O FNDE instituiu novas regras para prestar contas em 2012, exigindo o uso do Sistema de Gestão de Prestação de Contas (SiGPC). O SiGPC gerenciará todo o processo de prestação de contas online, incluindo análise, emissão de pareceres e acompanhamento. Os prazos para prestar contas entre janeiro e julho de 2012 foram suspensos por 100 dias para adaptação ao sistema.