O Colégio Empyrius tem como objetivo formar cidadãos conscientes e líderes por meio de um ensino crítico, criativo e ético. Sua missão é construir conhecimento e valores éticos nos alunos para torná-los cidadãos globais. Seus valores incluem ética, transparência, respeito, comprometimento e profissionalismo. A escola utiliza métodos socioconstrutivistas e tecnologia para potencializar o aprendizado.