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INTRODUÇÃO A BIOLOGIA
     MOLECULAR

       DNA
NOS SERES HUMANOS




                     NÚCLEO                           DNA


            CÉLULA         CROMOSSOMOS      - Informação das proteínas e
                          (DNA+PROTEÍNAS)
                                             RNAs que serão sintetizadas
                                             pelas células do organismo ao
                                             longo da sua vida.
                                            -Capacidade de se auto-duplicar
                                             para originar outras células.

ORGANISMO
Envelhecimento...

                                  AMBIENTE
                 CORPO




                    Moléculas                   Moléculas
                    Organelas                   Organelas


                  CÉLULAS                    CÉLULAS        CÉLULAS




                  TECIDOS                    TECIDOS        TECIDOS


                 ÓRGÃOS                     ÓRGÃOS          ÓRGÃOS


                                         Acúmulo de
                                         modificações
                                         e disfunções




 Embriologia   Amadurecimento            Envelhecimento       Morte
               e Fase reprodutiva


                                Desenvolvimento
Controla:
                                      1) homeostasia
                        A CÉLULA




                                                                         MULTICELULARES
                                      2) reprodução




                                                          UNICELULARES
                                      3) morfologia
                                      4) função celular
NÍVEIS DE ORGANIZAÇÃO



                                         DNA




                         TECIDOS




                         ÓRGÃOS
                         E SISTEMAS




                          CORPO




                                        AMBIENTE
HISTÓRICO



1865 - GREGOR MENDEL
Estudou cruzamento entre
diferentes tipos de ervilhas
demonstrando que certas
características físicas dessas
plantas eram transmitidas de
geração para geração através
de “fatores”.
HISTÓRICO


1902 – SUTTON e BOVERI
Padrão de herança dos “fatores”
acompanhava a segregação dos
cromossomos de células em divisão


1909 – JOHANNSEN
Nomeou as unidades mendelianas
da hereditariedade (“fatores”) de
GENES
HISTÓRICO

1915 – THOMAS MORGAN
Concluiu que os genes estavam organizados de
maneira linear nos cromossomos
Propôs, pela 1ª vez, uma correlação entre um gene
(genótipo) e uma característica física (fenótipo)


1941 – BEADLE e TATUM
Demonstraram que os genes agiam através da
regulação de diferentes eventos químicos

HIPÓTESE: UM GENE       UMA ENZIMA
HISTÓRICO


  1953 – JAMES WATSON e FRANCIS CRICK

Descrição da estrutura física do DNA baseando-
    se nos estudos de difração de raio X de
   Rosalind Franklin e Maurice Wilkins e em
        estudos químicos da molécula

 Modelo da dupla fita proposto foi fundamental
     para a compreensão do mecanismo de
transmissão e execução da informação genética
•1953: Watson and Crick

Estrutura do DNA
HISTÓRICO


1955 – JOE HIN TJIO
Definiu como 46 o número exato
de cromossomos humanos



ARTHUR KORNBERG
Isolou a enzima DNA polimerase da bactéria E.coli
HISTÓRICO

1957 – CRICK e GAMOV
Dogma Central da Biologia
Molecular

DNA   RNA    PROTEÍNA
Dogma
 Central
    da
 Biologia
Molecular
HISTÓRICO



• 1961 – BRENNER, JACOB e MESELSON



• mRNA é a molécula que leva informação do DNA
  no núcleo para a maquinaria de produção de
  proteínas no citoplasma
O CÓDIGO GENÉTICO É
                              DESVENDADO!!!
 HISTÓRICO

1966 – NIRENBERG,
KHORANA e OCHOA
Seqüências sucessivas de
três nucleotídeos do DNA
(codon)   determinam   a
seqüência de aminoácidos
de uma proteína
Com o desenvolvimento da tecnologia do DNA
recombinante (1972) e do seqüenciamento do
  DNA (1975-77) tornou-se possível isolar e
 determinar a seqüência de genes dos mais
          diferentes organismos.


