Este documento resume os principais resultados de um projeto de pesquisa sobre a maciez da carne em bovinos da raça Nelore no Brasil. O projeto teve como objetivos caracterizar e selecionar geneticamente bovinos Nelore Mocho para melhorar a maciez da carne. Foram realizadas análises genéticas, identificação de marcadores genéticos associados à maciez, e desenvolvimento de modelos de seleção genômica. Os resultados contribuíram para o entendimento da base genética da qualidade da carne nesta importante raça ze

1. Maciez da Carne em Nelore:
Uma Realidade Brasileira
Cláudio Ulhôa Magnabosco
Pesquisador EMBRAPA/ANCP/CNPq
Ribeirão Preto – SP
2016

2. Tópicos
Introdução
 Estado da Arte
Qualidade da Carne do Nelore
Iniciativas Brasileiras
Objetivos
Materiais e Métodos
Resultados
• Descritivas Gerais
• Correlações Genéticas
• GWAS e Seleção Genômica
Perspectivas Futuras
Considerações Finais

3. • 2° Maior produtor de carne bovina
• Maior rebanho comercial de bovinos (208 milhões de cabeças – FAZ/USDA, 2015)
•Rússia
•Egito
•Venezuela
•Hong Kong
•Estados Unidos
•Reino Unido
•Itália
80,9% Mercado Interno
19,6% Exportação
76,6%
carne in natura 12,7%
carne processada
BRASIL
Introdução

4. > Exportador em
Volume $ EUA e Austrália
Carne Brasileira : Considerada Média / Baixa -
Principal Fator da Depreciação da
Carne Brasileira pelos
Compradores Internacionais
Introdução

5. • Rebanho bovino: raças de origem zebuína
80% raça Nelore
Rusticidade
Tardia
Carne qualidade inferior
• Produção extensiva a pasto
Introdução
Animais velhos, com aspectos
qualitativos e quantitativos
indesejáveis - Maciez

6. • Literatura: O Nelore pode apresentar carne macia e tem variabilidade genética, ex:
• Existência de animais capazes de produzir carne de alto padrão de qualidade
– Touros que tiveram 40% das progênies classificadas como Choice
– Quality Grade (Sainz et al., 2005)
• Bovinos Nelore Mocho selecionados para maciez da carne apresentaram WBSF
por volta de 3,0 kgf
– Castro et al., 2014
Estado da Arte

7. Estado da Arte
• Principais importações do Nelore ocorreram em 1962
• Formação das linhagens atuais da raça Nelore
• Adaptabilidade da raça proporcionou uma rápida
disseminação no território brasileiro
– Adaptação
– Rusticidade
– Fertilidade
A raça Nelore

8. Estado da Arte
• 1957 Nelore Mocho – Nasceu o bezerro Caburey OB, desprovido de
chifres.
• Ausência de chifres:
– facilidade de manejo;
– evita machucaduras;
– Evita acidentes e danos no couro.

9. Qualidade da Carne do Nelore
O Brasil é o maior
exportador de carne
bovina do mundo!!!
Produz carne de
qualidade inferior!!!

10. Qualidade da Carne do Nelore
Criação de
bovinos à pasto
Gramíneas de baixa
qualidade
Permanência por mais
tempo a pasto
Abate em idades
avançadas

11. Alterações
composição
muscular
CARNE DE
QUALIDADE
INFERIOR
Qualidade da Carne do Nelore

12. Característica organoléptica de maior influência na aceitação
da carne pelo consumidor
Qualidade da Carne do Nelore
MACIEZ DA CARNE

13. Qualidade da Carne do Nelore
Característica multifuncional
Alta Influência
Ambiental

14. O QUE FAZER?
 Ferramentas promissoras:
Biotecnicas Moleculares
- Marcadores moleculares SNP (alta densidade)
 Estudos de associação genômica ampla (GWAS)
 Seleção genômica ampla (GWS)
 Vantagens
 aumenta a eficiência de seleção genética
 diminui o tempo gasto no desenvolvimento de linhagens para carne macia
 maior acurácia de predição do valor genético

15. Com a genotipagem o painel de SNPs pode ser utilizados para várias
características!
Qualquer característica de interesse econômico com baixa
estimativa de herdabilidade de efeito genético aditivo direto
O QUE FAZER?

