+




Bioquímica - Universidade Católica de Brasília
  Origem da vida e componentes da célula
            Prof. Dr. Gabriel da Rocha Fernandes
                     Universidade Católica de Brasília
             gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com
+                                                                   2

    O que devo saber ao fim desta
    aula?
    n Componentes     das células.

    n Como   é formada uma membrana.

    n Formas   de obtenção de energia.

    n Principais   componentes químicos da células.

    n Versatilidade   do carbono.

    n Importância   da estrutura tridimensional de uma proteína.
+                                                                    3

    Origem do universo

    n Cerca   de 15 bilhões de anos.

    n Formaram-se    hidrogênio e hélio.

    n Explosão
              de estrelas liberou energia para a fusão de núcleos
     atômicos em elementos mais complexos.

    n Cerca   de 4 bilhões de anos surgiu a vida.

    n Extraiam   energia de compostos químicos.

    n Usavam energia solar para produzir biomoléculas complexas a
     partir de elementos simples.

    n Milhares   de biomoléculas constituem os organismos vivos.

    n Bioquímica: moléculas   inanimadas => organismo vivo.
+                                                                                 4

    Organismos vivos

    n Complexidade       química e organização microscópica:
     n Estruturas
                celulares, polímeros, sequência de subunidades, estrutura
      tridimensional, especificidade na interação...

    n Extração, transformação       e utilização da energia:
     n Permite   construir e manter estruturas, e realizar todos os trabalhos.

    n Funções
             definidas para cada componente, e interações
     reguladas:
     n Dinamismo, mudanças      geram respostas coordenadas ou
      compensatórias.
+                                                                                5

    Organismos vivos

    n Sensibilidade    e resposta ao ambiente:
     n Adaptação   química, ou localização das moléculas. Receptores.

    n Autorreplicação     e automontagem:
     n Multiplicação   de uma bacteria isolada. Descendentes são cópias fiéis
       da original.

    n Alteração   ao longo do tempo por evolução:
     n Mínimas mudanças que permitem sobreviver em ambientes novos =>
       diversidade.
+                                                     6

    Fundamentos celulares

    n Célula   é a unidade estrutural e funcional.
+                                                                    7

    Membrana Plasmática

    n Separa   o conteúdo do ambiente.

    n Moléculas    de lipídeos e proteínas.

    n Barreira   seletiva para a passagem de compostos e íons.

    n Proteínas   de transporte - íons e moléculas.

    n Proteínas   receptoras - transmitem sinais para o interior.

    n Enzimas    de membrana - participam de reações.
+                         8

    Membrana Plasmática
+                                                                    9

    Citoplasma




n Citoplasma         - volume interno.

n Citosol   - solução aquosa.
    n Enzimas   e RNA.
    n Aminoácidos     e nucleotídeos.
    n Pequenas     moléculas orgânicas (metabólitos).
    n Estruturas   macromoleculares (ribossomos, proteassomos...)
+                                                                  10

    Núcleo/Nucleóide

    n Armazenamento   e replicação do genoma.

    n Nucleóide
               - Em bactérias e arquibactérias não é separado do
     citoplasma por membrana (procariotos).

    n Núcleo- Em eucariotos, material nuclear é separado do
     citoplasma por uma membrana dupla.
+                                                                11

    Dominios da vida

    n 3   grandes domínios.

    n Basesgenéticas e bioquímicas definem 2 deles: Archaea e
      Bacteria.

    n Os   Eucariotos formam o terceiro grande domínio.
+                                                                               12

    Habitat dos procariotos

    n Aeróbico   - Suprimento de oxigênio.
     n Transferência   de eletrons para o oxigênio.

    n Anaeróbio   - Desprovido de oxigênio.
     n Transferência   de eletrons para o nitrato, sulfato ou gás carbônico.

    n Anaeróbios   podem ser obrigatórios ou facultativos.
+                             13

    Habitat dos procariotos
+                                                                                  14

    Como obter energia?

    n Fototróficos    - luz solar.

