Epidemiologia
agrícola aplicada
ao vigilância
epidemiológica
6, 9-11 Dic. 2013
Univ. Federal Rural do Paraná
Curitiva, Brasil

Instructor:
Gustavo Mora Aguilera
Colegio de Postgraduados
México
morag@colpos.mx
Coordinador:
Louse Larissa May de Mio
UFPR
Brasil
maydemio@ufpr.br
Tema 3-1
O paradigma epidemiológico

• Objetivo
Analisar e discutir o paradigma
epidemiológico y sus implicações em a
epidemiologia.
¿Es el paradigma
fundamental de la
fitopatologia suficiente para
enfocar el manejo de
enfermedades?
Seculo XVIII

Seculo XXI
Papa

P. infestans

http://www.historylearningsite.co.uk/irelan
d_great_famine_of_1845.htm

Foto: Romero, 2004
Brasil e Argentina: 10-15 aplicações de fungicidas por
ciclo de cultivo (Michereff, 2005; March, 2005. C.Pers.)
México: Valle de Toluca: Hasta 25 aplicações de fungicidas
por ciclo de cultivo (Romero, 2003).

Epidemia de P. infestas em
cv. Alfa e impacto em
produção
(Área com sombra indica
inicio de tuberização)

Romero et al., 2012.
“Crop losses due to late blight have been estimated
to account for 10 to 15 percent of the total global
annual potato production (CIP, 1996)”.
“The economic value of the crop lost, plus the
costs of crop protection amount to $US 3 billion
annually (Duncan, 1999)”.
“In the developed world, control of potato late
blight is heavily dependent on the use of
fungicides. Despite frequent fungicide use, late
blight epidemics have proven to be increasingly
more difficult to control (Turkensteen et al., 1997;
Schepers, 2000)”.
Flier and others. PRI, Wageningen, Netherlands

https://research.cip.cgiar.org/confluence/download/attachments/37192395/Studies_Flier.pdf?vers
ion=1&modificationDate=1274366987000
“The late blight diseases have
always been important, but became
especially difficult over the past
decade. The worldwide cost of the
potato disease alone exceeds $5
billion per year, including $1 billion
spent on fungicides”.
H. Judelson, UC-Riverside USA
Precisamos outro
paradigma alternativo
al etiológico
Etiological Paradigm => Epidemiological Paradigm
Etiological Paradigm

Infection
Principle
Epidemiological Paradigm
Contagious
Principle
Cellular and
Subcellular

Interaction
Genetics

Tissue

Physiology
of Parasitism

Plant
Pathogen

Etiology and histology

Population

IPC

Agrotoxic
Transgenics

-

IPM

Resistance

Agroecosyste
m Stability

Community

IMC
Integrated
Regional Manag.

+
A base de este
paradigma esta o
principio de contagio.
E por tanto o concepto
da população
1. Que implica o
contagio?
Contagium vivum fluidum
Martinus Beijerinck (1898)
Tobaco Mosaic Virus

Contagium Vivum
Contagium Animatum
F. G. J. Henle, o livro "On Miasma and Contagia”
(1840).
Plasma a teoria da causa infecciosa das doenças
em humanos
John Snow, e considerado o pai da
Epidemiologia Medica
Ele ruptura o paradigma
da Teoria Miasmática (no contagio)

Miasma:
do grego que
significa, mancha, impur
eza , emananacao
maligna de os mortos
que manchan e
contamina de males a os
humanos

http://www.ph.ucla.edu/epi/sn
ow.html

O libro1885:
Bombas de agua
publicos

Delimitação
de foco

Mapa original de Snob de
ocurrencia de casos de
cólera en la epidemia de
Londres 1854. Las cruces
representan los pozos de
agua.
Bacteria: Vibrio cholerae

