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Enzimas
                                                 Cada traço representa
      A    enzima     B                          uma enzima


•   Catalizadores biológicos:
    substâncias de origem biológicas
    que aceleram as reações químicas
•   As vias metabólicas (sequencias
    ordenadas de reações) são
    possíveis porque as enzimas
    catalizam passos sequencias em
    cada via.
•   As enzimas também controlam as
    vias metabólicas permitindo que o
    metabolismo se adapte a
    mudanças.
•   A maioria das enzimas são
    proteínas mas existem também
    moléculas de acido ribolnucleico
    cataliticamente ativas chamadas
    ribozimas.
          Enzima
      A   inativada   B
                                        Mapa metabólico
Atividade enzimática
• A atividade enzimática é quanto produto é




                                                                        enzima
  produzido na presença da enzima por                     A                              B
                                                              A                              B
  unidade de tempo em condições químicas              A                              B
                                                          A       A
  definidas (temperatura, pH, composição de           A                              B
                                                                                         B       B
  sais...):                                               A                              B
                                                  A                              B
                                                      A       A                      B           B
      mmol / segundo .




                                                                  Enzima 2
      (milimol de produto por segundo)
                                                      A                              B
      Ou mais freqüentemente:                             A                              B
      µmol /minuto                                A                              B
                                                      A       A                      B
      (micromol de produto por minuto)            A                              B           B
                                                      A                              B
                                              A                              B
                                                  A       A                      B           B
Regulação da atividade enzimática
1. Regulação pelo produto
(feedback negativo)                    1.1 – Inibição pelo produto imediato da enzima
                                                      Sítio
                                                      regulador



1.2 – Inibição pelo produto final da via
                                                     S               Enzima            P
     Quando produto da                                      Quando o produto se liga ao
     via se liga à enzima                                   sítio regulador inativa a enzima
     regulatória da via
     inibe sua atividade...

                                                                           Enz.
    S        Enzima 1         A   Enz. 2     B         Enz 3       C        4       P
     ...e, por conseqüência,
     inibe a via                           Via metabólica
Regulação da atividade enzimática
2 - Regulação por fosforilação-defosforilação

                          ciclo fosforilação-defosforilação


forma               ATP              cinase             ADP         Forma
defosforilada                                                       fosforilada
                                   fosforilação

                                   OH                            OPO3-2
                     Enzima                         Enzima

         Forma ativa               defosforilação         Forma inativa
         (ou forma inativa)                               (ou forma ativa)

                                      fosfatase
                    PO4-3
Cinase: enzima regulatória que fosforila outras enzimas
Fosfatase: enzima regulatória que defosforila outras enzimas
A fosforilação é uma modificação covalente reversível
Classes de enzimas
• Existem mais de 2000 enzimas conhecidas até hoje
• Um sistema de classificação foi desenvolvido com base
  no tipo de reação
• Todas enzimas estão catalogadas num cadastro formado
  por quatro números separados por pontos(EC- de
  “enzime comission”. Ex.:1.13.11.11 ).
      • O primeiro indica a qual das seis grandes classes de
        proteínas ela pertençe
      • Os dois seguintes indicam sub-classe e sub-subclasse
      • O último indica qual é a enzima propriamente dita
As seis grandes classes de enzimas
    Classe   Tipo de reação   Sub-classes
Ex: lactatato desidrogenase:
                    EC no: 1.1.1.27                          Piruvato


Lactato




          NAD reduzido                            NAD oxidado

•   Classe 1 (Oxiredutase)
•   Subclasse 1.1: Grupamento CH-OH como doador de elétron
•   Sub-subclasse 1.1.1: NAD(P)+ como aceptor de elétron
•   Enzima número 1.1.1.27: lactato desidrogenase
Catálise Enzimática
• Enzimas são catalizadores muito eficientes
• Podem aumentar a velocidade de uma reação em
  até 1017 vezes(1017= 100.000.000.000.000.000)




     Exemplos de algumas enzimas e o aumento na
     velocidade de reação causado por cada uma delas
Reação não catalizada


