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Introdução à Documentação do PubMed Central (PMC) para Marcação de Artigos Científicos em XML - Biblioteca MZ USP

O documento fornece uma introdução à marcação de artigos científicos no formato XML utilizado pelo PubMed Central (PMC). Explica a estrutura do PMC, as diretrizes de marcação e exemplos de como marcar elementos como metadados, seções, figuras e referências bibliográficas.

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Introdução à Documentação do PubMed Central (PMC) para Marcação de Artigos Científicos em XML Viviane Neves dos Santos Biblioteca MZ-USP Contato: viviane.neves.santos@usp.br
Introdução PMC SciELO Preservação Geração de Indicadores Texto completo Texto completo DTD PMC DTD PMC + Tags SciELO
Objetivos • PubMed Central (PMC) • Documentação PMC • Introdução à estrutura do XML PMC
PubMed Central (PMC) • texto completo em livre acesso • coletar e preservar a literatura • Ciências Biomédicas e da Vida • lançada em 2000 • National Center for Biotechnology Information (NCBI), U.S. National Library of Medicine (NLM) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/
Documentação PMC Journal Article Tag Suite (JATS) ANSI/NISO Z39.96-2012 Journal Archiving and Interchange Journal Publishing Article Authoring JATS-Con
Documentação PMC • Journal Article Tag Suite (JATS) (http://jats.nlm.nih.gov/index.html) • Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con) (http://jats.nlm.nih.gov/jats-con/ ) • Journal Publishing Tag Set (http://jats.nlm.nih.gov/publishing/)
Documentação PMC Journal Article Tag Suite (JATS) http://jats.nlm.nih.gov/index.html
Documentação PMC Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con) http://jats.nlm.nih.gov/jats-con
Documentação PMC Journal Publishing Tag Set http://jats.nlm.nih.gov/publishing
Atual - ago. 2012 - NISO JATS Version 1.0: http://jats.nlm.nih.gov/publishing/1.0/ Anteriores - mar. 2011 - NISO/JATS Version 0.4: http://jats.nlm.nih.gov/publishing/0.4/ - nov. 2008 - NLM Version 3.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/3.0/ - mar. 2007 - NLM Version 2.3: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.3/ - jun. 2006 - NLM Version 2.2: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.2/ - set. 2005 - NLM Version 2.1: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.1/ - nov. 2004 - NLM Version 2.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.0/ - nov. 2003 - NLM Version 1.1: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/1.1/ - mar. 2003 - NLM Version 1.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/1.0/ Documentação PMC Histórico das Versões Lançadas da DTD
• Journal Publishing Tag Library NISO JATS Version 1.0 - http://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.0/ • PubMed Central Tagging Guidelines - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging- guidelines/article/style.html • PubMed Central Citations - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging- guidelines/citations/v3/toc.html Documentação PMC O que é importante conhecer?Biblioteca de elementos e atributos Regras de Marcação de Artigos Amostras de Referências Marcadas
Documentação PMC Journal Publishing Tag Library NISO JATS Version 1.0 http://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.0/
Documentação PMC PubMed Central Tagging Guidelines http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging- guidelines/article/style.html
Documentação PMC PubMed Central Citations http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging- guidelines/citations/v3/toc.html
XML PMC Declaração do DOCTYPE <!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.0 20120330//EN" "JATS-journalpublishing1.dtd"> Versão anterior (NLM 3.0) <!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD Journal Publishing DTD v3.0 20080202//EN" "journalpublishing3.dtd"> Versão atual (JATS 1.0)
XML PMC Macroestrutura Article Front Body Back Floats Group Sub-article e Response Metadados Periódico (journal-meta) e Artigo (article-meta) Estruturas do texto (seções, parágrafos, links, figuras, material suplementar, tabelas etc.) Agradecimentos, referências, notas de rodapé, apêndices etc. Grupo de objetos não referenciados no texto (tabelas, figuras etc). Estruturas de artigo dentro do artigo (cartas, resumos, artigo com comentário, carta e resposta).