16. Estudos de Associação Genômica -
GWAS
Identificação de genes associados à
maciez de carne especificamente para as
raças zebuínas
• Associação de genes com características complexas
• Possível após Sequenciamento do Genoma Bovino (The Bovine Hapmap Consortium, 2009)
• Identificação das regiões cromossômicas que afetam tais características fenotípicas

17. • Análise de enriquecimento de vias baseada em SNPs - Ontologias Gênicas
– objetivo expandir interpretação GWAS (Mapeamento associativo)
SNPs de um fenótipo são enriquecidos em genes que
constituem uma via ou têm regulação em comum, o que
permite um melhor entendimento dos mecanismos biológicos
envolvidos
poder do mapeamento associativo
identificação marcadores de
efeito pequeno
(Subramanian et al., 2005; Weng et al. 2011)

18. Seleção Genômica – GS
Baseada no valor
genético genômico de
cada animal
Obtido partir da soma dos efeitos
estimados de marcadores genéticos
Permite a estimação de
valores de características
de interesse logo ao
nascimento
acelerando o progresso genético de
características que se expressam
tardiamente na vida do animal

19. Pedigree
+
Dados Produtivos
+
Dados Genômicos
Estimação
dos efeitos dos
SNPs
Valor Genômico
(GEBV)
Valores genômicos para
animais SEM dados
produtivos!

20. Iniciativas Brasileiras
• Marca OB / Guaporé Pecuária – desenvolve trabalhos de seleção do Nelore
Mocho há mais de 60 anos
• 2002: OB - Choice: Estudo de Linhagens da raça Nelore Mocho
 Crescimento pré e pós desmama,
 Precocidade de acabamento,
 Qualidade de carcaça e da carne
• Sainz et al. (2005) identificaram touros cujos filhos produziram carne com os melhores
padrões de qualidade.

21. Projeto OB-Choice - Variação entre touros na maciez da
carne da progênie
Pai WBSF, kg %< 3,9
1 4.24 71%
2 3.72 25%
3 3.83 37%
4 4.96 71%
5 4.23 42%
6 4.00 42%
7 4.20 53%
8 3.80 33%
9 4.52 56%
10 3.92 45%
11 4.22 53%
12 4.26 75%
13 4.44 73%
14 3.36 25% (Sainz et al., 2005)

22. Iniciativas Brasileiras
• Macroprograma 2 Embrapa – “Caracterização e seleção genética para maciez da carne
em bovinos Nelore Mocho” coordenado pela Embrapa Cerrados
• 2009: MP2: caracterizar, multiplicar e selecionar bovinos Nelore Mocho de elevado
potencial genético para a característica de maciez
• Castro et al. (2014) identificaram indivíduos portadores de genes favoráveis a maciez
da carne e, observou a alta variação dos valores de WBSF dentro da população em
estudo
• Média: 3,97 kgf (máximo: 8,84 kgf e mínimo: 1,53 kgf)
• Verificou ausência de correlação genética: maciez x carcaça e crescimento

23. Iniciativas Brasileiras
• Programa de Qualidade Nelore Natural: garantir o padrão de carcaças bovinas,
sistemas de cria, sistemas de engorda e reprodutores da raça Nelore
• Bases lançadas em 1999 – Carlos Viacava
• Orientações do Prof. Dr. Pedro Felício - Unicamp
• Objetivo: Oferecer ao mercado um produto diferenciado por sua padronização e
qualidade controlada.
• Valorização e divulgação da raça Nelore como principal marca de carne no Brasil.

24. Iniciativas Brasileiras
• Rymer Tullio (Embrapa Pecuária Sudeste): Estratégia de cruzamento e de manejo para
melhorar a eficiência de produção e a qualidade da carne bovina no Brasil
• Sarah Bonilha (Instituto de Zootecnia): Eficiência na utilização de alimentos,
qualidade de carne e composição da carcaça em animais jovens da raça Nelore
• Lucia Galvão (Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho): Estudo genético
quantitativo da qualidade de carcaça e da carne em bovinos da raça Nelore
• Luciana Regitano (Embrapa Pecuária Sudeste): Bases moleculares da qualidade da carne
em bovinos da raça Nelore

25. Objetivo
“Caracterização e seleção genética para maciez da
carne em bovinos Nelore Mocho” (2009)
Apresentar os resultados do Projeto de MacroPrograma 2 (MP2) da Embrapa Cerrados:
Interagindo no sentido de atingir os objetivos
específicos do projeto estratégico para a cadeia
produtiva de carne no Brasil
Equipe multidisciplinar e interinstitucional

