Os Cursos Profissionais são um percurso de ensino secundário focado no desenvolvimento de competências profissionais e na ligação ao mundo do trabalho. Estes cursos preparam os alunos para o exercício de uma profissão e para prosseguir estudos superiores. A Escola de S. João oferece vários Cursos Profissionais e Científico-Humanísticos diurnos e nocturnos.