Este documento discute a análise da diversidade microbiana na era do sequenciamento de alto rendimento. Ele conclui que abordagens baseadas na filogenia são importantes para comparar comunidades microbianas com alta ou baixa cobertura de sequências, enquanto abordagens baseadas em unidades taxonômicas operacionais requerem alta cobertura para detectar mudanças. A quantidade de sequências necessária depende do ambiente analisado e se ele é similar ou não.
Bioinformática aplicada nas análises da microbiota do rúmenLeandro Lemos
Aula ministrada na disciplina 'Genômica e Bioinformática', do curso de pós-graduação em Ciências (Energia Nuclear), do Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA/USP).
Aula ministrada no curso de Biodiversidade e Conservação, dos cursos de Ciências Biológicas e Engenharia Agronômica, da Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ/USP).
Análises de sequências metagenômicas via MG-RASTLeandro Lemos
This document discusses analyzing metagenomic sequences using the MG-RAST platform. It covers topics such as big data in molecular biology, bioinformatics tools for processing large datasets, metagenomics for studying microbial communities, and the MG-RAST pipeline for quality control, gene prediction, taxonomic and functional annotation of metagenomic samples. Examples of analyzing samples on MG-RAST and comparing samples are also provided.
Novas Perspectivas em Estudos de Ecologia MicrobianaLeandro Lemos
Aula ministrada junto à disciplina “Microbiologia Ruminal: Abordagem Molecular” [Tópico: Novas Perspectivas em Estudos de Ecologia Microbiana], do curso de pós-graduação em Ciências (Energia Nuclear), do Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA/USP).
Integração de dados genômicos e estatísticos no RStudioLeandro Lemos
O documento apresenta uma introdução ao software R para análise estatística e integração de dados genômicos. É descrito como R pode ser usado para ler, manipular e visualizar dados através de vetores, data frames e funções. Além disso, são explicados índices de diversidade, análises multivariadas como PCoA e CCA e o pacote ggplot2 para criação de gráficos. No final, há uma discussão sobre quais métodos aplicar no estudo do apresentador.
1) Bivalvia inclui cerca de 8.000 espécies, a maioria marinha, como ostras, mexilhões e vierias.
2) Possuem concha dividida em duas valvas e um par de brânquias.
3) Seu achatamento lateral facilita a escavação no sedimento para obtenção de alimento enquanto enterrados.
O documento resume a apresentação de Antônio Nazareno Guimarães Mendes sobre o estado atual da biotecnologia no café. Ele descreve as linhas de pesquisa da rede de biotecnologia do café em Minas Gerais, incluindo melhoramento genético, expressão gênica, tolerância à seca e qualidade da bebida. Ele também destaca alguns avanços como novas seleções resistentes, calos e mudas clonais de café produzidos por embriogênese somática e um bioprotetor contra fungos.
Novas tecnologias sequenciamento fronteiras biologia unb 10112010Rinaldo Pereira
O documento discute o avanço das tecnologias de sequenciamento de DNA e suas aplicações na biologia. Descreve a evolução do método de Sanger e a chegada das plataformas de sequenciamento de nova geração. Aponta como essas novas tecnologias ampliam as possibilidades de investigar a variabilidade genética através do sequenciamento de genomas individuais.
Bioinformática aplicada nas análises da microbiota do rúmenLeandro Lemos
Aula ministrada na disciplina 'Genômica e Bioinformática', do curso de pós-graduação em Ciências (Energia Nuclear), do Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA/USP).
Aula ministrada no curso de Biodiversidade e Conservação, dos cursos de Ciências Biológicas e Engenharia Agronômica, da Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ/USP).
Análises de sequências metagenômicas via MG-RASTLeandro Lemos
This document discusses analyzing metagenomic sequences using the MG-RAST platform. It covers topics such as big data in molecular biology, bioinformatics tools for processing large datasets, metagenomics for studying microbial communities, and the MG-RAST pipeline for quality control, gene prediction, taxonomic and functional annotation of metagenomic samples. Examples of analyzing samples on MG-RAST and comparing samples are also provided.
Novas Perspectivas em Estudos de Ecologia MicrobianaLeandro Lemos
Aula ministrada junto à disciplina “Microbiologia Ruminal: Abordagem Molecular” [Tópico: Novas Perspectivas em Estudos de Ecologia Microbiana], do curso de pós-graduação em Ciências (Energia Nuclear), do Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA/USP).
Integração de dados genômicos e estatísticos no RStudioLeandro Lemos
O documento apresenta uma introdução ao software R para análise estatística e integração de dados genômicos. É descrito como R pode ser usado para ler, manipular e visualizar dados através de vetores, data frames e funções. Além disso, são explicados índices de diversidade, análises multivariadas como PCoA e CCA e o pacote ggplot2 para criação de gráficos. No final, há uma discussão sobre quais métodos aplicar no estudo do apresentador.
1) Bivalvia inclui cerca de 8.000 espécies, a maioria marinha, como ostras, mexilhões e vierias.
2) Possuem concha dividida em duas valvas e um par de brânquias.
3) Seu achatamento lateral facilita a escavação no sedimento para obtenção de alimento enquanto enterrados.
