O sistema de capitanias hereditárias fracassou devido à grande distância das terras da metrópole portuguesa, sua extensão e alto custo para implantação. Portugal então adotou o Governo Geral em 1548, nomeando Tomé de Sousa como primeiro governador geral para controlar melhor a colônia. Com o crescimento populacional, surgiram as Câmaras Municipais para melhor governança local.