Um analise sobre algumas linhas que trabalha a biologia sintética. Por meio do Techmining da VantagePoint podemos fazer muitos analises em um corto espaço de tempo

1. Um análise de Techmining de 10 minutos sobre mais de 13.000+ artigos
publicados JCR WoS 2019
Maio 2019
Panorama da pesquisa: tendências
v.11

2. Três definições:
“Designing and constructing biological modules, biological
systems, and biological machines or, re-design of existing
biological systems for useful purposes". Nakano T, Eckford AW, Haraguchi T (12
September 2013). Molecular Communication. Cambridge University Press. ISBN 978-1-107-02308-6.
“The artificial design and engineering of biological systems and
living organisms for purposes of improving applications for
industry or biological research.” Osbourn AE, O'Maille PE, Rosser SJ, Lindsey K (November
2012). "Synthetic biology. 4th New Phytologist Workshop, Bristol, UK, June 2012". The New Phytologist. 196 (3): 671–7.
“The design and construction of novel artificial biological
pathways, organisms or devices, or the redesign of existing
natural biological systems” https://royalsociety.org/~/media/Royal_Society.../synthetic-
biology/CallForViews.pdf

3. Outra definição indica que os organismos são
projetados ou redesenhados para:
Processar informação,
Manipular elementos químicos,
Fabrico de materiais e estruturas,
Produzir energia,
Forneçer alimentos e
Manter e melhorar a saúde humana e a do meio
ambiente.
Chopra, Paras; Akhil Kamma. "Engineering life through Synthetic Biology". In Silico Biology. 6.

4. Nós todos conhecemos OGM, organismos
geneticamente modificados, alimentos modificados,
qual é a diferença agora?

5. Neste sentido, Drew Endy nos lembra em um vídeo informativo,
(https://youtu.be/XIuh7KDRzLk), qual é a diferença entre Engenharia Genética
e Biologia Sintética
Engenharia Genética:
• Recombinant DNA,
• PCR
• Automated DNA Sequence
Últimos 30 anos !

6. En este sentido Drew Endy nos lembra em um video informativo,
(https://youtu.be/XIuh7KDRzLk), quál é a diferença entre Engenharia Genética
e Biología Sintética
Engenharia Genética:
• Recombinant DNA,
• PCR,
• Automated DNA Sequence
A Biología Sintética inclui EG, mas também considerar
como você faz isso :
• Automated construction (DNA synthesis),
• Standards,
• Abstraction

7. Nós fazemos uma análise Techmining com 13.000 artigos sobre
biologia sintética, mas não para ver quem publica mais sobre esse
termo, ou em que ano foi publicado mais sobre a biologia
sintética, NÃO.
Queremos saber quem se dedica a redesenhar microorganismos,
quem faz o mesmo com proteínas ou genes, quem propõem
normativa, ou quem busca melhorar a saúde ou produzir energia
Para isso é necessário limpar duplicatas, agrupar termos,
desambiguar instituições e autores, processar através de lógica
difusa e machine learning, os termos dentro dos resumos ou entre
as palavras-chave, criar indicadores. Techmining em resumo.
Com VantagePoint afortunadamente, esso é senzillo sim deixar de
ser rigoroso.

8. Engineered living systems
Engineered components
Health Applications
Standarization processes
Energy applications
Mathematical methods
Agriculture applicatons
Food processing applications
0
50
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2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018
Engineered living systems
Engineered components
Health Applications
Standarization processes
Energy applications
Mathematical methods
Agriculture applicatons
Food processing applications
O desenho e redesenho de microorganismos são os campos mais ativos asim
como os métodos de normatização e normalização que vão crescendo

