As bacias secundárias são um conjunto de bacias localizadas próximas ao litoral, com rios curtos e poucos afluentes. São divididas em: Bacias do Nordeste, com rios temporários no sertão; Bacias do Leste, com rios que descem do Planalto Atlântico; e Bacias do Sudeste-Sul, com rios que fluem dos planaltos em direção ao oceano. Com exceção dos rios temporários do Nordeste, os demais apresentam cheias de verão, sendo pouco aproveitáveis