500m diâmetro
700 mortes uma semana
Na Epidemiologia o
contagio es uma
expressão do sistema
epidemiológico e
envolve processos de
infecção no ambiente
A infecção implica inoculo:
Potencial de Inoculo (PI)
Horsfall,1932. PI = numero de partículas
“infectivas” presentes no ambiente do
hospedeiro na infectado (sadio).
Zentmyer e Col. 1944. PI= Poder do
ambiente de produzir uma doença.
Garret, 1956. PI=energia de uma
unidade “infectiva” para germinar e
infectar
Podemos expressar o Contagio como:
Contagio = Capacidade Inoculo + Intensidade de Inoculo

Capacidade
de inoculo

Tempo

Potencial do inoculo =
intensidade e capacidade
(Horsfall e Dimond 1963)

Intensidade
de inoculo
Distancia

Intensidade= f(cantidade)

Capacidade= f(biologicos)
O contagio se expressa em um Foco:
Foco: Planta ou grupo de plantas que
têm uma relação de contagio. Um foco
tenhe forma e direção.

Elaborado con datos Robles et al., 2010
O Contagio em Parcela (Amarelecimento letal do coqueiro)

O análises do Contagio:
- Simetria
- dependência
intensidade de foco

% Incidencia del amarillamiento letal

100

100
No

r

2

1 = 0.77

80

Este

2

2 = 0.76

6
2

3 = 0.83

60
40

Oeste

8

4 = 0.96

4

6 = 0.77
7 = 0.91
8 = 0.83

4

7

2

No

r

2
3
4
5
6
7

= 0.81
= 0.82
= 0.80
= 0.89
= 0.87
= 0.85

80
60

3 5
6

40

7
3

20

20
1

0

312 264 216 168 120 72 24 0 24 72 120 168 216 264 312
Distancia a partir del centro de foco de infección (m)

Intensidade de
foco: medida da
forca de contagio
e se estima com
a intensidade de
doença no centro
de foco.

0

Gongora et al., 2004
O Contagio en uma region
120

F1

F3

F4

F5

F6

N

80
60
40
20

0

0

8

16

24

30

38

46

54

62

93

139 147

Distancia (Km)
2
0
0

4

O análises do Contagio:
- Asimetria
3=
r.
0
7
5
0
4=
r.
0
7 1
0 5
- Dependência
intensidade de foco
1
0
0
2
0
0

GN E
RT
AE
DE
I
ES
T

GNS
RTT
AEE
DO
I
EE

2
1=
r8
0
.
8

2
1=
r8
0
.
5
2

2
3=
r.
0
9
9

1

1 4=
5 r.
0 20
8
9

2

1

1
0
0

3

%deinciadeAL

% Incidencia

100

F2

5
0

0

viento

5
0
4
3

0

111 62026 035
5 3 0 4 . 0 4 81 1
11 8
42
0 .
11
111
24

D ai e t e ()
i npd r f k
s i a ln om
t ar co c
a
c
t
r ed
o

Gongora et al., 2004
6
5
4
3
2
1

J
E

20
10 20

F
F

0
A

M
M

60
50
30 40
7080

A
A
6
5
4
3
2
1

Meses

6
5
4 N
Meters
3á
2
6
1
5
4
3
2
1

M
M

3
2
1

J
J

J
J

Time

10 20

METROS

Meters

METROS

Disease severity

Disease severity

A
6
5
4
3
2
1
100

90

70

Meters

N
METROS

10
METROS

Disease severity

METROS

Disease severity

METROS

Disease severity
Meters
METROS

METROS

Disease severi

METROS

Disease severity

Disease severity

6
5
100
90
4
7080
60
4050 3
20 30
2
10
Meters
1
N 6
6
A
5
á 5
4
4
3
3
2
6
2
1
5
100
90
1
80
4

60
4050
20 30

6
5
4
3
2
1

Adaptado de Avila 2000
METROS

N

Disease severity

Disease severity

Disease severity
METROS

Disease severit

6
5
4
3
2
1

ä
N

5
4
3
2
1

A 5060 708
A

30 40

METROS

METROS

ä

DiseaseMeters
severity

N60

METROS

METROS

Disease severity

Disease severity

6
Aug
5
4
3
2
1

6
5
4
3
2
1

Disease severity

6
5
4
3
2
1

Aug

6
5
4
3
2
1

Disease severity

40

METROS

80

METROS

6
5
4
3
2
1

METROS

100

Disease severity

ly

Disease severity

Incidence

ug
6
5
4
3
2
1

METROS

à

Disease severity

n
6
5
à4 N
3
2July
1

METROS

Disease severity

Mais Tempo o espaco coexisten?

