Graduação em Biotecnologia
Seminario de Bioinformática
Carbapenem-hydrolyzing class D oxacillinase OXA-143 in
Acinetobacte...
Proposta da aula:
Comparar sequencias de OXA-143 identificar
possíveis mutações e similaridades com outros
genes.
Identifi...
Introdução
Acinetobacter ssp.
Reino Becteria
Filo Proteobacteria
Classe Gammaproteobacteria
Ordem Pseydomonadales
Família ...
Introdução
Acinetobacter baumannii – calcoaceticus
A maioria das doenças nosocomiais está relacionada ao complexo A.
calco...
Resistência intrínseca
TRATAMENTO
Antimicrobianos beta-lactâmicos → Carbapenemas (Imipenem,
Meropenem e Ertapenem).
Mecanismo de resistência
Prod...
Importância
Resistência microbiana é um problema de saúde pública!
Desenvolver estratégias conjuntas com o objetivo de ide...
B-lactamicos e Carbapenemas
penicilinas,
cefalosporinas,
monobactâmicos e
carbapenemas.
Carbapenemas → maior espectro de a...
Gram-negativos, a sua produção representa o maior fator de resistência a beta-lactâmicos
B-lactamases
As carbapenemases de Classe D:
São, geralmente, fracamente inibidas por inibidores das
B-lactamases e pelo EDTA;
Possuem e...
Bancos de dados Genômico
●
Quantidade de dados gerados
●
Organização
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Análise
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Várias ferramentas desenvolvidas pela bioinformática permitem o acesso e análise
dos dados no GenBank.
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Também no NCBI
Reúne somente as sequências de referência, ou seja, a mais representativa
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Metodologia
Pesquisa nos bancos de dados.
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Resultado Bioedit
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Bioedit = sequencia da oxa-143 + oxa sp
DNA → RNA → AAS
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A.b. OXA-24
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A.b. B-lactamase
A.p. B-lacmase de classe D
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Comparação de nucleotídeo entre as blaOXA encontradas
em Acinetobacter sp
Comparação de nucleotídeo entre as blaOXA encontradas
em Acinetobacter sp
Em relação a aminoaçidos :
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Grande similaridade com os membros OXAs encontrados em Acinetobacter sp.
Entre eles o OXA-24. Estudos realizados na França...
Composição de aminoácido encontrado nas blaOXA em Acinetobacter baumannii
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Obrigado
Analise da sequencia de nucleotideos e peptideos de oxacilinases em Acinetobacter spp
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Analise da sequencia de nucleotideos e peptideos de oxacilinases em Acinetobacter spp

  1. 1. Graduação em Biotecnologia Seminario de Bioinformática Carbapenem-hydrolyzing class D oxacillinase OXA-143 in Acinetobacter baumannii, new D oxacillinase in Brazil. Uma comparação da sequencia de nucleotídeo. Ivson Cassiano de Oliveira Santos 2013.1
  2. 2. Proposta da aula: Comparar sequencias de OXA-143 identificar possíveis mutações e similaridades com outros genes. Identificar a proteína codificada e analisar seus aas.
  3. 3. Introdução Acinetobacter ssp. Reino Becteria Filo Proteobacteria Classe Gammaproteobacteria Ordem Pseydomonadales Família Moraxellaceae Género Acinetobacter O gênero é composto por bactérias: Gram-negativas Não moveis Estritamente aeróbicas Não fermentador Pouco exigente Catalase positiva Oxidase negativa
  4. 4. Introdução Acinetobacter baumannii – calcoaceticus A maioria das doenças nosocomiais está relacionada ao complexo A. calcoaceticus-baumannii. A.Calcoacetitus de origem ambiental. A. pittii, A. nosocomialis e A. baumannii responsável pelas infecção hospitalares ou na comunidade. Características fenotípicas - GÊNERO Características genotípicas – ESPÉCIE
  5. 5. Resistência intrínseca
  6. 6. TRATAMENTO Antimicrobianos beta-lactâmicos → Carbapenemas (Imipenem, Meropenem e Ertapenem). Mecanismo de resistência Produção de carbapenemases da classe D (Oxacilinases)
  7. 7. Importância Resistência microbiana é um problema de saúde pública! Desenvolver estratégias conjuntas com o objetivo de identificar a dimensão do problema e traçar estratégias para o seu controle. capacitar os profissionais da saúde realidade nacional Programa Nacional de Controle de Infecção Hospitalar Associação Brasileira de Profissionais em Controle de Infecção Hospitalar Associação Paulista de Controle de Infecção Hospitalar Associação Mineira de Estudos em Controle de Infecção Hospitalar
  8. 8. B-lactamicos e Carbapenemas penicilinas, cefalosporinas, monobactâmicos e carbapenemas. Carbapenemas → maior espectro de ação, e são indicados para o tratamento de infecções causadas por Gram-negativos, Gram-positivos, anaeróbicos, organismos produtores de beta-lactamases de espectro estendido e AmpC. Imipenem → suscetível a degradação enzimática pela enzima dehidropeptidase -1 (DHP-1), nos túbulos renais. co-administração de inibidores.