9. Distribuição das publicacões por
países

10. Os trabalhos seminais em biología sintética: os mais citados
RNA-Guided Human Genome Engineering via Cas9 ; Mali, Prashant / Harvard Univ /
USA
(3645 times cited)
Drug Discovery and Natural Products: End of an Era or an Endless Frontier? ; Li, Jesse
W -H / Univ Alberta / Canada (1014 times cited)
Comparing Photosynthetic and Photovoltaic Efficiencies and Recognizing the Potential
for Improvement; Blankenship, Robert E / Washington Univ / USA (726 times cited)
High-level semi-synthetic production of the potent antimalarial artemisinin; Paddon, C
J / Amyris Inc / USA (679 times cited)
Dynamic DNA nanotechnology using strand-displacement reactions ; Zhang, David Yu
/ Harvard Univ / USA (678 times cited)
How antibiotics kill bacteria: from targets to networks ; Kohanski, Michael A / Boston
Univ / USA (636 times cited)

11. 0
20
40
60
80
100
120
140
160
180
200
MIT
Chinese Acad Sci
Univ Calif Berkeley
Swiss Fed Inst Technol
Univ Washington
Univ Illinois
Univ Manchester
Harvard Univ
Univ Edinburgh
Tianjin Univ
Medida indireta da qualidade da pesquisa
nº citations average Nº of articles

12. Vamos ver os elementos emergentes
baseados em:
• Novidade
• Persistência no período
• Comunidade que trabalha por trás
• Crescimento
Eles não precisam coincidir com os que publicam mais. À esquerda
das tabelas a seguir, há o número de publicações Source:wonderopolis.org

13. Quais são os
termos
emergentes?
Términos factor emergente
Termos emergentes

14. Instituições emergentes
Instituição factor emergente

15. TF-iDF nos permite
extrair de mais de 13.000
abstracts, aqueles termos
com maior presença mas
ao mesmo tempo mais
unívocos em cada
documento
Lógicamente os termos ADN, bacteria,
enzimas, leveduras, etc, referem-se a
modificados ‘engineered’
# Records Abstract terms
TF-IDF
values
963engineered protein 35,79
864bioengineered Escherichia coli 34,06
632metabolic engineering 30,84
470metabolic pathways 30,2
434bacteria 29,89
434enzymes 30,13
431gene expression 30,69
361genome 28,65
350DNA 29,03
283strains 28,54
261yeast 27,98
252microorganisms 26,29
251biosynthetic pathways 26,49
243living cells 25,35
218systems biology 25,36
207biofuels 26,41
201networks 26,08
161genetic circuits 23,6
182Saccharomyces cerevisiae 22,56

16. Quem se dedica a
desenhar ou redesenhar
microorganismos?
Source: medicalnewstoday

17. Quem lideram o
trabalho de
modificar
diferentes
microorganismos
de forma
normalizada e
abstraindo
métodos?
Microorganismos
modificados
Instituições

18. Quem se dedica a
desenhar componentes
biológicos?

19. Quem lidera o
trabalho de
modificar um
elemento de
microrganismos
de forma
padronizada e
abstraindo
métodos
Elementos
modificados
Instituições

20. Quem aplica a BS na
melhora da saúde?

21. Quem desenha microorganismos, proteínas, peptídeos, leveduras, genes, enzimas, RNA, etc. para o
tratamento de doenças, particularmente câncer?
¿Cuáles son sus
autores?

22. O qué é usado na BS
para geração de energia?

24. Quais elementos o
microorganismos estão
concentrados na aplicação de
energía ?
Source: alcheton

25. Um super perfil aplicado a microorganismos na geração de energía

26. Neste indicador em
aplicações de
energia, podemos ver
como o CSIC tem menos
colaboração mas mais
temática variada, por
exemplo, que a
Universidade de Tianjin e
que a Universidade de
Oxford.

27. Source: Asian Science Magazine
Métodos matemáticos

28. Alguns dos que desenvolvem métodos mátematicos na
Biología Sintetica

29. Normatização
em BS

30. Quem trabalham
em normatizaçao e
normalização dos
processos da BS?

31. Para saber mais por favor contatar com
vicentegomila@gmail.com
Dr. Jose M Vicente-Gomila;
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