela periódica dirigida para o ensino básico, secundário e universitário. Onde se representa, associando a cada elemento químico, um número atómico, configuração eletrónica, massa atómica e eletronegatividade.
Para uma resolução melhorada, visite: luitech.org
A Escola Itálica ou Pitagórica foi fundada por Pitágoras na cidade de Crotona e se destacava pelo racionalismo. Os principais membros defendiam a doutrina dos números e acreditavam na reencarnação das almas. Pitágoras elaborou o famoso Teorema de Pitágoras.
The document summarizes how nonprofits can use Google Drive features to reduce costs and increase data security. It outlines that Google Drive provides free storage, allows uploading and sharing of files with coworkers and partners, and enables real-time collaboration on documents. It also describes how documents can be edited offline and synced instantly online, and how documents can be used on websites and mobile devices. The presentation aims to demonstrate how Google Drive can help nonprofits reduce storage costs while improving security.
How to Embed a PowerPoint Presentation Using SlideShareJoie Ocon
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How To Embed SlideShare Shows Into WordPress.comKathy Gill
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O documento descreve os principais passos da técnica de Western Blot, incluindo: 1) extração e quantificação de proteínas; 2) separação das proteínas por eletroforese em gel de poliacrilamida (SDS-PAGE); 3) transferência das proteínas do gel para uma membrana; 4) detecção da proteína de interesse usando anticorpos primários e secundários. O Western Blot permite identificar proteínas específicas em amostras biológicas.
Este documento descreve várias técnicas de análise de proteínas, incluindo SDS-PAGE, hibridação Western, electroforese bidimensional, imunoprecipitação, sistema de dois híbridos em levedura, sistema de phage display e espectrometria de massa. O foco é explicar os fundamentos e aplicações destas técnicas para estudar a estrutura e função de proteínas.
1) O documento apresenta questões sobre DNA, RNA, transcrição, tradução e código genético.
2) Discutem a taxa de replicação do DNA em bactérias e mamíferos, sendo maior em bactérias.
3) Aborda características do código genético como codões, anticodões e correspondências entre ácidos nucleicos e aminoácidos.
O documento descreve uma análise bioinformática de elementos reguladores de fator de transcrição (TFREs) no promotor do citomegalovírus (CMV) em células HEK293. Foram identificados 80 possíveis reguladores de transcrição e vários TFREs constituintes do promotor CMV. Testes funcionais in vitro mostraram que a atividade do promotor CMV é regulada por interações entre os TFREs e o repertório de fatores de transcrição expressos nas células HEK293.
O documento descreve as principais ferramentas e técnicas da proteômica, incluindo eletroforese 2D, espectrometria de massas e banco de dados, que podem ser usadas para identificar antígenos e imunógenos. A proteômica permite estudar as proteínas expressas em diferentes sistemas biológicos através da separação, identificação e quantificação das proteínas. As principais técnicas descritas são eletroforese 2D para separação das proteínas e espectrometria
1. O aquecimento do DNA rompeu as pontes de hidrogênio entre as fitas. A relação de bases na fita complementar foi de 2.
2. Na fita em questão havia 90A e 130C. Na fita complementar havia 70A e 110C.
3. A sequência do mRNA que codifica a proteína é A-U-G-G-A-A-A-A-A-U-A-C, codificando 4 aminoácidos.
A técnica de PCR permite amplificar seletivamente segmentos específicos de DNA a partir de quantidades muito pequenas de material genético original. O processo envolve a repetição cíclica de desnaturação do DNA, emparelhamento de primers e extensão das cadeias por uma DNA polimerase termoestável. Isto resulta na replicação exponencial do segmento de DNA delimitado pelos primers, tornando possível analisar sequências genéticas em grande escala.
O documento apresenta questões sobre a síntese de proteínas. A síntese de proteínas envolve a transcrição do DNA em RNA mensageiro, que então se liga a ribossomos para a tradução, onde o RNA mensageiro guia a montagem de aminoácidos de acordo com seu código genético. O código genético é praticamente o mesmo em todas as formas de vida.
O documento descreve o ciclo de vida da levedura Saccharomyces cerevisiae, incluindo: 1) a conversão de células diplóides para haplóides através da esporulação, que liberta esporos haplóides; 2) a conjugação de esporos haplóides de tipos de acasalamento diferentes para formar células diplóides; 3) a troca do tipo de acasalamento em cada geração através da recombinação do locus MAT.
Este documento resume os principais mecanismos de sinalização celular, incluindo a fosforilação de proteínas, proteínas cinases e fosfatases, proteínas ligantes de GTP, segundos mensageiros como nucleótidos cíclicos, derivados de lípidos e cálcio, e vias de sinalização como a via da proteína Ras.
Este documento apresenta um resumo de conteúdos de Biologia Molecular e Celular para o 1o bimestre. Inclui informações sobre água, sais minerais, carboidratos, lipídeos e proteínas, ácidos nucleicos, membrana plasmática e organelas. Contém também gabaritos de questões sobre estes assuntos.
O documento discute como a informação genética é expressa e proteínas são continuamente produzidas. Explica que o RNA participa na expressão da informação genética armazenada no DNA através da transcrição e tradução, que envolvem RNA mensageiro, RNA de transporte e ribossomos.
1) A transdução de sinais permite que as células recebam e respondam a sinais externos através de receptores.
2) Existem diferentes tipos de transdutores de sinais como canais iônicos, receptores enzimáticos e receptores acoplados a proteínas G.
3) A transdução de sinais envolve mecanismos como a fosforilação de proteínas e a produção de segundos mensageiros que amplificam o sinal inicial.
O documento discute os processos de transdução de sinais celulares, incluindo receptores de membrana, proteínas G e mensageiros intracelulares. Descreve os principais sistemas de transdução de sinais, como o sistema adenilil ciclase, guanilil ciclase e fosfolipase C, que convertem sinais extracelulares em respostas celulares por meio de segundos mensageiros como AMPc, GMPc e IP3/DAG.
