Este documento discute análise funcional de bioinformática. Ele descreve ferramentas como BLAST e HMMER para alinhar sequências e bancos de dados como COG, KEGG e PFam para anotar genes. Também fornece dicas para escolher os melhores hits e cobrir múltiplas bases de dados para melhor caracterizar proteínas e mapear vias metabólicas.

1. +
Bioinformática
Análise Funcional
Gabriel da Rocha Fernandes
Universidade Católica de Brasília
gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com

2. +
Objetivos
2
nIdentificar as funções dos genes.
nCaracterizar os processos celulares.
nMapear em vias metabólicas.
nElucidar o funcionamento do organismo.

3. +
Ferramentas
nFerramenta de alinhamento:
n BLAST
n HMMER
nBase de dados:
n COG
n KEGG Orthology
n PFam
n Gene Ontology
3

4. +
Dicas
nProcurar por Hits que tenham descrição clara.
n Evitar: hypothetical protein, putative..
nBuscar em várias bases de dados.
n Aumentar a quantidade de entradas anotadas.
n Hits não identificados em uma base podem ser anotados por outra.
nObservar a cobertura do alinhamento.
n BLAST faz alinhamento local.
n Não classificar uma proteína como um todo baseado apenas em
alinhamento a um unico domínio.
4

5. +
Processo
5
27
0!
!
Predição dos genes!
27
0!
!
BLAST! Base de dados!

6. +
Blast2GO
6

7. +
KEGG Mapper
7

8. +
iPath
npathways.embl.de
8

9. +
Pfam
9