O documento apresenta um resumo sobre bioinformática. Aborda tópicos como a pré-história da bioinformática, a era genômica, ferramentas de análise bioinformática como BLAST e alinhamentos múltiplos, predição de genes e análise funcional.
O documento discute a técnica de RNA-seq para medir níveis de transcritos usando sequenciamento de próxima geração. RNA-seq permite quantificar expressão gênica com alta sensibilidade, identificar novas transcrições e splicing alternativo. A técnica é útil para estudar transcriptomas sob diferentes condições e doenças.
Este documento discute estratégias de sequenciamento, análise de sequências e aplicações de genômica, transcritômica e metagenômica. Aborda tópicos como sequenciadores, formatos de arquivos, montagem, predição de genes, RNA-seq, análise diferencial de expressão genética e estudos funcionais e filogenéticos em metagenômica.
O documento fornece uma introdução sobre bioinformática, definindo o termo e descrevendo como combina diferentes áreas como matemática, estatística e ciência da computação para processar e analisar dados biológicos. Também resume os principais bancos de dados genômicos como GenBank e ferramentas para análise de sequências como BLAST.
O documento discute a história e o desenvolvimento da bioinformática, desde a identificação de caracteres hereditários por Mendel até as novas tecnologias que permitiram a era pós-genômica com a explosão de sequências de DNA. Também aborda os componentes de hardware e software de computadores, com foco nos sistemas operacionais Linux, Windows e MacOS e em como o Linux é usado para análise bioinformática.
O documento discute estratégias de montagem de genomas a partir de fragmentos sequenciados, incluindo terminologia como reads, contigs e cobertura. É explicado que a montagem envolve reconstruir a sequência do genoma a partir de milhões de reads curtos que podem conter erros, com orientações desconhecidas. Problemas como sequências repetitivas e tamanho curto dos reads são abordados.
Sequenciamento de ultima geracao na identificacao de inversoes e translocacoesRinaldo Pereira
O documento discute as principais variações cromossômicas no genoma humano (SNPs e SVs) e as novas metodologias de sequenciamento de próxima geração que permitem a identificação de inversões e translocações. Aplicações incluem a detecção de mutações e a análise filogenética. As novas tecnologias como o sequenciamento Illumina e Applied Biosystems ampliam o conhecimento sobre o genoma.
1. O documento discute as aplicações do sequenciamento de nova geração (NGS) e como ele revolucionou a ciência biológica ao permitir a análise de grandes volumes de dados genômicos, transcricionais e epigenéticos.
2. As novas tecnologias de sequenciamento, como Illumina e 454, permitem gerar terabytes de dados a um custo muito menor que as técnicas anteriores, possibilitando projetos de sequenciamento em larga escala.
3. O NGS permitiu o desenvolvimento de técnicas
Biotecnologia Genomica na era do sequenciamento de DNA em larga escalaRinaldo Pereira
O documento discute a evolução da biotecnologia genômica com o avanço das técnicas de sequenciamento de alto desempenho. Apresenta as principais plataformas de sequenciamento de nova geração e suas aplicações, como sequenciamento de genomas individuais, transcritômica, epigenômica e estudos de variação genética normal e patológica. Também aborda o sequenciamento do primeiro genoma sintético e as perspectivas futuras da engenharia genética.
O documento discute a técnica de RNA-seq para medir níveis de transcritos usando sequenciamento de próxima geração. RNA-seq permite quantificar expressão gênica com alta sensibilidade, identificar novas transcrições e splicing alternativo. A técnica é útil para estudar transcriptomas sob diferentes condições e doenças.
Este documento discute estratégias de sequenciamento, análise de sequências e aplicações de genômica, transcritômica e metagenômica. Aborda tópicos como sequenciadores, formatos de arquivos, montagem, predição de genes, RNA-seq, análise diferencial de expressão genética e estudos funcionais e filogenéticos em metagenômica.
O documento fornece uma introdução sobre bioinformática, definindo o termo e descrevendo como combina diferentes áreas como matemática, estatística e ciência da computação para processar e analisar dados biológicos. Também resume os principais bancos de dados genômicos como GenBank e ferramentas para análise de sequências como BLAST.
O documento discute a história e o desenvolvimento da bioinformática, desde a identificação de caracteres hereditários por Mendel até as novas tecnologias que permitiram a era pós-genômica com a explosão de sequências de DNA. Também aborda os componentes de hardware e software de computadores, com foco nos sistemas operacionais Linux, Windows e MacOS e em como o Linux é usado para análise bioinformática.
O documento discute estratégias de montagem de genomas a partir de fragmentos sequenciados, incluindo terminologia como reads, contigs e cobertura. É explicado que a montagem envolve reconstruir a sequência do genoma a partir de milhões de reads curtos que podem conter erros, com orientações desconhecidas. Problemas como sequências repetitivas e tamanho curto dos reads são abordados.
Sequenciamento de ultima geracao na identificacao de inversoes e translocacoesRinaldo Pereira
O documento discute as principais variações cromossômicas no genoma humano (SNPs e SVs) e as novas metodologias de sequenciamento de próxima geração que permitem a identificação de inversões e translocações. Aplicações incluem a detecção de mutações e a análise filogenética. As novas tecnologias como o sequenciamento Illumina e Applied Biosystems ampliam o conhecimento sobre o genoma.
1. O documento discute as aplicações do sequenciamento de nova geração (NGS) e como ele revolucionou a ciência biológica ao permitir a análise de grandes volumes de dados genômicos, transcricionais e epigenéticos.
2. As novas tecnologias de sequenciamento, como Illumina e 454, permitem gerar terabytes de dados a um custo muito menor que as técnicas anteriores, possibilitando projetos de sequenciamento em larga escala.
3. O NGS permitiu o desenvolvimento de técnicas
Biotecnologia Genomica na era do sequenciamento de DNA em larga escalaRinaldo Pereira
O documento discute a evolução da biotecnologia genômica com o avanço das técnicas de sequenciamento de alto desempenho. Apresenta as principais plataformas de sequenciamento de nova geração e suas aplicações, como sequenciamento de genomas individuais, transcritômica, epigenômica e estudos de variação genética normal e patológica. Também aborda o sequenciamento do primeiro genoma sintético e as perspectivas futuras da engenharia genética.
O documento descreve a técnica da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), incluindo seus componentes, aplicações e variações. A PCR permite copiar DNA in vitro e foi desenvolvida em 1984, revolucionando a biologia molecular. Sua importância é comparada à descoberta da estrutura do DNA.
