Palestra ministrada pelo professor da Unesp de Jaboticabal e pesquisador Dr Fernando Baldi, durante o 24º Seminário Nacional de Criadores e Pesquisadores.

1. Calibração e validação de DEPs genômicas
(Clarified Nelore v3.1) e resultados
preliminares da implementação do método
de passo único BLUP genômico no programa
Nelore Brasil
Ribeirão Preto – Maio de 2018
Prof. Fernando Baldi
Unesp – FCAV

2. Conhecendo o efeito dos marcadores, é possível
obter o valor molecular genômico, inclusive
antes do indivíduo chegar à idade reprodutiva ou
expressar características de interesse.
Seleção genômica
2
DEPg=w1
MVP+w2
DEPPais
Combinação do MVP com informação do pedigree:
MVP ou DGV: Valor Molecular Predito
DEPg: Valor genômico estimado ou DEP genômica

3. • A calibração dos marcadores significa a “reestimação dos
efeitos dos SNPs” ou atualização da equação de predição do
MVP:
• Com novos MVPs (Clarified Nelore v3.1) a correlação genética
com a base de dados também foi atualizada para a obtenção
das DEP genômica.
• Validação dos resultados em uma população independente.
Comentários sobre a recalibração
MVP = b1
*SNP1
+ b2
*SNP2
+........+ b463.124
*SNP463.124

4. Avaliação Genômica
Irmãos
Filhos Gim de Garça
Dumu
Karvardi Imp.
Mara Imp.
Dahi
Survana Imp.
Cartomante
Netos
Pedigree
+
Fenótipo
+
Progênies colaterais
DEPgenômica
Valor molecular predito (MVP) – Clarifide Nelore v3.1
(Correlação genética)+

5. Acurácia média da DEP genômica com Clarified v2.0 e v3.1 para
animais jovens nascidos na safra 2016 e 2017
Característica N* DEPg_v2.0 DEPg_v3.1 Media % b_v3_v2
IPP 2.891 0,21 0,23 10 0,90
3P 2.815 0,19 0,40 111 0,78
STAY 2.908 0,18 0,28 56 0,69
DPG 2.916 0,26 0,36 38 0,94
PAC 2.857 0,17 0,36 95 0,99
MP120 2.792 0,21 0,41 95 0,95
MP240 2.804 0,2 0,32 60 0,93
P120 2.923 0,28 0,37 32 0,92
P210 2.927 0,28 0,38 36 0,94
P365 2.924 0,31 0,41 32 0,93
P455 2.925 0,32 0,42 31 0,91
PE455 2.925 0,25 0,38 52 0,94
PE365 2.924 0,25 0,36 44 0,93
ED 2.931 0,18 0,37 106 0,09
ES 2.931 0,18 0,33 83 0,09
MD 2.931 0,12 0,33 175 0,05
MS 2.931 0,19 0,37 95 0,6
PD 2.931 0,18 0,37 106 0,59
PS 2.931 0,20 0,32 60 0,64
DALT 2.929 0,17 0,20 18 0,71
AOL 2.926 0,17 0,36 112 0,95
ACAB 2.926 0,16 0,32 100 0,85
*Animais no conjunto de validação

6. Pontos importantes a destacar
• Acurácia superior da DEP genômica com Clarified v3.1
nos animais da validação
– Maior impacto nos animais jovens
• Espera-se DEPs genômicas com menor viés ou desvios do
valor verdadeiro
– Superestimação ou subestimação
• Avaliação após a recalibração mais confiável e mais
consistente
– Menor oscilação das DEP genômicas entre as avaliações
genômicas

7. Número de progênies equivalentes para a DEP genômica
(Clarified 3.1) para animais nascidos na safra 2016 e 2017
Característica N* h2 DEP DEPg_v3.1 Nº Progên. Equi.
IPP 2.891 0,11 0,16 0,23 6
3P 2.815 0,24 0,17 0,40 11
STAY 2.908 0,12 0,11 0,28 15
DPG 2.916 0,38 0,23 0,36 3
PAC 2.857 0,20 0,12 0,36 14
MP120 2.792 0,13 0,14 0,41 25
MP240 2.804 0,12 0,13 0,32 17
P120 2.923 0,28 0,23 0,37 5
P210 2.927 0,3 0,23 0,38 5
P365 2.924 0,36 0,27 0,41 4
P455 2.925 0,38 0,27 0,42 4
PE455 2.925 0,41 0,21 0,38 4
PE365 2.924 0,45 0,2 0,36 3
ED 2.931 0,66 0,18 0,37 3
ES 2.931 0,61 0,18 0,33 2
MD 2.931 0,66 0,18 0,33 2
MS 2.931 0,66 0,16 0,37 3
PD 2.931 0,61 0,17 0,37 3
PS 2.931 0,63 0,16 0,32 2
DALT 2.929 0,25 0,10 0,20 4
AOL 2.926 0,35 0,19 0,36 5
ACAB 2.926 0,35 0,19 0,32 3
*Animais no conjunto de validação

