Micronutrientes são nutrientes em que a planta necessita em menor quantidade como o Zn, B, Mn, Mo, Cl, Ni, Fe e Cu. Mas isso não os fazem menos essenciais que os macronutrientes, eles são tão importantes quanto, como é retratado na Lei do Mínimo. A absorção dos nutrientes podem ser tanto via radicular quanto via foliar. Contudo, a via radicular é mais efetiva, devido ficar um maior residual destes nutrientes no solo e pelos micronutrientes serem pouco redistribuídos na planta. Dentre os micronutrientes, um dos mais requeridos pelo algodoeiro é o boro, visto que esta cultura é a que mais extrai boro por tonelada produzida. O boro ele auxilia na absorção e translocação de P, Cl, K e Ca, ele também atua no metabolismo no N. Ele também é responsável pelo transporte de carboidratos e pela germinação do grão de pólen e desenvolvimento do tubo polínico, sendo assim, ele é fundamental para a reprodução desta cultura. Sua deficiência resulta em folhas e maçãs encarquilhadas e abortamento de flores, assim como anéis escuros ao redor do pecíolo da folha.