Os municípios de Manoel Viana, Alegrete e São Francisco de Assis localizam-se na bacia hidrográfica do Rio Uruguai. A região situa-se na Bacia do Paraná formada por rochas sedimentares e vulcânicas desde o Ordoviciano até o Quaternário. De acordo com Muller Fo., o RS pode ser dividido em cinco unidades geomorfológicas, sendo que os municípios estão localizados na Cuesta do Haedo.