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instalacao programa r

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Instruções para instalação do programa r

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instalacao programa r

  1. 1. www.valorp.com Consultoria e Cursos Kaluce Gonçalves de Sousa Almondes Doutora em Ciência dos Alimentos Faculdade de Ciências Farmacêuticas - USP Instruções para instalação do programa R www.valorp.com contato@valorp.com
  2. 2. www.valorp.com Instalação do Programa R 1º - Clique duas vezes para abrir o arquivo R-3.4.4.win.exe. 2º - Uma caixa será aberta. Clique em executar. 3º - Uma segunda caixa pode ser aberta perguntando se você permite a instalação. Clique em “Permitir – Confio neste programa porque conheço a origem ou já utilizei antes” 4º - Uma terceira caixa irá aparecer. Clique em “ok” para selecionar o idioma em português. 5º - A partir da quarta caixa clique em todas as opções “Avançar” e aguarde enquanto o programa de instalação instala o R for Windows. Ao final da instalação, clique em “Concluir”. 6º - O ícone R estará disponível na área de trabalho do seu computador. Clique nele para abrir.
  3. 3. www.valorp.com ØA imagem abaixo é a tela inicial do programa R. ØA partir desse momento você precisará instalar alguns pacotes para utilizá-lo. Você precisará estar conectado à internet!! Instalação do Programa R
  4. 4. www.valorp.com ØClique em Packages e em seguida Install packages Instalação do Programa R 1 ØVocê deverá instalar o pacote Rcmdr. Siga as instruções a seguir.
  5. 5. www.valorp.com Instalação do Programa R 2 3 - Irá aparecer a caixa HTTP CRAN mirror. Selecione a opção Brasil (SP) [https] e clique em “ok” - Uma nova caixa Packages aparecerá. Selecione a opção Rcmdr e clique em “ok”
  6. 6. www.valorp.com - Em seguida, aparecerá uma caixa (imagem abaixo) com uma questão. Clique em “Sim”. - Então, mais uma caixa aparecerá. Clique em “Sim” também. Instalação do Programa R
  7. 7. www.valorp.com - Aguarde até que o download seja finalizado!! Instalação do Programa R
  8. 8. www.valorp.com - Quando o download estiver finalizado, aparecerá uma tela como esta abaixo!! Instalação do Programa R
  9. 9. www.valorp.com ØAgora abra o pacote Rcmdr que você instalou para testar se está funcionando!! ØClique em Load packages ØUma nova caixa “Select one” será aberta. Procure “Rcmdr” e clique em ok Instalação do Programa R
  10. 10. www.valorp.com ØAparecerá uma caixa indicando que há necessidade de instalar outros pacotes. Clique em “Sim” para instalar. ØEm seguida clique em “ok” para instalar pacotes de CRAN Instalação do Programa R
  11. 11. www.valorp.com ØAo final da instalação dos pacotes a tela abaixo do Rcmdr abrirá!! ØAguarde a aula para aprender a usá-lo!! ØIremos utilizar este programa na aula prática e conhecer os principais testes estatísticos!! Instalação do Programa R
  12. 12. www.valorp.com Programa R 1 2 ØApós instalar o pacote Rcmdr, instale os pacote dos testes para regressão logística, curva ROC e análise de sobrevida. Siga os passos das imagens.
  13. 13. www.valorp.com ØInstalar pacote do teste utilizado na regressão logística Programa R ØProcurar pacote lmtest 3
  14. 14. www.valorp.com ØInstalar pacote do teste utilizado na regressão logística Programa R 1 ØProcurar pacote generalhoslem 2
  15. 15. www.valorp.com Programa R Ø Para que o pacote Generalhoslem funcione é necessário instalar o pacote reshape_0.8.6. Ø Primeiro salve a pasta reshape_0.8.6 enviada por email em um local fácil no seu computador e depois siga os passos da imagem 1 2 comandos
  16. 16. www.valorp.com ØInstalar pacote do teste utilizado na Curva ROC Programa R 1 ØProcurar pacote ROCR 2
  17. 17. www.valorp.com ØInstalar pacote do teste utilizado na Curva ROC Programa R 1 ØProcurar pacote pROC 2
