O ABC da Seleção Genômica:
Uma abordagem prática
Raysildo B. Lôbo
Luís Gustavo G. Figueiredo
Informação Genômica
Genômica: todo e qualquer estudo do Genoma.
Genoma: material genético transmitido à sua prole (DNA).
Equação Fundamental da Seleção
G ={ Acc * IS* A}  IG
Acurácia de Seleção
Intensidade de Seleção
Desvio Padrão Genético
Intervalo de Gerações
SNP
Polimorfismos de nucleotídeo único que pode variar de
animal para animal
IDEAL
Alteração no SNP
Alteração Fenotípica
Animal 1 C/G: menor IPP
Animal 2 T/A: maior IPP
RARAMENTE UM ÚNCO SNP É RESPONSÁVEL POR VARIAÇÃO EM CARACTERÍSTICAS DE
INTERESSE ECONÔMICO.
Avaliação Genômica
Irmãos
Filhos Gim de Garça
Dumu
Karvardi Imp.
Mara Imp.
Dahi
Survana Imp.
Cartomante
Netos
PEDIGREE
+
FENÓTIPO
+
PROGÊNIES E
COLATERAIS
DEPG
+
VALOR MOLECULAR PREDITO – Clarifide Nelore 2.0
Development and implementation of
genomic predictions in beef cattle
D.P. Berry,* J.F. Garcia,† and D.J. Garrick‡
*Ireland,†Brazil, ‡USA
Jan. 2016, Vol. 6, No. 1
Impacto da Acurácia
Fonte: ANCP– MAIO/2016
Ganho Genético por ano (G)
∆𝑮
𝒕
=
𝑨𝒄𝒄 × 𝑰 𝑺 × 𝝈 𝑨
𝑰𝑮
Acurácia de Seleção Desvio Padrão Genético
Intervalo de Gerações
Intensidade de Seleção
Característica
Acurácia Média
Ganho
Genômica Tradicional
DIPP 56 27 107%
D3P 35 23 52%
MP120 46 29 59%
MP210 46 28 64%
DP210 61 34 79%
DP450 66 37 78%
DSTAY 47 23 104%
DPE365 65 34 91%
DPE450 57 33 73%
DAOL 60 33 82%
Fonte: Sumário de Machos Jovens – MAIO/2016
Impacto na Acurácia
Machos Jovens – Sumário Maio/2016
Ganho Genético por ano (G)
Idade ao Primeiro Parto
• Característica: IPP
• Intervalo de Gerações em Anos (IG): 3 anos
• Desvio Padrão Genético Aditivo (σA): 1,45 meses
• Porcentagem de indivíduos selecionados: 1%
• Intensidade seletiva (i): 2,7
DEP Genômica DEP Tradicional
G = 0,73 meses/ano G = 0,35 meses/ano
107%
∆𝑮
𝒕
=
𝟎, 𝟓𝟔 × 𝟐, 𝟕 × 𝟏, 𝟒𝟓
𝟑, 𝟎
∆𝑮
𝒕
=
𝟎, 𝟐𝟕 × 𝟐, 𝟕 × 𝟏, 𝟒𝟓
𝟑, 𝟎
Ganho Genético por ano (G)
Habilidade Maternal para Peso aos 120 Dias de Idade
• Característica: MP120
• Intervalo de Gerações em Anos (IG): 3 anos
• Desvio Padrão Genético Aditivo (σA): 4,39 kg
• Porcentagem de indivíduos selecionados: 1%
• Intensidade seletiva (i): 2,7
DEP Genômica DEP Tradicional
G = 1,82 kg/ano G = 1,15 kg/ano
59%
∆𝑮
𝒕
=
𝟎, 𝟒𝟔 × 𝟐, 𝟕 × 𝟒, 𝟑𝟗
𝟑, 𝟎
∆𝑮
𝒕
=
𝟎, 𝟐𝟗 × 𝟐, 𝟕 × 𝟒, 𝟑𝟗
𝟑, 𝟎
Ganho Genético por ano (G)
Peso aos 450 Dias de Idade
• Característica: P450
• Intervalo de Gerações em Anos (IG): 3 anos
• Desvio Padrão Genético Aditivo (σA): 14,74 kg
• Porcentagem de indivíduos selecionados: 1%
• Intensidade seletiva (i): 2,7
DEP Genômica DEP Tradicional