8. Pontos importantes a destacar
• Características de baixa herdabilidade e de avaliação
tardia ou difícil são as mais beneficiadas com o uso da
genômica
– Maternal
– Longevidade e produtividade da matriz
– Precocidade sexual
• Características de moderada a alta herdabilidade menor
impacto no número de progênies equivalente
– Maior vantagem de “fenotipar”, em relação à “genotipar”
– Maior vantagem de “genotipar”, em ausência de fenótipo.

9. Abordagens em avaliações genômicas
Inclusão da informação genômica:
Método de dois passos: Método de um passo (ssGBLUP):
Qual abordagem é melhor em termos de resultados?

10. Acurácia média da DEP genômica utilizando o ssGBLUP
com diferentes densidades de marcadores
Característica N_Dados N_Gen ssDEPg_HD1 ssDEP_ZL52 r
IPP 456.951
14.223
0,42 0,46 0,91
PAC 181.871 0,41 0,45 0,98
MP120 1.085.945 0,42 0,46 0,92
DP120 1.085.945 0,46 0,50 0,92
P455 840.145 0,48 0,52 0,93
Maciez 660 0,35 0,39 0,35
CAR 2.942 0,36 0,41 0,35
IMS 2.942 0,37 0,41 0,32
# animais no pedigree 1.757.011
Duas densidades (painéis) de marcadores:
1) ssDEPg_HD: ssGBLUP com painel BovineHD BeadChip (777.962 marcadores)
2) ssDEPg_ZL5: ssGBLUP com painel ZL5 (Clarified v3.1 com 30.754 marcadores)

11. Resultados preliminares: Acurácia DEP genômica (Clarified
v3.1 ) e DEP genômica ssGBLUP_ZL5
Característica N_Gen* ssDEPg_ZL52
DEPg_v3.11
% r
IPP 1.097 0,44 0,23 91 0,77
PAC 1.061 0,43 0,37 16 0,59
MP120 996 0,44 0,42 5 0,70
DP120 1.127 0,50 0,37 35 0,71
P455 1.129 0,51 0,43 19 0,84
*Animais no conjunto de validação
Duas abordagens para avaliação genômica:
1) DEPg_v3.1: Avaliação em dois passos com o MVP (Clarified v3.1)
2) ssDEPg_ZL5: ssGBLUP com painel ZL5 (Clarified 3.1 com 30.754 marcadores)

12. Avaliação genômica de rebanhos comerciais utilizando
diferentes estratégias
Característica Estratégia N_Dados N_Genótipos Acurácia % Aumento
IPP
ssGBLUP_comercial1
53.866 2.017 0,28
46
ssGBLUP_comercial+registrado2
456.951 2.017(12.206) 0,41
PAC
ssGBLUP_comercial 18.759 2.017 0,27
48
ssGBLUP_comercial+registrado2
181.871 2.017(12.206) 0,40
MP120
ssGBLUP_comercial 143.614 2.017 0,28
46
ssGBLUP_comercial+registrado2
1.085.945 2.017(12.206) 0,41
DP120
ssGBLUP_comercial 143.614 2.017 0,31
42
ssGBLUP_comercial+registrado2
1.085.945 2.017(12.206) 0,44
P455
ssGBLUP_comercial 124.169 2.017 0,31
45
ssGBLUP_comercial+registrado2
840.145 2.017(12.206) 0,45
1272534 animais no pedigree
21.757.011 animais no pedigree
Duas abordagens ou estratégias para avaliação genômica:
1) ssGBLUP_comercial: Animais “cara limpa” com painel ZL5
2) ssGBLUP_comercial+registrado: Animais “cara limpa”+ animais registrados
Projeto Fapesp #2016/22751-6

13. Considerações finais
• Maior confiabilidade e robustez das DEP genômicas
utilizando o Nelore Clarified v3.1;
• Maior vantagem da utilização das DEP genômicas (Nelore
Clarified v3.1) para características de difícil seleção
(maternal, precocidade e longevidade);
• Implementação do ssGBLUP pode ser realizada utilizando o
mesmo painel de marcadores utilizado para a obtenção do
MVP v3.1 (Previsão para 2019 ....);
• Considerável ganho em acurácia quando os rebanhos
comerciais são avaliados de forma conjunta com a base de
dados de rebanhos registrados;
• Importância da base de dados e da metodologia ssGBLUP.

14. Obrigado!
fernandobaldiuy@gmail.com