Pitágoras fundou a Escola Pitagórica na Grécia antiga, onde ensinou que os números eram a base da realidade e desenvolveu importantes conceitos matemáticos como os números perfeitos e o Teorema de Pitágoras. A escola defendia a metempsicose e praticava rituais de purificação.
Tabela periódica dirigida para o ensino básico, secundário e universitário. Onde se representa, associando a cada elemento químico, um número atómico, configuração eletrónica, massa atómica e eletronegatividade.
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A Escola Itálica ou Pitagórica foi fundada por Pitágoras na cidade de Crotona e se destacava pelo racionalismo. Os principais membros defendiam a doutrina dos números e acreditavam na reencarnação das almas. Pitágoras elaborou o famoso Teorema de Pitágoras.
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How to Embed a PowerPoint Presentation Using SlideShareJoie Ocon
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How To Embed SlideShare Shows Into WordPress.comKathy Gill
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O documento descreve os principais passos da técnica de Western Blot, incluindo: 1) extração e quantificação de proteínas; 2) separação das proteínas por eletroforese em gel de poliacrilamida (SDS-PAGE); 3) transferência das proteínas do gel para uma membrana; 4) detecção da proteína de interesse usando anticorpos primários e secundários. O Western Blot permite identificar proteínas específicas em amostras biológicas.
Este documento descreve várias técnicas de análise de proteínas, incluindo SDS-PAGE, hibridação Western, electroforese bidimensional, imunoprecipitação, sistema de dois híbridos em levedura, sistema de phage display e espectrometria de massa. O foco é explicar os fundamentos e aplicações destas técnicas para estudar a estrutura e função de proteínas.
1) O documento apresenta questões sobre DNA, RNA, transcrição, tradução e código genético.
2) Discutem a taxa de replicação do DNA em bactérias e mamíferos, sendo maior em bactérias.
3) Aborda características do código genético como codões, anticodões e correspondências entre ácidos nucleicos e aminoácidos.
O documento descreve uma análise bioinformática de elementos reguladores de fator de transcrição (TFREs) no promotor do citomegalovírus (CMV) em células HEK293. Foram identificados 80 possíveis reguladores de transcrição e vários TFREs constituintes do promotor CMV. Testes funcionais in vitro mostraram que a atividade do promotor CMV é regulada por interações entre os TFREs e o repertório de fatores de transcrição expressos nas células HEK293.
O documento descreve as principais ferramentas e técnicas da proteômica, incluindo eletroforese 2D, espectrometria de massas e banco de dados, que podem ser usadas para identificar antígenos e imunógenos. A proteômica permite estudar as proteínas expressas em diferentes sistemas biológicos através da separação, identificação e quantificação das proteínas. As principais técnicas descritas são eletroforese 2D para separação das proteínas e espectrometria
1. O aquecimento do DNA rompeu as pontes de hidrogênio entre as fitas. A relação de bases na fita complementar foi de 2.
2. Na fita em questão havia 90A e 130C. Na fita complementar havia 70A e 110C.
3. A sequência do mRNA que codifica a proteína é A-U-G-G-A-A-A-A-A-U-A-C, codificando 4 aminoácidos.
A técnica de PCR permite amplificar seletivamente segmentos específicos de DNA a partir de quantidades muito pequenas de material genético original. O processo envolve a repetição cíclica de desnaturação do DNA, emparelhamento de primers e extensão das cadeias por uma DNA polimerase termoestável. Isto resulta na replicação exponencial do segmento de DNA delimitado pelos primers, tornando possível analisar sequências genéticas em grande escala.
O documento apresenta questões sobre a síntese de proteínas. A síntese de proteínas envolve a transcrição do DNA em RNA mensageiro, que então se liga a ribossomos para a tradução, onde o RNA mensageiro guia a montagem de aminoácidos de acordo com seu código genético. O código genético é praticamente o mesmo em todas as formas de vida.
1) O documento apresenta exercícios sobre ácidos nucleicos, aminoácidos e proteínas, e enzimas.
2) Os exercícios abordam tópicos como DNA, RNA, replicação e transcrição, propriedades físico-químicas de aminoácidos, estrutura e função de proteínas, e mecanismos enzimáticos.
3) As respostas dos exercícios permitem avaliar o conhecimento do estudante sobre esses importantes biomoléculas.
O documento discute o processo de síntese de proteínas, começando com a transcrição do DNA em RNA mensageiro no núcleo e a subsequente tradução do RNA mensageiro em proteínas no citoplasma pelos ribossomos. Explica como os códons no RNA mensageiro se emparelham com anticódons no RNA transportador para codificar aminoácidos específicos durante a tradução.
O documento discute o processo de síntese de proteínas, começando com a transcrição do DNA em RNA mensageiro no núcleo e a subsequente tradução do RNA mensageiro em proteínas no citoplasma pelos ribossomos. Explica como os códons no RNA mensageiro se emparelham com anticódons no RNA transportador para codificar aminoácidos específicos durante a tradução.
Biologia celular nº 8- Prof. Amilcar Sousa Amilcar Sousa
O documento descreve as etapas da síntese proteica, incluindo a transcrição do DNA para mRNA, a tradução do mRNA para proteínas pelos ribossomos, e os componentes envolvidos como DNA, RNA, tRNA e aminoácidos. Explica que a informação genética no DNA é transcrita para o mRNA que é traduzido em proteínas de acordo com o código genético, onde tríplices de nucleotídeos no mRNA codificam para aminoácidos específicos.
O documento discute os processos de transcrição e tradução que convertem a informação genética no DNA em proteínas nas células. Primeiro, o DNA é transcrito em RNA mensageiro no núcleo. Em seguida, o RNA mensageiro é traduzido em proteínas nos ribossomos do citoplasma, onde os códons do RNA mensageiro se emparelham com anticódons em moléculas de RNA transportador para codificar aminoácidos nas cadeias de proteínas. Erros nesses processos podem resultar em mutações genéticas
TP1 - Introdução de Plasmídeos em Bactérias por Conjugação Triparental e Elet...Luís Rita
Este documento descreve experimentos de engenharia genética realizados em duas bactérias, Sphingomonas elodea e Pseudomonas aeruginosa, utilizando as técnicas de eletrotransformação e conjugação triparental para introduzir plasmídeos nessas bactérias. Os resultados mostram que a eletrotransformação foi capaz de restaurar a capacidade de produção de gelano em S. elodea através da introdução do gene gelE, enquanto a conjugação triparental introduziu com sucesso os genes algC e pgmG
O documento discute a técnica de RNA-seq para medir níveis de transcritos usando sequenciamento de próxima geração. RNA-seq permite quantificar expressão gênica com alta sensibilidade, identificar novas transcrições e splicing alternativo. A técnica é útil para estudar transcriptomas sob diferentes condições e doenças.
