O documento discute o potencial do sequenciamento de ácidos nucleicos em larga escala (NGS) para gerar novos conhecimentos sobre expressão gênica, RNAs não codificantes, epigenética e modificações na cromatina. O autor descreve como o NGS permite mapear transcritomas, isoformas de splicing alternativo, miRNAs e marcas epigenéticas com maior profundidade do que técnicas anteriores.

1. Sequenciamento de ácidos nucleicos em larga escala como novo paradigma para geração de conhecimento Prof. Dr. Rinaldo Wellerson Pereira Programa de Pós Graduação em Ciências Genômicas e Biotecnologia

2. Contatos rinaldo.pereira@catolica.edu.br https://www.facebook.com/pages/Genética-Prof-Rinaldo-Pereira/173846522641806 http://rinaldogenetica.com https://www.facebook.com/pages/Ci%C3%AAncias-Gen%C3%B4micas-UCB-Bras%C3%ADlia/199850806721852 rinaldo_pereira rinaldo.ucb

3. Planejamento Dia 02/09/11 – Sequenciamento de Genomas na era NGS RNAseq mRNA ncRNA Epigenética/Epigenômica Metilação de DNA Modificações em histonas e organização da cromatina

4. Conocimientos recientes de la función del genoma humano Fatores ambientais + Histonas ncRNAs Alterações Epigenéticas

5. Transcrição

6. Expressão Gênica O genoma em diferentes células de um mesmo organismo possuem o mesmo Genoma. Porque são diferentes? Porque os genes expressos são diferentes. Regulação da Expressão Gênica como mecanismo de diferenciação das células e também de adaptação celular a mudanças no ambiente

7. Porque estudar a Expressão Gênica? Entendimento dos mecanismos envolvidos na fisiologia celular Processos envolvidos na regulação da expressão gênica Resposta celular a estímulos externos Entendimento da gênese de processos patológicos Câncer Doenças Cardiovasculares

8. Avaliação do Transcritoma NorthenBlotting RT-PCR qPCR Bibliotecas ESTs SAGE – Serial analysisog Gene Expression Arrays Macroarrays Microarrays Anális Global por NGS - RNAseq

9. Transcritoma - RNAseq Splicing Alternativo ncRNA

10. Splicing alternativo

11. Splicing Alternativo 95% de sequênciascodificantesmultiexônicas apresentam splicingaltertivo Estima-se que em média, cada sequênciascodificantesmultiexônicas tenha 7 isoformas Há variação interpopulacional e interindividual no repertório de isoformas em diferentes tipos celulares No começo do começo do entendimento de como estas variações contribuem para a variabilidade normal e patológica NGS tem clara vantagem sobre microarranjos baseados em transcritos conhecidos

16. RNAs nãocodificantes 90% do genomahumano é transcrito Small ncRNA Long ncRNA

18. miRNAs são moléculas de ~22 nucleotídeos; Pertencentes aos RNAs não codificadores.

19. Atuação dos miRNA Regulam a expressão gênica, em geral, interagindo com a região 3’UTR de mRNAs.

23. miRNAs em fluídos biológicos

29. Epigenômica Modificações na cromatina HistoneCode

30. Variações Epigenéticas: são mudanças reversíveis e herdáveis no genoma funcional que não alteram a sequência de nucleotídeos do DNA.

31. Hipermetilação de ilhas CpG em câncer

32. Ambiente e Epigenética

33. Livros

34. Gêmeos MZ são iguais?

40. Transmissão epigenéticatransgeracionaltransgeracional

46. Epigenômica Metilação em DNA Sequenciamento de DNA tratado com bisulfito

49. Epigenômica Mapeando DNA associado à modificações em histonas (CHIP)

50. CHIP e NGS

51. Modificações em Histonas

54. E não se esqueçam: a tecnologia não pode substituir a biologia! Obrigado e uma boa viajem de retorno!