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17/12/2013

~1977 – rRNA 16S

Nanoarchaeota

Ancestral comum –
origem da vida

Características gerais

Principais diferenças entre Bacteria e Archaea

• Archaea = “arcaico”
• Grande diversidade morfológica e metabólica
• Tamanho - geralmente muito pequenas - Microscopia eletrônica – < 1µm
• Conseguem habitar ambientes extremos
• Metabolismo quimiorganotrófico e quimiolitotrófico – parecido com bactérias e
eucariotos
• Metabolismo autotrófico – disseminado e variado

• Parede – sem peptideoglicano e mureína - ligação eter dos lipídeos
• Insensível à estreptomicina e cloranfenicol
• Histonas associadas ao DNA
• Contém complexidade de RNA polimerase
• Genes envolvidos com a replicação, transcrição e tradução – mais próximos
de eucariotos

Principais diferenças entre Eukarya e Archaea

Filogenia – rRNA 16S

• Célula procariótica
• Cromossomo circular
• Ausência de organelas envoltas por membranas
• Genes de conservação de energia e metabolismo – mais parecidos com os
de bactérias

1
17/12/2013

Expedição ambientes extremos (V1)
http://www.youtube.com/watch?v=rz-cqKbHh04&feature=player_embedded

Extremófilos
Temperatura
pH

Extremophiles in hot water (V2)
http://www.youtube.com/watch?v=VU-A6Sx7k-U&feature=related

Extremophiles hunter (V3)
http://www.youtube.com/watch?v=uqSIEOfhI8U&feature=related

Pressão
Salinidade

Euryarchaeota
• Halofílicos extremos
• Aeróbios obrigatórios
• Requerimento mínimo: 9%
• Crescimento ótimo: 12% a 23%
• Tolerância máxima: 32% - limite de saturação do NaCl
• Metanogênicos
• Anaeróbios estritos
• Produção de metano (CH4)

• Hipertermófilos
• Grupo de marinhos e terrestres não cultivados – evolução rápida

• Biotecnologia
• Homeostase
• Processos industriais
• Biogás

•Coloração – carotenóides – UV / produção de ATP

Halofílicos
• Gram-negativas
• Não formam estruturas de resistência
• Maioria é imóvel
• Maioria é aeróbia obrigatória
• Algumas – síntese de ATP mediada pela luz (sem fotossíntese)
• Bacteriorodopsina é produzida e inserida na membrana em anaerobiose
• É produzida uma força próton-motiva

2
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Haloferax volcanii - mar morto – fácil cultivo - halofílico modelo – sequenciado

• Presença de grandes plasmídios
• Homeostase mantida pelo bombeamento de
grandes quantidades de K para o interior da célula,
equilibrando-se com o Na do ambiente
• Proteínas ácidas – requerendo K
• Menores quantidades de aminoácidos hidrofóbicos,
evitando perda de atividade por agregação
• Ribossomos são estabilizados com K

Halobacterium

• Halofílico e alcalifílico
• pH de 9 a 11

Natronomonas

Natronobacterium

Haloquadratum

Ion
Na
K

• 0,15 µm
• Células quadradas
• Vesículas gasosas – flutuação
• Móveis

Mg
Cl

Metanogênicos
• Sedimentos anóxicos, trato digestivo de animais, fendas hidrotermais, tratamento de
esgoto, endossimbiontes de protozoários.
• Grande diversidade morfológica
• Grande diversidade de composição de parede celular
• Maioria – mesofílicos e não-halofílicos
• Produção de CH4 a partir de 11 substratos
• Formação de força próton motiva para a produção de ATP

Methanosarcina

Methanobacterium

3
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Hipertermófilos

Methanococcus jannaschii

Thermoplasma

• Não possuem parede celular (Thermoplasma e Ferroplasma)
• Termofílicos extremos
• Dentre os micro-organismos mais acidofílicos

• Primeiro extremófilo sequenciado
• Metanogênico modelo
• Fontes hidrotermais a 2.600m – hiperbarófilo (a
partir de 200 atm).
• Hipertermófilo - Crescimento: 48°C a 94°C – ótimo:
85°C