O documento resume a apresentação de Antônio Nazareno Guimarães Mendes sobre o estado atual da biotecnologia no café. Ele descreve as linhas de pesquisa da rede de biotecnologia do café em Minas Gerais, incluindo melhoramento genético, expressão gênica, tolerância à seca e qualidade da bebida. Ele também destaca alguns avanços como novas seleções resistentes, calos e mudas clonais de café produzidos por embriogênese somática e um bioprotetor contra fungos.
Novas tecnologias sequenciamento fronteiras biologia unb 10112010Rinaldo Pereira
O documento discute o avanço das tecnologias de sequenciamento de DNA e suas aplicações na biologia. Descreve a evolução do método de Sanger e a chegada das plataformas de sequenciamento de nova geração. Aponta como essas novas tecnologias ampliam as possibilidades de investigar a variabilidade genética através do sequenciamento de genomas individuais.
1. O documento discute as aplicações do sequenciamento de nova geração (NGS) e como ele revolucionou a ciência biológica ao permitir a análise de grandes volumes de dados genômicos, transcricionais e epigenéticos.
2. As novas tecnologias de sequenciamento, como Illumina e 454, permitem gerar terabytes de dados a um custo muito menor que as técnicas anteriores, possibilitando projetos de sequenciamento em larga escala.
3. O NGS permitiu o desenvolvimento de técnicas
O documento apresenta uma introdução à bioinformática, abordando conceitos como DNA, RNA, sequenciamento, big data e ferramentas de bioinformática. O texto explica que a bioinformática é multidisciplinar e envolve biologia e computação, sendo útil para análise e interpretação de dados biológicos visando aplicações como estudos de doenças e desenvolvimento de tratamentos.
O sequenciamento de DNA é um processo que determina a ordem dos nucleotídeos em uma amostra de DNA. Um dos métodos mais utilizados é o método de Sanger, que usa terminadores de cadeia marcados com radiação ou fluorescência para identificar o último nucleotídeo incorporado durante a replicação do DNA, permitindo determinar a sequência. O método pode ser automatizado para sequenciar DNA em grande escala.
Biotecnologia Genomica na era do sequenciamento de DNA em larga escalaRinaldo Pereira
O documento discute a evolução da biotecnologia genômica com o avanço das técnicas de sequenciamento de alto desempenho. Apresenta as principais plataformas de sequenciamento de nova geração e suas aplicações, como sequenciamento de genomas individuais, transcritômica, epigenômica e estudos de variação genética normal e patológica. Também aborda o sequenciamento do primeiro genoma sintético e as perspectivas futuras da engenharia genética.
Bioinformática é uma área multidisciplinar que usa computadores e métodos estatísticos para construir modelos de moléculas biológicas e analisar grandes quantidades de dados biológicos, contribuindo para o desenvolvimento da genômica.
Sequenciamento de ultima geracao na identificacao de inversoes e translocacoesRinaldo Pereira
O documento discute as principais variações cromossômicas no genoma humano (SNPs e SVs) e as novas metodologias de sequenciamento de próxima geração que permitem a identificação de inversões e translocações. Aplicações incluem a detecção de mutações e a análise filogenética. As novas tecnologias como o sequenciamento Illumina e Applied Biosystems ampliam o conhecimento sobre o genoma.
The document describes the Sanger method for DNA sequencing, which was developed in 1977. The method uses DNA polymerase and dideoxynucleotides to terminate DNA strand elongation at random positions, generating DNA fragments of different lengths that can be used to determine the DNA sequence. The sequence is read by comparing the fragment lengths generated from reactions with different labeled dideoxynucleotides.
Noções de Melhoramento Animal de Bovinos de CorteAndré Ferreira
O documento discute o melhoramento genético de bovinos de corte no Brasil, destacando que a produção animal depende de fatores genéticos e ambientais. O país possui o segundo maior rebanho bovino do mundo e busca melhorar a qualidade da carne e a produtividade dos animais por meio de seleção e cruzamento de raças. Os principais critérios de seleção incluem peso, circunferência escrotal e precocidade sexual.
Sequenciamento de nova geração- Curso de Inverno de Genética 2013-UFPR by Jos...Joseph Evaristo
A apresentação mostra e compara diferentes técnicas de sequenciamento de DNA desde o método de Sanger desenvolvido em 1977 até o método de sequenciamento de molécula simples de DNA, o Nanopore. Alguns links mostravam vídeos na apresentação original e caso tenham interesse entrem em contato: joseph.am.evaristo@gmail.com
This document provides an overview of genomics, including its history, major research areas, and applications. Genomics is concerned with studying the genomes of organisms, including determining entire DNA sequences and genetic mapping. Major research areas discussed include bacteriophage, human, computational, and comparative genomics. Applications of genomics discussed include functional genomics, predictive medicine, metagenomics for medicine, biofuels and more. The first genomes sequenced were small viruses and mitochondria, while the human genome project aimed to map the entire human DNA sequence.
Genomics is the study of all the genes in an organism. It builds on recombinant DNA technology by using high-throughput approaches to analyze larger datasets computationally. Key techniques in genomics include sequencing entire genomes, assembling sequences, understanding gene expression and networks, and applying genomics to medicine through drug development, diagnostics, and personalized healthcare. Microarrays allow simultaneous analysis of thousands of genes and have applications in cancer diagnosis, prognosis, and identifying genes involved in metastasis. DNA sequencing methods like chain termination sequencing use dideoxynucleotides to terminate DNA synthesis at each base. Subcloning propagates DNA fragments using vectors and recombinant DNA techniques.