    n Quimiotróficos     - combustível químico.
     n Litotróficos
                   - combustíveis inorgânicos. HS- a S0, S0 a SO4-, NO2- a NO3-,
       ou Fe2+ a Fe3+.
     n Organotróficos    - combustíveis orgânicos.

    n Obtém    o carbono através do CO2 - autotróficos.

    n Requer   nutrientes orgânicos - heterotróficos.
+                                                                 15

    Citoesqueleto

    n Filamentos   protéicos que atravessam a célula em várias
     direções.

    n Actina, microtúbulos   e filamentos intermediários.

    n Conferem   estrutura e organização.

    n Movimentam     organelas e a célula em si.
+                                 16

    Estruturas supramoleculares
+                                 17

    Estruturas supramoleculares
+                                                                      18

    Fundamentos químicos

    n Mundo   vivo diferente do mundo inanimado.

    n Compostos   ricos em carbono, oxigênio, nitrogênio e fósforo.

    n Similaridade   química entre todos os seres vivos.

    n Glicólise
              tem as mesmas enzimas e mesmos intermediários em
     levedura e humano.

    n Jacques
             Monod - “O que vale para E. coli também vale para um
     elefante”.

    n Hidrogênio, Oxigênio, Nitrogênio   e Carbono - 99% da célula.
+                          19

    Fundamentos químicos
+                                                       20

    Carbono

    n Versatilidade   do carbono em formar ligações.
+                       21

    Grupos funcionais
+                                                                     22

    As moléculas

    n Aminoácidos, nucleotídeos, açucares   e seus derivados
     fosforilados...

    n Ocorrem   em todas as células vivas - conservação evolutiva.

    n Existem
             biomoléculas específicas, metabólitos secundários -
     morfina, nicotina, cafeína...

    n Metaboloma   - conjunto das moléculas em uma célula.
+                                                                   23

    Macromoléculas

    n Proteínas, ácidos
                     nucleicos e polissacarídeos - macromoléculas
     feitas de monômeros.

    n A
       síntese de macromoléculas é a atividade que mais consome
     energia nas células.

    n Processamentos
                    adicionais formam complexos
     supramoleculares - ribossomo.
+                                                                         24

    Proteínas e Ácidos Nucleicos

    n Polímeros   de aminoácidos.

    n Maior   fração da célula.

    n Atividade   catalítica, estrutural, receptores, transportadores.

    n Conjunto
             das proteínas em funcionamento em uma célula -
     proteoma.

    n DNA   e RNA.

    n Armazenam      e transmitem informação genética.

    n RNA
         - função estrutural e catalítica em complexos
     supramoleculares.

    n RNA   - regulação da função celular.
+                                                                        25

    Polissacarídeos e lipídeos

    n Polissacarídeos   - Polímeros de açúcares simples como glicose.

    n Reservatório
                 de combustível, componente estrutural rígido,
     elementos de reconhecimento extracelular.

    n Lipídeos
             - componentes de membranas, depósito de
     combustíveis, pigmentos, sinais intracelulares.
+                                                                                  26

    Estrutura tridimensional

    n Estereoisômeros      - mesmas ligações químicas, diferentes
     configurações.

    n Interações    entre biomoléculas são estereoespecíficas.

    n Configuração     dada por:
     n ligações   dupla (incapacidade de rotação)
     n centros   quirais (centro em que há arranjos em orientações específicas)
+                                                                        27

    Estrutura tridimensional

    n Centro   quiral - carbono com quatro substintuintes diferentes.

    n Enantiômeros   - imagens especulares.

    n Diastereoisômeros   - não são imagens.
+                                                                     28

    Conformação molecular

    n Influencia   no encaixe das moleculas.

    n Estrutura   dimensional:
     n reagente   com enzima
     n hormônio    com receptor
     n antígeno   com anticorpo

    n Estereoespecificidade       - capacidade de distinguir entre
     estereoisômeros.

    n Luva   esquerda não encaixa na mão direita.
+                                                                  29

    Fundamentos físicos

    n Células   precisam de energia.

    n Mecanismos     eficientes para aproveitar a energia.

    n Organismos existem em um estado estacionário, não em
     equilíbrio com o meio em que vivem.

