Aula ministrada no curso de Biodiversidade e Conservação, dos cursos de Ciências Biológicas e Engenharia Agronômica, da Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ/USP).
Novas Perspectivas em Estudos de Ecologia MicrobianaLeandro Lemos
Aula ministrada junto à disciplina “Microbiologia Ruminal: Abordagem Molecular” [Tópico: Novas Perspectivas em Estudos de Ecologia Microbiana], do curso de pós-graduação em Ciências (Energia Nuclear), do Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA/USP).
Bioinformática aplicada nas análises da microbiota do rúmenLeandro Lemos
Aula ministrada na disciplina 'Genômica e Bioinformática', do curso de pós-graduação em Ciências (Energia Nuclear), do Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA/USP).
O documento descreve o processo de análise de metagenomas, incluindo a geração massiva de dados de sequenciamento, desafios de bioinformática e ferramentas como MG-RAST. O documento também discute a predição de genes, identificação funcional e análises comparativas de amostras usando bancos de dados públicos.
Análises de sequências metagenômicas via MG-RASTLeandro Lemos
This document discusses analyzing metagenomic sequences using the MG-RAST platform. It covers topics such as big data in molecular biology, bioinformatics tools for processing large datasets, metagenomics for studying microbial communities, and the MG-RAST pipeline for quality control, gene prediction, taxonomic and functional annotation of metagenomic samples. Examples of analyzing samples on MG-RAST and comparing samples are also provided.
Integração de dados genômicos e estatísticos no RStudioLeandro Lemos
O documento apresenta uma introdução ao software R para análise estatística e integração de dados genômicos. É descrito como R pode ser usado para ler, manipular e visualizar dados através de vetores, data frames e funções. Além disso, são explicados índices de diversidade, análises multivariadas como PCoA e CCA e o pacote ggplot2 para criação de gráficos. No final, há uma discussão sobre quais métodos aplicar no estudo do apresentador.
O documento discute técnicas de sequenciamento de DNA e suas aplicações. Apresenta os objetivos do minicurso, o dogma central da biologia molecular, métodos de sequenciamento como o de Sanger, e plataformas atuais como Illumina, Ion Torrent, SOLiD e suas características. Inclui também estudos de caso sobre doenças genéticas e identificação criminal por DNA.
1. O documento discute as aplicações do sequenciamento de nova geração (NGS) e como ele revolucionou a ciência biológica ao permitir a análise de grandes volumes de dados genômicos, transcricionais e epigenéticos.
2. As novas tecnologias de sequenciamento, como Illumina e 454, permitem gerar terabytes de dados a um custo muito menor que as técnicas anteriores, possibilitando projetos de sequenciamento em larga escala.
3. O NGS permitiu o desenvolvimento de técnicas
A bioinformática combina a biologia e a ciência da computação para coletar, vincular e manipular diferentes tipos de informações biológicas e descobrir novos insights biológicos. A sequenciação de próxima geração permite sequenciar genomas completos rapidamente e é usada para estudos comparativos em larga escala, variações genéticas e doenças. Softwares são necessários para processar e analisar os grandes volumes de dados gerados.
Novas Perspectivas em Estudos de Ecologia MicrobianaLeandro Lemos
Aula ministrada junto à disciplina “Microbiologia Ruminal: Abordagem Molecular” [Tópico: Novas Perspectivas em Estudos de Ecologia Microbiana], do curso de pós-graduação em Ciências (Energia Nuclear), do Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA/USP).
Bioinformática aplicada nas análises da microbiota do rúmenLeandro Lemos
Aula ministrada na disciplina 'Genômica e Bioinformática', do curso de pós-graduação em Ciências (Energia Nuclear), do Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA/USP).
O documento descreve o processo de análise de metagenomas, incluindo a geração massiva de dados de sequenciamento, desafios de bioinformática e ferramentas como MG-RAST. O documento também discute a predição de genes, identificação funcional e análises comparativas de amostras usando bancos de dados públicos.
Análises de sequências metagenômicas via MG-RASTLeandro Lemos
This document discusses analyzing metagenomic sequences using the MG-RAST platform. It covers topics such as big data in molecular biology, bioinformatics tools for processing large datasets, metagenomics for studying microbial communities, and the MG-RAST pipeline for quality control, gene prediction, taxonomic and functional annotation of metagenomic samples. Examples of analyzing samples on MG-RAST and comparing samples are also provided.
Integração de dados genômicos e estatísticos no RStudioLeandro Lemos
O documento apresenta uma introdução ao software R para análise estatística e integração de dados genômicos. É descrito como R pode ser usado para ler, manipular e visualizar dados através de vetores, data frames e funções. Além disso, são explicados índices de diversidade, análises multivariadas como PCoA e CCA e o pacote ggplot2 para criação de gráficos. No final, há uma discussão sobre quais métodos aplicar no estudo do apresentador.