  9. 9. Gram-negativos, a sua produção representa o maior fator de resistência a beta-lactâmicos B-lactamases
  10. 10. As carbapenemases de Classe D: São, geralmente, fracamente inibidas por inibidores das B-lactamases e pelo EDTA; Possuem elevada variabilidade na sequência aminoacídica 121 variantes Várias são ESBL Pelo menos 45 são carbapenemases
  11. 11. Bancos de dados Genômico ● Quantidade de dados gerados ● Organização ● Análise ● O NCBI, ou Centro Nacional para Informação Biotecnológica dos EUA, é considerado o banco de dados central sobre informações genômicas. Europa e Japão trocam dados em um intervalo de 24 horas com o NCBI O GenBank é o principal banco de dados do NCBI e armazena todas seqüências disponíveis publicamente de DNA (de seqüências pequenas a genomas inteiros), RNA e proteínas.
  12. 12. Várias ferramentas desenvolvidas pela bioinformática permitem o acesso e análise dos dados no GenBank. BLAST ou Basic Local Alignment Search Tool Ferramenta mais popular de comparação de seqüências de DNA. comparar uma seqüência de DNA ou proteína (Query) com bancos públicos. apenas identifica, no banco de dados, a presença de uma sequência suficientemente parecida com a pesquisada. GenBank ou em várias de suas subdivisões
  13. 13. RefSeq Também no NCBI Reúne somente as sequências de referência, ou seja, a mais representativa sequência de um transcrito, editada e inspecionada por um curador. melhor banco de dados para se evitar a redundância natural num universo com tantas informações.
  14. 14. Metodologia Pesquisa nos bancos de dados. OXA-143 Refseg Bioedit Confirmação da sequencia de nucleotídeo da proteína Blast 1 1 Otimizar para sequências altamente similares (Megablast). Sequências mais diferentes (Megablast discontínua) Sequências algo semelhante (blastn)
  15. 15. RefSeq 1 - Acinetobacter baumannii strain 135040 putative replicase (rep) gene, partial cds; mobilization protein (mob) and beta-lactamase OXA-143 (bla-OXA-143) genes, complete cds; and replicase (rep) gene, partial cds 2 - Acinetobacter baumannii strain 804/08 carbapenem-hydrolyzing class D oxacillinase OXA- 143 (blaOXA-143) gene, partial cds 3 - Acinetobacter baumannii strain 580/08 carbapenem-hydrolyzing class D oxacillinase OXA- 143 (blaOXA-143) gene, partial cds 4 - Acinetobacter baumannii strain 736/08 carbapenem-hydrolyzing class D oxacillinase OXA- 143 (blaOXA-143) gene, partial cds 5 - Acinetobacter baumannii strain 1031/08 carbapenem-hydrolyzing class D oxacillinase OXA- 143 (blaOXA-143) gene, partial cds
  16. 16. Resultado Bioedit
  17. 17. 1ª pesquisa no Blast Resultado
  18. 18. Resultado Blast
  19. 19. Problema ??
  20. 20. Resultado Blast "hypothetical protein” (<1..400)... “histidina tríade" (477..944) … "proteína putativa GGDEF família" (1008..2720) … "carbapenem-hydrolyzing oxacillinase" (3146..3931) ..."hypothetical protein" (4874..5770).
  21. 21. Bioedit = sequencia da oxa-143 + oxa sp DNA → RNA → AAS
  22. 22. Peguei a sequencia do OXA sp. e joguei no blast
  23. 23. blaOXA-143
  24. 24. A.b. OXA-24 A.r. OXA-23 A.b. B-lactamase A.p. B-lacmase de classe D Sequencia de aas da OXA-143 ALSAVPVYQELARRTGLDLMQKEV KRVGFGNMNIGTQVDNFWLVGPLKI o processo de descoberta e desenvolvimento de novos fármacos é hoje totalmente dependente do emprego de metodologias computacionais.
  25. 25. Comparação de nucleotídeo entre as blaOXA encontradas em Acinetobacter sp
  26. 26. Comparação de nucleotídeo entre as blaOXA encontradas em Acinetobacter sp Em relação a aminoaçidos : 88% with OXA-40 63% with OXA-23 52% with OXA-58 OXA-143 exibe 31 substituições em relação ao OXA-40.
  27. 27. Grande similaridade com os membros OXAs encontrados em Acinetobacter sp. Entre eles o OXA-24. Estudos realizados na França com amostras OXA-143 Positivas mostram que as amostras estão flanqueadas por replicases. DNA molecule: 143 Length = 150 base pairs Nucleotide Number Mol% A 45 30,00 C 27 18,00 G 35 23,33 T 43 28,67 DNA molecule: 58 Length = 575 base pairs Nucleotide Number Mol% A 198 34,43 C 93 16,17 G 124 21,57 T 160 27,83 DNA molecule: 23 Length = 501 base pairs Nucleotide Number Mol% A 166 33,13 C 76 15,17 G 127 25,35 T 132 26,35 DNA molecule: 24 Length = 249 base pairs Nucleotide Number Mol% A 87 34,94 C 39 15,66 G 54 21,69 T 69 27,71 DNA molecule: 51 Length = 325 base pairs Nucleotide Number Mol% A 102 31,38 C 64 19,69 G 72 22,15 T 87 26,77
  28. 28. Composição de aminoácido encontrado nas blaOXA em Acinetobacter baumannii
  29. 29. FIM Obrigado

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