Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas
microbianos
Leandro Nascimento Lemos
Doutorando em Biologia na Agricultura e no Ambiente
Julho/2017
Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
Questionamento:
Pergunta: ´E poss´ıvel interir func¸˜oes de adaptac¸˜ao de
ambientes extremos a partir da informac¸˜ao contida nos genes?
Exemplo: Identificac¸˜ao de termoestabilidade de prote´ınas em
ambientes extremos.
Aplica¸c˜ao: Bioprospecc¸˜ao de enzimas de interesse
biotecnol´ogico (e.g., enzimas termoest´aveis na produc¸˜ao de
biocombust´ıveis).
Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
Termof´ılicos
Organismos que habitam ambientes com temperaturas entre
40 e 120◦C.
Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
Artigo cient´ıfico
Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
Bacillus
Mesof´ılicos vs. Termof´ılicos
Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
Material e M´etodos
1 Sequenciamento
2 Predic¸˜ao de genes e anotac¸˜ao (Quais s˜ao as fun¸c˜oes de
cada gene?)
3 An´alise de Componentes Principais - Vari´aveis: composic¸˜ao de
amino´acidos de sequˆencias traduzidas e uso de c´odons.
An´alise de similaridade.
Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
Resultados: Informac¸˜oes gerais do genoma
1 Tamanho do genoma de
Geobacillus kaustophilus:
3.554.776 bp com 3.498
genes codificadores de
prote´ınas
2 54.5% (1.914) CDSs
caracterizadas com func¸˜oes
biol´ogicas conhecidas.
Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
Resultados: Caracter´ısticas genˆomicas relacionadas a
termofilia
An´alise baseada na composic¸˜ao de amino´acidos apresentou
diferenc¸a.
Termof´ılicos = mesof´ılicos.
Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
Resultados: Caracter´ısticas genˆomicas relacionadas a
termofilia
An´alise baseada na composic¸˜ao e frequˆencia de c´odons n˜ao
apresentou diferenc¸a.
Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
Resultados: Caracter´ısticas genˆomicas relacionadas a
termofilia
Alto conte´udo G+C ´e uma das assinaturas termof´ılicas em G.
kaustophilus.
Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
Resultados: Genes candidatos envolvidos no fen´otipo
termof´ılico
Estabilizac¸˜ao do DNA
Protamina: ”empacotamento” e estabilizac¸˜ao do DNA
Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
Resultados: Genes candidatos envolvidos no fen´otipo
termof´ılico
1 Estabilizac¸˜ao do RNA
2 MTase: Quatro ort´ologos
´unicos em G. kaustophilus
que est˜ao ausentes nas
outras esp´ecies de Bacillus.
Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
Conclus˜ao
1 G. kaustophilus apresenta caracter´ısticas ´unicas entre as
esp´ecies de Bacillus e essas caracter´ısticas est˜ao associadas a
termofilia.
Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
Desafios cient´ıficos, aplicabilidade e potencial de aplicac¸˜ao
no contexto brasileiro
1 Desafio: Processamento e gerac¸˜ao de dados, e relac¸˜ao dado
bruto:contexto biol´ogico.
2 Aplicabilidade: Aplicac¸˜ao na bioprospecc¸˜ao de enzimas
termoest´aveis em cepas de bact´erias de microbiomas
brasileiros.
Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
Obrigado pela aten¸c˜ao!
Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos

Seminário de Extremófilos - Termoadaptação

  • 1.
    Termoadapta¸c˜ao via an´alisesde genomas microbianos Leandro Nascimento Lemos Doutorando em Biologia na Agricultura e no Ambiente Julho/2017 Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
  • 2.
    Questionamento: Pergunta: ´E poss´ıvelinterir func¸˜oes de adaptac¸˜ao de ambientes extremos a partir da informac¸˜ao contida nos genes? Exemplo: Identificac¸˜ao de termoestabilidade de prote´ınas em ambientes extremos. Aplica¸c˜ao: Bioprospecc¸˜ao de enzimas de interesse biotecnol´ogico (e.g., enzimas termoest´aveis na produc¸˜ao de biocombust´ıveis). Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
  • 3.
    Termof´ılicos Organismos que habitamambientes com temperaturas entre 40 e 120◦C. Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
  • 4.
    Artigo cient´ıfico Leandro NascimentoLemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
  • 5.
    Bacillus Mesof´ılicos vs. Termof´ılicos LeandroNascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
  • 6.
    Material e M´etodos 1Sequenciamento 2 Predic¸˜ao de genes e anotac¸˜ao (Quais s˜ao as fun¸c˜oes de cada gene?) 3 An´alise de Componentes Principais - Vari´aveis: composic¸˜ao de amino´acidos de sequˆencias traduzidas e uso de c´odons. An´alise de similaridade. Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
  • 7.
    Resultados: Informac¸˜oes geraisdo genoma 1 Tamanho do genoma de Geobacillus kaustophilus: 3.554.776 bp com 3.498 genes codificadores de prote´ınas 2 54.5% (1.914) CDSs caracterizadas com func¸˜oes biol´ogicas conhecidas. Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
  • 8.
    Resultados: Caracter´ısticas genˆomicasrelacionadas a termofilia An´alise baseada na composic¸˜ao de amino´acidos apresentou diferenc¸a. Termof´ılicos = mesof´ılicos. Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
  • 9.
    Resultados: Caracter´ısticas genˆomicasrelacionadas a termofilia An´alise baseada na composic¸˜ao e frequˆencia de c´odons n˜ao apresentou diferenc¸a. Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
  • 10.
    Resultados: Caracter´ısticas genˆomicasrelacionadas a termofilia Alto conte´udo G+C ´e uma das assinaturas termof´ılicas em G. kaustophilus. Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
  • 11.
    Resultados: Genes candidatosenvolvidos no fen´otipo termof´ılico Estabilizac¸˜ao do DNA Protamina: ”empacotamento” e estabilizac¸˜ao do DNA Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
  • 12.
    Resultados: Genes candidatosenvolvidos no fen´otipo termof´ılico 1 Estabilizac¸˜ao do RNA 2 MTase: Quatro ort´ologos ´unicos em G. kaustophilus que est˜ao ausentes nas outras esp´ecies de Bacillus. Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
  • 13.
    Conclus˜ao 1 G. kaustophilusapresenta caracter´ısticas ´unicas entre as esp´ecies de Bacillus e essas caracter´ısticas est˜ao associadas a termofilia. Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
  • 14.
    Desafios cient´ıficos, aplicabilidadee potencial de aplicac¸˜ao no contexto brasileiro 1 Desafio: Processamento e gerac¸˜ao de dados, e relac¸˜ao dado bruto:contexto biol´ogico. 2 Aplicabilidade: Aplicac¸˜ao na bioprospecc¸˜ao de enzimas termoest´aveis em cepas de bact´erias de microbiomas brasileiros. Leandro Nascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos
  • 15.
    Obrigado pela aten¸c˜ao! LeandroNascimento Lemos Termoadapta¸c˜ao via an´alises de genomas microbianos