O documento discute técnicas de sequenciamento de DNA e suas aplicações. Apresenta os objetivos do minicurso, o dogma central da biologia molecular, métodos de sequenciamento como o de Sanger, e plataformas atuais como Illumina, Ion Torrent, SOLiD e suas características. Inclui também estudos de caso sobre doenças genéticas e identificação criminal por DNA.
1. O documento discute as aplicações do sequenciamento de nova geração (NGS) e como ele revolucionou a ciência biológica ao permitir a análise de grandes volumes de dados genômicos, transcricionais e epigenéticos.
2. As novas tecnologias de sequenciamento, como Illumina e 454, permitem gerar terabytes de dados a um custo muito menor que as técnicas anteriores, possibilitando projetos de sequenciamento em larga escala.
3. O NGS permitiu o desenvolvimento de técnicas
A bioinformática combina a biologia e a ciência da computação para coletar, vincular e manipular diferentes tipos de informações biológicas e descobrir novos insights biológicos. A sequenciação de próxima geração permite sequenciar genomas completos rapidamente e é usada para estudos comparativos em larga escala, variações genéticas e doenças. Softwares são necessários para processar e analisar os grandes volumes de dados gerados.
Sequenciamento de ultima geracao na identificacao de inversoes e translocacoesRinaldo Pereira
O documento discute as principais variações cromossômicas no genoma humano (SNPs e SVs) e as novas metodologias de sequenciamento de próxima geração que permitem a identificação de inversões e translocações. Aplicações incluem a detecção de mutações e a análise filogenética. As novas tecnologias como o sequenciamento Illumina e Applied Biosystems ampliam o conhecimento sobre o genoma.
Biotecnologia Genomica na era do sequenciamento de DNA em larga escalaRinaldo Pereira
O documento discute a evolução da biotecnologia genômica com o avanço das técnicas de sequenciamento de alto desempenho. Apresenta as principais plataformas de sequenciamento de nova geração e suas aplicações, como sequenciamento de genomas individuais, transcritômica, epigenômica e estudos de variação genética normal e patológica. Também aborda o sequenciamento do primeiro genoma sintético e as perspectivas futuras da engenharia genética.
Novas tecnologias sequenciamento fronteiras biologia unb 10112010Rinaldo Pereira
O documento discute o avanço das tecnologias de sequenciamento de DNA e suas aplicações na biologia. Descreve a evolução do método de Sanger e a chegada das plataformas de sequenciamento de nova geração. Aponta como essas novas tecnologias ampliam as possibilidades de investigar a variabilidade genética através do sequenciamento de genomas individuais.
O documento discute a técnica de RNA-seq para medir níveis de transcritos usando sequenciamento de próxima geração. RNA-seq permite quantificar expressão gênica com alta sensibilidade, identificar novas transcrições e splicing alternativo. A técnica é útil para estudar transcriptomas sob diferentes condições e doenças.
Este documento descreve a engenharia genética, que envolve a manipulação artificial de genes de organismos para produzir organismos geneticamente melhorados. Isso inclui duplicar, transferir e isolar genes com o objetivo de melhorar as funções dos organismos e produzir substâncias úteis.
Seminario "Efficient de novo assembly of single-cell bacterial genomes from s...Edson Silva
O documento descreve um método para montar genomas bacterianos a partir de dados de sequenciamento de célula única. O método combina a correção de erros do EULER-SR com a montagem do Velvet-SC para lidar com a cobertura altamente não uniforme. Isso permitiu a montagem de genomas de referência de E. coli e S. aureus, bem como um genoma desconhecido de uma Deltaproteobacteria.
O documento discute o sequenciamento de DNA em larga escala como um novo paradigma para geração de conhecimento. Apresenta os métodos de sequenciamento de próxima geração (NGS) e como eles permitiram o sequenciamento de diversos genomas completos a baixo custo. Também aborda as novas possibilidades geradas pelo NGS, como sequenciamento de RNA e epigenética.
O documento fornece uma introdução à bioinformática, definindo-a como o campo interdisciplinar que aplica técnicas de informática à análise de informações biológicas. Ele também descreve os principais tipos de dados gerados por sequenciamento de nova geração, como FASTQ, BAM, VCF e BED, e ferramentas de bioinformática como GATK usadas para análise desses dados e identificação de variantes. Por fim, discute bancos de dados públicos como ExAC e ClinVar que fornecem dados de referência para interpreta
Ciência de dados para a saúde: a importância da interdisciplinaridade e da in...Fabrício A. B. da Silva
- O documento discute a importância da ciência de dados para a saúde, especificamente no contexto da Fundação Oswaldo Cruz.