Next Gen Sequencing (NGS) Technology OverviewDominic Suciu
Next generation sequencing (NGS) provides several new technologies for DNA sequencing that have significantly increased throughput and reduced costs compared to previous methods. NGS technologies include Roche/454, Illumina, ABI SOLiD, Ion Torrent, and PacBio. These technologies have various applications including whole genome sequencing, detection of genetic mutations associated with diseases, RNA sequencing to study gene expression, and ChIP sequencing to identify DNA-binding sites. NGS is revolutionizing genomic research by allowing comprehensive study of genomes, transcriptomes, and gene regulation.
NGS technologies - platforms and applicationsAGRF_Ltd
This document summarizes several next-generation sequencing platforms and applications. It describes the workflows and chemistries of 454, Illumina, SOLiD, and Ion Torrent platforms. These platforms have significantly reduced the cost of sequencing compared to Sanger sequencing. Common applications include whole genome sequencing, RNA sequencing, sequence capture, and amplicon sequencing. Library preparation requires fragmentation of DNA or RNA, addition of adapters, and amplification prior to sequencing.
This document provides an introduction to next generation sequencing (NGS) technologies. It begins with an outline of topics to be covered, including the evolution of NGS technologies, their descriptions and comparisons, bioinformatics challenges of NGS data analysis, and some aspects of NGS data analysis workflows and tools. The document then delves into explanations of specific NGS platforms, their performance characteristics, and the sequencing processes. It discusses the large computational infrastructure and data management needs of NGS, as well as quality control, preprocessing of NGS data, and popular analysis tools and workflows.
this is done by me and my team mates of Wayamba University Sri Lanka for our project.From now we decided to allow download this file.I would be greatful if you could send your comments..
And I'm willing to help you in similar works.I'm in final year of my degree(.BSc Biotechnology)..
pubudu_gokarella@yahoo.com
O documento discute os princípios básicos da experimentação agrária, incluindo conceitos como experimento, unidade experimental, tratamento, fator, erro experimental, exactidão e precisão. Também explica princípios como repetições, casualização, controle local através de blocking e análise de covariância, e a abordagem científica da experimentação.
Este documento apresenta um resumo de três frases do trabalho de conclusão de curso "Aplicação de Redes Neurais Artificiais em Simulações Computacionais de Modelos Neutros de Biodiversidade e Biogeografia":
1) O trabalho desenvolve um modelo computacional para simular a Teoria Neutra da Biodiversidade e Biogeografia e analisar suas implicações, e estuda a aplicação de redes neurais artificiais para melhorar o processo de simulação.
2) A teoria explica padrões de abundância de espécies e tem grande impact
1. O documento apresenta o plano de aula de Biologia para o 1o ano do ensino médio.
2. Serão abordados os temas da síntese de proteínas e da divisão celular mitótica.
3. Os alunos serão avaliados por meio de uma prova com questões objetivas e discursivas.
Relatório estatística experimental aula de campo UFCG/CCTACésarLincolln Souza
O documento descreve uma aula de campo sobre estatística experimental na qual foram apresentados 4 projetos de pesquisa aplicando métodos estatísticos. Os projetos avaliaram fatores como adubação, inibição da nitrificação e salinidade da água em culturas como alface e goiabeira. Os alunos aprenderam como a estatística é essencial para interpretar resultados em projetos acadêmicos.
1. O plano de aula descreve uma lição sobre síntese de proteínas e divisão celular.
2. Os objetivos incluem compreender a síntese de proteínas e os tipos de RNA envolvidos, além dos processos de divisão celular e mitose.
3. A aula incluirá uma prova sobre os tópicos apresentados.
Este documento descreve um plano de aula sobre transporte celular para alunos do 1o ano do ensino médio. O plano inclui objetivos, conteúdos, procedimentos metodológicos e uma atividade prática sobre osmose em batatas para os alunos completarem. Uma avaliação no formato de um teste é fornecida para verificar a compreensão dos alunos.
1. O documento discute as aplicações do sequenciamento de nova geração (NGS) e como ele revolucionou a ciência biológica ao permitir a análise de grandes volumes de dados genômicos, transcricionais e epigenéticos.
2. As novas tecnologias de sequenciamento, como Illumina e 454, permitem gerar terabytes de dados a um custo muito menor que as técnicas anteriores, possibilitando projetos de sequenciamento em larga escala.
3. O NGS permitiu o desenvolvimento de técnicas
O documento apresenta uma introdução à bioinformática, abordando conceitos como DNA, RNA, sequenciamento, big data e ferramentas de bioinformática. O texto explica que a bioinformática é multidisciplinar e envolve biologia e computação, sendo útil para análise e interpretação de dados biológicos visando aplicações como estudos de doenças e desenvolvimento de tratamentos.
O sequenciamento de DNA é um processo que determina a ordem dos nucleotídeos em uma amostra de DNA. Um dos métodos mais utilizados é o método de Sanger, que usa terminadores de cadeia marcados com radiação ou fluorescência para identificar o último nucleotídeo incorporado durante a replicação do DNA, permitindo determinar a sequência. O método pode ser automatizado para sequenciar DNA em grande escala.