• Thermoplasma
•Quimiorganotrófico
• Crescimento ótimo: 55°C e pH 2 (0,5 a 4)
• Aeróbias facultativas
• Utilizam o S elementar como aceptor final de
elétrons
• Espécies isoladas de pilhas de refugo de carvão
autoaquecidas
• Membrana diferenciada – lipoglicano tetraéter –
monocamada – lipídio contendo manose + glicose
+ glicoproteínas
• Possui histonas semalhantes às de bactérias
(maioria das hitonas de archaeas são homólogas às
de eucariotos)
• Possui um dos menores genomas conhecidos –
1,5Mpb

Ferroplasma
• Acidófilo não termófilo
• 0,4 a 0,9 µm
• Quimiorganotrófico
• Oxida Ferro na respiração, produzindo ácido
• Crescimento ótimo a 35°C
• Pilhas de rejeitos de mineração, utilizando pirita
(FeS)
• Importante no ciclo do S

Thermoplasmatales

• Cresce em pH abaixo de zero!!
• Crescimento ótimo: pH 0,7
• 1 a 1,5 µm
• Termofílico moderado: crescimento ótimo a 60°C (45°C a 65°C)
• Possui parede celular
• Heterotrófico
• Organização diferenciada da membrana – extremamente ácida e impermeável
• em pH menos ácidos (~4), a membrana torna-se porosa e se desfaz
• Genoma pequeno (1,5 Mpb); alta densidade genética (92%)
Picrophilus

FeS2 + 14Fe3+ + 8H2O → 15Fe2+ +2SO42- + 16H+

Thermococcales
• Hipertermófilos
• Thermococcus
•
• Hipertermofílico de águas termais anóxicas
• Móveis, com tufo de flagelos polares
• Quimiorganotrófico anaeróbio obrigatório
• Enxofre elementar como aceptor final de elétrons
• Crescimento de 55°C a 95°C
• Gênero com o maior número de isolados caracterizados

4
17/12/2013

• Pyrococcus
• Morfologia e metabolismo similares a Thermococcus
• Crescimento ideal 100°C (70°C a 106°C)
• 0,8 a 2 µm

Methanopyrus

Archaeoglobales
• Archaeoglobus
•Único hipertermofílico redutor de sulfato
• Isolado de fendas hidrotermais
• Crescimento ótimo a 83°C
• Produz biofilmes – corrozão em dutos de petróleo/óleo
• Ferroglobus
• Quimiolitotrófico, oxidante de Fe e redutor de nitrato
• Anaeróbio

Nanoarchaeota – apenas DNA – Euryarchaeota???

• Metanogênico e hipertermófilo
• Isolado de fendas de fontes hidrotermais
• Crescimento ótimo a 100°C (cresce até 122°C)
• Produz metano a partir de H2 + CO2
• Possui composto glicolítico (2,3-difosfoglicerato) no citoplasma – termoestabilidade
• Uma das formas mais primitivas de vida

Nanoarchaeum equitans

Ferroglobus

Archaeoglobus

Nanoarchaeum equitans
• Termófilos – 70°C a 98°C
•Crescimento ótimo a 90°C
• Isolados de fendas hidrotermais
• Um dos menores organismos celulares conhecidos, com um dos menores genomas
(~0,5 Mpb)
• Alta densidade genética (95%)
• Volume correspondente a 1% de E. coli
• Simbionte obrigatório de Ignicoccus (Crenarchaeota) – cerca de dez células
• Parasita??
• Provavelmente Euryarchaeota de vida livre – associação – perda de genes – mutação

Crenarchaeota
• Termofílicos e hipertermofílicos – > 80°C
• Maioria quimiorganotrófico ou quimiolitotróficos
• Maioria anaeróbio
• Formação de força próton-motiva a partir da respiração anaeróbia
• Mesófilos – ambientes aquáticos e terrestres – não cultivados
• Ambientes neutros a levemente ácidos
• Psicrofílicos
• Termófílicos – evolução lenta; Mesófilos – evolução rápida
• Maioria metaboliza enxofre
• Isolados de solos aquecidos e ricos em enxofre e fendas hidrotermais