água de
hidratação
    •   Para comprender os mecanismos envolvidos na catálise enzimática vamos antes
        observar uma reação não catlizada:
                                          A+B C+D
    •   Em solução, os reagentes A e B encontram-se hidratados e movem-se
        randomicamente.
    •   Para que reagam é nescessário que colidam de forma favorável (colisão efetiva)
    •   Quando colidem o complexo A-B passa por um estado de transição que requer
        energia para ser alcançado
    •   Grande parte da energia de ativação é utilizada para remover parte das moléculas de
        água que formam a camada de hidratação em torno dos reagentes.
    •   Em virtude desses limitantes a reação aconteçe em extensão muito pequena mesmo
        quando termodinâmicamente favorável.
Reação catalizada por Enzima




•   Enzimas são capazes de reunir os reagentes (substratos) dentro de seu centro ativo.
•   No centro ativo os substratos ficam numa orientação ótima para ao formação do intemediário
    de transição.
•   A ligação dos substratos ao centro ativo remove boa parte de suas camadas de hidratação.
•   A interação com os aminoácidos que formam o sítio ativo favorece a formação do
    intermendiário de transição.
•   Reunidos, esses fatores favorecem a formação do intermediário de transição e a reação em si.
Como a estabilização do estado de
  transição favoraçe a reação:
       um modelo intuitivo
Princípios de catálise enzimática
         a) Aproximação e orientação dos
            substratos
         b) Exclusão de água
         c) Estabilização do estado de
            transição
         d) Transferência de grupo
Cinética Enzimática
• Velocidade de reação em função das
  concentrações dos subastratos
• Determinação do Km e da Vmax
• Detrminação do ótimo de pH e de
  temperatura
• Inibidores
Cinética de Michaelis–Menten




•   Velocidade x concentração de substrato
•   Vmax: velocidade máxima
•   Km: concentração de substrato na qual a reação acontece na metade da velocidade máxima
•   Na Vmax virtualmente todas as moléculas de enzima estão com seus sitios ativos ocupados
•   No Km (constante de Michaelis) metade das moléculas de enzima presentes no meio de reação
    estão com seus sítios ocupados.
•   Km é uma medida da afinidade da enzima pelo substrato, quanto menor o Km maior a afinidade
Tipos de Inibidores
 Competitivos
   • Reversíveis: não causam alteração permanente na
       enzima, não se ligam covalentemente
 Não competitivos
   • Irreversíveis, se ligam covalentemente à enzima
 Alostéricos
   • Se ligam em um sítio diferente do sítio catalítico e
     alteram a afinidade da enzima
                           Muitos inibidores são análogos do
                           substrato natural da enzima
                           Outros são análogos do intermediário de
                           transição
Cinética enzimática
É o estudo de como a velocidade da enzima varia em função da concentração de
substrato
                           100µmol/min
                         x
                       má




                             100                                      [S]   Velocidade
                      V




                                                                     mmol/L µmol/min.
 Velocidade µmol/min.




                             75
                                                                      0           0
                                                                      0,2         25
            áx /2




                             50                                       0,5         50
         Vm




                                                                      1,0         74
                                                                      2,0         85
                                           0,5mmol/L
                             25                                       3,0         90
                                                                      4,0         94
                                                                      5,0         97
                             0
                                   0                                  6,0         99
                                       1    2     3     4    5   6
                                                [S] mmol/L
Parâmetros cinéticos
Velocidade máxima (Vmáx): é a velocidade máxima alcançada pela enzima
Km: é a concentração de substrato que faz com que a enzima funcione na metade da Vmáx
Inibidores
• Muitas substancias podem afetar processos
  metabólicos afetando a atividade de enzimas
• Os inibidores de enzimas são particularmente
  importantes
• Uma grande quntidade de remédios atuam como
  inibidores enzimáticos(ex: sinvastatina na síntese de
  colesterol, aspirina na síntese de prostaglandinas...)
• Metabólitos naturais também estão envolvidos em
  processos regulatórios atuando como inibidores
  enzimáticos (mecanismo de controle por “feedback” é
  muito comum uma via metabólica ser inibida por seu
  produto final)
Vmáx não muda

                             Sem inibidor   Inibição competitiva
                        áx




                     100
Velocidade µmol/min. Vm




                       75
                                                                               Se ligam ao síto ativo mas
            x 2
          má /




                                                             Inibidor           não podem ser convertidos
                       50                                    Em conc. X
         V