Desta forma, com a disponibilidade de novos
  recursos, vários mecanismos biológicos,
como a replicação do DNA e a divisão celular,
 começaram a ser intensamente estudados.
A CÉLULA




 DNA

           1. Regulação transcricional
                2. Regulação no
                                                        - DIFERENCIAÇÃO
HnRNA
                   processamento do                     - CRESCIMENTO
                  RNA primário                          - FUNÇÃO CELULAR
                                       RETÍCULO
                                       ENDOPLASMÁTICO
                3. Regulação no        RUGOSO           - RESPOSTA AO
                   transporte do
                   mRNA para o                            AMBIENTE
                  citoplasma



          4. Regulação da
             síntese proteíca
                                   5. Regulação
                                      pós-síntese


                  Proteína
                  sintetizada
Núcleo

                          DNA
Cromossoma




 Gene


    Promotor       Exon    Intron
DNA
ÁCIDO DESOXIRRIBONUCLEICO
            (DNA)


Contém toda a informação genética de um organismo




    Esta informação está arranjada em unidades
            hoje conhecidas como genes
ESTRUTURA DOS
        ÁCIDOS NUCLEICOS


As moléculas de DNA e RNA são compostas por
quatro diferentes nucleotídeos:

  • Adenina, Guanina e Citosina – comum para
  DNA e RNA

  • Timina – encontrada somente no DNA

  • Uracila – encontrada somente no RNA
ESTRUTURA DOS
            ÁCIDOS NUCLEICOS

  Todos os nucleotídeos apresentam uma
          estrutura em comum:

radical fosfato




                                pentose
ESTRUTURA DOS
        ÁCIDOS NUCLEICOS

As bases nitrogenadas podem ser divididas em
dois grupos de acordo com sua estrutura:
ESTRUTURA DOS
          ÁCIDOS NUCLEICOS


O grupo hidroxil ligado ao
carbono 3 da pentose de um
nucleotídeo forma uma ligação
fosfodiéster com o fosfato do
outro nucleotídeo




                 5’ C-A-G 3’
DNA

• Duas fitas de polinucleotídeos associadas formando uma
estrutura de dupla hélice onde as pentoses e os radicais
fosfato compõe a fita e as bases projetam-se para o interior
da mesma


• As fitas mantêm-se unidas através da formação de pontes
de hidrogênio entre as bases o que contribui para a
estabilidade da dupla hélice


      . Adenina (A) pareia com Timina (T) através de 2
pontes de hidrogênio
      . Guanina (G) pareia com Citosina (C) através de 3
pontes de hidrogênio
DNA
ESTRUTURA DO DNA

1) Estrutura primária                  - É um polímero não ramificado
                                       - Formado por monômeros chamados de nucleotídeos
                                       - Cada nucleotídeo contém os seguintes elementos:
     NUCLEOTÍDEO


                                        1 Base orgânica nitrogenada
                                          (Por que contém nitrogênio na sua formação)

       5C                              1 Açúcar chamado
                     1C
                                        DESOXIRRIBOSE
      4C
                                        Possui 5 Carbonos na
       3C            2C
                                       sua molécula

                                         1 grupo fosfato (PO4-)

      As Bases Nitrogenadas podem ser de dois tipos:
                 PÚRICAS                        PIRIMÍDICAS
                 H                                    H
                 C            N                       C
            N             C                      N        CH
                                  CH
            HC            C                      HC       CH
                 N                N                   N
                                  H
ESTRUTURA QUÍMICA DA MOLÉCULA DO DNA

                                                                              5’
                       Carbono               CH2 O                  Base
                          5’
Desoxirribose                                                   Nitrogenada
                                                                                     Como a ligação
                                                   H H
                       Carbono                                                 entre uma desoxirribose
                          3’                                H
                                                                                 e outra desoxirribose
                                                 O H                                só pode ser feita
  Ligação
  Fosfodieste                    O           P         O-
                                                                                   quando um grupo
  Grupo fosfato +                                                                  fosfato liga-se no
  Grupo hidroxila                        O                                            Carbono 5’do
  (OH) do Carbono 3’                                                               primeiro açúcar e
                                 CH2 O                      Base                    no Carbono 3’do
                                                        Nitrogenada            segundo açúcar dizemos
Desoxirribose                            H H                                         que a molécula
                                 H                 H                              de DNA “cresce em
                                         O    H                                      direção 5’ 3’

                           O         P        O-
                                                                              3’
                                 O
Antiparalelismo


As fitas do DNA
estão dispostas
  em direções
     opostas
Complementariedade
Cada base de uma fita é pareada com a base complementar da outra fita
Complementariedade

                  Durante a replicação
Fita velha
                 do DNA as duas fitas
                     velhas ou mães
                    servem de molde
                 para cada fita nova ou
                  filha complementar,
                     que está sendo
                       sintetizada.