Este documento discute o processo de transcrição e tradução no capítulo 13 de Biologia Regents. Apresenta os principais conceitos como DNA armazena informações para construir proteínas, RNA mensageiro transporta essas instruções para o citoplasma, e proteínas são construídas nos ribossomos de acordo com as instruções do RNA mensageiro. Também explica como os códons do RNA mensageiro se emparelham com anticódons do RNA transportador para codificar aminoácidos específicos.
O documento descreve os princípios da proteômica, incluindo a identificação e caracterização de todas as proteínas em uma amostra biológica através de eletroforese bidimensional e espectrometria de massas. Também discute as vantagens e limitações da proteômica, como a detecção de múltiplas isoformas de proteínas e a dificuldade de analisar proteínas em larga escala.
Este documento descreve um estudo que desenvolveu um método para obter plasma rico em plaquetas autólogo através da centrifugação de sangue. O método mais eficaz envolveu duas centrifugações, a primeira a 400g por 10 minutos e a segunda a 800g por 10 minutos, resultando em uma concentração plaquetária média 570% maior do que no sangue original. A trombina autóloga também foi obtida através deste método para formar o gel de plasma rico em plaquetas, facilitando seu uso em cirurgia plástica.
A reação em cadeia da polimerase (PCR) permite a amplificação in vitro de uma sequência específica de DNA através de replicação repetida. A PCR tem aplicações no diagnóstico de doenças, clonagem de genes, determinação de variabilidade genética e outros. O processo envolve extração de DNA, delineamento de primers, reação de PCR e análise dos resultados.
Semelhante a TP2 - Amplificação do Gene pgmG a partir do DNA Cromossómico de Sphingomonas elodea [PCR] (20)
Using Deep Learning to Identify Cyclists' Risk Factors in London | PresentationLuís Rita
The aim of this project was to use object detection and image segmentation models to extract cyclists’ road risk factors from GSV images of London. This involved compiling road safety indicators and risk factors; analysing a GSV dataset, before using two state-of-the-art tools, YOLOv5 and PSPNet101, to detect objects and segment images, respectively, and further analysing their results; determining the limitations of YOLOv5, PSPNet101 and suggesting ways of making cyclists’ safety assessment more accurate.
Machine Learning for Building a Food Recommendation SystemLuís Rita
Many factors influence individual’s health, such as physical exercise, sleep, nutrition, heredity and pollution. Being nutrition one of the biggest modifiable factors in our lives, small changes can have a big impact. With the exponential increase in the number of available food options, it is not possible to take them all into account anymore. The only way to consider user taste preferences, maximize the number of healthy compounds and minimize the unhealthy ones in food, is using (3D) recommendation systems.
The goal of this project was to use the largest publicly available collection of recipe data (Recipe1M+) to build a recommendation system for ingredients and recipes. Train, evaluate and test a model able to predict cuisines from sets of ingredients. Estimate the probability of negative recipe-drug interactions based on the predicted cuisine. Finally, to build a web application as a step forward in building a 3D recommendation system.
A vectorial representation for every ingredient and recipe was generated using Word2Vec. An SVC model was trained to return recipes’ cuisines from their set of ingredients. South Asian, East Asian and North American cuisines were predicted with more than 73% accuracy. African, Southern European and Middle East cuisines contain the highest number of cancer-beating molecules. Finally, it was developed a web application able to predict the ingredients from an image, suggest new combinations and retrieve the cuisine the recipe belongs, along with a score for the expected number of negative interactions with antineoplastic drugs (github.com/warcraft12321/HyperFoods).
Machine Learning | Food Recommendation | Web Application
INSaFLU | Innovation and Entrepreneurship ReportLuís Rita
Along with my master thesis Community Finding with Applications on Phylogenetic Networks, in which a set of visualization and analysis tools were developed, I was enrolled in an internship in Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge. Some of the tools implemented during the thesis will be soon introduced in INSaFLU, a web application developed in this institution. Below, the app and the developed modules are detailed.
BIG Smart Cities is one of the biggest entrepreneurship competitions organized in Portugal. This year, it counted with more than 200 projects from all over the world.
Smarty is the name of the project I decided to submit. Mine was the winner in the category of "5G University Challenge".
Besides having received mentoring from Vodafone, Ericsson and Municipality of Cascais, it was given me the opportunity to have an internship in one of the 2 first companies. Plus, a monetary award to accelerate the project.
Website: https://warcraft12321.github.io/Smarty/index.html
App: https://play.google.com/store/apps/details?id=appinventor.ai_luis20dr.Smarty2&hl=pt
A remote controlled car and the respective app were developed under the supervision of Prof. Luís Sousa, from Instituto Superior Técnico (University of Lisbon).
[App]
Using MIT App Inventor 2, we developed an Android app that is able to control many features of a RC car, using a Bluetooth connection. Specifically, the angular velocity of the back wheels, the rotation angle of a front servo, a horn, music, light and GPS components.
[Car]
All parts of the RC car were modelled using the CAD software SolidWorks. The complete model was divided in several components (which were meant to be 3D printed separately): wheels, chassis, L-shape axles, connecting bar and the body of the car.
https://warcraft12321.github.io/RCar/
Community Finding with Applications on Phylogenetic Networks [Thesis]Luís Rita
The document is a thesis submitted by Luís Artur Domingues Rita to obtain a Master of Science degree in Biomedical Engineering. The thesis explores implementing community finding algorithms on phylogenetic networks, benchmarking them on synthetic networks, and applying them to real Staphylococcus aureus strain data. It compares the Louvain, Infomap, and Layered Label Propagation algorithms on Girvan-Newman and Lancichinetti-Fortunato-Radicchi benchmark networks and a S. aureus MLST dataset. It also compares the Cytoscape.js and D3.js visualization frameworks and makes the methods and results available through a web application.