                                                                                em produto
                                            Inibidor                           Como inibidor e substrato
                       25                   Em conc.2X                          competem pelo mesmo sítio
                                                                                esse tipo de inibição é
                                                                                chamado competitiva.
                        0                                                      Podem ser retirados do sítio
                              0        1      2        3     4    5       6
                                                                                ativo por um excesso de
 “Km aparente”                                    [S] mmol/L                    substrato, portanto aumenta
 aumenta                                                                        o Km mas não altera a
                                                                                velocidade máxima
Vmáx diminui

                                  Inibição não-competitiva
                       x
                  má
           V


                       100                                                        O inibidor se liga de forma
                                                               sem inibidor       irreversível à enzima
Velocidade µmol/min.

                       x
                  má




                                                                                  inativando-a
                V




                       75
                                                                                  Atua como se diminuísse a
                                                     inibidor na conc. X          concentração de enzima, na
                       x
                  má
          V




                       50                                                         verdade diminuí a
                                                    inibidor na conc. 2X          concentração de enzima ativa
                                                                                  As moléculas que não se
                       25                                                         ligaram ao inibidor funcionam
                                                                                  normalmente, por isso o Km
                       0                                                          não muda
                             0 Km 1         2        3     4        5         6
                             não muda           [S] mmol/L
                                                                        Inibidor em         Inibidor em
                                                      Sem inibidor
                                                                        concentração X      concentração 2X
                                                        E
                                                      E   E E              E-I E
                                                                                 E-I
                                                                                              E E-I E
                                                                           E                 E-I E
                                                       EE E E                  E E E          E-I E
                                                                                                     E E-I
                                                                           E
                                                       E E E E             E-I E E E             E-I E E-I
Inibição não-competitiva
• Qundo o inibidor interage com um
  grupamento importante para a
  ativiadade da enzima mas não
  pode ser deslocado pelo substrato
  a inibição é chamada não-
  competitiva
• “Substratos suicidas” possuem um
  grupamento reativo que forma
  uma ligação covalente estável
  com o sítio ativo da enzima
Inibição alostérica




• Inibidores alostéricos se ligam a um sítio afastado do centro ativo
• Provocam uma mudança conformacional na enzima que
  indiretamente reduz sua atividade
• Não pode ser descrito pelo modelo de Michaelis–Menten
  (resulta em uma sigmóide em vez de uma hipérbole)
Cinética enzimática II
• As propriedades catalíticas das enzimas,
  consequentemente sua atividade, são
  influenciadas por vários fatores que devem ser
  otimizados e controlados para que as medidas
  sejam feitas de uma forma reprodutível e útil.
• Esses fatores incluem:
  –   Temperatura
  –   pH
  –   Força íonica (concentração de sais)
  –   Concentrações de substratos, cofatores, inibidores
Dependência ao pH


• pH ótimo
• Protonação/desprotonação
  do sítio ativo
• Em pHs extremos a proteína
  é inativada por
  desnaturação
Efeito da temperatura na atividade
              enzimática
• O aumento de
  temperaura
  geralmente acaarreta
  um aumento na
  atividade enzimática
• Até um valor de
  temperatura em que
  começa a haver
  desnaturação e
  consequente perda
  de atividade