O documento discute técnicas de sequenciamento de DNA e suas aplicações. Apresenta os objetivos do minicurso, o dogma central da biologia molecular, métodos de sequenciamento como o de Sanger, e plataformas atuais como Illumina, Ion Torrent, SOLiD e suas características. Inclui também estudos de caso sobre doenças genéticas e identificação criminal por DNA.
Sequenciamento de nova geração- Curso de Inverno de Genética 2013-UFPR by Jos...Joseph Evaristo
A apresentação mostra e compara diferentes técnicas de sequenciamento de DNA desde o método de Sanger desenvolvido em 1977 até o método de sequenciamento de molécula simples de DNA, o Nanopore. Alguns links mostravam vídeos na apresentação original e caso tenham interesse entrem em contato: joseph.am.evaristo@gmail.com
O documento descreve a técnica de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), incluindo sua história, aplicações e processos. A PCR permite a amplificação seletiva de fragmentos de DNA e é amplamente utilizada em diagnósticos médicos, testes de paternidade e análises forenses.
O documento apresenta uma introdução à genômica, discutindo tópicos como a pré-história da genética, a era genômica, o projeto do genoma humano, novas tecnologias de sequenciamento e análise de dados genômicos.
O documento descreve várias técnicas de biologia molecular, incluindo gel de agarose para visualização de DNA, Southern blotting para detecção de DNA específico, enzimas de restrição para corte de DNA em sequências específicas, vetores para transporte de DNA recombinante, reação em cadeia da polimerase (PCR) para amplificação de DNA, e sequenciamento de DNA.
A bioinformática combina a biologia e a ciência da computação para coletar, vincular e manipular diferentes tipos de informações biológicas e descobrir novos insights biológicos. A sequenciação de próxima geração permite sequenciar genomas completos rapidamente e é usada para estudos comparativos em larga escala, variações genéticas e doenças. Softwares são necessários para processar e analisar os grandes volumes de dados gerados.
O documento discute a curadoria manual da anotação funcional de genomas procariotos. Ele explica que a anotação automática pode conter erros que precisam ser corrigidos, como atribuições funcionais incorretas e entradas erradas em bancos de dados. A curadoria manual usa ferramentas como Artemis e alinhamentos de sequências para revisar a anotação, corrigir problemas como regiões não cobertas e frameshifts, e melhorar a qualidade geral da anotação.
Introdução de tecnicas de diagnostico molecular Safia Naser
1. O documento discute técnicas de diagnóstico molecular, incluindo detecção de agentes infecciosos e alterações genéticas que auxiliam no diagnóstico e prognóstico de doenças.
2. São descritas várias técnicas moleculares como PCR, Southern Blot, RFLP e sequenciamento que permitem avaliar a estrutura do DNA para diagnóstico.
3. O diagnóstico molecular é um campo emergente que oferece vantagens como alta sensibilidade, rapidez e especificidade no
O documento discute a anotação funcional de genomas, incluindo a predição de genes, introns, exons e promotores após a montagem de contigs, gerando um arquivo GFF com as posições de cada item no contig.
O documento descreve a reação de polimerização em cadeia (PCR), um método para amplificar seletivamente regiões específicas de DNA. A PCR usa primers, Taq polimerase e ciclos de aquecimento e resfriamento para replicar o DNA alvo exponencialmente. Isso permite detecções sensíveis de sequências genéticas em aplicações como diagnóstico médico e pesquisa.
1) A PCR permite amplificar seletivamente DNA em grande quantidade com poucos recursos.
2) A reação envolve primers, DNA template, enzimas e ciclos de aquecimento e arrefecimento para duplicar o DNA.
3) A PCR tem muitas aplicações como detecção de mutações, sequenciamento de DNA e testes de paternidade.
O documento apresenta conceitos básicos sobre técnicas em biologia molecular, incluindo clonagem molecular, enzimas para manipulação de DNA, reação em cadeia da polimerase (PCR), eletroforese em gel de agarose, clonagem de produtos de PCR, plasmídeos e transformação celular.
Aula de Engenharia Genética sobre Enzimas de restriçãoJaqueline Almeida
O documento discute sobre enzimas de restrição, incluindo: 1) Enzimas de restrição são proteínas que reconhecem e cortam DNA em sequências específicas; 2) Existem três tipos principais de enzimas de restrição; 3) As enzimas de restrição tipo II são as mais comumente usadas e reconhecem e cortam dentro de sequências de 4-8 pares de bases.
O documento discute os fundamentos da engenharia genética, incluindo o que é engenharia genética, clonagem molecular, isolamento de DNA, vetores e células hospedeiras. A engenharia genética envolve a manipulação do material genético através de técnicas como isolamento, cópia e recombinação de genes.
técnicas moleculares no tratamento do câncerAlison Regis
A PCR é uma técnica que permite a amplificação exponencial de uma sequência específica de DNA. Ela foi descrita por Kary Mullis em 1987 e é amplamente utilizada em diagnósticos médicos, mapeamento genético e outras aplicações. A PCR funciona por meio de ciclos repetidos de desnaturação do DNA, anelamento de primers e extensão da cadeia por uma Taq polimerase termoestável.
Novas tecnologias sequenciamento fronteiras biologia unb 10112010Rinaldo Pereira
O documento discute o avanço das tecnologias de sequenciamento de DNA e suas aplicações na biologia. Descreve a evolução do método de Sanger e a chegada das plataformas de sequenciamento de nova geração. Aponta como essas novas tecnologias ampliam as possibilidades de investigar a variabilidade genética através do sequenciamento de genomas individuais.
O documento descreve técnicas de manipulação de DNA, incluindo desnaturação e renaturação de DNA, utilização de enzimas de restrição para cortar DNA em locais específicos, e uso de vetores como plasmídeos e fagos para clonagem de DNA estrangeiro. Vetores como pUC18, BACs e YACs são discutidos como opções para clonagem de fragmentos grandes de DNA.
Aula ministrada no curso de Biodiversidade e Conservação, dos cursos de Ciências Biológicas e Engenharia Agronômica, da Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ/USP).
Este manual técnico describe las buenas prácticas para la esquila y el manejo de la fibra de alpaca. Explica la problemática de la calidad de la fibra, los requerimientos y métodos para la esquila, el envellonado y categorización de la fibra. El objetivo es mejorar la calidad de la fibra para obtener un mayor valor agregado.
Este documento fornece instruções e cronogramas para o processo de matrícula de alunos na rede estadual de ensino de Goiás para o ano de 2012, incluindo etapas como manutenção de dados, renovação, reordenamento, transferências automáticas e solicitação de novos alunos.