    n Moléculas    dinâmicas - sintese e degradação constantes.

    n Equilíbrio
                para manter uma concentração constante. Ex:
     sintese e degradação de hemoglobina.
+                                                                      30

    Transformação de energia e
    matéria
    n Sistema   - reagentes, produtos, solventes e atmosfera.

    n Sistema   + meio = Universo

    n Sistema   isolado - não troca energia nem matéria com o meio.

    n Sistema   fechado - troca energia, mas não matéria.

    n Sistema   aberto - troca energia e matéria.

    n Organismo    vivo é um sistema aberto.
     n consomem   combustíveis químicos do meio
     n absorvem   energia da luz solar
+                                                         31

    Fluxo de eletrons

    n Hidrólise
              promovida pela luz libera eletrons para a
     redução d CO2.




    n Oxidaçãode produtos ricos em energia passam
     eletrons adquiridos ao O2 e formam água.




    n Reações   de oxi-redução.
+                                                                       32

    Entropia

n Aminoácidos    não vão se condensar espontaneamente e formar proteínas.

n ∆G   = variação da energia livre.

n Se   ∆G é negativo - espontâneo.

n Reações    endergônicas (consomem energia) - síntese de proteínas e DNA.

n Reações    exergônicas (liberam energia).

n Fonte   de energia livre - hidrólise da ligação fosfoanidro (ATP).
+                                                                    33

    As enzimas e a energia

    n Enzimas   catalizam reações.

    n Permite   que aconteçam em velocidades apropriadas.

    n Estabilizam   o estado de transição, reduzindo a energia de
     ativação.
+                                                                  34

    Fundamentos genéticos

    n DNA   é um polímero orgânico.

    n Em
        E. coli é uma única molécula contendo 4,64 milhões de
     pares de nucleotídeos.

    n Humanos
             - uma molécula de DNA para cada um dos 23
     cromossomos.

    n Dupla   hélice.

    n Uma
         fita serve de molde para a outra na hora da síntese de
     uma nova molécula.

    n Informação
               é assegurada pela informação da fita oposta (atua
     como molde para reparar o dano).
+                                   35

    DNA => Proteína com estrutura
    tridimensional
+                                                                 36

    Fundamentos evolutivos

    n Mutações   ocasionais geram diversidade.

    n Diversidade   é repertório adaptativo.

    n Teoria   da endossimbiose.

    n Especialização   celular.

    n Conhecimento
                  do genoma leva ao conhecimento filogenético e
     do funcionamento do organismo.