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  • 1. Enzimas Cada traço representa A enzima B uma enzima • Catalizadores biológicos: substâncias de origem biológicas que aceleram as reações químicas • As vias metabólicas (sequencias ordenadas de reações) são possíveis porque as enzimas catalizam passos sequencias em cada via. • As enzimas também controlam as vias metabólicas permitindo que o metabolismo se adapte a mudanças. • A maioria das enzimas são proteínas mas existem também moléculas de acido ribolnucleico cataliticamente ativas chamadas ribozimas. Enzima A inativada B Mapa metabólico
  • 2. Atividade enzimática • A atividade enzimática é quanto produto é enzima produzido na presença da enzima por A B A B unidade de tempo em condições químicas A B A A definidas (temperatura, pH, composição de A B B B sais...): A B A B A A B B mmol / segundo . Enzima 2 (milimol de produto por segundo) A B Ou mais freqüentemente: A B µmol /minuto A B A A B (micromol de produto por minuto) A B B A B A B A A B B
  • 3. Regulação da atividade enzimática 1. Regulação pelo produto (feedback negativo) 1.1 – Inibição pelo produto imediato da enzima Sítio regulador 1.2 – Inibição pelo produto final da via S Enzima P Quando produto da Quando o produto se liga ao via se liga à enzima sítio regulador inativa a enzima regulatória da via inibe sua atividade... Enz. S Enzima 1 A Enz. 2 B Enz 3 C 4 P ...e, por conseqüência, inibe a via Via metabólica
  • 4. Regulação da atividade enzimática 2 - Regulação por fosforilação-defosforilação ciclo fosforilação-defosforilação forma ATP cinase ADP Forma defosforilada fosforilada fosforilação OH OPO3-2 Enzima Enzima Forma ativa defosforilação Forma inativa (ou forma inativa) (ou forma ativa) fosfatase PO4-3 Cinase: enzima regulatória que fosforila outras enzimas Fosfatase: enzima regulatória que defosforila outras enzimas A fosforilação é uma modificação covalente reversível
  • 5. Classes de enzimas • Existem mais de 2000 enzimas conhecidas até hoje • Um sistema de classificação foi desenvolvido com base no tipo de reação • Todas enzimas estão catalogadas num cadastro formado por quatro números separados por pontos(EC- de “enzime comission”. Ex.:1.13.11.11 ). • O primeiro indica a qual das seis grandes classes de proteínas ela pertençe • Os dois seguintes indicam sub-classe e sub-subclasse • O último indica qual é a enzima propriamente dita
  • 6. As seis grandes classes de enzimas Classe Tipo de reação Sub-classes
  • 7. Ex: lactatato desidrogenase: EC no: 1.1.1.27 Piruvato Lactato NAD reduzido NAD oxidado • Classe 1 (Oxiredutase) • Subclasse 1.1: Grupamento CH-OH como doador de elétron • Sub-subclasse 1.1.1: NAD(P)+ como aceptor de elétron • Enzima número 1.1.1.27: lactato desidrogenase
  • 8. Catálise Enzimática • Enzimas são catalizadores muito eficientes • Podem aumentar a velocidade de uma reação em até 1017 vezes(1017= 100.000.000.000.000.000) Exemplos de algumas enzimas e o aumento na velocidade de reação causado por cada uma delas
  • 9. Reação não catalizada água de hidratação • Para comprender os mecanismos envolvidos na catálise enzimática vamos antes observar uma reação não catlizada: A+B C+D • Em solução, os reagentes A e B encontram-se hidratados e movem-se randomicamente. • Para que reagam é nescessário que colidam de forma favorável (colisão efetiva) • Quando colidem o complexo A-B passa por um estado de transição que requer energia para ser alcançado • Grande parte da energia de ativação é utilizada para remover parte das moléculas de água que formam a camada de hidratação em torno dos reagentes. • Em virtude desses limitantes a reação aconteçe em extensão muito pequena mesmo quando termodinâmicamente favorável.
  • 10. Reação catalizada por Enzima • Enzimas são capazes de reunir os reagentes (substratos) dentro de seu centro ativo. • No centro ativo os substratos ficam numa orientação ótima para ao formação do intemediário de transição. • A ligação dos substratos ao centro ativo remove boa parte de suas camadas de hidratação. • A interação com os aminoácidos que formam o sítio ativo favorece a formação do intermendiário de transição. • Reunidos, esses fatores favorecem a formação do intermediário de transição e a reação em si.
  • 11. Como a estabilização do estado de transição favoraçe a reação: um modelo intuitivo
  • 12. Princípios de catálise enzimática a) Aproximação e orientação dos substratos b) Exclusão de água c) Estabilização do estado de transição d) Transferência de grupo