O documento descreve a técnica da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), incluindo seus componentes, aplicações e variações. A PCR permite copiar DNA in vitro e foi desenvolvida em 1984, revolucionando a biologia molecular. Sua importância é comparada à descoberta da estrutura do DNA.
O documento discute técnicas de sequenciamento de DNA e suas aplicações. Apresenta os objetivos do minicurso, o dogma central da biologia molecular, métodos de sequenciamento como o de Sanger, e plataformas atuais como Illumina, Ion Torrent, SOLiD e suas características. Inclui também estudos de caso sobre doenças genéticas e identificação criminal por DNA.
Sequenciamento de nova geração- Curso de Inverno de Genética 2013-UFPR by Jos...Joseph Evaristo
A apresentação mostra e compara diferentes técnicas de sequenciamento de DNA desde o método de Sanger desenvolvido em 1977 até o método de sequenciamento de molécula simples de DNA, o Nanopore. Alguns links mostravam vídeos na apresentação original e caso tenham interesse entrem em contato: joseph.am.evaristo@gmail.com
O documento descreve a técnica de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), incluindo sua história, aplicações e processos. A PCR permite a amplificação seletiva de fragmentos de DNA e é amplamente utilizada em diagnósticos médicos, testes de paternidade e análises forenses.
O documento apresenta uma introdução à genômica, discutindo tópicos como a pré-história da genética, a era genômica, o projeto do genoma humano, novas tecnologias de sequenciamento e análise de dados genômicos.
O documento descreve várias técnicas de biologia molecular, incluindo gel de agarose para visualização de DNA, Southern blotting para detecção de DNA específico, enzimas de restrição para corte de DNA em sequências específicas, vetores para transporte de DNA recombinante, reação em cadeia da polimerase (PCR) para amplificação de DNA, e sequenciamento de DNA.
A bioinformática combina a biologia e a ciência da computação para coletar, vincular e manipular diferentes tipos de informações biológicas e descobrir novos insights biológicos. A sequenciação de próxima geração permite sequenciar genomas completos rapidamente e é usada para estudos comparativos em larga escala, variações genéticas e doenças. Softwares são necessários para processar e analisar os grandes volumes de dados gerados.
O documento discute a curadoria manual da anotação funcional de genomas procariotos. Ele explica que a anotação automática pode conter erros que precisam ser corrigidos, como atribuições funcionais incorretas e entradas erradas em bancos de dados. A curadoria manual usa ferramentas como Artemis e alinhamentos de sequências para revisar a anotação, corrigir problemas como regiões não cobertas e frameshifts, e melhorar a qualidade geral da anotação.
Introdução de tecnicas de diagnostico molecular Safia Naser
1. O documento discute técnicas de diagnóstico molecular, incluindo detecção de agentes infecciosos e alterações genéticas que auxiliam no diagnóstico e prognóstico de doenças.
2. São descritas várias técnicas moleculares como PCR, Southern Blot, RFLP e sequenciamento que permitem avaliar a estrutura do DNA para diagnóstico.
3. O diagnóstico molecular é um campo emergente que oferece vantagens como alta sensibilidade, rapidez e especificidade no
O documento discute a anotação funcional de genomas, incluindo a predição de genes, introns, exons e promotores após a montagem de contigs, gerando um arquivo GFF com as posições de cada item no contig.
O documento descreve a reação de polimerização em cadeia (PCR), um método para amplificar seletivamente regiões específicas de DNA. A PCR usa primers, Taq polimerase e ciclos de aquecimento e resfriamento para replicar o DNA alvo exponencialmente. Isso permite detecções sensíveis de sequências genéticas em aplicações como diagnóstico médico e pesquisa.
1) A PCR permite amplificar seletivamente DNA em grande quantidade com poucos recursos.
2) A reação envolve primers, DNA template, enzimas e ciclos de aquecimento e arrefecimento para duplicar o DNA.
3) A PCR tem muitas aplicações como detecção de mutações, sequenciamento de DNA e testes de paternidade.
O documento apresenta conceitos básicos sobre técnicas em biologia molecular, incluindo clonagem molecular, enzimas para manipulação de DNA, reação em cadeia da polimerase (PCR), eletroforese em gel de agarose, clonagem de produtos de PCR, plasmídeos e transformação celular.
Aula de Engenharia Genética sobre Enzimas de restriçãoJaqueline Almeida
O documento discute sobre enzimas de restrição, incluindo: 1) Enzimas de restrição são proteínas que reconhecem e cortam DNA em sequências específicas; 2) Existem três tipos principais de enzimas de restrição; 3) As enzimas de restrição tipo II são as mais comumente usadas e reconhecem e cortam dentro de sequências de 4-8 pares de bases.
O documento discute os fundamentos da engenharia genética, incluindo o que é engenharia genética, clonagem molecular, isolamento de DNA, vetores e células hospedeiras. A engenharia genética envolve a manipulação do material genético através de técnicas como isolamento, cópia e recombinação de genes.
técnicas moleculares no tratamento do câncerAlison Regis
A PCR é uma técnica que permite a amplificação exponencial de uma sequência específica de DNA. Ela foi descrita por Kary Mullis em 1987 e é amplamente utilizada em diagnósticos médicos, mapeamento genético e outras aplicações. A PCR funciona por meio de ciclos repetidos de desnaturação do DNA, anelamento de primers e extensão da cadeia por uma Taq polimerase termoestável.
Novas tecnologias sequenciamento fronteiras biologia unb 10112010Rinaldo Pereira
O documento discute o avanço das tecnologias de sequenciamento de DNA e suas aplicações na biologia. Descreve a evolução do método de Sanger e a chegada das plataformas de sequenciamento de nova geração. Aponta como essas novas tecnologias ampliam as possibilidades de investigar a variabilidade genética através do sequenciamento de genomas individuais.
O documento descreve técnicas de manipulação de DNA, incluindo desnaturação e renaturação de DNA, utilização de enzimas de restrição para cortar DNA em locais específicos, e uso de vetores como plasmídeos e fagos para clonagem de DNA estrangeiro. Vetores como pUC18, BACs e YACs são discutidos como opções para clonagem de fragmentos grandes de DNA.
Aula ministrada no curso de Biodiversidade e Conservação, dos cursos de Ciências Biológicas e Engenharia Agronômica, da Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ/USP).
Este manual técnico describe las buenas prácticas para la esquila y el manejo de la fibra de alpaca. Explica la problemática de la calidad de la fibra, los requerimientos y métodos para la esquila, el envellonado y categorización de la fibra. El objetivo es mejorar la calidad de la fibra para obtener un mayor valor agregado.
