Há rumores de que a CEPLAC será desmantelada, com partes de suas instalações e funcionários sendo transferidos para outras instituições como a Universidade Federal do Sul da Bahia. Alguns dizem que as estações experimentais já foram fechadas e relatórios enviados para venda dos terrenos. Muitos funcionários da CEPLAC já se aposentaram e novas vagas não estão sendo abertas, enfraquecendo a organização.