O principal desafio para o avanço do REDD no Estado é a continuidade do programa ao longo do tempo, exigindo gestão compartilhada entre governo e sociedade civil e equilíbrio entre os interesses dos diferentes setores. Uma mudança de governo sem vontade política pode atrasar o processo, enquanto programas como o ISA Carbono já captaram recursos e os distribuem entre iniciativas de fortalecimento do extrativismo, povos indígenas e produção familiar sustentável.