Este documento fornece instruções e cronogramas para o processo de matrícula de alunos na rede estadual de ensino de Goiás para o ano de 2012, incluindo etapas como manutenção de dados, renovação, reordenamento, transferências automáticas e solicitação de novos alunos.
Hace referencia a los cambios bioquímicos que presentan los fármacos al ingresar en el organismo sus transformaciones en los diferentes órganos donde se dirigen para su metabolismo, así como los grupos enzimáticos que participan en dicha bio transformación.
O documento descreve um dispositivo chamado Jammer Safe que pode bloquear veículos de forma remota ao detectar um bloqueador de sinal. Possui características como bloqueio da ignição, vários tipos de bloqueios simultâneos e atuadores como válvula de ar e travamento de rodas para dificultar o movimento do veículo. O dispositivo pode ser desbloqueado remotamente ou por senha e possui baixo consumo de bateria.
1º concurso de fotografía www.yeclaofertas.comyecla_ofertas
Este documento presenta las bases de un concurso de fotografía sobre los carnavales de Yecla de 2012. Los participantes deben enviar hasta 3 fotos siguiendo unos requisitos. Las fotos se publicarán en Facebook para que los amigos voten. Habrá premios para la foto más divertida, de grupo y mejor disfraz. El fallo se hará el 5 de marzo contando los 'me gusta' y comentarios.
Minha enfermeira explodiu em poeira azulLuizzinhah
Lilian tem um dia estranho na escola e é atacada por uma enfermeira vampira, mas é salva por um garoto misterioso. Ela não consegue se lembrar de como chegou em casa. Mais tarde, conhece Emile em um parque, que toca violino, e os dois conversam e se dão bem.
Este documento describe los buscadores de Internet y cómo funcionan. Explica que los buscadores como Google usan "arañas" para indexar páginas web y almacenar esa información en grandes bases de datos. También cubre temas como las diferencias entre buscadores, cómo funciona el sistema de búsqueda de PageRank de Google y más.
Establece las características fundamentales de la aplicación de la espectrometria de absorción molecular y sus principales grupos funcionales químicos.
Este documento resume la película Amanecer Parte Dos, basada en la novela de Stephenie Meyer. Narra los eventos después del nacimiento de la hija de Bella y Edward, Renesmee, incluyendo la adaptación de Bella a su nueva vida como vampiro y la preocupación de la familia Cullen por el rápido crecimiento de Renesmee. También describe cómo una malentendido pone en peligro a los Cullen y hace que algunos miembros huyan ante la amenaza de los Volturis.
O documento discute o tema da inclusão digital no Brasil. Aponta que muitos brasileiros ainda não têm acesso à internet, principalmente pessoas de baixa renda, idosas ou com pouca escolaridade. Também menciona os principais fatores que levam à falta de acesso digital como preço elevado de equipamentos, falta de interesse e habilidades com tecnologia.
Este documento define y explica varios términos relacionados con factores ambientales, formas de energía, sustancias, enfermedades y microorganismos. Define conceptos como factores ambientales, energía mecánica, presión barométrica, energía térmica, energía electromagnética, radiaciones ionizantes, rayos gamma, sustancias orgánicas e inorgánicas, sustancias sintéticas, corrosivos, zoonosis, bacterias, parásitos, ampollas, microorganismos, brucelosis, ase
El documento describe los cambios en las tecnologías de la información y la comunicación (TIC) en la vida del autor a lo largo del tiempo, incluyendo la llegada del primer ordenador a su casa, teléfonos móviles con mayores capacidades, y el uso creciente de Internet, redes sociales y aplicaciones como WhatsApp. También detalla cómo las TIC se han vuelto más portátiles, versátiles y han mejorado la calidad de vida al proporcionar más comodidad y opciones de entretenimiento y comunicación.
El documento resume brevemente hitos importantes en el desarrollo de la computadora y la tecnología desde 1958 hasta el 2003, incluyendo la llegada de la primera computadora a México en 1958, el lanzamiento de la primera computadora personal en 1974, la creación de Microsoft en 1975, y el lanzamiento del primer iPod de Apple en 1991.
El artículo describe las clases de palabras que aparecen con frecuencia antes de los sustantivos, como los artículos. Los artículos masculinos son "el" en singular y "los" en plural, mientras que los femeninos son "la" en singular y "las" en plural.
El documento anuncia el XVII Rally de vehículos de época y colección patrocinado por el programa Protagonistas de Luis del Olmo, con un itinerario de Salamanca a Ponferrada que incluyó una parada y exposición en la Plaza Mayor de Salamanca, organizado por Producciones Barni en Salamanca.
[Especial] 70 edições da Revista Nintendo BlastGabriel Leles
O documento comemora as 70 edições da Revista Nintendo Blast, resumindo brevemente algumas edições marcantes como a edição 10 sobre Metroid: Other M, a edição 20 sobre The Legend of Zelda: Ocarina of Time 3D e a edição 30 sobre Metal Gear Solid: Snake Eater 3D. Também menciona edições especiais dedicadas a lançamentos como o Wii U.
Existen dos métodos principales para extraer cobre de los minerales: la pirometalurgia y la hidrometalurgia. La pirometalurgia utiliza procesos de fusión y oxidación a altas temperaturas para extraer cobre de minerales de sulfuro. La hidrometalurgia disuelve selectivamente el cobre de minerales oxidados utilizando reacciones químicas en soluciones acuosas, permitiendo obtener cobre metálico puro a través de electrorrefinación. Ambos métodos tienen ventajas y desventajas en términ
Las redes sociales de Internet permiten a las personas conectarse con amigos y hacer nuevos amigos para compartir contenido e interactuar, creando comunidades sobre intereses comunes como trabajo, lectura, juegos y amistad. Las redes sociales también se han convertido en negocios exitosos para empresas, artistas, marcas y profesionales independientes, y sirven como lugares para encuentros humanos entre personas con intereses en común.
Las redes inalámbricas son un gran avance
En la tecnología de la época moderna.
Tenemos Modem, Celulares, Consolas,
Computadoras y mas con esta tecnología
[1] O documento discute técnicas de montagem de genomas a partir de sequências obtidas por sequenciamento de nova geração. [2] É apresentado um overview sobre algoritmos e softwares populares para montagem de genomas, como Newbler, Velvet e SPADES. [3] Também são discutidos conceitos-chave como estratégias de sequenciamento shotgun e hierárquico para reconstrução de sequências genômicas.