  18. 18. www.valorp.com ØInstalar pacote do teste utilizado na Análise de Sobrevida Programa R 1 ØProcurar pacote survival 2
  19. 19. www.valorp.com ØInstalar pacote do teste utilizado na Análise de Sobrevida Programa R 1 ØProcurar pacote RcmdrPlugin.EZR 2
  20. 20. www.valorp.com ØInstalar pacote do teste utilizado na Análise de Sobrevida Programa R 1 ØProcurar pacote RcmdrPlugin.KMggplot2 2
  21. 21. www.valorp.com ØInstalar pacote do teste utilizado na Análise de Sobrevida Programa R 1 ØProcurar pacote RcmdrPlugin.survival 2
  22. 22. www.valorp.com COMANDOS – REGRESSÃO LINEAR lm(ic~peso, data=Dataset) ResíduoPadronizado <- rstandard(LinearModel.1) ValorPreditoNãoPadronizado <- predict.lm(LinearModel.1) par(mfrow=c(1,3)) plot(ValorPreditoNãoPadronizado,ResíduoPadronizado) abline(0,0)
  23. 23. www.valorp.com COMANDOS – REGRESSÃO LOGÍSTICA Intervalo de confiança de β e OR: ICbeta1=confint.default(GLM.1,level=0.95);ICbeta1 ICOR1=exp(ICbeta1);ICOR1 Teste de verossimilhança: lrtest(GLM.1) Teste de Hosmer-Lemeshow: logitgof(Dataset$parto, fitted(GLM.7))
  24. 24. www.valorp.com COMANDOS – Curva ROC – Pacote ROCR – 1 curva Library(ROCR) data(Dataset) pred <- prediction(Dataset$IC, Dataset$SM) perf <- performance(pred,"tpr","fpr") plot(perf, col = "blue", lwd = 3) abline(a = 0, b = 1, lwd = 2, lty = 2) perf.auc <- performance(pred, measure = "auc") unlist(perf.auc@y.values) legend(0.6,0.6,c('IC'),col=c('blue'),lwd=3)
  25. 25. www.valorp.com COMANDOS – Curva ROC – Pacote ROCR – 2 curvas data(Dataset) pred.IC <- prediction(Dataset$IC, Dataset$SM) perf.IC <- performance(pred.IC,"tpr","fpr") plot(perf.IC, col = "blue", lwd = 3) pred.LAP <- prediction(Dataset$LAP, Dataset$SM) perf.LAP <- performance(pred.LAP,"tpr","fpr") plot(perf.LAP, col = "red", lwd = 3,add=TRUE) perf.auc.IC <- performance(pred.IC, measure = "auc") unlist(perf.auc.IC@y.values) perf.auc.LAP <- performance(pred.LAP, measure = "auc") unlist(perf.auc.LAP@y.values) abline(a = 0, b = 1, lwd = 2, lty = 2) legend(0.6,0.6,c('IC','LAP'),col=c('blue','red'),lwd=3)
  26. 26. www.valorp.com COMANDOS – Curva ROC – Pacote ROCR – 3 curvas data(Dataset) pred.IC <- prediction( Dataset$IC, Dataset$SM) perf.IC <- performance(pred.IC,"tpr","fpr") plot(perf.IC, col = "blue", lwd = 3) pred.LAP <- prediction( Dataset$LAP, Dataset$SM) perf.LAP <- performance(pred.LAP,"tpr","fpr") plot(perf.LAP, col = "red", lwd = 3,add=TRUE) pred.VAI <- prediction( Dataset$VAI, Dataset$SM) perf.VAI <- performance(pred.VAI,"tpr","fpr") plot(perf.VAI, col = "orange", lwd = 3,add=TRUE) perf.auc.IC <- performance(pred.IC, measure = "auc") unlist(perf.auc.IC@y.values) perf.auc.LAP <- performance(pred.LAP, measure = "auc") unlist(perf.auc.LAP@y.values) perf.auc.VAI <- performance(pred.VAI, measure = "auc") unlist(perf.auc.VAI@y.values) abline(a = 0, b = 1, lwd = 2, lty = 2) legend(0.6,0.6,c('IC','LAP','VAI'),col=c(‘blue’,’red','orange'),lwd=3)
  27. 27. www.valorp.com COMANDOS – Curva ROC – Pacote pROC library(pROC) roc1 <- roc(Dataset$SM,Dataset$IC, percent=TRUE, plot=TRUE, show.thres=TRUE) roc2 <- roc(Dataset$SM, Dataset$LAP,plot=TRUE, add=TRUE, percent=roc1$percent) library(pROC) roc1 <- roc(Dataset$SM,Dataset$IC, percent=TRUE, plot=TRUE, show.thres=TRUE) roc3 <- roc(Dataset$SM, Dataset$VAI,plot=TRUE, add=TRUE, percent=roc1$percent) Comando - Comparação das curvas: roc.test(roc1, roc2, reuse.auc=FALSE) Comando – Coordenadas das curvas: coords(roc1, "best", ret=c("threshold", "specificity", "sensitivity")) coords(roc1, "local maximas", ret=c("threshold", "sens", "spec")) Comando – IC das curvas: ci(roc1)
  28. 28. www.valorp.com Consultoria e Cursos Kaluce Gonçalves de Sousa Almondes Doutora em Ciência dos Alimentos Faculdade de Ciências Farmacêuticas - USP www.valorp.com Instruções para instalação do programa R

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