Community Finding with Applications on Phylogenetic Networks [Extended Abstract]Luís Rita
[Master Thesis Extended Abstract]
With the advent of high-throughput sequencing methods, new ways of visualizing and analyzing increasingly amounts of data are needed. Although some software already exist, they do not scale well or require advanced skills to be useful in phylogenetics.
The aim of this thesis was to implement three community finding algorithms – Louvain, Infomap and Layered Label Propagation (LLP); to benchmark them using two synthetic networks – Girvan-Newman (GN) and Lancichinetti-Fortunato-Radicchi (LFR); to test them in real networks, particularly, in one derived from a Staphylococcus aureus MLST dataset; to compare visualization frameworks – Cytoscape.js and D3.js, and, finally, to make it all available online (mscthesis.herokuapp.com).
Louvain, Infomap and LLP were implemented in JavaScript. Unless otherwise stated, next conclusions are valid for GN and LFR. In terms of speed, Louvain outperformed all others. Considering accuracy, in networks with well-defined communities, Louvain was the most accurate. For higher mixing, LLP was the best. Contrarily to weakly mixed, it is advantageous to increase the resolution parameter in highly mixed GN. In LFR, higher resolution decreases the accuracy of detection, independently of the mixing parameter. The increase of the average node degree enhanced partitioning accuracy and suggested detection by chance was minimized. It is computationally more intensive to generate GN with higher mixing or average degree, using the algorithm developed in the thesis or the LFR implementation. In S. aureus network, Louvain was the fastest and the most accurate in detecting the clusters of seven groups of strains directly evolved from the common ancestor.
Community Finding with Applications on Phylogenetic Networks [Presentation]Luís Rita
The document describes algorithms and frameworks for community detection in networks. It introduces Louvain, Infomap, label propagation (LP) and layered label propagation (LLP) algorithms for detecting communities. It also discusses benchmark networks, evaluation metrics, visualization frameworks like Cytoscape.js and D3.js, and a web application for community detection. The results section compares the algorithms on benchmark and real-world networks and analyzes their time complexity.
Espetros de Absorção Eletrónica de CianinasLuís Rita
Relatório - Princípios de Química-Física.
Este trabalho laboratorial consiste no estudo dos espetros de absorção eletrónica de duas famílias de cianinas no VIS-UV próximo, mais precisamente as famílias 2Cn e 4Cn, recorrendo-se para tal a um espetrofotómetro de UV-VIS.
IST - 3º Ano - 2º Semestre - Engenharia Biomédica.
1) The document analyzes the absorption of 10 keV x-rays and 100 MeV gamma rays in soft tissue. It finds that x-rays are almost totally absorbed after 5 cm, while gamma rays lose only 8.3% of their energy.
2) It then calculates that while gamma rays lose a smaller fraction of energy, their overall energy loss is much greater due to their higher initial energy.
3) Different interaction mechanisms are discussed for each type of radiation, with photoelectric effect dominating for x-rays and pair production occurring for gamma rays.
2º Relatório - Física da Radiação.
1. Configuração e ajuste de parâmetros; O multicanal; Calibração em energia do sistema;
2. Estudo do espetro das fontes: 137Cs e 60Co;
3. Estudo da atenuação de gamas na matéria
IST - 4º Ano - 1º Semestre - Engenharia Biomédica.
1. O documento descreve estudos realizados com um detector Geiger-Müller para caracterizar sua resposta à radiação. Foram medidas taxas de contagem em função da tensão aplicada e da distância à fonte radioativa.
2. A zona de operação ótima do detector foi determinada entre 550V-950V, onde a taxa de contagens se mantém constante. Medições com diferentes fontes permitiram estimar a eficiência do detector para radiações β e γ.
3. Os resultados sugerem que a taxa de contagem varia inversamente com o quadrado da dist
1st Project - Health Systems.
Day after day, health is becoming an increasingly hot issue in our daily life. Particularly, ageing can be thought as one of the primary causes for such an increasing demand and expense in health services. Therefore, it’s not surprising a larger fraction of the countries’ domestic gross product is being allocated to improve care, provided by health authorities, as well as public services, guaranteeing a pleasurable and safe coexistence among people.
One way of achieving such goals, without excessive expenditure, is using decision support models. In one hand, it’s true that forecasting [Request 3], linear programming [Request 4] or a mere construction of a decision tree [Request 2] entails some costs. But, at the end, countries or health services that better apply these mathematical techniques are achieving better results with the same or lower costs.
IST - 4th Year - 2nd Semester - Biomedical Engineering.
The Role of Internet-of-Things (IoT) in HealthcareLuís Rita
The document discusses the role of Internet-of-Things (IoT) technologies in healthcare. It describes a multi-tier IoT system architecture consisting of biosensors, personal devices, and servers. Wireless communication standards are used to transmit health data from wearable devices to medical centers. Case studies from TigerPlace and Washington State University demonstrate how IoT can be used to detect physical and mental impairments through sensors and analyze activities of daily living.
The Role of Internet-of-Things (IoT) in HealthcareLuís Rita
1st Project - Health Systems.
As a result of ageing population, increasing demand and evolving technology on healthcare systems, the progress in the Internet of Things (IoT) has a key role in suppressing all these needs, in particular, redesigning modern health care with promising technological, economic and social prospects. This paper attempts to comprehensively review the current research and development on the impact of IoT in Healthcare. Relying on a comprehensive literature review, this paper analyses the architecture of an IoT-based systems, focusing on the main components and their value to the overall system. In addition, a perspective on electronic health records and on privacy and security issues are overviewed, along with the review of clinical cases of IoT-based systems. Given IoT clear acceptability and affordability among youngers and elders, combined to a broad range of devices and machine learning techniques, it’s expected these devices will facilitate in many ways health providers’ job, as long as other topics like data protection keep side-by-side.