G = 8,75 kg/ano G = 4,91 kg/ano
78%
∆𝑮
𝒕
=
𝟎, 𝟔𝟔 × 𝟐, 𝟕 × 𝟏𝟒, 𝟕𝟒
𝟑, 𝟎
∆𝑮
𝒕
=
𝟎, 𝟑𝟕 × 𝟐, 𝟕 × 𝟏𝟒, 𝟕𝟒
𝟑, 𝟎
Ganho Genético por ano (G)
Área de Olho de Lombo
• Característica: AOL
• Intervalo de Gerações em Anos (IG): 3 anos
• Desvio Padrão Genético Aditivo (σA): 3,46 cm
• Porcentagem de indivíduos selecionados: 1%
• Intensidade seletiva (i): 2,7
DEP Genômica DEP Tradicional
G = 1,87 cm2/ano G = 1,03 cm2/ano
82%
∆𝑮
𝒕
=
𝟎, 𝟔𝟎 × 𝟐, 𝟕 × 𝟑, 𝟒𝟔
𝟑, 𝟎
∆𝑮
𝒕
=
𝟎, 𝟑𝟑 × 𝟐, 𝟕 × 𝟑, 𝟒𝟔
𝟑, 𝟎
Impacto na Acurácia
Machos Jovens – Sumário Maio/2016
Fonte: Sumário de Machos Jovens – MAIO/2016
Característica
Acurácia Média Número
Médio de
ProgêniesGenômica Tradicional
DIPP 56 27 35
D3P 35 23 5
MP120 46 29 16
MP210 46 28 19
DP210 61 34 13
DP450 66 37 11
DSTAY 47 23 24
DPE365 65 34 10
DPE450 57 33 6
DAOL 60 33 9
Fonte: Sumário de Machos Jovens – MAIO/2016
Número Médio de Progênies
Machos Jovens – Sumário Maio/2016
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O ABC da Seleção Genômica

  • 1.
    O ABC daSeleção Genômica: Uma abordagem prática Raysildo B. Lôbo Luís Gustavo G. Figueiredo
  • 2.
    Informação Genômica Genômica: todoe qualquer estudo do Genoma. Genoma: material genético transmitido à sua prole (DNA).
  • 3.
    Equação Fundamental daSeleção G ={ Acc * IS* A}  IG Acurácia de Seleção Intensidade de Seleção Desvio Padrão Genético Intervalo de Gerações
  • 4.
    SNP Polimorfismos de nucleotídeoúnico que pode variar de animal para animal IDEAL Alteração no SNP Alteração Fenotípica Animal 1 C/G: menor IPP Animal 2 T/A: maior IPP RARAMENTE UM ÚNCO SNP É RESPONSÁVEL POR VARIAÇÃO EM CARACTERÍSTICAS DE INTERESSE ECONÔMICO.
  • 5.
    Avaliação Genômica Irmãos Filhos Gimde Garça Dumu Karvardi Imp. Mara Imp. Dahi Survana Imp. Cartomante Netos PEDIGREE + FENÓTIPO + PROGÊNIES E COLATERAIS DEPG + VALOR MOLECULAR PREDITO – Clarifide Nelore 2.0
  • 7.
    Development and implementationof genomic predictions in beef cattle D.P. Berry,* J.F. Garcia,† and D.J. Garrick‡ *Ireland,†Brazil, ‡USA Jan. 2016, Vol. 6, No. 1
  • 8.
    Impacto da Acurácia Fonte:ANCP– MAIO/2016
  • 9.
    Ganho Genético porano (G) ∆𝑮 𝒕 = 𝑨𝒄𝒄 × 𝑰 𝑺 × 𝝈 𝑨 𝑰𝑮 Acurácia de Seleção Desvio Padrão Genético Intervalo de Gerações Intensidade de Seleção
  • 10.
    Característica Acurácia Média Ganho Genômica Tradicional DIPP56 27 107% D3P 35 23 52% MP120 46 29 59% MP210 46 28 64% DP210 61 34 79% DP450 66 37 78% DSTAY 47 23 104% DPE365 65 34 91% DPE450 57 33 73% DAOL 60 33 82% Fonte: Sumário de Machos Jovens – MAIO/2016 Impacto na Acurácia Machos Jovens – Sumário Maio/2016
  • 11.
