A Incubadora de Empresas do LNCC tem como objetivo incubar empresas de base tecnológica nas áreas de TI e simulação, oferecendo serviços e assessoria para promover o empreendedorismo. Atualmente incuba 5 empresas e graduou 3, e busca financiamento para ampliar a infraestrutura e equipe. Seus principais desafios são a equipe limitada e falta de recursos para programas de apoio.