Este documento discute análise funcional de bioinformática. Ele descreve ferramentas como BLAST e HMMER para alinhar sequências e bancos de dados como COG, KEGG e PFam para anotar genes. Também fornece dicas para escolher os melhores hits e cobrir múltiplas bases de dados para melhor caracterizar proteínas e mapear vias metabólicas.
Uma abordagem computacional para a determinação de polimorfismos de base únicaMiguel Galves
Este documento resume uma abordagem computacional para determinação de polimorfismos de base única (SNPs) através de três etapas: alinhamento de seqüências, detecção de SNPs em cromatogramas e análise de correlações entre SNPs. Os resultados obtidos nas três etapas foram satisfatórios e demonstraram a viabilidade da abordagem proposta.
O documento discute o método de RNA-seq para estudar o transcritoma. Ele explica o que é transcritoma, métodos anteriores como ESTs e microarrays, o protocolo de RNA-seq, mapeamento de sequências, quantificação de genes, identificação de genes diferencialmente expressos e fontes de variação.
1) O documento discute estratégias para montagem de genomas usando dados de sequenciamento de nova geração, incluindo pré-processamento, algoritmos de montagem de novo e por referência, métricas de avaliação e geração de scaffolds.
2) Os principais algoritmos de montagem de novo discutidos são overlap-layout-consensus (OLC), algoritmos gulosos e caminho eureliano, enquanto a montagem por referência usa alinhamento de leituras contra uma sequência de referência.
3) O documento também aborda conceitos
O documento discute os principais tópicos da bioinformática, incluindo seu surgimento, ferramentas como Perl e BioPerl, bancos de dados públicos como GenBank, alinhamento de sequências, o Projeto Genoma, e o uso da computação evolutiva para análises bioinformáticas.
1. O documento discute os principais bancos de dados biológicos e como acessar e recuperar informações deles.
2. É explicado como os bancos de dados primários armazenam e organizam sequências de ácidos nucleicos e proteínas.
3. São apresentados exemplos de como pesquisar e acessar informações em bancos de dados como NCBI, Ensembl, SGD e TAIR.
O documento descreve a estrutura e replicação do DNA, incluindo sua compactação em cromatina e nucleossomos, a composição de nucleotídeos e ácidos nucleicos, o pareamento de bases, a estrutura em dupla hélice, e os componentes e processo de replicação semiconservativa.
O documento descreve como se obtém a sequência de DNA e RNA. Frederick Sanger propôs uma estratégia de síntese de DNA que usa análogos didesoxi e eletroforese para determinar a sequência. A replicação do DNA ocorre de forma semiconservadora, com cada cadeia nova tendo uma sequência complementar à cadeia molde original.
1) O documento discute splicing alternativo e como variações de nucleotídeo único (SNVs) afetam elementos reguladores de splicing (ESRs) em exons constitutivos e alternativos.
2) Os resultados mostram que exons alternativos têm maior densidade de SNVs e ESRs em comparação com exons constitutivos.
3) SNVs tendem a modificar mais ESSs do que ESEs, sugerindo que variações em ESSs contribuem mais para o splicing alternativo.
Natureza e organização do material genéticoJulia Mello
O documento descreve a estrutura e função do DNA e RNA na célula. O DNA é formado por dois filamentos em hélice que armazenam informações genéticas. O DNA é transcrito em RNA, que tem diferentes tipos e funções como transportar aminoácidos e formar ribossomos para a síntese de proteínas. Mutações no DNA podem ocorrer espontaneamente ou por agentes mutagênicos e causar doenças.
Bioinformática com Rosalind utilizando PythonMarcos Castro
O documento discute a plataforma Rosalind para aprendizado de bioinformática através da resolução de problemas bioinformáticos. Apresenta alguns problemas como contar nucleotídeos em DNA, transcrever DNA para RNA, determinar o complemento de uma fita de DNA e traduzir RNA para proteínas. Também discute formatos FASTA, NCBI, BLAST, k-mers e grafos de De Bruijn aplicados em reconstrução de genomas.
1) Genoma é o código genético que contém toda a informação hereditária de um ser vivo, codificada no DNA.
2) O genoma define o desenvolvimento e funcionamento de um ser vivo e é transmitido de geração a geração.
3) Todos os seres vivos, desde bactérias a elefantes, possuem genoma.
O documento discute conceitos de genética microbiológica e biotecnologia, incluindo estrutura e função do material genético, fluxo da informação genética, regulação da expressão gênica bacteriana, mutação, transferência genética, tecnologia do DNA recombinante e suas ferramentas como enzimas de restrição, vetores e reação em cadeia da polimerase.
D na invest-criminal-pcr-electroforese(dnafinferprint)Madalena_Bio12
O documento discute a utilização do DNA na investigação criminal, especificamente:
1. A técnica de PCR é usada para amplificar fragmentos de DNA;
2. A eletroforese separa os fragmentos amplificados para criar impressões digitais de DNA;
3. As impressões digitais de DNA podem ser usadas para comparar DNA de suspeitos e vítimas e identificar culpados.
Dna invest criminal-pcr-electroforese(dn-afingerprint)Madalena_Bio12
O documento discute a aplicação da técnica de DNA fingerprinting na investigação criminal. Descreve os passos de extração do DNA, amplificação por PCR usando a sequência Alu como marcador, e electroforese para comparar amostras e identificar suspeitos.
O documento discute bases de dados biológicas como GenBank, COG e KEGG, que fornecem informações sobre sequências genéticas, proteínas e vias metabólicas. Ele explica como esses recursos podem ser usados para mapear genes a números orthologous e vias metabólicas.
1) O documento discute os conceitos fundamentais de bioinformática, incluindo armazenamento e análise de informações genéticas e proteicas.
2) É explicado como as sequências de DNA determinam as sequências de proteínas através do código genético e como as estruturas proteicas surgem a partir das sequências.
3) São descritos os principais bancos de dados biológicos e como eles armazenam e conectam informações sobre sequências genômicas, proteicas e estruturais.
3. +
Pré História
nMendel identifica caracteres hereditários.
nLinus Pauling descreve o DNA como uma hélice simples.
nWatson e Crick descrevem a dupla hélice do DNA.
nDogma central da biologia molecular.
2
DNA$
mRNA$
Proteínas$
Variação$Normal$ou$Patológica$
4. +
A era genômica
n1977 - Sanger sequencia um bacteriófago.
nAnos 90 - Automatização do processo através de
sequenciadores capilares.
n1995 - Primeiro genoma completo (Haemophilus influenzae)
nComeça o projeto genoma humano.