    Ganho Genético porano (G) Idade ao Primeiro Parto • Característica: IPP • Intervalo de Gerações em Anos (IG): 3 anos • Desvio Padrão Genético Aditivo (σA): 1,45 meses • Porcentagem de indivíduos selecionados: 1% • Intensidade seletiva (i): 2,7 DEP Genômica DEP Tradicional G = 0,73 meses/ano G = 0,35 meses/ano 107% ∆𝑮 𝒕 = 𝟎, 𝟓𝟔 × 𝟐, 𝟕 × 𝟏, 𝟒𝟓 𝟑, 𝟎 ∆𝑮 𝒕 = 𝟎, 𝟐𝟕 × 𝟐, 𝟕 × 𝟏, 𝟒𝟓 𝟑, 𝟎
  • 12.
    Ganho Genético porano (G) Habilidade Maternal para Peso aos 120 Dias de Idade • Característica: MP120 • Intervalo de Gerações em Anos (IG): 3 anos • Desvio Padrão Genético Aditivo (σA): 4,39 kg • Porcentagem de indivíduos selecionados: 1% • Intensidade seletiva (i): 2,7 DEP Genômica DEP Tradicional G = 1,82 kg/ano G = 1,15 kg/ano 59% ∆𝑮 𝒕 = 𝟎, 𝟒𝟔 × 𝟐, 𝟕 × 𝟒, 𝟑𝟗 𝟑, 𝟎 ∆𝑮 𝒕 = 𝟎, 𝟐𝟗 × 𝟐, 𝟕 × 𝟒, 𝟑𝟗 𝟑, 𝟎
  • 13.
    Ganho Genético porano (G) Peso aos 450 Dias de Idade • Característica: P450 • Intervalo de Gerações em Anos (IG): 3 anos • Desvio Padrão Genético Aditivo (σA): 14,74 kg • Porcentagem de indivíduos selecionados: 1% • Intensidade seletiva (i): 2,7 DEP Genômica DEP Tradicional G = 8,75 kg/ano G = 4,91 kg/ano 78% ∆𝑮 𝒕 = 𝟎, 𝟔𝟔 × 𝟐, 𝟕 × 𝟏𝟒, 𝟕𝟒 𝟑, 𝟎 ∆𝑮 𝒕 = 𝟎, 𝟑𝟕 × 𝟐, 𝟕 × 𝟏𝟒, 𝟕𝟒 𝟑, 𝟎
  • 14.
    Ganho Genético porano (G) Área de Olho de Lombo • Característica: AOL • Intervalo de Gerações em Anos (IG): 3 anos • Desvio Padrão Genético Aditivo (σA): 3,46 cm • Porcentagem de indivíduos selecionados: 1% • Intensidade seletiva (i): 2,7 DEP Genômica DEP Tradicional G = 1,87 cm2/ano G = 1,03 cm2/ano 82% ∆𝑮 𝒕 = 𝟎, 𝟔𝟎 × 𝟐, 𝟕 × 𝟑, 𝟒𝟔 𝟑, 𝟎 ∆𝑮 𝒕 = 𝟎, 𝟑𝟑 × 𝟐, 𝟕 × 𝟑, 𝟒𝟔 𝟑, 𝟎
  • 15.
    Impacto na Acurácia MachosJovens – Sumário Maio/2016 Fonte: Sumário de Machos Jovens – MAIO/2016
  • 16.
    Característica Acurácia Média Número Médiode ProgêniesGenômica Tradicional DIPP 56 27 35 D3P 35 23 5 MP120 46 29 16 MP210 46 28 19 DP210 61 34 13 DP450 66 37 11 DSTAY 47 23 24 DPE365 65 34 10 DPE450 57 33 6 DAOL 60 33 9 Fonte: Sumário de Machos Jovens – MAIO/2016 Número Médio de Progênies Machos Jovens – Sumário Maio/2016
  • 17.
  • 18.

Notas do Editor

  • #4 Acc= h2 ou uma combinação linear de efeitos Acc= precisão da AG e a precisão na escolha do touro
  • #5 Nucleotídeos são compostos por um açúcar (ribose (RNA), desoxirribose (DNA)), um fosfato e uma base nitrogenada. As bases nitrogenadas do DNA são: citosina, adenina, guanina, timina e do RNA são: citosina, adenina, guanina, uracila.
  • #6 Histórico da DEP auxiliada e Genômica – história inicio 2008 a 2010 e 2011 lançamento DEP Genômica lançada em abrail/2014
  • #10 Acc= h2 ou uma combinação linear de efeitos Acc= precisão da AG e a precisão na escolha do touro