XML PMC Estruturas de Bloco • Array - <array> • Boxed Text - <boxed-text> • Chemical Structure Wrapper - <chem-struct-wrap> • Figure - <fig> • Figure Group - <fig-group> • Supplementary Material - <supplementary-material> • Table Wrapper - <table-wrap> • Table Wrapper Footer - <table-wrap-foot> • Table Wrapper Group - <table-wrap-group> • Formula - <disp-formula> • Definition List - <def-list> • List - <list> • Quote - <disp-quote> • Speech - <speech> • Formal Statement - <statement> • Verse Form for Poetry - <verse-group>
XML PMC Exemplo de Artigo FREE, Caroline. The effectiveness of mobile-health technology- based health behaviour change or disease management interventions for health care consumers: a systematic review. PLoS Medicine, v. 10, n. 1, e1001362, Jan. 2013. PUBMED: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3548655/ PLOS: http://www.plosmedicine.org/article/info%3Adoi%2F10.1371% 2Fjournal.pmed.1001362
XML PMC Article Início Fim Idioma do Artigo Versão da DTD Tipo
XML PMC Front Início Fim Metadados do Periódico Metadados do Artigo
XML PMC Front: Journal Metadata Início Fim
XML PMC Front: Article Metadata Seção
XML PMC Front: Article Metadata Referência Cruzada Autor/Afiliação Referência Cruzada Autor/Nota de Correspondência Autor
XML PMC Front: Article Metadata – Author Notes Correspondência Conflito de Interesse
XML PMC Front: Article Metadata – Author Notes Contribuição dos Autores Marcação de Links
XML PMC Front: Article Metadata Datas de publicação e dados do fascículo em que o artigo foi publicado. Se houver paginação as páginas inicial e final são marcadas com as tags <fpage> e <lpage> Electronic Location Identifier
XML PMC Front: Article Metadata Histórico Informações relativas às permissões
XML PMC Front: Article Metadata Relacionamento entre Artigos Resumo Seção do Resumo
XML PMC Informação de Financiamento de Projeto Contagem de Páginas, Tabelas, Referências... Front: Article Metadata Fim do Article Metadata e do Front
XML PMC Body Início Seção Parágrafo Tipo de Seção Título da Seção Referência Cruzada Referência Bibliográfica
XML PMC Body Referência Cruzada Link entre a chamada no texto e o objeto referenciado (Figura, Tabela, Equação, Material Suplementar...)
XML PMC Estruturas de Bloco: Figuras Link ou nome do arquivo
XML PMC Estruturas de Bloco: Material Suplementar
XML PMC Back – Referências <ref>...</ref> <ref>...</ref> ... Lista de Referências Referência 1 Referência 2
XML PMC Back: Referências 2 formas de marcar Mixed Citation Element Citation Amostras de Referências em “PubMed Central Citations”: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/citations/v3/toc.html
XML PMC Back: Estrutura de Bloco – Lista de Definições Lista de Definições Termo, Acrônimo ou Sigla Definição
Dúvidas e Comentários ?? ? ?
Muito Obrigada!!!

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Introdução à Documentação do PubMed Central (PMC) para Marcação de Artigos Científicos em XML - Biblioteca MZ USP

  • 1.
    Introdução à Documentaçãodo PubMed Central (PMC) para Marcação de Artigos Científicos em XML Viviane Neves dos Santos Biblioteca MZ-USP Contato: viviane.neves.santos@usp.br
  • 2.
    Introdução PMC SciELO Preservação Geraçãode Indicadores Texto completo Texto completo DTD PMC DTD PMC + Tags SciELO
  • 3.
    Objetivos • PubMed Central(PMC) • Documentação PMC • Introdução à estrutura do XML PMC
  • 4.
    PubMed Central (PMC) •texto completo em livre acesso • coletar e preservar a literatura • Ciências Biomédicas e da Vida • lançada em 2000 • National Center for Biotechnology Information (NCBI), U.S. National Library of Medicine (NLM) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/
  • 6.
    Documentação PMC Journal Article TagSuite (JATS) ANSI/NISO Z39.96-2012 Journal Archiving and Interchange Journal Publishing Article Authoring JATS-Con
  • 7.
    Documentação PMC • JournalArticle Tag Suite (JATS) (http://jats.nlm.nih.gov/index.html) • Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con) (http://jats.nlm.nih.gov/jats-con/ ) • Journal Publishing Tag Set (http://jats.nlm.nih.gov/publishing/)
  • 8.
    Documentação PMC Journal ArticleTag Suite (JATS) http://jats.nlm.nih.gov/index.html
  • 10.
    Documentação PMC Journal ArticleTag Suite Conference (JATS-Con) http://jats.nlm.nih.gov/jats-con
  • 12.
    Documentação PMC Journal PublishingTag Set http://jats.nlm.nih.gov/publishing
  • 14.
    Atual - ago. 2012- NISO JATS Version 1.0: http://jats.nlm.nih.gov/publishing/1.0/ Anteriores - mar. 2011 - NISO/JATS Version 0.4: http://jats.nlm.nih.gov/publishing/0.4/ - nov. 2008 - NLM Version 3.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/3.0/ - mar. 2007 - NLM Version 2.3: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.3/ - jun. 2006 - NLM Version 2.2: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.2/ - set. 2005 - NLM Version 2.1: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.1/ - nov. 2004 - NLM Version 2.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.0/ - nov. 2003 - NLM Version 1.1: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/1.1/ - mar. 2003 - NLM Version 1.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/1.0/ Documentação PMC Histórico das Versões Lançadas da DTD
  • 15.
