O documento discute a anotação funcional de genomas, incluindo a predição de genes, introns, exons e promotores após a montagem de contigs, gerando um arquivo GFF com as posições de cada item no contig.

1. +
Bioinformática
Anotação funcional de genomas
Gabriel da Rocha Fernandes
Universidade Católica de Brasília
gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com

2. +
Após a montagem...
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nOs contigs são apenas uma sequência de nucleotídeos.
nEncontrar informação biológica dentro dos contigs.
nGenes
nIntrons/Exons
nPromotores

3. +
Predição gênica
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nIdenticar genes.
nATG + ORF + Stop condon na mesma fase de leitura.
nPredição ab initio, redes neurais...
nIdentificação de introns e exons.
nLocalização dos genes dentro do contexto dos contigs.

4. +
GeneMark
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nUsa a informação de codon usage para fazer a predição.

5. +
Promotores
nIdentifica padrões de sequência de promotores.
nhttp://pepper.molgenrug.nl/
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6. +
Arquivo GFF
nGeneral Feature Format
nIndica as posições no contig de cada item identificado.
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No GenBank file
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8. +
No EMBL
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9. +
Visualização
nArtemis - Sanger Institute
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