Biotecnologia Genomica na era do sequenciamento de DNA em larga escalaRinaldo Pereira
O documento discute a evolução da biotecnologia genômica com o avanço das técnicas de sequenciamento de alto desempenho. Apresenta as principais plataformas de sequenciamento de nova geração e suas aplicações, como sequenciamento de genomas individuais, transcritômica, epigenômica e estudos de variação genética normal e patológica. Também aborda o sequenciamento do primeiro genoma sintético e as perspectivas futuras da engenharia genética.
Bioinformática é uma área multidisciplinar que usa computadores e métodos estatísticos para construir modelos de moléculas biológicas e analisar grandes quantidades de dados biológicos, contribuindo para o desenvolvimento da genômica.
Sequenciamento de ultima geracao na identificacao de inversoes e translocacoesRinaldo Pereira
O documento discute as principais variações cromossômicas no genoma humano (SNPs e SVs) e as novas metodologias de sequenciamento de próxima geração que permitem a identificação de inversões e translocações. Aplicações incluem a detecção de mutações e a análise filogenética. As novas tecnologias como o sequenciamento Illumina e Applied Biosystems ampliam o conhecimento sobre o genoma.
The document describes the Sanger method for DNA sequencing, which was developed in 1977. The method uses DNA polymerase and dideoxynucleotides to terminate DNA strand elongation at random positions, generating DNA fragments of different lengths that can be used to determine the DNA sequence. The sequence is read by comparing the fragment lengths generated from reactions with different labeled dideoxynucleotides.
Noções de Melhoramento Animal de Bovinos de CorteAndré Ferreira
O documento discute o melhoramento genético de bovinos de corte no Brasil, destacando que a produção animal depende de fatores genéticos e ambientais. O país possui o segundo maior rebanho bovino do mundo e busca melhorar a qualidade da carne e a produtividade dos animais por meio de seleção e cruzamento de raças. Os principais critérios de seleção incluem peso, circunferência escrotal e precocidade sexual.
Sequenciamento de nova geração- Curso de Inverno de Genética 2013-UFPR by Jos...Joseph Evaristo
A apresentação mostra e compara diferentes técnicas de sequenciamento de DNA desde o método de Sanger desenvolvido em 1977 até o método de sequenciamento de molécula simples de DNA, o Nanopore. Alguns links mostravam vídeos na apresentação original e caso tenham interesse entrem em contato: joseph.am.evaristo@gmail.com
This document provides an overview of genomics, including its history, major research areas, and applications. Genomics is concerned with studying the genomes of organisms, including determining entire DNA sequences and genetic mapping. Major research areas discussed include bacteriophage, human, computational, and comparative genomics. Applications of genomics discussed include functional genomics, predictive medicine, metagenomics for medicine, biofuels and more. The first genomes sequenced were small viruses and mitochondria, while the human genome project aimed to map the entire human DNA sequence.
Genomics is the study of all the genes in an organism. It builds on recombinant DNA technology by using high-throughput approaches to analyze larger datasets computationally. Key techniques in genomics include sequencing entire genomes, assembling sequences, understanding gene expression and networks, and applying genomics to medicine through drug development, diagnostics, and personalized healthcare. Microarrays allow simultaneous analysis of thousands of genes and have applications in cancer diagnosis, prognosis, and identifying genes involved in metastasis. DNA sequencing methods like chain termination sequencing use dideoxynucleotides to terminate DNA synthesis at each base. Subcloning propagates DNA fragments using vectors and recombinant DNA techniques.
Next Gen Sequencing (NGS) Technology OverviewDominic Suciu
Next generation sequencing (NGS) provides several new technologies for DNA sequencing that have significantly increased throughput and reduced costs compared to previous methods. NGS technologies include Roche/454, Illumina, ABI SOLiD, Ion Torrent, and PacBio. These technologies have various applications including whole genome sequencing, detection of genetic mutations associated with diseases, RNA sequencing to study gene expression, and ChIP sequencing to identify DNA-binding sites. NGS is revolutionizing genomic research by allowing comprehensive study of genomes, transcriptomes, and gene regulation.
NGS technologies - platforms and applicationsAGRF_Ltd
This document summarizes several next-generation sequencing platforms and applications. It describes the workflows and chemistries of 454, Illumina, SOLiD, and Ion Torrent platforms. These platforms have significantly reduced the cost of sequencing compared to Sanger sequencing. Common applications include whole genome sequencing, RNA sequencing, sequence capture, and amplicon sequencing. Library preparation requires fragmentation of DNA or RNA, addition of adapters, and amplification prior to sequencing.
This document provides an introduction to next generation sequencing (NGS) technologies. It begins with an outline of topics to be covered, including the evolution of NGS technologies, their descriptions and comparisons, bioinformatics challenges of NGS data analysis, and some aspects of NGS data analysis workflows and tools. The document then delves into explanations of specific NGS platforms, their performance characteristics, and the sequencing processes. It discusses the large computational infrastructure and data management needs of NGS, as well as quality control, preprocessing of NGS data, and popular analysis tools and workflows.
this is done by me and my team mates of Wayamba University Sri Lanka for our project.From now we decided to allow download this file.I would be greatful if you could send your comments..