                    Fita
                    nova
A Dupla Hélice
Fatores que estabilizam a dupla hélice:

• interações hidrofóbicas
• forças de van der Walls   Entre as bases
• pontes de hidrogênio       nitrogenadas

• interações iônicas       Entre os grupos
                         fosfato do DNA e os
                            cátions (Mg2+)
                        presentes na solução
                              fisiológica
A Dupla Hélice
  A dupla hélice apresenta dois
   tipos de sulcos aos quais se
ligam as proteínas da cromatina

                 Sulco menor




                  Sulco maior
Proteínas:níveis de complexidade estrutural
O Empacotamento do DNA:
       a estrutura terciária do DNA
DNA em procariontes: DNA circular nas formas não-super-
   helicoidal (esquerda) e super-helicoidal (direita)
A Dupla Hélice




O B-DNA é o predominante em condições fisiológicas
A Dupla Hélice
A forma predominante de torção da espiral do DNA é
          para a direita ou sentido horário
Propriedades Químicas e Físicas do
               DNA
REPLICAÇÃO DO DNA

 Conservativa ou Semiconservativa?

   Unidirecional ou Bidirecional?
REPLICAÇÃO
            SEMICONSERVATIVA
    Evidência baseada em um experimento clássico de
                 Meselson-Stahl em 1958


• Células de E. coli foram inicialmente colocadas em um
meio para crescimento contendo sais de amônia preparados
com 15N (nitrogênio pesado – “heavy”) até todo o DNA
celular conter o isótopo.

• As células foram, então, transferidas para um meio
contendo 14N (nitrogênio leve – “light”).

• As amostras foram analisadas com gradiente de densidade
que separa as duplas H-H, L-L e H-L em bandas distintas.
PNAS
44:671, 1958
A    replicação                  é   semi-
conservativa
•The Meselson-Stahl experiment
ORIGEM DA REPLICAÇÃO

       Experimento com SV40 (Simian Virus)

• DNA viral de células infectadas com SV40 foi
cortado com a enzima de restrição EcoRI, que
reconhece um sítio único.
• A partir de um “ponto” vai se formando uma bolha
chamada bolha de replicação comprovando a
existência de um ponto de origem da replicação

      Características da origem de replicação:
                . estrutura repetitiva
               . seqüências ricas em AT
omo viral
ular
  EcoRI
             Bolha de
            replicação
                         ORIGEM DA REPLICAÇÃO
ORIGEM DA REPLICAÇÃO
REPLICAÇÃO
           BIDIRECIONAL

Um experimento através da autoradiografia
de moléculas de DNA marcadas de culturas
  de células mamárias revelou grupos de
replicons (unidades de replicação) com um
   ponto de origem de replicação central


     OR                          OR
Síntese de DNA em Eucariontes: As “Bolhas de
Replicação”

• Nos eucariontes, a replicação
  requer “múltiplas origens”,
  devido ao tamanho de seu
  genoma. A replicação é
  bidirecional e, em ambas as
  fitas, simultânea.

• Este processo gera “bolhas
  de replicação”.
Regiões Codificadoras e
        Não-Codificadoras do DNA
            O DNA é formado por 2 regiões:

   Intergênicas     Gênicas     Intergênicas      Gênicas


      Região Gênica                 Região Intergênica
É a porção que codifica para    É a porção regulatória, que
 um produto final, que pode    sinaliza o início ou o final de
ser uma cadeia polipeptídica    um gene, que influencia a
        ou um RNA              transcrição gênica, ou que é
                                  o ponto de início para a
                                    replicação do DNA
PROCESSO DE REPLICAÇÃO


Os mecanismos celulares responsáveis pela
replicação do DNA foram descobertos
primeiramente em bactérias.