5
17/12/2013

Thermoproteales

Vulcânicos
Sulfolobales

• Thermoproteus e Thermofilum
• Anaeróbios estritos
• Bacilares ou filamentos
• Extremamente sensíveis a oxigênio (como os metanogênicos)
• Quimiolitotrofico (H2) ou quimiorganotrófico

• Sulfolobus
• Fontes termais ácidas (1-5), até 90°C e ricas em enxofre
• Quimiolitotrófico ou quimiorganotrófico aeróbio
• Oxida H2S e produz H2SO4, fixando CO2
• Mineração – lixiviação em altas temperaturas
• Acidianus
• Aeróbio facultativo
Sulfolobus
Acidianus

•Pyrobaculum
• Alguns são aeróbios
• Bacilar
• Fendas hidrotermais
• Crescimento ótimo a 100°C

Thermofilum

Pyrobaculum

Thermoproteus

• Desulfurococcus
• Crescimento ótimo: 85°C
• Anaeróbio estrito

Vulcânicos submarinos
• Pyrodictium
• Temp ótima: 105°C
• Anaeróbio estrito e quimiolitotrófico
• Meio de cultura: fibras de adesão às células e cristais de enxofre
• Poros de rochas de fontes hidrotermais
• Pyrolobus
• Temp ótima: 106°C (até 113°C) – sobrevive à autoclave por uma hora
• Autotrófico – fixa CO2 – produção primária

Pyrodictium

Pyrolobus

Desulfurococcus

• Ignicoccus
• Crescimento ótimo: 90°C
• Apresenta uma membrana externa
• Formação de um espesso periplasma
• Vesículas excretoras no periplasma
• Staphylothermus
• Quimiorganotrófico
• Crescimento ótimo: 92°C
• Fermentativo – proteínas
Staphylothermus
Ignicoccus

Não termofílicos (Crenarchaeota e Euryarchaeota)

Korarchaeota – apenas DNA

• Detectado DNA de Archaea em ambientes diversos
• Planctônicos / associados a partículas
• Importantes no ciclo do C

• Fontes hidrotermais terrestres

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Principais características e diferenças entre Archaea, Bacteria e Eukarya

