A EBSERH é uma empresa pública que administra hospitais universitários federais, prestando serviços de saúde gratuitos e apoiando o ensino e a pesquisa. Sua governança é feita por um Conselho de Administração, uma Diretoria Executiva e outros órgãos, que definem suas diretrizes e políticas. A empresa atua em todo o território nacional sob a supervisão do Ministério da Educação.