26. Equipes Executoras
Projeto executado graças a contribuição inequívoca de:
• Quatro unidades da Embrapa (CPAC, CNPAF, CPPSE e CNPGC),
• Duas Universidades Federais (UFG e UFU),
• Duas Universidades Estaduais (USP e UNESP),
• Uma empresa privada (Guaporé Pecuária – Marca OB),
• Duas Universidade americanas (University of Wisconsin/Madison e University of
California/Davis)
• Uma Associação: Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP)

27. Equipes Executoras
e sob envolvimento dos profissionais de varias subareas:
Embrapa
• Artur Rosa (CPAC)
• Cláudio Magnabosco (CPAC)
• Eduardo Eifert (CPAC)
• Luciana Regitano (CPPSE)
• Marcos Fernando Costa (CNPAF)
• Renata Nassu (CPPSE)
• Rodrigo Fragoso (CPAC)
• Rymer Tullio (CPPSE)
Guaporé Pecuária
• Ovídio Carlos Brito
• Fernando Manicardi
• Angelo Nakagawa
UNESP
• Fernando Baldi (UNESP)
University of California
• Roberto D. Sainz (UCDavis)
University of Wisconsin
• Guilherme Rosa (UW-Madison)
• Fernando B. Lopes (UW-Madison)
ANCP
• Raysildo Lôbo (ANCP)
UFG
• Cristiano Prado (UFG)
• Letícia M. de Castro (UFG)
• Mariana Mamede (UFG)
UFU
• Carina U. Faria (UFU)

28. Objetivos Específicos
• Análise genética para maciez de carne e suas relações com as características
produtivas em bovinos Nelore Mocho
• Genética quantitativa
• Mamede et al. (2016) – in press
• Identificação de SNPs e rotas metabólicas associadas à maciez da carne em
bovinos Nelore Mocho
• GWAS e Ontologias Gênicas
• Castro et al. (2016) – in press
• Utilização de Diferentes Modelos de Regressão para Seleção Genômica para
Maciez da Carne em Bovinos Nelore Mocho, Brasil
• Seleção genômica para maciez da carne
• Lopes (2015) e Magnabosco et al. (2016) – in press
Apresentar os resultados de três sub-projetos do MP2, nessa apresentação:

29. • Histórico base de dados
- banco de dados fenotípico: três abates (2005, 2008 e 2012)
- Maciez WBSF (Warner-Bratzler shear force),
- raça Nelore Mocho, PO, genealogia completa
• Programa OBchoice (Estudos de linhagens/qualidade de carne e carcaça)
- Abate 1 (232 Fenótipos WBSF)
- Abate 2 (145 Fenótipos WBSF)
• Macroprograma 2 - Embrapa Cerrados (Base população OBChoice)
- Abate 3 (83 Fenótipos WBSF)
- população desenhada a partir de fenótipos extremos para maciez da carne
Materiais e Métodos

30. Materiais e Métodos
•Fenotipagem para maciez – força de cisalhamento (460 animais)
•Análises quantitativas (Toda a população: 460 animais – Abates 1, 2 e 3)
•Genotipagem (427 animais)
•Controle de Qualidade (amostras e marcadores moleculares)
•Análises Genômicas (GWAS, GO, GS)

31. Materiais e Métodos
• Três abates (2005, 2008 e 2012) em frigorífico comercial
• Terminação em regime de confinamento
• Os animais abatidos quando atingiam, no mínino, 5 mm de espessura de gordura
na costela e/ou peso acima de 500 kg
 Idade média de 24 meses Idade e Acabamento
Grande influência na maciez

32. Materiais e Métodos
• Utilizadas amostras do músculo Longissimus dorsi para medição da maciez da
carne por Warner-Bratzler Shear Force
Laboratório de Análises de Carne - Embrapa Pecuária Sudeste

