Introdução à estrutura do XML PMC

1. Introdução à Documentação do
PubMed Central (PMC) para
Marcação de Artigos Científicos em
XML
Viviane Neves dos Santos
Biblioteca MZ-USP
Contato: viviane.neves.santos@usp.br

2. Introdução
PMC SciELO
Preservação Geração de Indicadores
Texto completo Texto completo
DTD PMC
DTD PMC +
Tags SciELO

3. Objetivos
• PubMed Central (PMC)
• Documentação PMC
• Introdução à estrutura do XML PMC

4. PubMed Central (PMC)
• texto completo em livre acesso
• coletar e preservar a literatura
• Ciências Biomédicas e da Vida
• lançada em 2000
• National Center for Biotechnology Information
(NCBI), U.S. National Library of Medicine (NLM)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/

6. Documentação PMC
Journal Article
Tag Suite
(JATS)
ANSI/NISO
Z39.96-2012
Journal
Archiving and
Interchange
Journal
Publishing
Article
Authoring
JATS-Con

7. Documentação PMC
• Journal Article Tag Suite (JATS)
(http://jats.nlm.nih.gov/index.html)
• Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con)
(http://jats.nlm.nih.gov/jats-con/ )
• Journal Publishing Tag Set
(http://jats.nlm.nih.gov/publishing/)

8. Documentação PMC
Journal Article Tag Suite (JATS)
http://jats.nlm.nih.gov/index.html

10. Documentação PMC
Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con)
http://jats.nlm.nih.gov/jats-con

12. Documentação PMC
Journal Publishing Tag Set
http://jats.nlm.nih.gov/publishing

14. Atual
- ago. 2012 - NISO JATS Version 1.0: http://jats.nlm.nih.gov/publishing/1.0/
Anteriores
- mar. 2011 - NISO/JATS Version 0.4: http://jats.nlm.nih.gov/publishing/0.4/
- nov. 2008 - NLM Version 3.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/3.0/
- mar. 2007 - NLM Version 2.3: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.3/
- jun. 2006 - NLM Version 2.2: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.2/
- set. 2005 - NLM Version 2.1: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.1/
- nov. 2004 - NLM Version 2.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.0/
- nov. 2003 - NLM Version 1.1: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/1.1/
- mar. 2003 - NLM Version 1.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/1.0/
Documentação PMC
Histórico das Versões Lançadas da DTD

15. • Journal Publishing Tag Library NISO JATS Version 1.0 -
http://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.0/
• PubMed Central Tagging Guidelines -
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-
guidelines/article/style.html
• PubMed Central Citations -
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-
guidelines/citations/v3/toc.html
Documentação PMC
O que é importante conhecer?Biblioteca de
elementos e
atributos
Regras de
Marcação de
Artigos
Amostras de
Referências
Marcadas

16. Documentação PMC
Journal Publishing Tag
Library NISO JATS Version 1.0
http://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.0/

18. Documentação PMC
PubMed Central Tagging Guidelines
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-
guidelines/article/style.html

20. Documentação PMC
PubMed Central Citations
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-
guidelines/citations/v3/toc.html

22. XML PMC
Declaração do DOCTYPE
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal
Publishing DTD v1.0 20120330//EN" "JATS-journalpublishing1.dtd">
Versão anterior (NLM 3.0)
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD Journal Publishing DTD
v3.0 20080202//EN" "journalpublishing3.dtd">
Versão atual (JATS 1.0)

23. XML PMC
Macroestrutura
Article
Front
Body
Back
Floats
Group
Sub-article
e Response
Metadados Periódico (journal-meta) e
Artigo (article-meta)
Estruturas do texto (seções,
parágrafos, links, figuras, material
suplementar, tabelas etc.)
Agradecimentos, referências, notas de
rodapé, apêndices etc.
Grupo de objetos não referenciados
no texto (tabelas, figuras etc).
Estruturas de artigo dentro do
artigo (cartas, resumos, artigo
com comentário, carta e
resposta).

24. XML PMC
Estruturas de Bloco
• Array - <array>
• Boxed Text - <boxed-text>
• Chemical Structure Wrapper -
<chem-struct-wrap>
• Figure - <fig>
• Figure Group - <fig-group>
• Supplementary Material -
<supplementary-material>
• Table Wrapper - <table-wrap>
• Table Wrapper Footer -
<table-wrap-foot>
• Table Wrapper Group -
<table-wrap-group>
• Formula - <disp-formula>
• Definition List - <def-list>
• List - <list>
• Quote - <disp-quote>
• Speech - <speech>
• Formal Statement -
<statement>
• Verse Form for Poetry -
<verse-group>

25. XML PMC
Exemplo de Artigo
FREE, Caroline. The effectiveness of mobile-health technology-
based health behaviour change or disease management
interventions for health care consumers: a systematic review.
PLoS Medicine, v. 10, n. 1, e1001362, Jan. 2013.
PUBMED:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3548655/
PLOS:
http://www.plosmedicine.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%
2Fjournal.pmed.1001362

26. XML PMC
Article
Início
Fim
Idioma
do Artigo
Versão
da DTD Tipo

27. XML PMC
Front
Início
Fim
Metadados do Periódico
Metadados do Artigo

28. XML PMC
Front: Journal Metadata
Início
Fim

29. XML PMC
Front: Article Metadata
Seção

30. XML PMC
Front: Article Metadata
Referência Cruzada
Autor/Afiliação
Referência Cruzada
Autor/Nota de
Correspondência
Autor

31. XML PMC
Front: Article Metadata – Author Notes
Correspondência
Conflito de Interesse

32. XML PMC
Front: Article Metadata – Author Notes
Contribuição dos Autores
Marcação de Links

33. XML PMC
Front: Article Metadata
Datas de publicação
e dados do fascículo
em que o artigo foi
publicado.
Se houver paginação as páginas inicial e final são marcadas com
as tags <fpage> e <lpage>
Electronic
Location Identifier

34. XML PMC
Front: Article Metadata
Histórico
Informações relativas às
permissões

35. XML PMC
Front: Article Metadata
Relacionamento
entre Artigos
Resumo
Seção do Resumo

36. XML PMC
Informação de Financiamento
de Projeto
Contagem de Páginas,
Tabelas, Referências...
Front: Article Metadata
Fim do Article Metadata e do Front

37. XML PMC
Body
Início
Seção
Parágrafo
Tipo de Seção
Título da Seção
Referência Cruzada
Referência Bibliográfica

38. XML PMC
Body Referência Cruzada
Link entre a chamada no texto e
o objeto referenciado (Figura,
Tabela, Equação, Material
Suplementar...)

39. XML PMC
Estruturas de Bloco: Figuras
Link ou nome do
arquivo

40. XML PMC
Estruturas de Bloco: Material Suplementar

41. XML PMC
Back – Referências
<ref>...</ref>
<ref>...</ref>
...
Lista de
Referências
Referência 1
Referência 2

42. XML PMC
Back: Referências
2 formas
de marcar
Mixed Citation
Element Citation
Amostras de Referências em “PubMed Central Citations”:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/citations/v3/toc.html

43. XML PMC
Back: Estrutura de Bloco – Lista de Definições
Lista de
Definições
Termo,
Acrônimo ou Sigla
Definição

44. Dúvidas e Comentários
??
? ?

45. Muito Obrigada!!!