A replicação em eucariotos ocorre através
de proteínas análogas e com processos
semelhantes à replicação do DNA de E. coli
PRINCIPAIS ENZIMAS ENVOLVIDAS
  (SISTEMA DE REPLICAÇÃO DO DNA)

        •   DNA Polimerases
        •   Endonucleases
        •   Helicases
        •   Topoisomerases
        •   Primases
        •   Telomerases
DNA POLIMERASE


• São incapazes de quebrar as pontes de
hidrogênio que ligam as duas fitas do DNA

• Só alongam uma fita de DNA/RNA pré-
existente

• Catalisam a adição de um nucleotídeo no
radical hidroxil da extremidade 3’ da cadeia
que está se formando. Desta forma, as fitas só
podem crescer no sentido 5’ 3’
DNA Polimerases

• principais enzimas envolvidas no processo; responsáveis
    pela adição de nucleotídeos e reparo
• requerem um modelo e um primer (segmento de RNA
    sintetizado pela primase) complementares para início –
    alongamento
• 3 tipos principais : I, II, III
 I : importante no sistema de reparo
III: principal e mais complexa (mais de 10 subunidades)
Adição de nucleotídeos

   1




   2




   3
NUCLEASES

- Degradam o DNA, clivando-o em pedaços
   menores
• EXONUCLEASES: clivam o DNA a
   partir do final da molécula
• ENDONUCLEASES: clivam em qualquer
   local da molécula
OUTRAS ENZIMAS ENVOLVIDAS
      NO PROCESSO DE REPLICAÇÃO
HELICASES – constituem uma classe de enzimas que podem
se mover ao longo da fita dupla de DNA utilizando a energia
da hidrólise de ATP para separar as duas fitas da molécula.

SSB (“single-strand-binding”) – ligam-se a cada uma das fitas
impedindo o reanelamento das mesmas.

PRIMASE – RNA polimerase que sintetiza pequenas moléculas
de RNA utilizadas como iniciadores durante o processo de
replicação do DNA.

TOPOISOMERASES – Responsáveis por aliviar a torção na
parte da fita que não está sendo replicada.
PROCESSO DE REPLICAÇÃO

O movimento da forquilha de replicação revela uma
fita molde no sentido 3’ 5’ e outra no sentido
oposto 5’ 3’

Desta forma, as fitas novas são sintetizadas em
sentidos opostos

FITA “LEADING” – crescimento
segue a direção do movimento
da forquilha de replicação
FITA “LAGGING” – crescimento
no sentido oposto ao movimento
da forquilha de replicação
PROCESSO DE REPLICAÇÃO

FITA “LEADING” – sintetizada continuadamente a partir de
um iniciador na fita molde 3’ 5’


FITA “LAGGING” – sintetizada descontinuadamente a partir
de múltiplos iniciadores
• Sítios descobertos no molde da fita “lagging” são
copiados em pequenos iniciadores de RNA pela primase.
• Cada iniciador é alongado pela DNA polimerase resultando
na formação dos FRAGMENTOS DE OKAZAKI.
•DNA polimerase remove o primer do RNA do fragmento
adjacente e preenche os “gaps” entre os fragmentos que,
então, são unidos pela DNA ligase.
PROCESSO DE REPLICAÇÃO
PROCESSO DE REPLICAÇÃO
A síntese de DNA é feita na direção 5´ 3´ e é semidescontínua
TELOMERASE

• Os cromossomos de eucariotos são lineares e
apresentam    seqüências   repetitivas em suas
extremidades denominadas telômeros

• A síntese da fita “leading” continua até o término da
fita molde de DNA, no entanto, no telômero a
extremidade feita pela primase na fita “lagging” não é
digerida.

• Como o iniciador é instável, ele se degrada com o
tempo diminuindo, assim, o tamanho do cromossomo.

• Telomerase age evitando a perda do fim do
cromossomo.
TELOMERASE
ESTÁGIOS DA REPLICAÇÃO



      • INICIAÇÃO
    • ALONGAMENTO
     • TERMINAÇÃO
1. INICIAÇÃO

ORIGEM DA REPLICAÇÃO – OriC :
- 245 pb ;
- 3 repetições de 13 pb;
- 4 repetições de 9 pb; (A=T)
2. ALONGAMENTO
Envolve duas operações distintas, mas relacionadas:
1. Síntese da fita líder
2. Síntese da fita tardia
Início comum na forquilha de replicação envolvendo:
-   helicases
-   topoisomerase
-   DNA binding proteins
SÍNTESE DA FITA LÍDER
1. Síntese de um RNA primer pela primase na
   origem de replicação
2. Desoxirribunocleotídeos são adicionados pela
   DNA polimerase III continuamente a partir da
   forquilha de replicação
3. TERMINAÇÃO