  • 13. Cinética Enzimática • Velocidade de reação em função das concentrações dos subastratos • Determinação do Km e da Vmax • Detrminação do ótimo de pH e de temperatura • Inibidores
  • 14. Cinética de Michaelis–Menten • Velocidade x concentração de substrato • Vmax: velocidade máxima • Km: concentração de substrato na qual a reação acontece na metade da velocidade máxima • Na Vmax virtualmente todas as moléculas de enzima estão com seus sitios ativos ocupados • No Km (constante de Michaelis) metade das moléculas de enzima presentes no meio de reação estão com seus sítios ocupados. • Km é uma medida da afinidade da enzima pelo substrato, quanto menor o Km maior a afinidade
  • 15. Tipos de Inibidores  Competitivos • Reversíveis: não causam alteração permanente na enzima, não se ligam covalentemente  Não competitivos • Irreversíveis, se ligam covalentemente à enzima  Alostéricos • Se ligam em um sítio diferente do sítio catalítico e alteram a afinidade da enzima Muitos inibidores são análogos do substrato natural da enzima Outros são análogos do intermediário de transição
  • 16. Cinética enzimática É o estudo de como a velocidade da enzima varia em função da concentração de substrato 100µmol/min x má 100 [S] Velocidade V mmol/L µmol/min. Velocidade µmol/min. 75 0 0 0,2 25 áx /2 50 0,5 50 Vm 1,0 74 2,0 85 0,5mmol/L 25 3,0 90 4,0 94 5,0 97 0 0 6,0 99 1 2 3 4 5 6 [S] mmol/L Parâmetros cinéticos Velocidade máxima (Vmáx): é a velocidade máxima alcançada pela enzima Km: é a concentração de substrato que faz com que a enzima funcione na metade da Vmáx
  • 17. Inibidores • Muitas substancias podem afetar processos metabólicos afetando a atividade de enzimas • Os inibidores de enzimas são particularmente importantes • Uma grande quntidade de remédios atuam como inibidores enzimáticos(ex: sinvastatina na síntese de colesterol, aspirina na síntese de prostaglandinas...) • Metabólitos naturais também estão envolvidos em processos regulatórios atuando como inibidores enzimáticos (mecanismo de controle por “feedback” é muito comum uma via metabólica ser inibida por seu produto final)
  • 18. Vmáx não muda Sem inibidor Inibição competitiva áx 100 Velocidade µmol/min. Vm 75  Se ligam ao síto ativo mas x 2 má / Inibidor não podem ser convertidos 50 Em conc. X V em produto Inibidor  Como inibidor e substrato 25 Em conc.2X competem pelo mesmo sítio esse tipo de inibição é chamado competitiva. 0  Podem ser retirados do sítio 0 1 2 3 4 5 6 ativo por um excesso de “Km aparente” [S] mmol/L substrato, portanto aumenta aumenta o Km mas não altera a velocidade máxima
  • 19. Vmáx diminui Inibição não-competitiva x má V 100 O inibidor se liga de forma sem inibidor irreversível à enzima Velocidade µmol/min. x má inativando-a V 75 Atua como se diminuísse a inibidor na conc. X concentração de enzima, na x má V 50 verdade diminuí a inibidor na conc. 2X concentração de enzima ativa As moléculas que não se 25 ligaram ao inibidor funcionam normalmente, por isso o Km 0 não muda 0 Km 1 2 3 4 5 6 não muda [S] mmol/L Inibidor em Inibidor em Sem inibidor concentração X concentração 2X E E E E E-I E E-I E E-I E E E-I E EE E E E E E E-I E E E-I E E E E E E-I E E E E-I E E-I
  • 20. Inibição não-competitiva • Qundo o inibidor interage com um grupamento importante para a ativiadade da enzima mas não pode ser deslocado pelo substrato a inibição é chamada não- competitiva • “Substratos suicidas” possuem um grupamento reativo que forma uma ligação covalente estável com o sítio ativo da enzima
  • 21. Inibição alostérica • Inibidores alostéricos se ligam a um sítio afastado do centro ativo • Provocam uma mudança conformacional na enzima que indiretamente reduz sua atividade • Não pode ser descrito pelo modelo de Michaelis–Menten (resulta em uma sigmóide em vez de uma hipérbole)
  • 22. Cinética enzimática II • As propriedades catalíticas das enzimas, consequentemente sua atividade, são influenciadas por vários fatores que devem ser otimizados e controlados para que as medidas sejam feitas de uma forma reprodutível e útil. • Esses fatores incluem: – Temperatura – pH – Força íonica (concentração de sais) – Concentrações de substratos, cofatores, inibidores
  • 23. Dependência ao pH • pH ótimo • Protonação/desprotonação do sítio ativo • Em pHs extremos a proteína é inativada por desnaturação
  • 24. Efeito da temperatura na atividade enzimática • O aumento de temperaura geralmente acaarreta um aumento na atividade enzimática • Até um valor de temperatura em que começa a haver desnaturação e consequente perda de atividade