- Está em andamento um projeto de modelagem computacional da bactéria multirresistente Pseudomonas aeruginosa visando identificar novos alvos terapêuticos.
- O projeto envolve a reconstrução do genoma, rede metabólica e rede de regulação gênica de P. aeruginosa para permitir simulações computacionais integradas.
O documento discute o potencial do sequenciamento de ácidos nucleicos em larga escala, conhecido como NGS, para gerar novos conhecimentos através da caracterização da variabilidade genética entre indivíduos e populações. O NGS permitiu uma explosão no número de genomas sequenciados e ampliou as possibilidades de estudos de associação genômica e diagnóstico de doenças.
Construindo softwares de bioinformática para análises clínicas : Desafios e...Marcel Caraciolo
O documento discute os desafios e oportunidades na construção de softwares de bioinformática para análises clínicas. Apresenta o laboratório Genomika, especializado em testes genéticos, e como a fusão de biologia molecular e tecnologia da informação é essencial para analisar grandes volumes de dados genéticos. Também destaca a importância da bioinformática para minerar bancos de dados na busca de mutações e como os sistemas de saúde podem ser aprimorados com novas tecnologias.
Este documento discute os fundamentos da engenharia genética, resumindo três técnicas principais: 1) Enzimas de restrição cortam DNA em locais específicos; 2) DNA recombinante é usado para transferir genes entre organismos; 3) Reações em cadeia da polimerase (PCR) multiplicam rapidamente fragmentos de DNA.
Sequenciamento de nova geração- Curso de Inverno de Genética 2013-UFPR by Jos...Joseph Evaristo
A apresentação mostra e compara diferentes técnicas de sequenciamento de DNA desde o método de Sanger desenvolvido em 1977 até o método de sequenciamento de molécula simples de DNA, o Nanopore. Alguns links mostravam vídeos na apresentação original e caso tenham interesse entrem em contato: joseph.am.evaristo@gmail.com
A engenharia genética envolve técnicas de manipulação de genes para produzir organismos geneticamente modificados. Ela usa enzimas como restrição e DNA polimerase, além de vetores como plasmídeos, para inserir genes em plantas, animais e células humanas, permitindo terapias genéticas e a clonagem de ovelhas transgênicas.
O documento discute como as novas gerações de sequenciadores de DNA podem levar ao futuro da "PersonalOMICs", onde vários aspectos genômicos, transcricionais, proteômicos e epigenéticos de um indivíduo são mapeados ao longo do tempo para entender a variabilidade fenotípica normal e patológica. Também discute como o sequenciamento em larga escala de genomas humanos já vem melhorando a compreensão da variação genética e estrutural entre indivíduos.
O documento apresenta um resumo sobre bioinformática. Aborda tópicos como a pré-história da bioinformática, a era genômica, ferramentas de análise bioinformática como BLAST e alinhamentos múltiplos, predição de genes e análise funcional.
A explosão da pesquisa genômica - Guilherme OliveiraGenômica Fiocruz
O documento discute a explosão da pesquisa genômica. A genômica trouxe valor econômico e benefícios para a medicina, agroindústria e conservação da biodiversidade. A pesquisa genômica é uma área de fronteira que gera empregos e crescimento econômico.
O documento discute os principais tópicos da bioinformática, incluindo seu surgimento, ferramentas como Perl e BioPerl, bancos de dados públicos como GenBank, alinhamento de sequências, o Projeto Genoma, e o uso da computação evolutiva para análises bioinformáticas.
O documento discute a engenharia genética e suas técnicas, como a recombinação de DNA e PCR, que permitem manipular genes entre espécies. Essas técnicas trouxeram aplicações na agricultura, saúde e meio ambiente, mas também levantam questões bioéticas sobre a manipulação genética e seus impactos.
Biotecnologia e Engenharia Genética (Power Point)Bio
O documento discute biotecnologia e engenharia genética, incluindo técnicas como cruzamento experimental, transplante de genes entre espécies, aplicações como testes de DNA, terapia gênica e produção de organismos transgênicos. Também aborda melhoramento genético de animais e plantas, e métodos para obtenção de transgênicos como uso de Agrobacterium e biobalística.
Este documento fornece informações sobre um curso de biotecnologia, incluindo o plano de ensino, datas importantes, conteúdo programático, aplicações da biotecnologia em diferentes setores e técnicas como marcadores moleculares, cultura de tecidos e transformação genética.