3
13. +
Software
nParte lógica do computador.
nConjunto de instruções processados pelos hardwares.
nInteração entre usuário e máquina.
nTorna o computador útil.
12
14. +
Sistemas operacionais
nÉ um conjunto de programas que fazem a inteface do usuário e
seus programas com o Hardware.
13
Programas HardwareSistema Operacional
Linux, Windows, Mac
17. +
Porque usamos o Linux?
nÉ livre;
nÉ gratuito;
nNâo é vulnerável a vírus;
nRecebe apoio de grades empresas como IBM, HP, Sun etc;
nMultitarefa e Multiusuário;
nModularização, somente é carregado para memória o que
usado durante o processamento;
nNão há necessidade de reinicar o sistemas após cada
modificação;
16
19. +
Porque usamos o Linux?
nÉ livre;
nÉ gratuito;
nNâo é vulnerável a vírus;
nRecebe apoio de grades empresas como IBM, HP, Sun etc;
nMultitarefa e Multiusuário;
nModularização, somente é carregado para memória o que
usado durante o processamento;
nNão há necessidade de reinicar o sistemas após cada
modificação;
18
24. +
Como fazer um genoma
nA abordagem shotgun
nParte-se o DNA em pedacinhos
nCorre-se um gel
nEscolhe-se o tamanho dos fragmentos a trabalhar
nPedacinhos são clonados em vetores (montagem da biblioteca
genômica)
nSequenciamento com primers do vetor
nMonta-se a sequência por sobreposição
23
30. +
Base calling - PHRED
nLê os arquivos – compatível com os principais formatos de
arquivos: SCF (standard chrmoatogram format), ABI
(373/377/3700), ESD (MegaBACE) e LI-COR.
nChama as bases – atribui uma base para cada pico identificado
com um taxa de erros menor do que os programas de base
calling padrões.
nAssina um valor de qualidade às bases – um “valor de Phred”
baseado na estimativa da taxa de erros é calculado para cada
base.
nCria arquivos de saída – as bases chamadas e os valores de
qualidade são escritos em arquivos de saída.
29
34. +
Fórmula do valor de PHRED
nq = - 10 x log10 (p)
n q - Valor de qualidade
n p - Probabilidade estimada de erro na base
nq = 20 significa p = 10-2 (1 erro em 100 bases)
nq = 40 significa p = 10-4 (1 erro em 10,000 bases)
33
37. +
O que sequenciar?
nQuebrar o DNA original em fragmentos aleatórios e selecionar
os fragmentos de determinado tamanho (Ex: 2Kbp)
36
singlet
gap
DNA original
38. +
A montagem ab initio
nReconstruir a sequência do genoma, dados vários
(potencialmente milhões) fragmentos curtos de sequência (os
reads)
nOs reads têm tamanho entre 35-800 bp
nOs reads podem conter erros de sequenciamento (mismatches
ou indels)
nA orientação (5`3` ou 3`5`) de cada read é desconhecida
37
39. +
Terminologia
nRead: fragmento sequenciado
nContig: Pedaço contíguo de sequência formado a partir da
sobreposição dos reads
nSinglet: read sem sobreposição com nenhum outro
nGap: região do genoma não capturada por nenhum read
nCobertura:Total de bases sequenciadas dividido pelo tamanho
do genoma
38
52. +
Predição de genes
nIdentificação de genes codificadores de proteínas.
nCombinam métodos não comparativos e comparativos.
nPredição ab initio usa informações de ORFs, uso de códons, e
sequências consenso de sítios de splicing.
nGeneMark, SNAP, GENSCAN...
51
58. +
Análise Funcional
nAssocia uma função aos genes preditos.
nBaseada na homologia entre sequências.
nUtiliza bases de dados de sequências conhecidas e programas
de alinhamento.
57
60. +
Objetivos
59
nIdentificar as funções dos genes.
nCaracterizar os processos celulares.
nMapear em vias metabólicas.
nElucidar o funcionamento do organismo.
62. +
Dicas
nProcurar por Hits que tenham descrição clara.
n Evitar: hypothetical protein, putative..
nBuscar em várias bases de dados.
n Aumentar a quantidade de entradas anotadas.
n Hits não identificados em uma base podem ser anotados por outra.
nObservar a cobertura do alinhamento.
n BLAST faz alinhamento local.
n Não classificar uma proteína como um todo baseado apenas em
alinhamento a um unico domínio.
61
68. +
Alinhamentos
nSimples X Múltiplo
n Local X Global
n Heurístico X Ótimo
67
Score = 276 bits (139), Expect = 3e-78
Identities = 139/139 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 326 aggtgtaaaaccgtttgaatgcacttattgttataaaggattcactcgaaattctgatct 385
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 560 aggtgtaaaaccgtttgaatgcacttattgttataaaggattcactcgaaattctgatct 619
Query: 386 tcataagcacatcgacgctgttcacaaaggtctcaagcctttcggatgtgaagtatgcca 445
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 620 tcataagcacatcgacgctgttcacaaaggtctcaagcctttcggatgtgaagtatgcca 679
Query: 446 gcgaaacttctctcagaaa 464
|||||||||||||||||||
Sbjct: 680 gcgaaacttctctcagaaa 698
69. +
Alinhamento simples
n Aquele realizado entre seqüências de DNA ou proteínas,
desde que duas a duas
68
Score = 652 bits (329), Expect = 0.0
Identities = 240/240 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 ctttcaagatgaacgaaccaactggtgtcgggccaacatttgctgatgcatgcgatgatg 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 136 ctttcaagatgaacgaaccaactggtgtcgggccaacatttgctgatgcatgcgatgatg 195
Query: 61 gcgaacttatcagcatttgttgtctttgtggtaaaacgttttcaagtcagagtcttctac 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 196 gcgaacttatcagcatttgttgtctttgtggtaaaacgttttcaagtcagagtcttctac 255
Query: 121 acaaacattttgaattgatgcatgaaggtacggaaatagatactgaacagtatgatctaa 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 256 acaaacattttgaattgatgcatgaaggtacggaaatagatactgaacagtatgatctaa 315
Query: 181 gtggatttgccgctatggggaatgaacaaggtcgtaaaagtaatggtgaagaagatgcaa 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 316 gtggatttgccgctatggggaatgaacaaggtcgtaaaagtaatggtgaagaagatgcaa 375