33. Materiais e Métodos
As análises genético-quantitativas bi-características
• Características Produtivas (P120, P210, P365, P450, AOL, EG, EGP8 e WBSF)
e+pZ+mZ+aZXβ=y 321
- y: vetor de observações de cada uma das variáveis
- X, Z1, Z2 e Z3: matrizes de incidência que associam y aos efeitos fixos, efeitos genéticos aditivos diretos e, exceto para
P450, AOL, EG, EGP8 e WBSF, os efeitos genéticos maternos e efeitos de ambiente permanente, respectivamente,
- β: vetor dos efeitos fixos (grupo de contemporâneos e idade da vaca ao parto (exceto para P450, AOL, EG, EGP8 e WBSF),
e a idade do animal (somente para as características de carcaça) como covariável),
- a: vetor de efeitos genéticos aditivos diretos aleatórios,
- m: vetor de efeitos genéticos aditivos maternos aleatórios,
- p: vetor de efeitos de ambiente permanente maternal aleatórios,
- e é o vetor dos efeitos aleatórios residuais.
(Mamede et al., 2016 – in press)

34. Materiais e Métodos
• Características Reprodutivas (PE365, PE450, P365, P450, EG EGP8, IPP, PAC e STAY)
e+ZaXβ=y 
- y: vetor de observações de cada uma das variáveis;
- X: matriz de incidência que associa β com y,
- β: vetor dos efeitos fixos (grupo de contemporâneos para todas as características e idade da vaca ao parto
somente para P365 e P450),
- Z: matriz de incidência dos efeitos genéticos aditivos diretos,
- a: vetor de efeitos genéticos aditivos diretos aleatórios,
- e: vetor dos efeitos aleatórios residuais.
- Características da carcaça: idade do animal como covariavel
- Covariâncias residuais entre WBSF e as características: PAC, IPP e STAY*, foram fixadas em zero
(Mamede et al., 2016 – in press)

35. Materiais e Métodos
- GIBBS2F90
- 1.000.000 iterações, descarte das 500.000 primeiras, intervalo amostral a cada 50
- Estimativas a posteriori: POSTGIBBSF90
- As estimativas dos parâmetros genéticos foram obtidas como a média a posteriori dos respectivos
componentes de variância.
- Os intervalos de credibilidade das marginais posteriores foram obtidos com 95% de credibilidade.
As análises genético-quantitativas bi-características
• Características Produtivas (P120, P210, P365, P450, AOL, EG, EGP8 e WBSF)
• Características Reprodutivas (PE365, PE450, P365, P450, EG EGP8, IPP, PAC e STAY)
(Mamede et al., 2016 – in press)

36. Genotipagem: 427 produtos (+ pais e mães)
- BovineHD Beadchip (777k SNPs) (Illumina Inc.)
- Chips GGP-Indicus (77k SNPs) (GeneSeek – Neogen Corp.)
IMPUTAÇÃO DE GENÓTIPOS
Controle de Qualidade – Amostras DNA e Marcadores SNP
 Call Rate (eficiência genotipagem): marcadores (90%) e amostras (80%)
 Heterozigosidade média (± 3σ)
 Desvios das proporções do equilíbrio de Hardy-Weinberg: p < 0,01
 Frequência alélica mínima: MAF < 0,01
 Verificação estratificação populacional
Materiais e Métodos
(Castro et. al, 2016 – in press)

37. Estudos de Associação Genômica Ampla (GWAS)
- Método P3D/EMMAx (Zhang et al., 2010; Kang et al., 2008)
- Implementado: TASSEL 5.0 (Bradbury et al. 2007)
- Modelo misto:
Materiais e Métodos
eZuXy  
- y: vetor de fenótipos para WBSF (n x 1)
- X: matriz de incidência que relaciona β a y
- β: vetor de efeitos fixos (sexo, grupo de abate e os marcadores SNP)
- Z: matriz incidência dos efeitos aleatórios que associa u com y
- u: efeito aleatório (n x 1) do modelo misto
- e: vetor (n x 1) de resíduos
u ~N(0, 𝜎𝑔
2K) e e ~N(0, 𝜎𝑒
2I)
Assume-se que:
- K: matriz (n x n) de parentesco genômica derivada dos marcadores
- 𝝈 𝒈
𝟐
: variância genética aditiva
- 𝝈 𝒆
𝟐
é a variância residual e I a matriz identidade (n x n) apropriada
(Castro et. al, 2016 – in press)

38. Materiais e Métodos
 Localizado na sequência genômica do gene
 Localizado em 20 kbp - 5’ e 3’ finais (primeiro e último éxon)
capturar regiões reguladoras e funcionais próximas aos genes
 Gene Ontology Consortium (GO)
 InterPro (IP)
 Enciclopédia de genes e genomas de Kyoto (KEGG)
(Ashburner et al., 2000)
(Mulder et al., 2003)
(Kanehisa et al. 2002)
• SNP atribuído ao gene se:
• Gene significamente associado com WBSF: se pelos menos um SNP p-valor < 0,01
• Bancos de dados - definir conjuntos de genes funcionais associados à característica
Materiais e Métodos
Análise de enriquecimento de vias metabólicas – Ontologias gênicas
- SNP-based gene-set enrichment analysis (SNP-GSEA)
(Castro et. al, 2016 – in press)