O documento lista os nomes e números de matrícula de estudantes de diferentes cursos técnicos. Também contém informações sobre a história da ciência forense e resumos sobre biotecnologia, PCR, enzimas de restrição e eletroforese.
Sequenciamento de ultima geracao na identificacao de inversoes e translocacoesRinaldo Pereira
O documento discute as principais variações cromossômicas no genoma humano (SNPs e SVs) e as novas metodologias de sequenciamento de próxima geração que permitem a identificação de inversões e translocações. Aplicações incluem a detecção de mutações e a análise filogenética. As novas tecnologias como o sequenciamento Illumina e Applied Biosystems ampliam o conhecimento sobre o genoma.
Biotecnologia Genomica na era do sequenciamento de DNA em larga escalaRinaldo Pereira
O documento discute a evolução da biotecnologia genômica com o avanço das técnicas de sequenciamento de alto desempenho. Apresenta as principais plataformas de sequenciamento de nova geração e suas aplicações, como sequenciamento de genomas individuais, transcritômica, epigenômica e estudos de variação genética normal e patológica. Também aborda o sequenciamento do primeiro genoma sintético e as perspectivas futuras da engenharia genética.
Novas tecnologias sequenciamento fronteiras biologia unb 10112010Rinaldo Pereira
O documento discute o avanço das tecnologias de sequenciamento de DNA e suas aplicações na biologia. Descreve a evolução do método de Sanger e a chegada das plataformas de sequenciamento de nova geração. Aponta como essas novas tecnologias ampliam as possibilidades de investigar a variabilidade genética através do sequenciamento de genomas individuais.
O documento discute a técnica de RNA-seq para medir níveis de transcritos usando sequenciamento de próxima geração. RNA-seq permite quantificar expressão gênica com alta sensibilidade, identificar novas transcrições e splicing alternativo. A técnica é útil para estudar transcriptomas sob diferentes condições e doenças.
Este documento descreve a engenharia genética, que envolve a manipulação artificial de genes de organismos para produzir organismos geneticamente melhorados. Isso inclui duplicar, transferir e isolar genes com o objetivo de melhorar as funções dos organismos e produzir substâncias úteis.
Seminario "Efficient de novo assembly of single-cell bacterial genomes from s...Edson Silva
O documento descreve um método para montar genomas bacterianos a partir de dados de sequenciamento de célula única. O método combina a correção de erros do EULER-SR com a montagem do Velvet-SC para lidar com a cobertura altamente não uniforme. Isso permitiu a montagem de genomas de referência de E. coli e S. aureus, bem como um genoma desconhecido de uma Deltaproteobacteria.
O documento discute o sequenciamento de DNA em larga escala como um novo paradigma para geração de conhecimento. Apresenta os métodos de sequenciamento de próxima geração (NGS) e como eles permitiram o sequenciamento de diversos genomas completos a baixo custo. Também aborda as novas possibilidades geradas pelo NGS, como sequenciamento de RNA e epigenética.
O documento fornece uma introdução à bioinformática, definindo-a como o campo interdisciplinar que aplica técnicas de informática à análise de informações biológicas. Ele também descreve os principais tipos de dados gerados por sequenciamento de nova geração, como FASTQ, BAM, VCF e BED, e ferramentas de bioinformática como GATK usadas para análise desses dados e identificação de variantes. Por fim, discute bancos de dados públicos como ExAC e ClinVar que fornecem dados de referência para interpreta
Ciência de dados para a saúde: a importância da interdisciplinaridade e da in...Fabrício A. B. da Silva
- O documento discute a importância da ciência de dados para a saúde, especificamente no contexto da Fundação Oswaldo Cruz.
- Está em andamento um projeto de modelagem computacional da bactéria multirresistente Pseudomonas aeruginosa visando identificar novos alvos terapêuticos.
- O projeto envolve a reconstrução do genoma, rede metabólica e rede de regulação gênica de P. aeruginosa para permitir simulações computacionais integradas.
O documento discute o potencial do sequenciamento de ácidos nucleicos em larga escala, conhecido como NGS, para gerar novos conhecimentos através da caracterização da variabilidade genética entre indivíduos e populações. O NGS permitiu uma explosão no número de genomas sequenciados e ampliou as possibilidades de estudos de associação genômica e diagnóstico de doenças.
Construindo softwares de bioinformática para análises clínicas : Desafios e...Marcel Caraciolo
O documento discute os desafios e oportunidades na construção de softwares de bioinformática para análises clínicas. Apresenta o laboratório Genomika, especializado em testes genéticos, e como a fusão de biologia molecular e tecnologia da informação é essencial para analisar grandes volumes de dados genéticos. Também destaca a importância da bioinformática para minerar bancos de dados na busca de mutações e como os sistemas de saúde podem ser aprimorados com novas tecnologias.