70. +
Alinhamento multiplo
nAquele realizado entre MAIS DE DUAS seqüências de DNA ou
proteínas
69
Seq1 ------------------------------------------------------------
Seq4 -GCACGAGGACTGTGA-----ACCGAATCGGTTCAGTAAAATGTTCAATTGTGCGCTGGA
Seq2 ------------------------------GTTCAGTAAAATGTTCAATTGTGCGCTGGA
Seq3 GGCACGAGGGCTACGACTGTGAACGAATCGGTTCAGTAAAATGTTCAATTGTGCGCTGGA
Seq1 ------------------------------------------------------------
Seq4 ATCTATTGTGTAGACTATTAACTATGGAATTTTACTTCACATTGACTAAAAAGCTGAGCA
Seq2 ATCTATTGTGTAGACT-TTAACTATGGAATTTTACTTCACATTGACTAAAAAGCTGAGCA
Seq3 ATCTATTGTGTAGACTATTAACTATGGAATTTTACTTCACATT-ACTAAAAAGCTGAGCA
Seq1 ---------------------CTTTCAAGATGAACGAACCAACTGGTGTCGGGCCAACAT
Seq4 AATATACCTGGAGCGTTCAGACTTTCAAGATGAACGAACCAACTGGTGTCGGGCCAACAT
Seq2 AATATACCTGGAGCGTTCAGACTTTCAAGATGAACGAACCAACTGGTGTCGGGCCAACAT
Seq3 AATATACCTGGAGCGTTCAGACTTTCAAGATGAACGAACCAACTGGTGTCGGGCCAACAT
***************************************
71. +
Alinhamento global e local
nGlobal: as seqs são alinhadas de ponta a ponta
nLocal: pedaços das seqs é que são comparados
70
72. +
Alinhamentos ótimos e heurísticos
nheurística -- do dicionário Houaiss
nmétodo de investigação baseado na aproximação progressiva
de um dado problema
nAlinhamento ótimo: produz o melhor resultado
computacionalmente possível
nAlinhamento heurístico: produz um resultado o mais próximo
possível do resultado ótimo, mas, principalmente, produz um
resultado de maneira muito veloz
71
75. +
Matrizes de substituição
74
A C G T
A 1 -2 -2 -2
C -2 1 -2 -2
G -2 -2 1 -2
T -2 -2 -2 1
A C G T
A 1 -2 -1 -2
C -2 1 -2 -1
G -1 -2 1 -2
T -2 -1 -2 1
77. +
BLAST
nBasic Local Alignment Search Tool
nFerramenta de alinhamento mais utilizada no mundo
nTodo pesquisador em biologia molecular já usou alguma vez
(ou centenas de vezes)
nDiz-se que o trabalho original onde a ferramenta foi publicada
é o mais citado da história das ciências biológicas
nÉ um algoritmo de alinhamento simples, heurístico e local
nAlinha um seqüência de entrada contra uma base de dados
desejada
76
78. +
Programas do BLAST
77
Formato da
Seqüência de
Entrada
Banco de
dados
Formato da
seqüência que
é comparado
Programa
BLAST
adequado
Nucleotídeos Nucleotídeos Nucleotídeos BLASTn
Proteínas Proteínas Proteínas BLASTp
Nucleotídeos Proteínas Proteínas BLASTx
Proteínas Nucleotídeos Proteínas TBLASTn
Nucleotídeos Nucleotídeos Proteínas TBLASTtx
81. +
Árvore filogenética
nMétodo fenético
nNão considera a evolução de cada caráter (coluna no
alinhamento)
nProduz uma árvore a partir de uma matriz de distância gerada
ao considerar todo o conjunto de dados
nVizinhos mais-próximos
nNeighbor-joining
nAverage neighbor
nNearest neighbor
nFarthest neighbor
80
82. +
Transcritoma
81
nConjunto de todas as moléculas de RNA encontradas em uma
população celular:
n mRNA
n tRNA
n rRNA
n miRNA
nTotal de transcritos encontrados em um organismo, tipo
celular, condição...
nReflete os genes que estão sendo expressos em um
determinado momento.
nSnapshot da função celular.
83. +
Métodos de estudo
nExpressed Sequence Tags.
nSequenciado por método de Sanger.
nClonagem dos fragmentos usando
vetores.
nNão funciona em procariotos.
nLow throughput.
82
88. +
Protocolo
nProtocolo para montagem da biblioteca pode variar de acordo
com a tecnologia e com o objetivo:
nRemoção de rRNA.
nAmplificação por PCR.
nConversão a cDNA.
nSingle read ou pair end.
87
89. +
Genoma referência vs. Montagem
de novo
nMapeamento dos reads a um genoma referência.
n Quantificação da expressão.
n Identificação de variantes de splicing.
nMontagem de novo do transcritoma.
n Caracterização dos genes expressos.
n Identificação de isoformas.
n Ausência de genoma referência.
88
90. +
O que sai do sequenciador?
nFormato padrão para análises é o FastQ.
n @SEQ_ID
GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCAC
+
!”*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*”))**55CCF»»»CCCCCCC65
nPrimeira linha: identificador da sequência.
n Nome da sequência.
n Informação sobre filtros.
nTerceira linha: qualidade da chamada da base (em código).
89
92. +
Mapeamento e quantificação
nAs sequências produzidas são mapeadas a um genôma
referência.
nAlinhou em apenas uma região = ótimo.
nAlinhou em mais que uma região = dilema.
nO uso de replicatas é FUNDAMENTAL!
91
Repl. 1 Repl. 2 Repl. 3
Gene A 5 3 12
Gene B 16 25 35
Gene C 10 15 3
Gene D 750 500 500
Gene E 1504 1005 1030
93. +
Interpretando a contagem dos
genes
nNo exemplo da tabela, o Gene E tem duas vezes mais reads
que o Gene D:
92
94. +
Interpretando a contagem dos
genes
nNo exemplo da tabela, o Gene E tem duas vezes mais reads
que o Gene D:
n Gene E é expresso duas vezes mais que o Gene D.
92
95. +
Interpretando a contagem dos
genes
nNo exemplo da tabela, o Gene E tem duas vezes mais reads
que o Gene D:
n Gene E é expresso duas vezes mais que o Gene D.
n Ambos os genes se expressam na mesma intensidade, mas o Gene E é
duas vezes maior que o Gene D.
92
96. +
Interpretando a contagem dos
genes
nNo exemplo da tabela, o Gene E tem duas vezes mais reads
que o Gene D:
n Gene E é expresso duas vezes mais que o Gene D.
n Ambos os genes se expressam na mesma intensidade, mas o Gene E é
duas vezes maior que o Gene D.
n Ambos os genes tem o mesmo tamanho e se expressam na mesma
intensidade, mas o Gene D tem um parálogo no genoma ao qual metade
dos seus reads foram mapeados.