And I'm willing to help you in similar works.I'm in final year of my degree(.BSc Biotechnology)..
pubudu_gokarella@yahoo.com
O documento discute os princípios básicos da experimentação agrária, incluindo conceitos como experimento, unidade experimental, tratamento, fator, erro experimental, exactidão e precisão. Também explica princípios como repetições, casualização, controle local através de blocking e análise de covariância, e a abordagem científica da experimentação.
Este documento apresenta um resumo de três frases do trabalho de conclusão de curso "Aplicação de Redes Neurais Artificiais em Simulações Computacionais de Modelos Neutros de Biodiversidade e Biogeografia":
1) O trabalho desenvolve um modelo computacional para simular a Teoria Neutra da Biodiversidade e Biogeografia e analisar suas implicações, e estuda a aplicação de redes neurais artificiais para melhorar o processo de simulação.
2) A teoria explica padrões de abundância de espécies e tem grande impact
1. O documento apresenta o plano de aula de Biologia para o 1o ano do ensino médio.
2. Serão abordados os temas da síntese de proteínas e da divisão celular mitótica.
3. Os alunos serão avaliados por meio de uma prova com questões objetivas e discursivas.
Relatório estatística experimental aula de campo UFCG/CCTACésarLincolln Souza
O documento descreve uma aula de campo sobre estatística experimental na qual foram apresentados 4 projetos de pesquisa aplicando métodos estatísticos. Os projetos avaliaram fatores como adubação, inibição da nitrificação e salinidade da água em culturas como alface e goiabeira. Os alunos aprenderam como a estatística é essencial para interpretar resultados em projetos acadêmicos.
1. O plano de aula descreve uma lição sobre síntese de proteínas e divisão celular.
2. Os objetivos incluem compreender a síntese de proteínas e os tipos de RNA envolvidos, além dos processos de divisão celular e mitose.
3. A aula incluirá uma prova sobre os tópicos apresentados.
Este documento descreve um plano de aula sobre transporte celular para alunos do 1o ano do ensino médio. O plano inclui objetivos, conteúdos, procedimentos metodológicos e uma atividade prática sobre osmose em batatas para os alunos completarem. Uma avaliação no formato de um teste é fornecida para verificar a compreensão dos alunos.
Este documento descreve um plano de aula sobre transporte celular para alunos do 1o ano do ensino médio. O plano inclui objetivos, conteúdos, procedimentos metodológicos e uma atividade prática sobre osmose em batatas para os alunos completarem. Uma avaliação no formato de um teste é fornecida para verificar a compreensão dos alunos.
O documento introduz os principais temas de pesquisa do LAPROL e apresenta os fundamentos da metodologia experimental para o estudo do processamento linguístico. Aborda a importância de se realizar experimentos para estudar processos mentais inconscientes e automáticos que ocorrem rapidamente. Explica os principais passos para a construção de um experimento, como a escolha da variável independente e dependente, a manipulação de estímulos e o controle de variáveis. Apresenta exemplos de frases experimentais utilizadas para testar o processamento da correfer
This dissertation examines using domain ontologies and other terminological resources to improve query expansion techniques for information retrieval systems. It presents two experiments using the Genomics TREC collection that evaluate expanding queries based on relations in the Gene Ontology and other biomedical vocabularies and thesauri. The results indicate that query expansion can improve recall and precision, but the type of semantic relation and weights attributed to original and expanded terms impact performance.
O documento discute conceitos e métodos de ecotoxicologia aquática, incluindo a história da área, experimentação com organismos-teste, testes agudos e crônicos, e legislação aplicável. Aborda o uso de organismos como algas, crustáceos e peixes para avaliar a toxicidade de substâncias químicas em ecossistemas aquáticos.
1) O documento discute o uso da citometria de fluxo para fornecer informações sobre bioprocessos, incluindo a contagem e viabilidade de microrganismos.
2) A citometria de fluxo permite analisar propriedades celulares individuais rapidamente, revelando heterogeneidade entre as células de uma população.
3) Diferentes métodos como marcadores fluorescentes podem ser usados para detectar vários estados fisiológicos celulares além de vivo ou morto.
Este documento apresenta uma dissertação de mestrado sobre uma abordagem para classificação de anuros (sapos e pererecas) baseada em suas vocalizações. O trabalho propõe um sistema de classificação automática utilizando aprendizado de máquina e processamento de sinais aplicado a dados coletados por redes de sensores sem fio. O objetivo é identificar espécies de anuros a partir dos sons que eles emitem, o que pode fornecer informações úteis para biólogos que monitoram ecossistemas.
I. O documento descreve cinco eixos cognitivos (domínios linguísticos, compreensão de fenômenos, enfrentamento de situações-problema, construção de argumentação e elaboração de propostas) considerados importantes para todas as áreas do conhecimento.
II. Cada eixo é acompanhado por uma breve descrição de seu significado.
III. Algumas habilidades são listadas para cada competência de ciências da natureza e suas tecnologias.
1. O documento apresenta uma apostila sobre análise de dados ecológicos desenvolvida por professores e acadêmicos da Universidade Federal Fluminense.
2. A apostila aborda tópicos como amostragem, índices de dispersão, diversidade, representação gráfica de comunidades e análise de agrupamento para estudos ecológicos.
