O documento discute o sequenciamento de DNA em larga escala como um novo paradigma para geração de conhecimento. Apresenta os métodos de sequenciamento de próxima geração (NGS) e como eles permitiram o sequenciamento de diversos genomas completos a baixo custo. Também aborda as novas possibilidades geradas pelo NGS, como sequenciamento de RNA e epigenética.

1. Sequenciamento de ácidos nucleicos em larga escala como novo paradigma para geração de conhecimentoProf. Dr. Rinaldo Wellerson PereiraPrograma de Pós Graduação em Ciências Genômicas e Biotecnologia

2. Apresentação

3. Grupo de Pesquisa

4. Contatosrinaldo.pereira@catolica.edu.brhttps://www.facebook.com/pages/Genética-Prof-Rinaldo-Pereira/173846522641806http://rinaldogenetica.comhttps://www.facebook.com/pages/Ci%C3%AAncias-Gen%C3%B4micas-UCB-Bras%C3%ADlia/199850806721852rinaldo_pereirarinaldo.ucb

5. PlanejamentoDia 31/08/11 – Métodos e GenomasMetodologia NGS (Next GenerationSequencing)Dia 01/08/11 - Sequenciamento de Genomas Sequenciamento de Genomas CompletosSequenciamento de regiões de interesse (targetedresequencing)Dia 02/08/11 – RNAseq – EpigenéticaSequenciamento Global de RNASSequenciamento de DNA tratado com bissulfitoSequencimento de DNA proveniente de Chip (ChipSeq)

6. Sequenciamento de DNAMétodo de Sanger

8. Sequenciamentocom Dye Terminators (Fluorescente)

9. Sequenciamento de DNAMétodo de Sanger - Automatização384 poços96 poços

10. Sequenciamento de DNADetecçãoSimultânea de Quatro Cores

11. Sequenciamento de DNA1977 -2004 – Evolução e consolidação do método de Sanger2004 - ……. – Plataformas de NGS – Next GenerationSequencing (Na verdade pode ser: “NowGenerationSequencing”)Segunda Geração Terceira Geração

12. SangerNGSShendure, 2008 – Nature Biotechnology

13. Human genome at ten: the sequence explosion. Nature, 464: 670-671. 2010.

14. Venter, 2010 - NatureHuman genome at ten: the sequence explosion. Nature, 464: 670-671. 2010.

15. Wetterstrand KA. DNA Sequencing Costs: Data from the NHGRI Large-Scale Genome Sequencing Program Available at: www.genome.gov/sequencingcosts. Accessed [08/28/11]

16. Wetterstrand KA. DNA Sequencing Costs: Data from the NHGRI Large-Scale Genome Sequencing Program Available at: www.genome.gov/sequencingcosts. Accessed [08/28/11]

17. Do que falamos quando falamos sobre NGS?Zhang et al., The impact of next-generation sequencing on genomics.J Genet Genomics. 2011, 38(3):95-109.

19. Mais e novas possibilidades

21. http://www.454.com/flash/roche-gene.asphttp://454.com/products/gs-flx-system/index.asp - Acesso em 28/08/11

23. GenomeAnalyserIIx

24. HiSeq 1000http://www.illumina.com/systems/hiseq_1000.ilmn, acesso em 28/08/11

25. HiSeq 2000http://www.illumina.com/systems/hiseq_2000.ilmn, acesso em 28/08/11

26. MiSeqPersonalSequencing Systemhttp://www.illumina.com/systems/miseq.ilmn , acesso em 28/08/11

27. 5500 SOLiDTMSequencer5500xl SOLiDTMSequencer

28. 50Mb 100x>100 M reads/amostra

29. IonPersonalGenomeMachine-PGMJM Rothberg et al.Nature475, 348-352 (2011) doi:10.1038/nature10242

31. Readlength – 1000 bases35-45 Mb/Run

32. Sequenciamento de GenomasDe Mendel a SangerGregor MendelFrederick GriffithAvery, Mcarty, McLeodMorgan, Sturtevant, BridgesZamenick, Hoagland, BrennerWatson, Crick, Franklin, WilkinsSangerNirenberg, Khorana, Holley

33. A ideia geral em se sequenciar genoma

34. Theymadethe cover!Caenorhabditiselegans11/12/1998Sacharomycescerevisae25/10/1996Drosophilamelanogaster24/03/2000Haemophilusinfluenza28/07/1995Pan troglodytes01/09/2005Mus muscullus05/12/2002Rattusnovergicus01/04/2005Gallusgallus09/12/2004Arabidopsisthaliana14/12/2000Homo sapiens sapiens15/02/2001 e 16/02/2001TetraedonNigrovirids21/10/2004Finalização doGenoma HumanoCannisfamiliaris05/12/2005Apismellifera26/10/2006Monodelphisdomestica10/05/2007Macacamulatta13/04/2007ZeaMays20/11/2009Bostaurus24/04/2009

35. O que se extrai de um genoma?A ponta do Iceberg!O início de uma longa jornada!

36. Sequenciamentos de Genomas na eraNGSAté amanhã!Divirtam-se!