IST - 4th Year - 2nd Semester - Biomedical Engineering.
Homework X - Biomaterials Science.
An extracorporeal artificial organ is a man-made device that is integrated into a human — interfacing with living tissue — to replace a natural organ, for the purpose of duplicating or augmenting a specific function or a group of related functions so the patient may return to a normal life as soon as possible. The replaced function doesn't necessarily have to be related to life support, but it often is.
IST - 4th Year - 2nd Semester - Biomedical Engineering.
The document discusses two implantable medical devices used in the eye: phakic lenses and subconjunctival implants. Phakic lenses are implanted during surgery to correct vision without removing the natural lens. Subconjunctival implants made of biodegradable polymers like PLGA and PLC can provide sustained drug delivery to lower intraocular pressure for glaucoma treatment overcoming issues with eye drops. Animal studies found both implants to be biocompatible with minimal inflammation and no evidence of toxicity.
Homework VIII - Biomaterials Science.
All biomaterials introduced in the human body, inevitably, will generate a biological response. The size, shape, and chemical and physical properties of the biomaterial and the physical dimensions and properties of the prosthesis or device are responsible for variations in the intensity and time duration of the inflammatory and wound healing processes.
IST - 4th Year - 2nd Semester - Biomedical Engineering.
Homework VII - Biomaterials Science
Essentially, all organisms from bacteria to humans are mechanosensitive. Physical forces are known to regulate an enormous amount of processes which play an important role in homeostasis. Thus, the main questions around this topic evolved from its importance to how it is possible to transduce mechanical stimulus into biochemical responses.
IST - 4th Year - 2nd Semester - Biomedical Engineering.
Mechanisms in Aqueous Solution for Corrosion of Metal AlloyLuís Rita
Homework VI - Biomaterials Science.
Corrosion is a natural process which can be found, not only in metals, but also in ceramics and polymers (instead of corrosion, it is usually called “degradation”). 2 main concerns around this topic include economic and security issues. In fact, big accidents related to corrosion are present in the world’s history... Some involved crashed bridges and sunk ships. Processes to avoid events like this should be carefully chosen, accordingly to our monetary resources, as well as considering the severity of a hypothetical situation where the material can fail (e.g. - if there are any lives at risk).
IST - 4th Year - 2nd Semester - Biomedical Engineering.
Caderno de Resumos XVIII ENPFil UFU, IX EPGFil UFU E VII EPFEM.pdfenpfilosofiaufu
Caderno de Resumos XVIII Encontro de Pesquisa em Filosofia da UFU, IX Encontro de Pós-Graduação em Filosofia da UFU e VII Encontro de Pesquisa em Filosofia no Ensino Médio
O Que é Um Ménage à Trois?
A sociedade contemporânea está passando por grandes mudanças comportamentais no âmbito da sexualidade humana, tendo inversão de valores indescritíveis, que assusta as famílias tradicionais instituídas na Palavra de Deus.
LIVRO MPARADIDATICO SOBRE BULLYING PARA TRABALHAR COM ALUNOS EM SALA DE AULA OU LEITURA EXTRA CLASSE, COM FOCO NUM PROBLEMA CRUCIAL E QUE ESTÁ TÃO PRESENTE NAS ESCOLAS BRASILEIRAS. OS ALUNOS PODEM LER EM SALA DE AULA. MATERIAL EXCELENTE PARA SER ADOTADO NAS ESCOLAS
Atividades de Inglês e Espanhol para Imprimir - AlfabetinhoMateusTavares54
Quer aprender inglês e espanhol de um jeito divertido? Aqui você encontra atividades legais para imprimir e usar. É só imprimir e começar a brincar enquanto aprende!
Atividades de Inglês e Espanhol para Imprimir - Alfabetinho
TP2 - Amplificação do Gene pgmG a partir do DNA Cromossómico de Sphingomonas elodea [PCR]
1. Instituto Superior Técnico
Lisboa, 12 de outubro de 2015
Engenharia Genética
Joana Pinto | 78358
Rafaela Saraiva | 79613
Luís Rita | 78680
TP2 - Amplificação do Gene pgmG a partir do DNA cromossómico de
Sphingomonas elodea ATCC 31461 por recurso à técnica de PCR
2. 2
Resultados / Discussão de Resultados / Conclusões
a) Preparação, in silico, de uma Estratégia para Super-Produzir e
Purificar um Gene Codificante para uma Proteína de Transporte
O objetivo desta primeira parte da atividade experimental consistiu em delinear uma
estratégia para super-produzir e purificar o gene codificante da proteína em estudo. Para tal,
recorreu-se à bactéria E. coli e utilizando ferramentas bioinformáticas, de modo a selecionar o
vetor de clonagem, enzimas de restrição e
desenhar os primers necessários ao sucesso da
experiência.
Tal como previsto, o professor responsável
por esta atividade laboratorial atribuiu um
número de acesso a cada grupo, que tanto
podia corresponder a uma proteína, como a
um gene. Concluiu-se, a partir da base de
dados do NCBI, com que tipo de estrutura
biológica se estava a trabalhar: este código era
de uma proteína, mais especificamente, uma proteína
transportadora presente na espécie Arabidopsis thaliana [1].
Uma vez que se estava na presença de uma proteína e não de um gene, tornou-se
essencial a determinação da sequência nucleotídica correspondente, obtida através da
seguinte sequência de comandos: 1º - CDS; 2º - FASTA, foi possível revelar a composição
nucleotídica associada à proteína em estudo.
Grupo 2B5 - BAB10596.1
Fig. 1 – Proteína em estudo
3. 3
Seleção do Vetor de Clonagem
O vetor de clonagem necessita de satisfazer determinadas caraterísticas, nomeadamente:
Ter a capacidade de se replicar na célula hospedeira (ter origem de replicação);
Ter marcas de seleção (tais como resistência a antibióticos);
Apresentar uma pequena dimensão (<10kb).