39. Seleção Genômica (GS)
Modelos de predição genômica:
 Bayesian Ridge Regression
 Bayesian Lasso
 Bayes A / Bayes B / Bayes Cπ
Modelo estatístico geral:


K
1j
jj eazXb1μy
y : vetor n × 1 de características fenotípicas;
µ é o intercepto;
X: matriz de incidência relacionada aos efeitos fixos em b;
K: número de marcadores ajustados;
: vetor n × 1 que denota os genótipos dos animais para o marcador j;
: efeito do marcador j;
e: vetor dos efeitos residuais
z j
aj
Validação cruzada
- Leave-One-Out (LOOCV)
- comparar habilidade predição de diferentes
modelos
- acurácia de predição: correlação entre valores
genômicos e fenotípicos
Materiais e Métodos
Melhor adequação aos dados
> Acc no GEBVs
(Lopes, 2015)

40. Resultados
Fenotipagem maciez – toda a população (Abates 1, 2 e 3)
TABELA 1 - Estatística descritiva da característica de força de cisalhamento (WBSF – Warner-Bratzler shear)
do Longissimus dorsi em bovinos da raça Nelore Mocho
Característica N Média (kgf) DP (kgf) CV (%)
Valor
Mínimo
Valor
Máximo
WBSF (kgf) 460 3,88 1,35 34,82 1,07 8,87
N: nº de animais, DP: desvio padrão, CV: coeficiente de variação,
coeficiente de variação (34,82%)
relativamente alto
população experimentalmente
delineada de forma a manter certo
grau de heterogeneidade
(Magnabosco et al., 2014)

41. Resultados
Figura 1. Histograma de frequência relativa e percentual acumulativo para WBSF.
limite proposto literatura carne macia: Shackelford et
al. (1991) 4,6 kgf; Mackeith et al. (1985) 4,5 kgf; Felicio
(1997) 5 kgf, Boleman et al. (1997) 3,5 kgf
51% - WBSF abaixo de 3,80 kgf: maior parte com
WBSF bem próximos aos menores valores limiar
para maciez
(Magnabosco et al., 2014)

42. Resultados
Características Média Moda Mediana DP IC 2,5% IC 97,5%
Genética
P120 x WBSF -0,70 -0,86 -0,80 0,26 -0,95 0,09
P210 x WBSF -0,78 -0,96 -0,90 0,23 -0,98 -0,22
P365 x WBSF -0,44 -0,70 -0,58 0,43 -0,96 0,55
P450 x WBSF -0,22 -0,35 -0,26 0,34 -0,80 0,50
AOL x WBSF -0,09 -0,14 -0,10 0,45 -0,94 0,95
EG x WBSF -0,12 -0,19 -0,12 0,39 -0,81 0,63
EGP8 x WBSF -0,10 -0,12 -0,11 0,30 -0,68 0,46
Residual
P120 x WBSF -0,12 -0,15 -0,13 0,11 -0,33 0,09
P210 x WBSF -0,12 -0,14 -0,13 0,13 -0,33 0,16
P365 x WBSF 0,10 0,04 0,05 0,30 -0,32 0,97
P450 x WBSF -0,09 -0,05 -0,08 0,15 -0,40 0,18
AOL x WBSF -0,06 -0,09 -0,06 0,11 -0,27 0,17
EG x WBSF -0,01 0,00 -0,01 0,05 -0,11 0,09
EGP8 x WBSF -0,02 -0,02 -0,02 0,08 -0,16 0,14
Tabela 2. Estimativas de médias posteriores das correlações genéticas e residuais entre as características de
crescimento, carcaça e maciez da carne em bovinos Nelore Mocho, machos e fêmeas.
Análises Genético-Quantitativa – toda a população (Abates 1, 2 e 3)
(Mamede et al., 2016 – in press)