Este documento discute os fundamentos da engenharia genética, resumindo três técnicas principais: 1) Enzimas de restrição cortam DNA em locais específicos; 2) DNA recombinante é usado para transferir genes entre organismos; 3) Reações em cadeia da polimerase (PCR) multiplicam rapidamente fragmentos de DNA.
Sequenciamento de nova geração- Curso de Inverno de Genética 2013-UFPR by Jos...Joseph Evaristo
A apresentação mostra e compara diferentes técnicas de sequenciamento de DNA desde o método de Sanger desenvolvido em 1977 até o método de sequenciamento de molécula simples de DNA, o Nanopore. Alguns links mostravam vídeos na apresentação original e caso tenham interesse entrem em contato: joseph.am.evaristo@gmail.com
A engenharia genética envolve técnicas de manipulação de genes para produzir organismos geneticamente modificados. Ela usa enzimas como restrição e DNA polimerase, além de vetores como plasmídeos, para inserir genes em plantas, animais e células humanas, permitindo terapias genéticas e a clonagem de ovelhas transgênicas.
O documento discute como as novas gerações de sequenciadores de DNA podem levar ao futuro da "PersonalOMICs", onde vários aspectos genômicos, transcricionais, proteômicos e epigenéticos de um indivíduo são mapeados ao longo do tempo para entender a variabilidade fenotípica normal e patológica. Também discute como o sequenciamento em larga escala de genomas humanos já vem melhorando a compreensão da variação genética e estrutural entre indivíduos.
O documento apresenta um resumo sobre bioinformática. Aborda tópicos como a pré-história da bioinformática, a era genômica, ferramentas de análise bioinformática como BLAST e alinhamentos múltiplos, predição de genes e análise funcional.
A explosão da pesquisa genômica - Guilherme OliveiraGenômica Fiocruz
O documento discute a explosão da pesquisa genômica. A genômica trouxe valor econômico e benefícios para a medicina, agroindústria e conservação da biodiversidade. A pesquisa genômica é uma área de fronteira que gera empregos e crescimento econômico.
O documento discute os principais tópicos da bioinformática, incluindo seu surgimento, ferramentas como Perl e BioPerl, bancos de dados públicos como GenBank, alinhamento de sequências, o Projeto Genoma, e o uso da computação evolutiva para análises bioinformáticas.
O documento discute a engenharia genética e suas técnicas, como a recombinação de DNA e PCR, que permitem manipular genes entre espécies. Essas técnicas trouxeram aplicações na agricultura, saúde e meio ambiente, mas também levantam questões bioéticas sobre a manipulação genética e seus impactos.
Biotecnologia e Engenharia Genética (Power Point)Bio
O documento discute biotecnologia e engenharia genética, incluindo técnicas como cruzamento experimental, transplante de genes entre espécies, aplicações como testes de DNA, terapia gênica e produção de organismos transgênicos. Também aborda melhoramento genético de animais e plantas, e métodos para obtenção de transgênicos como uso de Agrobacterium e biobalística.
Este documento fornece informações sobre um curso de biotecnologia, incluindo o plano de ensino, datas importantes, conteúdo programático, aplicações da biotecnologia em diferentes setores e técnicas como marcadores moleculares, cultura de tecidos e transformação genética.
O documento lista os nomes e números de matrícula de estudantes de diferentes cursos técnicos. Também contém informações sobre a história da ciência forense e resumos sobre biotecnologia, PCR, enzimas de restrição e eletroforese.
O documento discute a história e aplicações da biotecnologia. A biotecnologia tem sido usada por milhares de anos, desde o cruzamento de plantas e animais. Nos últimos 50 anos, técnicas como a engenharia genética permitiram novas aplicações na agricultura, saúde e meio ambiente. A biotecnologia moderna tem o potencial de resolver problemas globais, mas requer regulamentação para proteger a saúde e o meio ambiente.
O documento discute os tópicos da biotecnologia e engenharia genética. Apresenta o melhoramento genético e diferentes aplicações da biotecnologia, como a produção de cerveja e vinho. Também descreve as ferramentas e técnicas da engenharia genética, como enzimas, PCR e vetores. Finalmente, discute os resultados da engenharia genética, incluindo plantas e animais transgênicos e terapia gênica.
O documento discute a importância da diversidade microbiana e seu potencial para a biotecnologia. A maioria dos microrganismos ainda não foi caracterizada e representa uma fonte importante de recursos genéticos. Novas abordagens como metagenômica permitem explorar organismos não cultivados e descobrir novos genes e metabólitos. Centros de recursos biológicos são cruciais para preservar a biodiversidade microbiana e apoiar o desenvolvimento de novas tecnologias.