-Procariotos: DNA circular, quando as duas
forquilhas de replicação se encontram ela
termina.
-Eucariotos: seqüências de nucleotídeos
específicas no final dos cromossomos,
incorporadas a telômeros.
REGULAÇÃO
-única fase regulada da replicação,
de forma que só ocorra uma vez
por ciclo celular ;
-afetada pela metilação de DNA
-DAM metilase na (5´) GATC sobre
a fita parental
Núcleo
             RNA polimerase



 Gene
                   Transcrição
                                       hnRNA
              Processamento
                                       mRNA
                       Tradução
Citoplasma

                                       proteína
http://www.virtual.epm.br/cursos/biomol/replica/html/6.htm




    http://www.johnkyrk.com/DNAreplication.html
....claudiaGeneticsTour.exe
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  • 1. INTRODUÇÃO A BIOLOGIA MOLECULAR DNA
  • 2. NOS SERES HUMANOS NÚCLEO DNA CÉLULA CROMOSSOMOS - Informação das proteínas e (DNA+PROTEÍNAS) RNAs que serão sintetizadas pelas células do organismo ao longo da sua vida. -Capacidade de se auto-duplicar para originar outras células. ORGANISMO
  • 3. Envelhecimento... AMBIENTE CORPO Moléculas Moléculas Organelas Organelas CÉLULAS CÉLULAS CÉLULAS TECIDOS TECIDOS TECIDOS ÓRGÃOS ÓRGÃOS ÓRGÃOS Acúmulo de modificações e disfunções Embriologia Amadurecimento Envelhecimento Morte e Fase reprodutiva Desenvolvimento
  • 4. Controla: 1) homeostasia A CÉLULA MULTICELULARES 2) reprodução UNICELULARES 3) morfologia 4) função celular NÍVEIS DE ORGANIZAÇÃO DNA TECIDOS ÓRGÃOS E SISTEMAS CORPO AMBIENTE
  • 5. HISTÓRICO 1865 - GREGOR MENDEL Estudou cruzamento entre diferentes tipos de ervilhas demonstrando que certas características físicas dessas plantas eram transmitidas de geração para geração através de “fatores”.
  • 6. HISTÓRICO 1902 – SUTTON e BOVERI Padrão de herança dos “fatores” acompanhava a segregação dos cromossomos de células em divisão 1909 – JOHANNSEN Nomeou as unidades mendelianas da hereditariedade (“fatores”) de GENES
  • 7. HISTÓRICO 1915 – THOMAS MORGAN Concluiu que os genes estavam organizados de maneira linear nos cromossomos Propôs, pela 1ª vez, uma correlação entre um gene (genótipo) e uma característica física (fenótipo) 1941 – BEADLE e TATUM Demonstraram que os genes agiam através da regulação de diferentes eventos químicos HIPÓTESE: UM GENE UMA ENZIMA
  • 8. HISTÓRICO 1953 – JAMES WATSON e FRANCIS CRICK Descrição da estrutura física do DNA baseando- se nos estudos de difração de raio X de Rosalind Franklin e Maurice Wilkins e em estudos químicos da molécula Modelo da dupla fita proposto foi fundamental para a compreensão do mecanismo de transmissão e execução da informação genética
  • 9. •1953: Watson and Crick Estrutura do DNA
  • 10. HISTÓRICO 1955 – JOE HIN TJIO Definiu como 46 o número exato de cromossomos humanos ARTHUR KORNBERG Isolou a enzima DNA polimerase da bactéria E.coli
  • 11. HISTÓRICO 1957 – CRICK e GAMOV Dogma Central da Biologia Molecular DNA RNA PROTEÍNA
  • 12. Dogma Central da Biologia Molecular
  • 13. HISTÓRICO • 1961 – BRENNER, JACOB e MESELSON • mRNA é a molécula que leva informação do DNA no núcleo para a maquinaria de produção de proteínas no citoplasma
  • 14. O CÓDIGO GENÉTICO É DESVENDADO!!! HISTÓRICO 1966 – NIRENBERG, KHORANA e OCHOA Seqüências sucessivas de três nucleotídeos do DNA (codon) determinam a seqüência de aminoácidos de uma proteína