3. O objetivo é fornecer uma publicação em português sobre essas técnicas numéricas e estatísticas usadas em ecologia, visto que as ob
1) O documento discute as propriedades de redes complexas como redes metabólicas, a internet e redes de interação social.
2) Apresenta modelos matemáticos como o modelo de Barabási-Albert para gerar redes livres de escala e discute a robustez dessas redes.
3) Discutem dois estudos: prever a essencialidade de enzimas em redes metabólicas e incluir a atividade gênica em redes moleculares.
O documento apresenta um resumo de um artigo sobre ecologia de comunidades de insetos aquáticos. O artigo utilizou premissas da literatura para definir o objetivo de comparar as assembleias de insetos entre cursos d'água e determinar a relação entre insetos e substrato. A metodologia envolveu coletas nos cursos d'água e análise dos dados por meio de matrizes. A conclusão indicou diferenças nas assembleias relacionadas à localização e substrato, atingindo o objetivo proposto.
O documento discute os métodos e instrumentos utilizados para estudar células, incluindo microscopia óptica, de contraste de fase e fluorescência, além de microscopia eletrônica de transmissão e varredura. Vários tipos de microscópios são descritos assim como o processo de preparação de lâminas para análise, incluindo fixação, desidratação e embebição de amostras.
Estimativa de parâmetros genéticos e ambientais para características juvenis ...AcessoMacauba
Estimativa dos parâmetros genéticos e ambientais de quatro características juvenis em progênies de meios-irmãos de Acrocomia aculeata. As estimativas indicaram grande influência ambiental, com herdabilidade moderada a alta. A largura da folha apresentou a menor variabilidade ambiental e a maior herdabilidade, sendo o caracter mais promissor para seleção.
O documento discute estratégias de ensino sobre seleção natural, propondo atividades práticas em que os alunos analisam como diferentes populações de seres vivos se adaptam a mudanças ambientais. Sugere dinâmicas em que os alunos imaginam alterações no ambiente e observam quais características tornam cada população mais apta a sobreviver. A ideia é que entendam a seleção natural como um processo aleatório, não direcionado.
Semelhante a Rethinking microbial diversity analysis in the high throughput sequencing era (20)
UPARSE: Análises de sequências de 16S rRNALeandro Lemos
O documento descreve o pipeline UPARSE para análise de sequências do gene 16S rRNA, incluindo qualidade de sequenciamento, demultiplexagem, remoção de primers, filtragem de sequências de baixa qualidade, agrupamento de OTUs e predição de taxonomia. O pipeline é implementado no software Usearch e permite processar milhares de sequências com alta acurácia em poucas horas.
O documento apresenta uma introdução ao sistema operacional Linux, abordando seus principais pontos como ser livre, ter diversas distribuições disponíveis, organizar arquivos em diretórios, utilizar programas de linha de comando para manipular arquivos de texto e navegar pelo sistema através do terminal.
O documento descreve o processo de análise de metagenomas, incluindo a geração massiva de dados de sequenciamento, desafios de bioinformática e ferramentas como MG-RAST. O documento também discute a predição de genes, identificação funcional e análises comparativas de amostras usando bancos de dados públicos.
Seminário de Extremófilos - TermoadaptaçãoLeandro Lemos
1. O documento discute a análise de genomas microbianos para identificar genes associados à adaptação a ambientes extremos, como altas temperaturas.
2. Foi realizada a análise do genoma da bactéria termofílica Geobacillus kaustophilus para identificar características genômicas relacionadas à termofilia.
3. Foram identificados diversos genes candidatos envolvidos na adaptação térmica de G. kaustophilus, incluindo genes para estabilização do DNA e RNA.
Seminário final de Métodos estatísticos aplicados às Ciências Biológicas - MA...Leandro Lemos
1) O estudo avaliou as diferenças nas comunidades microbianas entre tecidos normais e tumorais de 8 pacientes chineses com câncer colorretal usando sequenciamento do gene 16S;
2) A análise revelou dois padrões de variação - aumento de Roseburia em 50% dos pacientes e diminuição de Microbacterium e Anoxybacillus em 75%;
3) Os resultados mostraram padrões semelhantes de microbiota entre populações diferentes, sugerindo fatores de risco comuns para câncer colorretal.
Arquéias oxidadoras de amônia (Seminário final de Ecologia Microbiana [Usp])Leandro Lemos
O documento resume as principais informações sobre Archaea oxidadoras de amônia (AOA), incluindo sua descoberta, fisiologia, bioquímica e genômica comparativa. As AOA desempenham um papel importante no ciclo do nitrogênio e competem com bactérias oxidadoras de amônia por substratos como amônia. Sua fisiologia extremamente oligotrófica lhes permite ocupar muitos habitats diferentes.
Seminário final de Introdução a Redes Booleanas ProbabilísticasLeandro Lemos
(1) O documento apresenta um modelo booleano de rede regulatória do ciclo celular com foco na transição G1/S; (2) O modelo simulou a dinâmica da rede e identificou um grande atrator correspondente à fase S do ciclo celular; (3) Análises comparativas demonstraram que a rede proposta é mais robusta do que redes aleatórias e pode ser decomposta em um "backbone motif" essencial para suas funções biológicas.