O PETBlueII é um vetor de clonagem que satisfaz todas estas caraterísticas, na medida em que:
É pequeno (3653 bp), facilitando a sua inserção em E. coli;
Apresenta resistência à ampicilina (AMPR
), possibilitando a seleção dos transformantes
das colónias de E. coli. (As colónias que possuem o plasmídeo sobrevivem em meio
complementado com o antibiótico ampicilina);
Possui origem de replicação que é reconhecida pela E. coli;
Cauda de histidinas (HIS tag), importante pelo facto de permitir separar a proteína em
estudo das outras proteínas da E. coli por cromatografia.
Fig. 2 – Sequência nucleotídica correspondente à proteína em estudo
4. 4
Seleção das enzimas de restrição
Após a seleção do vetor a usar, é importante proceder à seleção das enzimas de
restrição. As enzimas de restrição devem ser escolhidas de forma a que cortem o vetor de
clonagem na zona “multiple cloning site” (MCS), mas que não cortem a sequência do gene. A
região MCS pode ser visualizada na figura 3 (região a azul escuro).
Introduzindo, no NEBcutter, a sequência de nucleótidos a que aquela proteína
corresponde, visualizou-se o seu mapa de restrição, inferindo sobre as enzimas de restrição
que cortam o gene, comprometendo, assim, a sua utilização.
Fig. 3 - Vetor PETBlue II
5. 5
Utilizou-se, ainda, a ferramenta designada por “0 cutters”, que apresentou uma lista
com as enzimas que não cortavam o gene. Assim, escolheu-se duas enzimas que estivessem
presentes em ambos os locais: Na figura 3 e na tabela fornecida pela página da internet [2].
Considerou-se relevante a escolha de duas enzimas para diminuir o risco do vetor
recircularizar e também para que a sequência de nucleótidos ficasse com uma correta
orientação. Para além dos fatores referidos anteriormente a ter em conta na seleção das
enzimas, outro ponto relevante está relacionado com a solução tampão de restrição, pois as
enzimas devem ser usadas preferencialmente na mesma solução tampão, de forma a serem
compatíveis e terem eficiência máxima. Este facto também leva a que se possa realizar a
digestão de DNA por estas enzimas em simultâneo. A informação sobre os meios de solução
tampão de cada uma das enzimas encontra-se na página de internet clontech [3].
As enzimas que selecionadas são: HindIII e Nhel. Estas enzimas podem ser utilizadas na
solução tampão tipo M.
Seleção dos primers
Os primers a desenhar devem ser sintetizados tendo em conta a amplificação de todo
o gene, para que toda a proteína seja expressa. São necessários 2 primers, um para cada
cadeia, sendo que um deles recebe o nome de forward (Fw) e o outro de reverse (Rv). O Primer
forward coincide com os primeiros 20 nucleótidos da sequência de DNA da proteína e o Primer
reverse é o inverso do complementar dos últimos 20 nucleótidos da sequência de DNA.
Fig. 4 - Mapa de restrição do fragmento de DNA que contem a sequência de nucleótidos da proteína.
6. 6
O primer forward vai ligar-se à cadeia de baixo (cadeia complementar à sequência de
DNA do gene) e a replicação é feita de 5’3’. No caso do primer reverse, este vai ligar-se à
cadeia de DNA de cima, e a replicação também é feita no mesmo sentido.
Primer forward1 ATG AAG AGG CTT CGC CGT GG
Primer reverse1 CTA GTT AAG AGA TGG ACA TG
Para além disto, tem de se ter em conta que o gene que codifica a proteína deverá ter
extremidades coesivas correspondentes às do plasmídeo PETBlue-II para que possa ser
facilmente inserido e fique bem orientado. Assim, adicionou-se, aos primers, locais de restrição
para as enzimas que foram selecionadas no passo anterior (HindIII e Nhel). Ao Primer forward
foi adicionado o local de restrição da enzima HindIII e ao primer reverse o da enzima Nhel
(sequências introduzidas nas extremidades 5’ dos primers). Os locais de restrição das enzimas
puderam ser consultados num documento disponibilizado na página da cadeira.
Primer forward2 AAG CTT ATG AAG AGG CTT CGC CGT GG
Primer reverse2 GCT AGC CTA GTT AAG AGA TGG ACA TG
Foram ainda adicionados três nucleótidos à esquerda dos primers que permitem um
melhor funcionamento da enzima e aumentam o conteúdo GC da sequência de nucleótidos.
(Estes 3 nucleótidos foram retirados do mesmo documento referido anteriormente).
Primer forward3 CCC AAG CTT ATG AAG AGG CTT CGC CGT GG
Primer reverse3 CTA GCT AGC CTA GTT AAG AGA TGG ACA TG
Para se poder verificar a qualidade dos primers, utilizou-se o software OligoAnalyzer
[4], onde se obteve informações acerca do conteúdo GC e da temperatura de fusão dos
primers.
Primers % GC Tm
(o
C) Tamanho (b)
Primer forward1 60 62.1 20
Primer reverse1 40 47.1 20
Foram analisados os Primers1, obtidos sem ter em conta os locais de restrição das
enzimas. Isto porque os nucleótidos acrescentados aos Primers3 não hibridam no processo de
Tabela I - Caraterísticas dos primers desenhados, nomeadamente conteúdo GC e temperatura de fusão.
7. 7
PCR pois não têm homologia na sequência de DNA onde se vão ligar. Consequentemente, não
vão ter influência na temperatura de fusão nem no conteúdo GC relevante para a ligação.
Antes de se proceder à análise dos resultados, é importante referir quais as
caraterísticas que um primer deve possuir para ser considerado “de qualidade”:
Conteúdo GC entre 40 a 60% [5];
Tm
entre 55 e 80o
C;
Comprimento entre 18-27 bases;
Terminação 3’ com C, G, CG, GC e as extremidades não devem ser complementares;
Passando agora à análise dos resultados, podemos concluir que o Primer forward1
possui bastante qualidade pois tem um conteúdo GC de 60%, uma temperatura de fusão de
62.1 o
C e um tamanho de 20 bases, tudo compreendido nos intervalos referidos
anteriormente.