  • 15. Com o desenvolvimento da tecnologia do DNA recombinante (1972) e do seqüenciamento do DNA (1975-77) tornou-se possível isolar e determinar a seqüência de genes dos mais diferentes organismos. Desta forma, com a disponibilidade de novos recursos, vários mecanismos biológicos, como a replicação do DNA e a divisão celular, começaram a ser intensamente estudados.
  • 16. A CÉLULA DNA 1. Regulação transcricional 2. Regulação no - DIFERENCIAÇÃO HnRNA processamento do - CRESCIMENTO RNA primário - FUNÇÃO CELULAR RETÍCULO ENDOPLASMÁTICO 3. Regulação no RUGOSO - RESPOSTA AO transporte do mRNA para o AMBIENTE citoplasma 4. Regulação da síntese proteíca 5. Regulação pós-síntese Proteína sintetizada
  • 17. Núcleo DNA Cromossoma Gene Promotor Exon Intron
  • 18. DNA
  • 19. ÁCIDO DESOXIRRIBONUCLEICO (DNA) Contém toda a informação genética de um organismo Esta informação está arranjada em unidades hoje conhecidas como genes
  • 20. ESTRUTURA DOS ÁCIDOS NUCLEICOS As moléculas de DNA e RNA são compostas por quatro diferentes nucleotídeos: • Adenina, Guanina e Citosina – comum para DNA e RNA • Timina – encontrada somente no DNA • Uracila – encontrada somente no RNA
  • 21. ESTRUTURA DOS ÁCIDOS NUCLEICOS Todos os nucleotídeos apresentam uma estrutura em comum: radical fosfato pentose
  • 22. ESTRUTURA DOS ÁCIDOS NUCLEICOS As bases nitrogenadas podem ser divididas em dois grupos de acordo com sua estrutura:
  • 23. ESTRUTURA DOS ÁCIDOS NUCLEICOS O grupo hidroxil ligado ao carbono 3 da pentose de um nucleotídeo forma uma ligação fosfodiéster com o fosfato do outro nucleotídeo 5’ C-A-G 3’
  • 24. DNA • Duas fitas de polinucleotídeos associadas formando uma estrutura de dupla hélice onde as pentoses e os radicais fosfato compõe a fita e as bases projetam-se para o interior da mesma • As fitas mantêm-se unidas através da formação de pontes de hidrogênio entre as bases o que contribui para a estabilidade da dupla hélice . Adenina (A) pareia com Timina (T) através de 2 pontes de hidrogênio . Guanina (G) pareia com Citosina (C) através de 3 pontes de hidrogênio
  • 25. DNA
  • 26. ESTRUTURA DO DNA 1) Estrutura primária - É um polímero não ramificado - Formado por monômeros chamados de nucleotídeos - Cada nucleotídeo contém os seguintes elementos: NUCLEOTÍDEO 1 Base orgânica nitrogenada (Por que contém nitrogênio na sua formação) 5C 1 Açúcar chamado 1C DESOXIRRIBOSE 4C Possui 5 Carbonos na 3C 2C sua molécula 1 grupo fosfato (PO4-) As Bases Nitrogenadas podem ser de dois tipos: PÚRICAS PIRIMÍDICAS H H C N C N C N CH CH HC C HC CH N N N H
  • 27. ESTRUTURA QUÍMICA DA MOLÉCULA DO DNA 5’ Carbono CH2 O Base 5’ Desoxirribose Nitrogenada Como a ligação H H Carbono entre uma desoxirribose 3’ H e outra desoxirribose O H só pode ser feita Ligação Fosfodieste O P O- quando um grupo Grupo fosfato + fosfato liga-se no Grupo hidroxila O Carbono 5’do (OH) do Carbono 3’ primeiro açúcar e CH2 O Base no Carbono 3’do Nitrogenada segundo açúcar dizemos Desoxirribose H H que a molécula H H de DNA “cresce em O H direção 5’ 3’ O P O- 3’ O
  • 28. Antiparalelismo As fitas do DNA estão dispostas em direções opostas
  • 29. Complementariedade Cada base de uma fita é pareada com a base complementar da outra fita
  • 30. Complementariedade Durante a replicação Fita velha do DNA as duas fitas velhas ou mães servem de molde para cada fita nova ou filha complementar, que está sendo sintetizada. Fita nova
  • 31. A Dupla Hélice Fatores que estabilizam a dupla hélice: • interações hidrofóbicas • forças de van der Walls Entre as bases • pontes de hidrogênio nitrogenadas • interações iônicas Entre os grupos fosfato do DNA e os cátions (Mg2+) presentes na solução fisiológica
