O subfilo Mastigophora inclui organismos flagelados, que podem ser unicelulares ou formar colônias especializadas, e representam um elo entre os reinos animal e vegetal. Vários gêneros, como Trichomonas e Giardia, são relevantes por suas relações patológicas com humanos, causando doenças por meio de contaminação ou picadas de insetos. A biologia e filogenia dos protozoários são complexas, refletindo a diversidade de suas capacidades e evoluções.