Bioquimica - Aula 1

  • 1.
    + Bioquímica - UniversidadeCatólica de Brasília Origem da vida e componentes da célula Prof. Dr. Gabriel da Rocha Fernandes Universidade Católica de Brasília gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com
  • 2.
    + 2 O que devo saber ao fim desta aula? n Componentes das células. n Como é formada uma membrana. n Formas de obtenção de energia. n Principais componentes químicos da células. n Versatilidade do carbono. n Importância da estrutura tridimensional de uma proteína.
  • 3.
    + 3 Origem do universo n Cerca de 15 bilhões de anos. n Formaram-se hidrogênio e hélio. n Explosão de estrelas liberou energia para a fusão de núcleos atômicos em elementos mais complexos. n Cerca de 4 bilhões de anos surgiu a vida. n Extraiam energia de compostos químicos. n Usavam energia solar para produzir biomoléculas complexas a partir de elementos simples. n Milhares de biomoléculas constituem os organismos vivos. n Bioquímica: moléculas inanimadas => organismo vivo.
  • 4.
    + 4 Organismos vivos n Complexidade química e organização microscópica: n Estruturas celulares, polímeros, sequência de subunidades, estrutura tridimensional, especificidade na interação... n Extração, transformação e utilização da energia: n Permite construir e manter estruturas, e realizar todos os trabalhos. n Funções definidas para cada componente, e interações reguladas: n Dinamismo, mudanças geram respostas coordenadas ou compensatórias.
  • 5.
    + 5 Organismos vivos n Sensibilidade e resposta ao ambiente: n Adaptação química, ou localização das moléculas. Receptores. n Autorreplicação e automontagem: n Multiplicação de uma bacteria isolada. Descendentes são cópias fiéis da original. n Alteração ao longo do tempo por evolução: n Mínimas mudanças que permitem sobreviver em ambientes novos => diversidade.
  • 6.
    + 6 Fundamentos celulares n Célula é a unidade estrutural e funcional.
  • 7.
    + 7 Membrana Plasmática n Separa o conteúdo do ambiente. n Moléculas de lipídeos e proteínas. n Barreira seletiva para a passagem de compostos e íons. n Proteínas de transporte - íons e moléculas. n Proteínas receptoras - transmitem sinais para o interior. n Enzimas de membrana - participam de reações.
  • 8.
    + 8 Membrana Plasmática
  • 9.
    + 9 Citoplasma n Citoplasma - volume interno. n Citosol - solução aquosa. n Enzimas e RNA. n Aminoácidos e nucleotídeos. n Pequenas moléculas orgânicas (metabólitos). n Estruturas macromoleculares (ribossomos, proteassomos...)
  • 10.
    + 10 Núcleo/Nucleóide n Armazenamento e replicação do genoma. n Nucleóide - Em bactérias e arquibactérias não é separado do citoplasma por membrana (procariotos). n Núcleo- Em eucariotos, material nuclear é separado do citoplasma por uma membrana dupla.
  • 11.
    + 11 Dominios da vida n 3 grandes domínios. n Basesgenéticas e bioquímicas definem 2 deles: Archaea e Bacteria. n Os Eucariotos formam o terceiro grande domínio.
  • 12.
    + 12 Habitat dos procariotos n Aeróbico - Suprimento de oxigênio. n Transferência de eletrons para o oxigênio. n Anaeróbio - Desprovido de oxigênio. n Transferência de eletrons para o nitrato, sulfato ou gás carbônico. n Anaeróbios podem ser obrigatórios ou facultativos.
  • 13.
    + 13 Habitat dos procariotos
  • 14.
    + 14 Como obter energia? n Fototróficos - luz solar. n Quimiotróficos - combustível químico. n Litotróficos - combustíveis inorgânicos. HS- a S0, S0 a SO4-, NO2- a NO3-, ou Fe2+ a Fe3+. n Organotróficos - combustíveis orgânicos. n Obtém o carbono através do CO2 - autotróficos. n Requer nutrientes orgânicos - heterotróficos.
  • 15.
    + 15 Citoesqueleto n Filamentos protéicos que atravessam a célula em várias direções. n Actina, microtúbulos e filamentos intermediários. n Conferem estrutura e organização. n Movimentam organelas e a célula em si.
  • 16.
    + 16 Estruturas supramoleculares
  • 17.
    + 17 Estruturas supramoleculares
  • 18.
    + 18 Fundamentos químicos n Mundo vivo diferente do mundo inanimado. n Compostos ricos em carbono, oxigênio, nitrogênio e fósforo. n Similaridade química entre todos os seres vivos. n Glicólise tem as mesmas enzimas e mesmos intermediários em levedura e humano. n Jacques Monod - “O que vale para E. coli também vale para um elefante”. n Hidrogênio, Oxigênio, Nitrogênio e Carbono - 99% da célula.
  • 19.
    + 19 Fundamentos químicos
  • 20.