43. Resultados
Análises de Associação Ampla do Genoma - GWAS
 Quantil – Quantil (Q-Q plot)
- ajuste do modelo e associações verdadeiras
- valores observados distanciam dos esperados com o
aumento do nível de significância
- desvio generalizado - inflação do teste
FIGURA 2 - Gráfico quantil-quantil (Q-Q plot), da distribuição dos
valores observados e esperados para o estudo de associação
genômica para maciez da carne em bovinos Nelore Mocho
Modelo ajustado aos dados:
valores observados encontram-se próximos a
diagonal, distribuídos de modo uniforme
Evidências de associações verdadeiras:
valores observados distanciaram-se da
distribuição esperada sob a hipótese nula
(Castro et. al, 2016 – in press)

44. Cromossomos SNPs Significatovos
(p < 0,0001)
2 1
3 3
6 1
7 1
8 3
10 2
13 2
15 1
16 3
17 4
18 3
19 2
20 5
21 5
25 3
27 5
28 2
Tabela 4 - Número de SNPs significativos (p < 0,0001) por
cromossomo para a maciez da carne em bovinos da raça
Nelore Mocho
> nº SNPs associados:
cromossomos 20, 21 e 27
p < 0,0001  46 SNPs Significativos
Explicaram entre 4,15% até 6,64%
da variância fenotípica
Não existe um gene de efeito maior por trás da maciez da carne
Vários genes em diferentes loci
dentro do genoma de efeito pequeno
Características Quantitativas
Complexas
(Castro et. al, 2016 – in press)

45. Resultados
Enriquecimento de vias metabólicas baseada em SNPs - – Ontologias gênicas
 Geradas listas: 22.365 genes (completa e sem repetição)
1.010 genes significativos
 Identificados: 22 termos GO (vias) e 2 temas InterPro (vias)
Com genes significativamente associados à maciez da carne
(Castro et. al, 2016 – in press)

46. Resultados
Termos GO (vias gene ontology) significativos com genes associados à
maciez, destaque para:
-Atividade da proteína tirosina-quinase (GO:0004713)
-Atividade da proteína serina/treonina quinase (GO:0004674)
- Cascata MAPK (GO:0000165)
Ligadas ao crescimento
celular
Auxilia na ligação dos fatores de crescimento com seu
receptor específico na parede celular
Crescimento Muscular (relacionado a fatores de crescimento) vs. Qualidade da carne – Divergências:
Koohmaraie et al., 2002 – Crescimento Muscular: não causa efeito no processo de maciez
Duclus et al., 2007 - estudo diferentes taxas de crescimento (altas e baixas)
evidências de relação da velocidade do desenvolvimento muscular e a maciez
(Silva et al., 2009)

47. Resultados
- Ligante ao íon cálcio (GO:0005509)
Cálcio – grande papel no Sistema Calpaína-Calpastatina
Sistema de maior importância na
maciez da carne
relacionado degradação das proteínas miofibrilares
- Processo metabólico lipídico celular (GO:0044255)
Síntese de ácidos graxos
conversão do acetil-CoA em
malonil-CoA pela atividade da enzima está fortemente correlacionada
deposição de gordura nos animais
• Deposição Gordura na Carcaça - Evita encurtamento pelo frio (Cold-Shortening)
• Marmoreio – Presença de gordura entre as fibras
• Deposição de gordura no tecido muscular – quebra feixes de colágeno do perimísio
(maciez da carne) (Webb e O’Neil, 2008; Wood et al., 2008; Rosato et al., 2010)
(Koohmaraie, 1994; Alves e Mancio, 2007; Geesink et al., 2006; Andrighetto et al., 2006)

48. Resultados
ssGWAS – single-step genomic BLUP
(Peripoli et al., 2016 – in press)
• GWAS: genótipo pais e avós, mesmo sem fenótipo (matriz H)
• Variância calculada a cada janela de 1 Mb
• Resultado: 19 janelas explicaram mais de 1% da variância
• Dentre janelas, genes relacionados à:
• Gene CAST (Calpastatina) encontrado próximo à região de maior variância genética para maciez da carne
• Receptores lipídicos intracelulares e Proteínas ligante ao ácido graxo - OSBPL1A (BTA24) and FABP7 (BTA9)
• Regulação crescimento do filamento da actina - CAPZA1 (BTA3)
• Marmoreio - TAGLN2 (BTA3)
• Ligante ao íon cálcio e fosfolipídio cálcio-dependente - MCTP1 (BTA7)
• Codificação da Miosina III - MYO3B (BTA2)