O documento discute as técnicas de biotecnologia aplicadas ao melhoramento de plantas, incluindo cultura de tecidos, transformação genética, edição de genes e RNAi. Exemplos de culturas melhoradas são apresentados, como plantas resistentes a pragas e herbicidas. Desafios e oportunidades futuras da biotecnologia também são abordados.
O documento discute os principais tópicos da biotecnologia, incluindo clonagem, células-tronco, DNA recombinante e o projeto do genoma humano. Ele fornece detalhes sobre como cada técnica é aplicada e seus potenciais usos na medicina e agricultura.
Biotecnologia e as aplicações da engenharia genética.pptbiancafreitas97
O documento discute os principais tópicos da biotecnologia, incluindo clonagem, células-tronco, DNA recombinante e o projeto do genoma humano. Ele fornece detalhes sobre como cada técnica é aplicada e seus potenciais usos na medicina e agricultura.
O documento discute os principais tópicos da biotecnologia, incluindo clonagem, células-tronco, DNA recombinante e o projeto do genoma humano. Ele fornece detalhes sobre como cada técnica é aplicada e seus potenciais usos na medicina e agricultura.
O documento discute os principais conceitos e técnicas da biotecnologia, incluindo DNA recombinante, clonagem de DNA, organismos transgênicos, terapia gênica, vacinas gênicas, PCR, eletroforese, testes de paternidade e clonagem.
1. O documento lista os nomes e números de alunos matriculados em uma disciplina de biotecnologia no Colégio Espaço. 2. A disciplina trata da tecnologia do DNA recombinante e será ministrada pela professora Karla Samire na cidade de Atibaia, São Paulo, em outubro de 2013. 3. O documento também inclui um plano de aula com introdução, desenvolvimento e conclusão sobre o tema do DNA recombinante.
Como seu DNA com a Bioinformática pode revolucionar o diagnóstico clínico no ...Genomika Diagnósticos
O documento descreve como a análise do DNA de um paciente com bioinformática pode revolucionar o diagnóstico clínico, permitindo um melhor entendimento do corpo humano. A empresa Genomika é um laboratório de genética clínica que oferece testes genéticos para diagnóstico e tratamento personalizado de doenças usando fusão de especialistas em biologia molecular e tecnologia da informação.
4 em 3-ano_biologia_biotecnologia i (3)Heber Mello
1) O documento discute a biotecnologia moderna e a técnica do DNA recombinante.
2) A técnica do DNA recombinante envolve o uso de enzimas de restrição para cortar e recombinar DNA de diferentes fontes.
3) As bactérias são organismos comumente usados nessa técnica devido a seu cromossomo circular e reprodução por bipartição.
1) O documento discute diversos tópicos relacionados à biotecnologia, incluindo células-tronco, clonagem, transgênicos e testes de DNA. 2) É explicado que células-tronco podem se diferenciar em outros tipos celulares e são classificadas em embrionárias, adultas e induzidas. 3) A clonagem pode ser natural, por reprodução assexuada, ou artificial em laboratório, como no caso da ovelha Dolly.
O documento discute a história e aplicações da engenharia genética, incluindo a produção da insulina, organismos geneticamente modificados, e debates éticos sobre a manipulação genética em seres humanos e agricultura.
O documento discute fundamentos de bioengenharia e biotecnologia, incluindo a história da área, o dogma central da biologia molecular, organismos geneticamente modificados, aplicações da engenharia genética como produção de proteínas e terapia gênica, e usos da biotecnologia em áreas como meio ambiente, alimentos, saúde e bioinformática.
O documento discute os principais conceitos de biotecnologia e engenharia genética. Em três frases: Discute as técnicas de melhoramento genético e organismos geneticamente modificados, incluindo a produção de insulina em bactérias. Também aborda a clonagem reprodutiva e terapêutica, bem como as pesquisas e regulamentações sobre células-tronco embrionárias e adultas.
UPARSE: Análises de sequências de 16S rRNALeandro Lemos
O documento descreve o pipeline UPARSE para análise de sequências do gene 16S rRNA, incluindo qualidade de sequenciamento, demultiplexagem, remoção de primers, filtragem de sequências de baixa qualidade, agrupamento de OTUs e predição de taxonomia. O pipeline é implementado no software Usearch e permite processar milhares de sequências com alta acurácia em poucas horas.
O documento apresenta uma introdução ao sistema operacional Linux, abordando seus principais pontos como ser livre, ter diversas distribuições disponíveis, organizar arquivos em diretórios, utilizar programas de linha de comando para manipular arquivos de texto e navegar pelo sistema através do terminal.