Sistema de Bibliotecas UCS - Chronica do emperador Clarimundo, donde os reis ...Biblioteca UCS
A biblioteca abriga, em seu acervo de coleções especiais o terceiro volume da obra editada em Lisboa, em 1843. Sua exibe
detalhes dourados e vermelhos. A obra narra um romance de cavalaria, relatando a
vida e façanhas do cavaleiro Clarimundo,
que se torna Rei da Hungria e Imperador
de Constantinopla.
Folheto | Centro de Informação Europeia Jacques Delors (junho/2024)Centro Jacques Delors
Estrutura de apresentação:
- Apresentação do Centro de Informação Europeia Jacques Delors (CIEJD);
- Documentação;
- Informação;
- Atividade editorial;
- Atividades pedagógicas, formativas e conteúdos;
- O CIEJD Digital;
- Contactos.
Para mais informações, consulte o portal Eurocid:
- https://eurocid.mne.gov.pt/quem-somos
Autor: Centro de Informação Europeia Jacques Delors
Fonte: https://infoeuropa.mne.gov.pt/Nyron/Library/Catalog/winlibimg.aspx?doc=48197&img=9267
Versão em inglês [EN] também disponível em:
https://infoeuropa.mne.gov.pt/Nyron/Library/Catalog/winlibimg.aspx?doc=48197&img=9266
Data de conceção: setembro/2019.
Data de atualização: maio-junho 2024.
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O Que é Um Ménage à Trois?
A sociedade contemporânea está passando por grandes mudanças comportamentais no âmbito da sexualidade humana, tendo inversão de valores indescritíveis, que assusta as famílias tradicionais instituídas na Palavra de Deus.
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Rethinking microbial diversity analysis in the high throughput sequencing era
1. 1
Universidade Federal do Pampa
Curso de Bacharelado em Ciências Biológicas
Trabalho de Conclusão V
RETHINKING MICROBIAL DIVERSITY ANALYSIS IN THE
HIGH THROUGHPUT SEQUENCING ERA
Acadêmico: Leandro Nascimento Lemos
Prof. Dr. Luiz Fernando Wurdig Roesch - Orientador
São Gabriel-RS
2011
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
2. L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3. ~ 5%
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
1. Introdução Geral
1) dificuldade em simular inúmeras condições ambientais em meios de
cultura.
1.1. - Estimativa da diversidade microbiana
a) Anomalia de Placas
4. L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
1.1. - Estimativa da diversidade microbiana
1. Introdução Geral
b) Técnicas independentes de cultivo de micro-organismos
5. L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
1.3. Sequenciadores de nova geração
1. Introdução Geral
…
ACGTGACTGAGGCTAG
CTAGACTACTT
TATATATATACGTCGT
C
ACTGATGACTAGATTA
ACTGATTTAGATACCT
TGATTTTAAAAAAATA
Primeira
Geração
Segunda
Geração
Terceira
Geração
6. L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
16S primer
A
Bacterial DNA
16S primer
B
Barcode
primer B Barcodes 16S rRNA primer
Sample A
Barcode 1
Sample B
Barcode 2
Sample C
Barcode 3
Sample D
Barcode 4
Sample A Sample B Sample C Sample D
ModifiedfromHoffmannetal.(2007)Nucl.Acid.Res.
7. L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
1.3. Crescimento do número de sequências no RPD II e SILVA
1. Introdução Geral
-> Maior crescimento a partir de 2007 (Roesch et al., 2007).
8. L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
http://biology.uoregon.edu/people/BOHANNAN/pics/Microbes.jpg
Grande diversidade
a) O solo apresenta a maior
diversidade microbiana do
ambiente terrestre. O número de
sequências é de fundamental
importância para obtenção
de resultados confiáveis.
9. - Se o número de sequências não é representativo em um
ambiente, os resultados obtidos podem não ser válidos e
confiáveis;
- O número de sequências necessários em cada tipo de
abordagem pode variar de acordo com o teste aplicado e a
diversidade de cada ambiente.
Hipótese:
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
10. - Demonstrar que o nível de esforço amostral obtido em análises
de comparação de comunidades microbianas pode produzir
resultados distintos;
- Determinar quais os tipos de análises e inferências mais
eficientes quando temos disponível um número pequeno ou
grande de sequências obtidos por plataformas de
sequenciadores de nova geração.
Objetivos:
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
11. 2. Material e Métodos
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
5
12. 2. Material & Metódos
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
2.1. Processamento de sequências, simulação de comunidades
microbianas e análises de Bioinformática
Eliminação de sequências
de baixa qualidade
trim.pl
Simulação de comunidades
microbianas hipotéticas
r_s_q.pl
500 500 500 500100 500 1000 5000
10000 20000
13. 2. Material & Metódos
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
2.2. Análises de Bioinformática
14. 2. Material & Metódos
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
2.3. Abordagens baseadas em táxons (taxon-based approaches)
Alinhamento de sequências
(Algoritmo de Needleman-Wunsch)
Greengenes
Mothur
Agrupamento de sequências
para formação de Unidades
Taxonômicas Operacionais
3 e 20% de dissimilaridade
Mothur
campo1 campo2 campo3
UTO1 4 8 19
UTO2 2 2 1
UTO3 0 1 34
15. 2. Material & Metódos
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
2.2. Abordagens baseadas em testes de hipóteses ( hypothesis
testing approaches)
Agrupamento de sequências
CD-HIT
Construção de uma árvore
filogenética
MUSCLE
Comparação de comunidades
microbianas
UNIFRAC
16. Comparação entre comunidades microbianas
ACP - Qualitativo ACP - Quantitativo
Análise de Coordenadas Principais (ACP)
17. 3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
Análise de Cobertura = representatividade
18. 3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
19. 3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
Florida - 5%; Antártica - 15%; Mauna Ulu - 9.3%; Pu'u Puai bare - 12.4%;
– Era esperado um número maior de sequências compartilhadas;
– Mesmo conjunto de dados.
