A Embrapa foi fundada no Brasil em 1970 e teve sua primeira unidade em Rondônia em 1975. A unidade de Ouro Preto do Oeste foi fundada em 1976 com 42 hectares e realizou seu primeiro experimento agrícola em 1977 com seringueiras. Entre 2005 e 2015, a Embrapa de Ouro Preto do Oeste realizou pesquisas com feijão caupi, mandioca brava, banana, cana-de-açúcar e melancia, e desenvolveu novos clones de café arábica e conilon.