92
97. +
Interpretando a contagem dos
genes
nNo exemplo da tabela, o Gene E tem duas vezes mais reads
que o Gene D:
n Gene E é expresso duas vezes mais que o Gene D.
n Ambos os genes se expressam na mesma intensidade, mas o Gene E é
duas vezes maior que o Gene D.
n Ambos os genes tem o mesmo tamanho e se expressam na mesma
intensidade, mas o Gene D tem um parálogo no genoma ao qual metade
dos seus reads foram mapeados.
nA causa é os três ao mesmo tempo.
92
98. +
Identificando genes
diferencialmente expressos.
nComparar diferentes condições: controle com testes.
n Célula normal com célula tumoral.
n Planta sem e com estresse hídrico.
n Animal sem e com parasita...
nGenes em duas condições diferentes VÃO apresentar
quantidades de reads diferentes.
nEssa variação pode ser diferença biológica entre as duas
condições, ou ruído experimental.
nAplicação de testes estatísticos.
93
99. +
Identificando genes
diferencialmente expressos.
nPara identificar uma diferença estatisticamente significantes, é
necessário que a diferença de expressão entre as duas
condições seja maior que a imprecisão do nível de expressão
sob uma determinada condição.
94
100. +
Sou pobre, não vou usar replicata.
nLição de vida:
n Um Gene H, em uma célula normal extraída do Zé Moreno, tem 5 reads.
n O mesmo Gene H, em célula tumoral extraída do mesmo Zé Moreno,
tem 10 reads.
n Uoua! O Gene H é duas vezes mais expresso na célula tumoral!
n Ganhei uns trocados e fiz transcritoma da célula normal de mais 2
pacientes. De brinde, ganhei o sequenciamento do Zé moreno de novo.
n O Gene H teve 12 reads na célula do Zé Moreno, 17 reads na Maria Tolé,
e 22 reads na célula do Tião Torresmo.
nMoral da história: quanto mais medições fizer, mais vai ter
certeza dos níveis de expressão dos genes.
95
101. +
Replicata técnica vs. Replicata
biológica
nTécnica: explica a variação
encontrada que pode ter
sido causada por critérios
técnicos: preparação da
biblioteca, qualidade do
sequênciamento, cobertura
do gene...
nBiológica: explica a
variação encontrada que
pode ter sido causada pela
variabilidade de expressão
que não está associada à
mudança nas condições do
experimento.
96
102. +
Fontes de variação
Variância de Poisson
nÉ a incerteza existente em qualquer medição em que algo é
amostrado e contado.
nComo é baseado no valor da contagem em si, não é específico
do experimento.
nEssa variância está relacionada a quantidade total de reads.
nPor exemplo, a diferença na expressão de um gene medido
com 1 read versus 2 reads é inerentemente menos seguro do
que as diferenças na expressão de um gene medido com 100
reads versus 200 reads, apesar de ambas as diferenças serem,
nominalmente, uma mudança 2X.
97
104. +
Fontes de variação
Variação Técnica Não-Poisson
nAssociado à incapacidade da
técnica não conseguir medir
a expressão perfeitamente.
nVisto em replicatas técnicas.
nCausas:
n Seleção de miRNA.
n Depleção de rRNA.
n Amplificação por PCR.
n Armazenamento.
n RNA-later.
nMoral da história: Manipule
sua amostra o mínimo
possível.
99
105. +
Fontes de variação
Variação Biológica
nOcorre naturalmente nas amostras.
nA expressão naturalmente flutua
em células sob a mesma condição.
nCausas da variações biológicas
podem ser diferenças genéticas,
de maquinaria celular, ou de
resposta a variação do ambiente.
nVariação biológica também sofre a
influência das outras duas
variações vistas.
100
106. +
Filosofando...
nMais replicatas vs. Mais reads.
nComo lidar com batch-effects?
nPreciso validar com RT-PCR?
nEu considero como diferencialmente expresso genes com p-
value < 0.01.
nCalcular FDR (False discovery rate)
nLeia artigos que tenham usado benchmarks.
nConverse com o bioinformata que vai fazer as análises.
101
108. +
Metagenômica
nCerca de 99% das bactérias não são cultiváveis.
nPermite o estudo de organismos que não são facilmente
cultivados em laboratório.
nIdentificação de funções em espécies ainda não identificadas.
109. +
Análise do gene do rRNA 16s
nGene altamente conservado em bactérias e archaea.
nRegião hiper variável confere sequências com assinatura
específica.
nFornece um perfil da diversidade na amostra.
110. +
Whole Genome Shotgun e nova
geração de sequenciadores
nPermite uma visão mais global da comunidade.
nAnálise dos níveis da diversidade filogenética e
polimorfismos intraespecíficos.
nEstudo de genes completos e de vias metabólicas da
comunidade.
nReconstrução dos genomas.
nDemanda intensa análise bioinformática.
111. +
Etapas da análise metagenômica
nFatores influentes.
nInterdependências ocultas.
112. +
Métodos de estudo - Funcional
nIsolamento do DNA da amostra.
nClonagem do DNA em um
hospedeiro.
nExpressão do gene e análise
funcional.
nAnálise das sequências.
113. +
Métodos de estudo - Genômico
nDNA isolado pode ser submetido a
um sequenciamento aleatório ou
direcionado.
nPermite montagem de todo
metaboloma.
nAnálise filogenética.
nMetagenômica comparativa.
116. +
Assinatura filogenética
nCada read é associado a um organismo (espécie, gênero,
família…)
nUtiliza bases de dados de genômas referência ou base de dados
NT do NCBI.
nFerramenta de alinhamento.
nValores de identidade para definir o nível cladístico assinado.
88% 98% 99%
Bacteroides fragilis
Escherichia coli
70%
118. +
Análise filogenética
nQual clado prevalece na amostra?
nExiste um perfil filogenético?
nIdentificação de marcadores filogenéticos.
nAssociação da presença de um clado a uma determinada
característica.
119. +
Anotação funcional
nAvaliar o potencial genético da amostra.
nMontagem dos contigs.
nPredição dos genes.
nAlinhamento dos genes preditos a uma base de dados.
120. +
Análise funcional
nQual função está mais presente?
nExiste alguma função do seu interesse?
nMontagem do mapa metabólico do ambiente.
nRastrear a função e identificar o organismo que executa.