    + 20 Carbono n Versatilidade do carbono em formar ligações.
  • 21.
    + 21 Grupos funcionais
  • 22.
    + 22 As moléculas n Aminoácidos, nucleotídeos, açucares e seus derivados fosforilados... n Ocorrem em todas as células vivas - conservação evolutiva. n Existem biomoléculas específicas, metabólitos secundários - morfina, nicotina, cafeína... n Metaboloma - conjunto das moléculas em uma célula.
  • 23.
    + 23 Macromoléculas n Proteínas, ácidos nucleicos e polissacarídeos - macromoléculas feitas de monômeros. n A síntese de macromoléculas é a atividade que mais consome energia nas células. n Processamentos adicionais formam complexos supramoleculares - ribossomo.
  • 24.
    + 24 Proteínas e Ácidos Nucleicos n Polímeros de aminoácidos. n Maior fração da célula. n Atividade catalítica, estrutural, receptores, transportadores. n Conjunto das proteínas em funcionamento em uma célula - proteoma. n DNA e RNA. n Armazenam e transmitem informação genética. n RNA - função estrutural e catalítica em complexos supramoleculares. n RNA - regulação da função celular.
  • 25.
    + 25 Polissacarídeos e lipídeos n Polissacarídeos - Polímeros de açúcares simples como glicose. n Reservatório de combustível, componente estrutural rígido, elementos de reconhecimento extracelular. n Lipídeos - componentes de membranas, depósito de combustíveis, pigmentos, sinais intracelulares.
  • 26.
    + 26 Estrutura tridimensional n Estereoisômeros - mesmas ligações químicas, diferentes configurações. n Interações entre biomoléculas são estereoespecíficas. n Configuração dada por: n ligações dupla (incapacidade de rotação) n centros quirais (centro em que há arranjos em orientações específicas)
  • 27.
    + 27 Estrutura tridimensional n Centro quiral - carbono com quatro substintuintes diferentes. n Enantiômeros - imagens especulares. n Diastereoisômeros - não são imagens.
  • 28.
    + 28 Conformação molecular n Influencia no encaixe das moleculas. n Estrutura dimensional: n reagente com enzima n hormônio com receptor n antígeno com anticorpo n Estereoespecificidade - capacidade de distinguir entre estereoisômeros. n Luva esquerda não encaixa na mão direita.
  • 29.
    + 29 Fundamentos físicos n Células precisam de energia. n Mecanismos eficientes para aproveitar a energia. n Organismos existem em um estado estacionário, não em equilíbrio com o meio em que vivem. n Moléculas dinâmicas - sintese e degradação constantes. n Equilíbrio para manter uma concentração constante. Ex: sintese e degradação de hemoglobina.
  • 30.
    + 30 Transformação de energia e matéria n Sistema - reagentes, produtos, solventes e atmosfera. n Sistema + meio = Universo n Sistema isolado - não troca energia nem matéria com o meio. n Sistema fechado - troca energia, mas não matéria. n Sistema aberto - troca energia e matéria. n Organismo vivo é um sistema aberto. n consomem combustíveis químicos do meio n absorvem energia da luz solar
  • 31.
    + 31 Fluxo de eletrons n Hidrólise promovida pela luz libera eletrons para a redução d CO2. n Oxidaçãode produtos ricos em energia passam eletrons adquiridos ao O2 e formam água. n Reações de oxi-redução.
  • 32.
    + 32 Entropia n Aminoácidos não vão se condensar espontaneamente e formar proteínas. n ∆G = variação da energia livre. n Se ∆G é negativo - espontâneo. n Reações endergônicas (consomem energia) - síntese de proteínas e DNA. n Reações exergônicas (liberam energia). n Fonte de energia livre - hidrólise da ligação fosfoanidro (ATP).
  • 33.
    + 33 As enzimas e a energia n Enzimas catalizam reações. n Permite que aconteçam em velocidades apropriadas. n Estabilizam o estado de transição, reduzindo a energia de ativação.
  • 34.
    + 34 Fundamentos genéticos n DNA é um polímero orgânico. n Em E. coli é uma única molécula contendo 4,64 milhões de pares de nucleotídeos. n Humanos - uma molécula de DNA para cada um dos 23 cromossomos. n Dupla hélice. n Uma fita serve de molde para a outra na hora da síntese de uma nova molécula. n Informação é assegurada pela informação da fita oposta (atua como molde para reparar o dano).
  • 35.
    + 35 DNA => Proteína com estrutura tridimensional
  • 36.
    + 36 Fundamentos evolutivos n Mutações ocasionais geram diversidade. n Diversidade é repertório adaptativo. n Teoria da endossimbiose. n Especialização celular. n Conhecimento do genoma leva ao conhecimento filogenético e do funcionamento do organismo.