Seminário de Extremófilos - TermoadaptaçãoLeandro Lemos
1. O documento discute a análise de genomas microbianos para identificar genes associados à adaptação a ambientes extremos, como altas temperaturas.
2. Foi realizada a análise do genoma da bactéria termofílica Geobacillus kaustophilus para identificar características genômicas relacionadas à termofilia.
3. Foram identificados diversos genes candidatos envolvidos na adaptação térmica de G. kaustophilus, incluindo genes para estabilização do DNA e RNA.
Seminário final de Métodos estatísticos aplicados às Ciências Biológicas - MA...Leandro Lemos
1) O estudo avaliou as diferenças nas comunidades microbianas entre tecidos normais e tumorais de 8 pacientes chineses com câncer colorretal usando sequenciamento do gene 16S;
2) A análise revelou dois padrões de variação - aumento de Roseburia em 50% dos pacientes e diminuição de Microbacterium e Anoxybacillus em 75%;
3) Os resultados mostraram padrões semelhantes de microbiota entre populações diferentes, sugerindo fatores de risco comuns para câncer colorretal.
Arquéias oxidadoras de amônia (Seminário final de Ecologia Microbiana [Usp])Leandro Lemos
O documento resume as principais informações sobre Archaea oxidadoras de amônia (AOA), incluindo sua descoberta, fisiologia, bioquímica e genômica comparativa. As AOA desempenham um papel importante no ciclo do nitrogênio e competem com bactérias oxidadoras de amônia por substratos como amônia. Sua fisiologia extremamente oligotrófica lhes permite ocupar muitos habitats diferentes.
Seminário final de Introdução a Redes Booleanas ProbabilísticasLeandro Lemos
(1) O documento apresenta um modelo booleano de rede regulatória do ciclo celular com foco na transição G1/S; (2) O modelo simulou a dinâmica da rede e identificou um grande atrator correspondente à fase S do ciclo celular; (3) Análises comparativas demonstraram que a rede proposta é mais robusta do que redes aleatórias e pode ser decomposta em um "backbone motif" essencial para suas funções biológicas.
Rethinking microbial diversity analysis in the high throughput sequencing eraLeandro Lemos
Este documento discute a análise da diversidade microbiana na era do sequenciamento de alto rendimento. Ele conclui que abordagens baseadas na filogenia são importantes para comparar comunidades microbianas com alta ou baixa cobertura de sequências, enquanto abordagens baseadas em unidades taxonômicas operacionais requerem alta cobertura para detectar mudanças. A quantidade de sequências necessária depende do ambiente analisado e se ele é similar ou não.
1) Bivalvia inclui cerca de 8.000 espécies, a maioria marinha, como ostras, mexilhões e vierias.
2) Possuem concha dividida em duas valvas e um par de brânquias.
3) Seu achatamento lateral facilita a escavação no sedimento para obtenção de alimento enquanto enterrados.
2. Novas perspectivas em estudos de Ecologia Microbiana
Descobrir novos microrganismos n˜ao-cultiv´aveis
(biodiversidade desconhecida).
Leandro Nascimento Lemos Meta’omics
3. Novas perspectivas em estudos de Ecologia Microbiana
1 Sequenciamento massivo de DNA.
2 Desenvolvimento de supercomputadores.
3 Desenvolvimento de novas ferramentas computacionais (de
Bioinform´atica).
Leandro Nascimento Lemos Meta’omics
4. Ciˆencia de Dados (Data Science)
Acesso a informac¸˜ao e como transformar a informac¸˜ao em
conhecimento;
Leandro Nascimento Lemos Meta’omics
5. Ciˆencia de Dados (Data Science)
Acesso a informac¸˜ao e como transformar a informac¸˜ao em
conhecimento;
https://www.youtube.com/watch?v=OE63BYWdqC4
Leandro Nascimento Lemos Meta’omics
6. Novas perspectivas em estudos de Ecologia Microbiana
1 Sequenciamento massivo de DNA.
2 Desenvolvimento de supercomputadores.
3 Desenvolvimento de novas ferramentas computacionais (de
Bioinform´atica).
Leandro Nascimento Lemos Meta’omics
7. 1. Sequenciamento massivo de DNA
Illumina Hiseq: sequenciamento de at´e 2.000 genomas
microbianos em uma ´unica corrida.
Leandro Nascimento Lemos Meta’omics
8. 1. Sequenciamento massivo de DNA
Ebola em 2015. 28.599
casos 11.299 mortes na
´Africa Ocidental.
Sequenciamento:
Caracterizar o agente
infeccioso e determinar as
taxas de mutac¸˜oes.