  • 32. A Dupla Hélice A dupla hélice apresenta dois tipos de sulcos aos quais se ligam as proteínas da cromatina Sulco menor Sulco maior
  • 34. O Empacotamento do DNA: a estrutura terciária do DNA DNA em procariontes: DNA circular nas formas não-super- helicoidal (esquerda) e super-helicoidal (direita)
  • 35. A Dupla Hélice O B-DNA é o predominante em condições fisiológicas
  • 36. A Dupla Hélice A forma predominante de torção da espiral do DNA é para a direita ou sentido horário
  • 37. Propriedades Químicas e Físicas do DNA
  • 38. REPLICAÇÃO DO DNA  Conservativa ou Semiconservativa?  Unidirecional ou Bidirecional?
  • 39. REPLICAÇÃO SEMICONSERVATIVA Evidência baseada em um experimento clássico de Meselson-Stahl em 1958 • Células de E. coli foram inicialmente colocadas em um meio para crescimento contendo sais de amônia preparados com 15N (nitrogênio pesado – “heavy”) até todo o DNA celular conter o isótopo. • As células foram, então, transferidas para um meio contendo 14N (nitrogênio leve – “light”). • As amostras foram analisadas com gradiente de densidade que separa as duplas H-H, L-L e H-L em bandas distintas.
  • 41. A replicação é semi- conservativa •The Meselson-Stahl experiment
  • 42. ORIGEM DA REPLICAÇÃO Experimento com SV40 (Simian Virus) • DNA viral de células infectadas com SV40 foi cortado com a enzima de restrição EcoRI, que reconhece um sítio único. • A partir de um “ponto” vai se formando uma bolha chamada bolha de replicação comprovando a existência de um ponto de origem da replicação Características da origem de replicação: . estrutura repetitiva . seqüências ricas em AT
  • 43. omo viral ular EcoRI Bolha de replicação ORIGEM DA REPLICAÇÃO
  • 45.
  • 46. REPLICAÇÃO BIDIRECIONAL Um experimento através da autoradiografia de moléculas de DNA marcadas de culturas de células mamárias revelou grupos de replicons (unidades de replicação) com um ponto de origem de replicação central OR OR
  • 47. Síntese de DNA em Eucariontes: As “Bolhas de Replicação” • Nos eucariontes, a replicação requer “múltiplas origens”, devido ao tamanho de seu genoma. A replicação é bidirecional e, em ambas as fitas, simultânea. • Este processo gera “bolhas de replicação”.
  • 48. Regiões Codificadoras e Não-Codificadoras do DNA O DNA é formado por 2 regiões: Intergênicas Gênicas Intergênicas Gênicas Região Gênica Região Intergênica É a porção que codifica para É a porção regulatória, que um produto final, que pode sinaliza o início ou o final de ser uma cadeia polipeptídica um gene, que influencia a ou um RNA transcrição gênica, ou que é o ponto de início para a replicação do DNA
  • 49. PROCESSO DE REPLICAÇÃO Os mecanismos celulares responsáveis pela replicação do DNA foram descobertos primeiramente em bactérias. A replicação em eucariotos ocorre através de proteínas análogas e com processos semelhantes à replicação do DNA de E. coli
  • 50. PRINCIPAIS ENZIMAS ENVOLVIDAS (SISTEMA DE REPLICAÇÃO DO DNA) • DNA Polimerases • Endonucleases • Helicases • Topoisomerases • Primases • Telomerases
  • 51. DNA POLIMERASE • São incapazes de quebrar as pontes de hidrogênio que ligam as duas fitas do DNA • Só alongam uma fita de DNA/RNA pré- existente • Catalisam a adição de um nucleotídeo no radical hidroxil da extremidade 3’ da cadeia que está se formando. Desta forma, as fitas só podem crescer no sentido 5’ 3’
  • 52. DNA Polimerases • principais enzimas envolvidas no processo; responsáveis pela adição de nucleotídeos e reparo • requerem um modelo e um primer (segmento de RNA sintetizado pela primase) complementares para início – alongamento • 3 tipos principais : I, II, III I : importante no sistema de reparo III: principal e mais complexa (mais de 10 subunidades)