Relativamente ao Primer reverse1, apesar do seu conteúdo GC ser baixo (40%), o que
resulta também numa temperatura mais baixa que a ideal (47.1◦
C), considera-se que a
qualidade ainda é razoável, pois o conteúdo GC encontra-se no limite de conteúdo GC
aconselhável para a realização da técnica. Ainda assim, pode acontecer que as ligações do
primer ao fragmento sejam fracas e possam ocorrer hibridações não perfeitas, indesejáveis - o
que poderia ser corrigido acrescentando nucleótidos ao primer que lhe conferissem um
aumento do seu conteúdo GC.
Assim, conclui-se que a técnica de PCR pode ser utilizada para amplificar a sequência
de nucleótidos da proteína em estudo.
8. 8
b) Previsão da Função de uma Proteína Não Caraterizada
Mesmo conhecendo a priori a função e a localização celular da proteína em estudo,
realizou-se um conjunto de passos padrão que deve ser seguido sempre que se pretende
averiguar a função e a localização de um polipéptido desconhecido.
Uma vez determinada a sequência nucleotídica correspondente à proteína, o próximo
passo era a identificação de ORF’s (Open Reading Frames) na sequência de nucleótidos gerada
anteriormente. Por outras palavras, procurou-se locais que se iniciassem por codões de
iniciação (ATG), terminassem com codões de finalização (TAA, TAG ou TGA) e que
apresentassem um tamanho mínimo, de forma a ser possível obter uma proteína a partir
deles. Ou seja, tratam-se de locais no
DNA que, hipoteticamente, poderão
codificar para uma proteína. De forma a
verificar a existência deste tipo de
regiões, recorreu-se a um site
denominado ORF Finder, onde se inseriu
a sequência de nucleótidos a analisar [6].
Fig. 5 – Proteína em estudo
Fig. 6 – Arabidopsis thaliana
9. 9
Obtiveram-se 10 regiões ORF
na sequência de nucleótidos
exposta abaixo (Figura 8). Metade
destas obtiveram-se a partir da
cadeia introduzida no site e a outra
metade a partir da cadeia de DNA
complementar. A presença de 6
barras na figura (3 em cima e
outras 3 em baixo) explica-se
facilmente, uma vez que, dependendo do local onde
se começa a leitura, o mesmo nucleótido poderá integrar 3 codões distintos.
Em suma, as barras azuis
presentes na figura 7
correspondem aos locais no
ácido desoxirribonucleico que
satisfazem os critérios
especificados anteriormente. Na
figura 9, pode verificar-se o que
foi dito atrás, isto é, para a
primeira sequência nucleotídica
apresentada na figura 8, os codões
de iniciação e terminação são, respetivamente: ATG e TAG.
Antes de se avançar no trabalho computacional, pretendeu-se
compreender que tipo de proteína poderia estar a ser codificada pelo 1º ORF.
Tal como era expectável, o BLAST indicou que a sequência de nucleótidos
inserida codificava para a proteína em estudo a 100%.
Feito isto, o próximo passo foi tentar encontrar regiões homólogas noutras
sequências conhecidas e presentes na base de dados NCBI BLAST [7]. Para tal,
inseriu-se a sequência de nucleótidos previamente obtida e aguardou-se. O
resultado final é o que se encontra presente na figura 10 e tabela II. Verifica-se, assim, a
presença de 6 sequências nucleotídicas presentes na espécie Arabidopsis thaliana que se
assemelham em 95% à obtida anteriormente. Previsivelmente, uma delas corresponde à
proteína inicial, da qual se procurou a sequência de nucleótidos.
Fig. 7 – 10 Regiões ORF previstas pelo ORF Finder
Fig. 8 – Sequência de nucleótidos da proteína em estudo
Fig. 9 – ORF: 1→1325
atg
tag
10. 10
À partida, poder-se-ia esperar obter uma
homologia de 100%, no entanto há que relembrar que
o código genético é redundante e que é possível
obter-se a mesma proteína a partir de sequências de
nucleótidos distintas. Facilmente, conclui-se que
algumas mutações ao nível do código genético da
proteína em estudo levaram a esta divergência de
resultados relativamente à sequência
nucleotídica presente na base de dados BLAST.
No entanto, é importante reforçar o facto de que,
mesmo com estas bases azotadas distintas das que
poderíamos estar à espera, a proteína mantém-se
funcional, porque diferentes codões podem codificar
um mesmo aminoácido (propriedade de
degenerescência do código genético). Estas regiões,
com conteúdo nucleotídico distinto aparecem
representadas a verde na figura 10.
Por tudo o que foi dito no parágrafo anterior,
facilmente se deduz que uma análise ao nível dos
aminoácidos da proteína será muito mais rigorosa para
Fig. 10 – Grau de semelhança da sequência de nucleótidos da proteína
em estudo com diferentes sequências codificantes da base de dados.
Tabela II - Lista de Resultados BLAST Relativa à Análise da Sequência Nucleotídica
Fig. 11 – Grau de semelhança da sequência
de aminoácidos da proteína em estudo com
diferentes sequências da base de dados
11. 11
verificar se existe alguma estrutura biológica com composição semelhante à proteína em
estudo e, posteriormente, retirar conclusões acerca da função da mesma.
Assim, optou-se pela comparação entre a sequência de aminoácidos da proteína em
estudo, com as disponíveis na ferramenta BLAST. Para tal, utilizou-se a ferramenta Blastp
para obter os resultados que a seguir se apresentam [8].
Tal como expectável, encontrou-se uma sequência de aminoácidos rigorosamente
igual à com que se começou a atividade computacional. O que permitiria concluir, que a
atividade da proteína em estudo é igual à de uma já conhecida. Isto seria particularmente
importante, caso se desconhecesse por completo a função na célula da proteína em estudo.