  • 1. 17/12/2013 ~1977 – rRNA 16S Nanoarchaeota Ancestral comum – origem da vida Características gerais Principais diferenças entre Bacteria e Archaea • Archaea = “arcaico” • Grande diversidade morfológica e metabólica • Tamanho - geralmente muito pequenas - Microscopia eletrônica – < 1µm • Conseguem habitar ambientes extremos • Metabolismo quimiorganotrófico e quimiolitotrófico – parecido com bactérias e eucariotos • Metabolismo autotrófico – disseminado e variado • Parede – sem peptideoglicano e mureína - ligação eter dos lipídeos • Insensível à estreptomicina e cloranfenicol • Histonas associadas ao DNA • Contém complexidade de RNA polimerase • Genes envolvidos com a replicação, transcrição e tradução – mais próximos de eucariotos Principais diferenças entre Eukarya e Archaea Filogenia – rRNA 16S • Célula procariótica • Cromossomo circular • Ausência de organelas envoltas por membranas • Genes de conservação de energia e metabolismo – mais parecidos com os de bactérias 1
  • 2. 17/12/2013 Expedição ambientes extremos (V1) http://www.youtube.com/watch?v=rz-cqKbHh04&feature=player_embedded Extremófilos Temperatura pH Extremophiles in hot water (V2) http://www.youtube.com/watch?v=VU-A6Sx7k-U&feature=related Extremophiles hunter (V3) http://www.youtube.com/watch?v=uqSIEOfhI8U&feature=related Pressão Salinidade Euryarchaeota • Halofílicos extremos • Aeróbios obrigatórios • Requerimento mínimo: 9% • Crescimento ótimo: 12% a 23% • Tolerância máxima: 32% - limite de saturação do NaCl • Metanogênicos • Anaeróbios estritos • Produção de metano (CH4) • Hipertermófilos • Grupo de marinhos e terrestres não cultivados – evolução rápida • Biotecnologia • Homeostase • Processos industriais • Biogás •Coloração – carotenóides – UV / produção de ATP Halofílicos • Gram-negativas • Não formam estruturas de resistência • Maioria é imóvel • Maioria é aeróbia obrigatória • Algumas – síntese de ATP mediada pela luz (sem fotossíntese) • Bacteriorodopsina é produzida e inserida na membrana em anaerobiose • É produzida uma força próton-motiva 2
  • 3. 17/12/2013 Haloferax volcanii - mar morto – fácil cultivo - halofílico modelo – sequenciado • Presença de grandes plasmídios • Homeostase mantida pelo bombeamento de grandes quantidades de K para o interior da célula, equilibrando-se com o Na do ambiente • Proteínas ácidas – requerendo K • Menores quantidades de aminoácidos hidrofóbicos, evitando perda de atividade por agregação • Ribossomos são estabilizados com K Halobacterium • Halofílico e alcalifílico • pH de 9 a 11 Natronomonas Natronobacterium Haloquadratum Ion Na K • 0,15 µm • Células quadradas • Vesículas gasosas – flutuação • Móveis Mg Cl Metanogênicos • Sedimentos anóxicos, trato digestivo de animais, fendas hidrotermais, tratamento de esgoto, endossimbiontes de protozoários. • Grande diversidade morfológica • Grande diversidade de composição de parede celular • Maioria – mesofílicos e não-halofílicos • Produção de CH4 a partir de 11 substratos • Formação de força próton motiva para a produção de ATP Methanosarcina Methanobacterium 3
  • 4. 17/12/2013 Hipertermófilos Methanococcus jannaschii Thermoplasma • Não possuem parede celular (Thermoplasma e Ferroplasma) • Termofílicos extremos • Dentre os micro-organismos mais acidofílicos • Primeiro extremófilo sequenciado • Metanogênico modelo • Fontes hidrotermais a 2.600m – hiperbarófilo (a partir de 200 atm). • Hipertermófilo - Crescimento: 48°C a 94°C – ótimo: 85°C • Thermoplasma •Quimiorganotrófico • Crescimento ótimo: 55°C e pH 2 (0,5 a 4) • Aeróbias facultativas • Utilizam o S elementar como aceptor final de elétrons • Espécies isoladas de pilhas de refugo de carvão autoaquecidas • Membrana diferenciada – lipoglicano tetraéter – monocamada – lipídio contendo manose + glicose + glicoproteínas • Possui histonas semalhantes às de bactérias (maioria das hitonas de archaeas são homólogas às de eucariotos) • Possui um dos menores genomas conhecidos – 1,5Mpb Ferroplasma • Acidófilo não termófilo • 0,4 a 0,9 µm • Quimiorganotrófico • Oxida Ferro na respiração, produzindo ácido • Crescimento ótimo a 35°C • Pilhas de rejeitos