  • 54. NUCLEASES - Degradam o DNA, clivando-o em pedaços menores • EXONUCLEASES: clivam o DNA a partir do final da molécula • ENDONUCLEASES: clivam em qualquer local da molécula
  • 55. OUTRAS ENZIMAS ENVOLVIDAS NO PROCESSO DE REPLICAÇÃO HELICASES – constituem uma classe de enzimas que podem se mover ao longo da fita dupla de DNA utilizando a energia da hidrólise de ATP para separar as duas fitas da molécula. SSB (“single-strand-binding”) – ligam-se a cada uma das fitas impedindo o reanelamento das mesmas. PRIMASE – RNA polimerase que sintetiza pequenas moléculas de RNA utilizadas como iniciadores durante o processo de replicação do DNA. TOPOISOMERASES – Responsáveis por aliviar a torção na parte da fita que não está sendo replicada.
  • 56. PROCESSO DE REPLICAÇÃO O movimento da forquilha de replicação revela uma fita molde no sentido 3’ 5’ e outra no sentido oposto 5’ 3’ Desta forma, as fitas novas são sintetizadas em sentidos opostos FITA “LEADING” – crescimento segue a direção do movimento da forquilha de replicação FITA “LAGGING” – crescimento no sentido oposto ao movimento da forquilha de replicação
  • 57. PROCESSO DE REPLICAÇÃO FITA “LEADING” – sintetizada continuadamente a partir de um iniciador na fita molde 3’ 5’ FITA “LAGGING” – sintetizada descontinuadamente a partir de múltiplos iniciadores • Sítios descobertos no molde da fita “lagging” são copiados em pequenos iniciadores de RNA pela primase. • Cada iniciador é alongado pela DNA polimerase resultando na formação dos FRAGMENTOS DE OKAZAKI. •DNA polimerase remove o primer do RNA do fragmento adjacente e preenche os “gaps” entre os fragmentos que, então, são unidos pela DNA ligase.
  • 59. PROCESSO DE REPLICAÇÃO A síntese de DNA é feita na direção 5´ 3´ e é semidescontínua
  • 60. TELOMERASE • Os cromossomos de eucariotos são lineares e apresentam seqüências repetitivas em suas extremidades denominadas telômeros • A síntese da fita “leading” continua até o término da fita molde de DNA, no entanto, no telômero a extremidade feita pela primase na fita “lagging” não é digerida. • Como o iniciador é instável, ele se degrada com o tempo diminuindo, assim, o tamanho do cromossomo. • Telomerase age evitando a perda do fim do cromossomo.
  • 62. ESTÁGIOS DA REPLICAÇÃO • INICIAÇÃO • ALONGAMENTO • TERMINAÇÃO
  • 63. 1. INICIAÇÃO ORIGEM DA REPLICAÇÃO – OriC : - 245 pb ; - 3 repetições de 13 pb; - 4 repetições de 9 pb; (A=T)
  • 64. 2. ALONGAMENTO Envolve duas operações distintas, mas relacionadas: 1. Síntese da fita líder 2. Síntese da fita tardia Início comum na forquilha de replicação envolvendo: - helicases - topoisomerase - DNA binding proteins
  • 65.
  • 66. SÍNTESE DA FITA LÍDER 1. Síntese de um RNA primer pela primase na origem de replicação 2. Desoxirribunocleotídeos são adicionados pela DNA polimerase III continuamente a partir da forquilha de replicação
  • 67. 3. TERMINAÇÃO -Procariotos: DNA circular, quando as duas forquilhas de replicação se encontram ela termina. -Eucariotos: seqüências de nucleotídeos específicas no final dos cromossomos, incorporadas a telômeros.
  • 68. REGULAÇÃO -única fase regulada da replicação, de forma que só ocorra uma vez por ciclo celular ; -afetada pela metilação de DNA -DAM metilase na (5´) GATC sobre a fita parental
  • 69. Núcleo RNA polimerase Gene Transcrição hnRNA Processamento mRNA Tradução Citoplasma proteína
  • 70. http://www.virtual.epm.br/cursos/biomol/replica/html/6.htm http://www.johnkyrk.com/DNAreplication.html