De seguida, partiu-se para a análise físico-química da proteína, recorrendo-se ao site
da Expasy, onde se introduziu a sequência de aminoácidos em estudo e se obteve os
resultados apresentados de seguida [9]. Esta avaliação é de extrema importância, uma vez que
Fig. 12 – Sequência de aminoácidos da proteína em estudo
Tabela III – Lista de Resultados BLAST Relativa à Análise da Sequência de Aminoácidos
12. 12
permitirá avaliar os cuidados que se deverão ter ao manusear esta proteína em laboratório.
Exemplificando, uma das caraterísticas que poderá ser importante conhecer é o seu ponto
isoelétrico. Esta medida permite ao utilizador saber para que valores de pH a proteína
apresenta uma carga global neutra: neste caso, o valor teórico é de 8.72.
Nº de Aminoácidos 441
Peso Molecular (Dalton) 47905.9
pI Teórico 8.72
Composição de aminoácidos
Ala (A) 42 9.5 % Lys (K) 17 3.9 %
Arg (R) 16 3.6 % Met (M) 9 2.0 %
Asn (N) 17 3.9 % Phe (F) 35 7.9 %
Asp (D) 15 3.4 % Pro (P) 22 5.0 %
Cys (C) 10 2.3 % Ser (S) 44 10.0 %
Gln (Q) 9 2.0 % Thr (T) 18 4.1 %
Glu (E) 12 2.7 % Trp (W) 8 1.8 %
Gly (G) 37 8.4 % Tyr (Y) 14 3.2 %
His (H) 3 0.7 % Val (V) 27 6.1 %
Ile (I) 35 7.9 % Pyl (O) 0 0.0 %
Leu (L) 51 11.6 % Sec (U) 0 0.0 %
Número Total de Resíduos Carregados Negativamente
( Asp + Glu)
27
Número Total de Resíduos Carregados Positivamente
( Arg + Lys )
33
Composição Atómica
Carbono 2218
Hidrogénio 3414
Azoto 546
Oxigénio 598
Enxofre 19
Fórmula C2218H3414N546O598S19
Número total de Átomos 6795
Índice de Instabilidade 36.54 (Proteína Estável)
Índice Alifático 103.33
GRAVY (Grand Average of Hydropathicity) 0.507
Tabela IV – Propriedades Físico-Químicas da Proteína em Estudo
Tabela V - Propriedades Físico-Químicas da Proteína em Estudo
Tabela VI - Propriedades Físico-Químicas da Proteína em Estudo
13. 13
Em seguida, procurou-se regiões transmembranares - os dados obtidos neste ponto
permitirão retirar conclusões importantíssimas acerca da localização da proteína na célula
[10].
Tal como se pode verificar, esta ferramenta prevê vários locais transmembranares,
interiores e exteriores à membrana plasmática. Estes resultados foram obtidos com base na
polaridade da proteína nos vários locais, permitindo, assim, determinar quais os locais mais
hidrofóbicos/hidrofílicos. Isto vai de encontro ao que se estava à espera, uma vez que se sabia
desde início que esta de tratava de uma proteína transmembranar, pelo que não é de espantar
a existência desta alternância entre zonas com afinidade à água e hidrofóbicas.
Finalmente, analisou-se a proteína quanto à existência de locais com modificações
pós- traducionais. Tal como se sabe, um enorme número de polipéptidos, após a tradução do
mRNA correspondente, são enviados para o complexo de Golgi para sofrerem algumas
alterações à sua estrutura e composição química. Está-se a falar não só de fosforilações, mas
também de desfosforilações, introdução de regiões glicídicas e/ou lipídicas, entre outras…
Por forma a prever a existência deste género de alterações utilizou-se a base de dados
InterProScan [11], que contém uma lista de padrões (sequência de aminoácidos dispostos de
determinada forma) que se confirmou experimentalmente estarem associados a alguma
propriedade biológica. Confirmou-se que à proteína em estudo não estão associados nenhum
destes padrões, ou seja, nenhuma modificação pós-traducional.
Após a análise dos resultados obtidos, verifica-se que a proteína foi incluída na
categoria das MFS (Major Facilitator Superfamily), uma superfamília que inclui uma enorme
variedade de proteínas membranares presentes em eucariotas, que apenas conseguem
transportar solutos pequenos, a favor de um gradiente quimiosmótico. Foram também
detetadas regiões de aminoácidos associadas à resistência ao antibiótico tetraciclina. Por fim,
esta pode, também, ser integrada na seguinte família: Tetracycline resistance protein,
TetA/multidrug resistance protein MdtG.
14. 14
Fig. 13 – Probabilidade da proteína conter regiões intracelulares/extracelulares/transmembranares
Fig. 14 – Domínios típicos da família MFS
15. 15
De acordo com o já previsto, o processo biológico em que a proteína em estudo se
encontra envolvida é o transporte de substâncias através da membrana plasmática e a função
molecular corresponde à de transportadora.
16. 16
Bibliografia
[1] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/BAB10596.1
[2] http://nc2.neb.com/NEBcutter2/listbycuts.php?name=78bbca2b-&numcuts=0
[3]http://www.clontech.com/takara/US/Support/Applications/Restriction_Enzymes/Buffer_Acti
vity_Chart
[4] http://eu.idtdna.com/calc/analyzer
[5] http://www.premierbiosoft.com/tech_notes/PCR_Primer_Design.html
[6]www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html
[7]http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LO
C=blasthome
[8]http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LO
C=blasthome
[9] http://web.expasy.org/protparam/
[10] http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/
[11] http://www.ebi.ac.uk/interpro/search/sequence-search
[12] Guia de trabalhos laboratoriais de Engenharia Genética, Mestrado em Engenharia
Biológica, Mestrado em Engenharia Biomédica, TP2-AMPLIFICAÇÃO DO GENE pgmG A PARTIR
DO DNA CROMOSSÓMICO DE Sphingomonas elodea ATCC 31461 POR RECURSO À TÉCNICA DE
PCR, Moreira, L. M., Viegas, C. A., Fialho, A., Leitão, J. H., Sá-Correia, I., Área de Ciências
Biológicas, IST, 2015/2016
[13] Powerpoints das aulas teóricas de Engenharia Genética, Prof.Leonilde Moreira, 2015/2016