de mineração, utilizando pirita (FeS) • Importante no ciclo do S Thermoplasmatales • Cresce em pH abaixo de zero!! • Crescimento ótimo: pH 0,7 • 1 a 1,5 µm • Termofílico moderado: crescimento ótimo a 60°C (45°C a 65°C) • Possui parede celular • Heterotrófico • Organização diferenciada da membrana – extremamente ácida e impermeável • em pH menos ácidos (~4), a membrana torna-se porosa e se desfaz • Genoma pequeno (1,5 Mpb); alta densidade genética (92%) Picrophilus FeS2 + 14Fe3+ + 8H2O → 15Fe2+ +2SO42- + 16H+ Thermococcales • Hipertermófilos • Thermococcus • • Hipertermofílico de águas termais anóxicas • Móveis, com tufo de flagelos polares • Quimiorganotrófico anaeróbio obrigatório • Enxofre elementar como aceptor final de elétrons • Crescimento de 55°C a 95°C • Gênero com o maior número de isolados caracterizados 4
  • 5. 17/12/2013 • Pyrococcus • Morfologia e metabolismo similares a Thermococcus • Crescimento ideal 100°C (70°C a 106°C) • 0,8 a 2 µm Methanopyrus Archaeoglobales • Archaeoglobus •Único hipertermofílico redutor de sulfato • Isolado de fendas hidrotermais • Crescimento ótimo a 83°C • Produz biofilmes – corrozão em dutos de petróleo/óleo • Ferroglobus • Quimiolitotrófico, oxidante de Fe e redutor de nitrato • Anaeróbio Nanoarchaeota – apenas DNA – Euryarchaeota??? • Metanogênico e hipertermófilo • Isolado de fendas de fontes hidrotermais • Crescimento ótimo a 100°C (cresce até 122°C) • Produz metano a partir de H2 + CO2 • Possui composto glicolítico (2,3-difosfoglicerato) no citoplasma – termoestabilidade • Uma das formas mais primitivas de vida Nanoarchaeum equitans Ferroglobus Archaeoglobus Nanoarchaeum equitans • Termófilos – 70°C a 98°C •Crescimento ótimo a 90°C • Isolados de fendas hidrotermais • Um dos menores organismos celulares conhecidos, com um dos menores genomas (~0,5 Mpb) • Alta densidade genética (95%) • Volume correspondente a 1% de E. coli • Simbionte obrigatório de Ignicoccus (Crenarchaeota) – cerca de dez células • Parasita?? • Provavelmente Euryarchaeota de vida livre – associação – perda de genes – mutação Crenarchaeota • Termofílicos e hipertermofílicos – > 80°C • Maioria quimiorganotrófico ou quimiolitotróficos • Maioria anaeróbio • Formação de força próton-motiva a partir da respiração anaeróbia • Mesófilos – ambientes aquáticos e terrestres – não cultivados • Ambientes neutros a levemente ácidos • Psicrofílicos • Termófílicos – evolução lenta; Mesófilos – evolução rápida • Maioria metaboliza enxofre • Isolados de solos aquecidos e ricos em enxofre e fendas hidrotermais 5
  • 6. 17/12/2013 Thermoproteales Vulcânicos Sulfolobales • Thermoproteus e Thermofilum • Anaeróbios estritos • Bacilares ou filamentos • Extremamente sensíveis a oxigênio (como os metanogênicos) • Quimiolitotrofico (H2) ou quimiorganotrófico • Sulfolobus • Fontes termais ácidas (1-5), até 90°C e ricas em enxofre • Quimiolitotrófico ou quimiorganotrófico aeróbio • Oxida H2S e produz H2SO4, fixando CO2 • Mineração – lixiviação em altas temperaturas • Acidianus • Aeróbio facultativo Sulfolobus Acidianus •Pyrobaculum • Alguns são aeróbios • Bacilar • Fendas hidrotermais • Crescimento ótimo a 100°C Thermofilum Pyrobaculum Thermoproteus • Desulfurococcus • Crescimento ótimo: 85°C • Anaeróbio estrito Vulcânicos submarinos • Pyrodictium • Temp ótima: 105°C • Anaeróbio estrito e quimiolitotrófico • Meio de cultura: fibras de adesão às células e cristais de enxofre • Poros de rochas de fontes hidrotermais • Pyrolobus • Temp ótima: 106°C (até 113°C) – sobrevive à autoclave por uma hora • Autotrófico – fixa CO2 – produção primária Pyrodictium Pyrolobus Desulfurococcus • Ignicoccus • Crescimento ótimo: 90°C • Apresenta uma membrana externa • Formação de um espesso periplasma • Vesículas excretoras no periplasma • Staphylothermus • Quimiorganotrófico • Crescimento ótimo: 92°C • Fermentativo – proteínas Staphylothermus Ignicoccus Não termofílicos (Crenarchaeota e Euryarchaeota) Korarchaeota – apenas DNA • Detectado DNA de Archaea em ambientes diversos • Planctônicos / associados a partículas • Importantes no ciclo do C • Fontes hidrotermais terrestres 6