Um terramoto de magnitude 8 atingiu São Francisco em 18 de abril de 1906, matando 3 mil pessoas. Isso destruiu a cidade. Após o terramoto, São Francisco teve que reconstruir e abrigar 20 mil desabrigados. Em 2010, enchentes causadas por chuvas fortes na Madeira mataram 42 pessoas e desalojaram 600. Isso causou danos significativos na ilha.