49. Resultados
Encontrado Genes e SNPs em comum:
- GWAS emmax + genes das vias ontológicas + ssGWAS
Consistência – qualidade fenótipo e genótipo
Análise de Expressão Gênica
Em andamento
na Embrapa
Cerrados
(Fragoso, 2016)

50. Resultados
Figura 4. Estimativa de correlação entre a maciez da carne e o valor genético molecular predito
pelos modelos Bayes RR, Bayes LASSO, Bayes A, Bayes B e Bayes Cπ utilizando marcadores
amostrados pelo GWAS (p-valor)
todos os modelos apresentarem uma
estimativa de correlação positiva
Bayes B
melhor ajuste do modelo
(Magnabosco et al, 2016 – in press)
GS – Seleção Genômica

51. Resultados
• GEBVs de 632 animais
- produtos MP2,
- pais, mães, avós
- Touros consagrados de Centrais
- Touros participantes do Nelore Brasil
0.00
0.10
0.20
0.30
0.40
0.50
0.60
0.70
0.80
0.90
1.00
0.00
10.00
20.00
30.00
40.00
50.00
60.00
70.00
80.00
90.00
100.00
%Cumulativo
Freqüência
GEBV, WBSF
Freqüência % cumulativo
Figura 5. Histograma da frequência relativa e percentagem cumulativa dos valores genômicos (GEBV) para a maciez da
carne (WBSF) de bovinos Nelore mocho
(Magnabosco et al, 2016 – in press)

52. Publicações

53. ASAS 2013, Indianapolis-USA
J. Anim. Sci. Vol. 91, E-Suppl. 2/J. Dairy Sci. Vol. 96, E-Suppl. 1

54. WCGALP 2014, Vancouver-Canada

55. J. Anim. Sci. Vol. 93, Suppl. s3/J. Dairy Sci. Vol. 98, Suppl. 2
ASAS 2015, Orlando-USA

56. Aceito para publicação
Journal of animal Science - 2016
J. Anim. Sci Accepted Paper,
posted 04/28/2016. doi: 10.2527/JAS.2016-0279

57. Próximos passos:
– GEBVs: Acc  variabilidade genética
– SNPs identificados: conhecemos a proporção da variação
Aumentar População
Aumentar 𝜎𝑔
2
– Validação os resultados obtidos pelo MP2-Embrapa
“Estudos de associação e seleção genômica
em características da carne e da carcaça em
bovinos de corte da raça Nelore”
Estratégias de Pesquisa e
Validação

58. Perspectivas futuras
Análises de expressão gênica
Em andamento
Possibilidade da criação de chip temático para maciez da Carne
 Capitalizar toda variação SNPs e genes ligados ao GWAS, às vias ontológicas e ao GS
 Parceria Embrapa-Neogen/Geneseek
 Em construção o chip personalizado em Lincoln – Nebraska – ( 2º semestre 2016)
Consequente aplicação nos programas de melhoramento genético

59. Resultado das Análises Genômicas:
• Regiões do Genoma associadas à maciez
• Genes e Marcadores Moleculares
associados à Maciez
• Marcadores com alta acurácia de seleção
genômica – animais com GEBVs indicados
Captar toda a variação
genética das análises Chip Customizados –
Marcadores com alta
acurácia para maciez
Seleção Genômica,
animais genotipados –
Valor genômico para
maciez com alta acuráciaDEP Genômica para
maciez – alta acurácia
Programas de Melhoramento
Seleção e utilização de touros
com DEP para maciez
Realidade no Campo
– Fazendas
Valorização da carne Nelore macia pelos frigoríficos
Valorização dos corte cárneos  Valor agregado
real da carcaça - premiação

60. Perspectivas futuras
 Marcadores moleculares permitirão uma seleção mais acurada
 DEPs genômicas para maciez da carne : realidade
 Seleção para maciez da carne em programas de melhoramento genético
 Aumento da competitividade no mercado internacional
 Remuneração justa ao produtor de carne de qualidade

61. Considerações Finais
 A seleção para maciez não afetará a seleção para características de carcaça
 O Nelore é capaz de produzir carne de qualidade e com maciez
Aumento da competitividade da cadeia produtiva da carne
Retorno Real para o produtor

62. Fazenda Barreiro – Silvânia/GO
Agradecimentos

63. claudio.magnabosco@embrapa.br

64. OBRIGADO!!!
claudio.magnabosco@embrapa.br