O ancoramento molecular é uma técnica que consiste em buscar a melhor posição e orientação de um ligante no sítio de ligação de uma macromolécula, formando um complexo lig-rec. Muito utilizada para proteínas como também receptores e enzimas. Ao conhecer a pose de menor energia pode se prever a afinidade de ligação entre duas moléculas. As metodologias in-sílico atualmente permitem a triagem virtual de uma gama de compostos, diminuindo gastos iniciais da identificação de hits e encontrando novas drogas candidatas ao uso terapêutico.

1. Molecular
Docking
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Introduction

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Database
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…2D and 3D

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file type (pdb, pdbqt, xyz, mol2, sdf, gro…)
PDB format

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file type (pdb, pdbqt, xyz, mol2, sdf, gro…)
PDBQT format

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file type (pdb, pdbqt, xyz, mol2, sdf, gro…)
XYZ format

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file type (pdb, pdbqt, xyz, mol2, sdf, gro…)
MOL2 format

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file type (pdb, pdbqt, xyz, mol2, sdf, gro…)
MOL2 format

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Software (visualization and manipulation…)
PyMol Avogadro
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Software (molecular docking…)
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garbage in, garbage out…

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PyMol (fetch, show, hide, remove, select)
Active site
PyMOL>fetch 5c1m
PyMOL>show cartoon
PyMOL>hide lines
PyMOL>select resn HOH*
PyMOL>remove sele
PyMOL>select chain B
PyMOL>remove sele
PyMOL>show sticks, resn VF1
PyMOL>bg_color white
PyMOL>select byres all within 5 of resn VF1
PyMOL>show sticks, sele
PyMOL>hide cartoon
With the commands above it was possible to obtain the 5C1M
receiver from the PDB and visualize which residues are at a
distance of 5 angstron from the ligand.

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PyMol (fetch, align)
Alignment
PyMOL>fetch 5c1m
PyMOL>fetch 4dkl
PyMOL>align 5c1m, 4dkl
4dkl
5c1m
With the commands above it was possible to
obtain the receiver in active 5C1M and inactive
4DKL form of the PDB and align the structures.
Executive: RMS = 1.860 (1817 to 1817 atoms)

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PyMol (rotamers)
52 + 218 = 270
before
later

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Amino acid

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To be continued...