Ganhos: Identificac¸˜ao de
trac¸os adaptativos e
caracterizac¸˜ao de respostas
do v´ırus a vacinas e
tratamentos.
Leandro Nascimento Lemos Meta’omics
9. 1. Sequenciamento massivo de DNA
MinIon: Sequenciador port´atil USB.
Leandro Nascimento Lemos Meta’omics
10. 1. Sequenciamento massivo de DNA
MinIon: Strand sequencing - DNA passa intacto em um
nanoporo prot´eico, sendo sequenciado em tempo real, assim
que a mol´ecula ultrapassa o poro.
https://www.youtube.com/watch?v=BNz880V52rQ
Leandro Nascimento Lemos Meta’omics
11. 2. Desenvolvimento de supercomputadores
Velocidade dos avanc¸os na
capacidade de
processamento e
armazenamento de dados.
Leandro Nascimento Lemos Meta’omics
12. 2. Desenvolvimento de supercomputadores
Lei de Moore: N´umero de transistores em um chip dobraria
a cada 18 meses, mantendo ou diminuindo o custo de
produc¸˜ao e o espac¸o ocupado pela pec¸a.
Leandro Nascimento Lemos Meta’omics
13. 2. Desenvolvimento de supercomputadores
Alta capacidade de
processamento,
armanezamento e mem´oria;
Illumina Hiseq
(18.000.000/reads por
amostra);
128 processadores e 2 TB
de mem´oria ram.
Leandro Nascimento Lemos Meta’omics
14. 3. Bioinform´atica
O que ´e: Aplicac¸˜ao da Ciˆencia
de Dados na resoluc¸˜ao de
problemas biol´ogicos;
Desafio: processar uma
avalanche de dados gerados por
sequenciadores de nova gerac¸˜ao;
Solu¸c˜ao: Produzir novas
ferramentas computacionais.
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16. Bioinform´atica: Human Microbiome Project
Explorar as relac¸˜oes entre doenc¸as humanas com alterac¸˜oes na
microbiota;
Desenvolvimento de novas ferramentas de Bioinform´atica
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17. Bioinform´atica: Human Microbiome Project
Desenvolvimento de novas ferramentas de Bioinform´atica
(IMG/M)
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18. Novas perspectivas em estudos de Ecologia Microbiana
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19. Estudos de comunidades microbianas (ou de microbiomas)
T´ecnicas independentes de cultivo de microrganismos;
Microrganismos n˜ao-cultiv´aveis s˜ao a maioria!
Meta’omics: integrac¸˜ao de diferentes tipos de dados.
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20. Reconstruc¸˜ao de genomas em amostras de metagenomas
por Single-cell
Separac¸˜ao de c´elulas de bact´erias n˜ao-cultiv´aveis;
Extrac¸˜ao de DNA e amplificac¸˜ao do genoma total;
Sequenciamento e Bioinform´atica.
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21. Reconstruc¸˜ao de genomas em metagenomas por Single-cell
Separac¸˜ao de 9.600 c´elulas e sequenciamento de 201 genomas
de bact´erias e arqu´eias n˜ao-cultiv´aveis;
Muitos grupos ainda desconhecidos (”microbial dark matter”);
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22. Reconstruc¸˜ao de genomas em metagenomas por Single-cell
C´odon de parada UGA codifica uma glicina;
S´ıntese de purina de arqu´eias presentes em bact´erias (transferˆencia
horizontal de genes);
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23. Reconstruc¸˜ao de genomas em amostras do metagenoma
total
Metagenomas = m´ultiplos genomas presentes em uma
amostra ambiental.
Genomas microbianos s˜ao parecidos (evolu¸c˜ao) == dificulta
o processo de separac¸˜ao (ou montagem);
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24. Reconstruc¸˜ao de genomas - Binning
Soluc¸˜oes: Montagem e Binning
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25. Reconstruc¸˜ao de genomas - Binning
Reconstruc¸˜ao do genoma de uma bact´eria n˜ao-cultiv´avel do
filo TM7;
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26. Nova ´arvore da vida
Pontos vermelhos indicam grupos que ainda n˜ao foram cultivados.
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27. Aplicac¸˜ao da Meta’omics: Doenc¸as inflamat´orias
intestinais
Doenc¸a Crohn e colite ulcerativa;
Relac¸˜ao entre as alterac¸˜oes em vias de sinalizac¸˜ao em humanos e a
estrutura da microbiota (Knights et al., 2014);
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28. Aplicac¸˜ao da Meta’omics: Doenc¸as inflamat´orias
intestinais
The Inflammatory Bowel Disease Multi’omics Database
(https://ibdmdb.org/; Equipe multidisciplinar.
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