    • Journal PublishingTag Library NISO JATS Version 1.0 - http://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.0/ • PubMed Central Tagging Guidelines - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging- guidelines/article/style.html • PubMed Central Citations - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging- guidelines/citations/v3/toc.html Documentação PMC O que é importante conhecer?Biblioteca de elementos e atributos Regras de Marcação de Artigos Amostras de Referências Marcadas
  • 16.
    Documentação PMC Journal PublishingTag Library NISO JATS Version 1.0 http://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.0/
  • 18.
    Documentação PMC PubMed CentralTagging Guidelines http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging- guidelines/article/style.html
  • 20.
    Documentação PMC PubMed CentralCitations http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging- guidelines/citations/v3/toc.html
  • 22.
    XML PMC Declaração doDOCTYPE <!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.0 20120330//EN" "JATS-journalpublishing1.dtd"> Versão anterior (NLM 3.0) <!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD Journal Publishing DTD v3.0 20080202//EN" "journalpublishing3.dtd"> Versão atual (JATS 1.0)
  • 23.
    XML PMC Macroestrutura Article Front Body Back Floats Group Sub-article e Response MetadadosPeriódico (journal-meta) e Artigo (article-meta) Estruturas do texto (seções, parágrafos, links, figuras, material suplementar, tabelas etc.) Agradecimentos, referências, notas de rodapé, apêndices etc. Grupo de objetos não referenciados no texto (tabelas, figuras etc). Estruturas de artigo dentro do artigo (cartas, resumos, artigo com comentário, carta e resposta).
  • 24.
    XML PMC Estruturas deBloco • Array - <array> • Boxed Text - <boxed-text> • Chemical Structure Wrapper - <chem-struct-wrap> • Figure - <fig> • Figure Group - <fig-group> • Supplementary Material - <supplementary-material> • Table Wrapper - <table-wrap> • Table Wrapper Footer - <table-wrap-foot> • Table Wrapper Group - <table-wrap-group> • Formula - <disp-formula> • Definition List - <def-list> • List - <list> • Quote - <disp-quote> • Speech - <speech> • Formal Statement - <statement> • Verse Form for Poetry - <verse-group>
  • 25.
    XML PMC Exemplo deArtigo FREE, Caroline. The effectiveness of mobile-health technology- based health behaviour change or disease management interventions for health care consumers: a systematic review. PLoS Medicine, v. 10, n. 1, e1001362, Jan. 2013. PUBMED: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3548655/ PLOS: http://www.plosmedicine.org/article/info%3Adoi%2F10.1371% 2Fjournal.pmed.1001362
  • 26.
  • 27.
    XML PMC Front Início Fim Metadados doPeriódico Metadados do Artigo
  • 28.
    XML PMC Front: JournalMetadata Início Fim
  • 29.
    XML PMC Front: ArticleMetadata Seção
  • 30.
    XML PMC Front: ArticleMetadata Referência Cruzada Autor/Afiliação Referência Cruzada Autor/Nota de Correspondência Autor
  • 31.
    XML PMC Front: ArticleMetadata – Author Notes Correspondência Conflito de Interesse
  • 32.
    XML PMC Front: ArticleMetadata – Author Notes Contribuição dos Autores Marcação de Links
  • 33.
    XML PMC Front: ArticleMetadata Datas de publicação e dados do fascículo em que o artigo foi publicado. Se houver paginação as páginas inicial e final são marcadas com as tags <fpage> e <lpage> Electronic Location Identifier
  • 34.
    XML PMC Front: ArticleMetadata Histórico Informações relativas às permissões
  • 35.
    XML PMC Front: ArticleMetadata Relacionamento entre Artigos Resumo Seção do Resumo
  • 36.
    XML PMC Informação deFinanciamento de Projeto Contagem de Páginas, Tabelas, Referências... Front: Article Metadata Fim do Article Metadata e do Front
  • 37.
    XML PMC Body Início Seção Parágrafo Tipo deSeção Título da Seção Referência Cruzada Referência Bibliográfica
  • 38.
    XML PMC Body ReferênciaCruzada Link entre a chamada no texto e o objeto referenciado (Figura, Tabela, Equação, Material Suplementar...)
  • 39.
    XML PMC Estruturas deBloco: Figuras Link ou nome do arquivo
  • 40.
    XML PMC Estruturas deBloco: Material Suplementar
  • 41.
    XML PMC Back –Referências <ref>...</ref> <ref>...</ref> ... Lista de Referências Referência 1 Referência 2
  • 42.
    XML PMC Back: Referências 2formas de marcar Mixed Citation Element Citation Amostras de Referências em “PubMed Central Citations”: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/citations/v3/toc.html
  • 43.
    XML PMC Back: Estruturade Bloco – Lista de Definições Lista de Definições Termo, Acrônimo ou Sigla Definição
  • 44.
  • 45.