a) indivíduos únicos ou compartilhados;
20. 3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
Florida - 48%; Mauna Ulu - 59%; Pu'u Puai bare - 47%;
21. 3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
– ---> Amostras com uma baixa cobertura não apresentam
resultados confiáveis ao ser aplicado Diagramas de Venn;
– ---> É necessário uma alta cobertura (> 90%);
22. 3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
---> Aumento da diversidade com o aumento do número de
sequências em uma amostra;
a) Índices de diversidade = comparação e caracterização de
comunidades microbianas
23. 3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
24. 3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
---> Sem mudanças significativas.
25. 3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
---> Sem mudanças significativas.
26. 3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
---> Sem mudanças significativas.
27. 3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
b) Estimador de riqueza = Chao1
28. 3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.1. Abordagens baseada em táxons (Quantas sequências são
necessárias?)
– ---> Chao1 não apresenta resultados confiáveis quando
aplicado numa base de dados com um pequeno número de
sequências.
29. 3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.2. Abordagens filogenéticas (Quando devem ser usadas?)
– a) amostras aleatórias com a mesma intensidade amostral (4
– amostras de 500 sequências para cada ambiente);
– b) amostras aleatórias com o aumento da intensidade
amostras (100, 500, 1.000, 5.000, 10.000 e 20.000)
– c) amostras aleatórias com o aumento da intensidade
amostral (100, 500 e 20.000) para comparação de três
ambientes.
30. 3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.2. Abordagens filogenéticas (Quando devem ser usadas?)
31. 3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.2. Abordagens filogenéticas (Quando devem ser usadas?)
– ---> (A) - 10.000 sequências são necessárias para formação de agrupamento;
– ---> (B) - Formação de agrupamentos a partir de 500 sequências.
32. 3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.2. Abordagens filogenéticas (Quando devem ser usadas?)
– ---> (A) e (B): sem formação de agrupamentos.
33. 3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.2. Abordagens filogenéticas (Quando devem ser usadas?)
– ---> Limitação: as amostras poderiam ser muito similares,
devido a uma mesma origem de base de dados;
–
– ---> Qual o nível de cobertura para comparar comunidades
microbianas de ambientes distintos?
34. 3. Resultados
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
3.2. Abordagens filogenéticas (Quando devem ser usadas?)
– (A) e (B) baixa cobertura = ambientes distintos (escala continental)
35. 4. Discussão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a
diversidade microbiana?
a) Cobertura;
b) Ambiente a ser analisado.
36. 4. Discussão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a
diversidade microbiana?
a) Cobertura;
Com base nos resultados de cobertura (51 - 81%) era esperado que o número
de Unidades Taxonômicas Operacionais entre as amostras fosse relativamente
alto.
É necessário ter uma cobertura (> 90%) para a aplicação dos Diagramas de
Venn
37. 4. Discussão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a
diversidade microbiana?
a) Cobertura;
– Um grande porcentagem de espécies estão presentes em um número
pequeno.
38. 4. Discussão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a
diversidade microbiana?
a) Normalização do número de sequências;
39. 4. Discussão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a
diversidade microbiana?
a) Normalização do número de sequências;
40. 4. Discussão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a
diversidade microbiana?
a) Chao1 = apenas com intensidade amostral alta
41. 4. Discussão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a
diversidade microbiana?
a) Chao1 = apenas com intensidade amostral alta
42. 4. Discussão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a
diversidade microbiana?
a) Baixa cobertura e abordagens filogenéticas
43. 4. Discussão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
Realmente precisamos de milhares de sequências para avaliar a
diversidade microbiana?
b) Ambientes similares
I) ACP - quantitativo = 500 sequências
II) ACP = qualitativo = 10.000 sequências
44. 5. Conclusão
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51
- Abordagens baseadas na informação filogenética são de
extrema importância para a comparação de comunidades
microbianas do solo com alta ou baixa cobertura;
- Abordagens baseadas em Unidades Taxonômicas Operacionais
são úteis para detectar mudanças em UTOs específicas, mas é
necessário uma alta cobertura.
47. 47
Universidade Federal do Pampa
Curso de Bacharelado em Ciências Biológicas
Trabalho de Conclusão V
RETHINKING MICROBIAL DIVERSITY ANALYSIS IN THE
HIGH THROUGHPUT SEQUENCING ERA
Acadêmico: Leandro Nascimento Lemos
Prof. Dr. Luiz Fernando Wurdig Roesch - Orientador
São Gabriel-RS
2011
L.N. Lemos et al. / Journal of Microbiological Methods 86 (2011) 42–51