5
4
3
2
1

á

6
5
4
3
2
1

10 2

ã
ä
Que processos biológicos estao implícitos em uma epidemia?

Aloinfecção

80

ä

N

N

60
40

Autoinfeccao

Inoculo primario

0

F
F

M
M
METROS

6
5

J
E

A
A

M
M
Meses

Disease severity

20

6
5
4
3
2
1

Inóculo
secundario

6
5
4
3
2
1

N
Endodemia
á

J
J

J
J

severity

à

METROS

100

6
5
4
3
2
1

Disease severity

Dispersao e Sobrevivencia
Patogenensis

METROS

6
5
4
3
2
1

Exodemia

METROS

6
5
4
3
2
1

N

Disease severity

à

METROS

6
5
4
3
2
1

Incidence

Disease severity

erity

N

Time

6
5
4

A
A

S
Por que um patogeno tem suceso?
Por que acontece uma Epidemia?
Patogeno
Alta
Intensidade

1/1

?

MANEJO

CULTIVO

CLIMA

1/2
Media
Intensidade

¼

Baixa
Intensidada
O Contagio e por tanto um
processo espacial
dinâmico cuja forma e
velocidade e medível. E
resultado da dispersão de
inoculo sobre uma
população de plantas em
um ambiente
A velocidade do Foco: gradientes
100

Inoculo
Secundário + Primário
b)

Abril

60

Mayo
Junio

Julio
Agosto

40

Inóculo
Primario

Septiembre
Octubre

a)

b)

Incidencia (%)

a)

80

Noviembre
Anual

20
Inóculo
Secundario
0
0

30

60
Distance (km)

90

Fonte de dados: INIFAP e
CESVCol, 2010
A compreensão do
Contagio e fundamental
para o manejo de doenças
baseado em a prevenção
Erradicação do cancro bacteriano

< 0.5% foco

30 m

San Paulo, Brasil
Xanthomonas axonopodis pv. citri

Bergamin Filo 2003
Erradicação e amostragem de plantas doentes do coqueiro

4, 6 km
13, 27 km

6, 10 km
80 km

Area de erradicação (Ae) = r12
Area da amostragem (Am) = r22 -

Ae

Mora-Aguilera y Escamilla, 2003
Chile
Pablo Neruda (1904-1973)
Novel de literatura 1971

Confieso que he vivido:

"Tiene que haber alguna relación entre las
manos y la obra, entre los ojos, las visceras, la
sangre del hombre y su trabajo. Pero yo no
tengo la teoría. No ando con un dogma debajo
del brazo para dejárselo caer
en la cabeza a nadie"
Conclusão:
O paradigma epidemiológico, com base
em o principio de contagio, e
fundamental para o desenvolvimento
futuro da epidemiologia. O ênfases em
a subpopulação doente não e um
garante para assegurar a restituição do
balances produtivo “ni” a completa
compreensão de epidemias.

3 1 o paradigma epidemiologico-contagio

  • 1.
    Epidemiologia agrícola aplicada ao vigilância epidemiológica 6,9-11 Dic. 2013 Univ. Federal Rural do Paraná Curitiva, Brasil Instructor: Gustavo Mora Aguilera Colegio de Postgraduados México morag@colpos.mx Coordinador: Louse Larissa May de Mio UFPR Brasil maydemio@ufpr.br
  • 2.
    Tema 3-1 O paradigmaepidemiológico • Objetivo Analisar e discutir o paradigma epidemiológico y sus implicações em a epidemiologia.
  • 3.
    ¿Es el paradigma fundamentalde la fitopatologia suficiente para enfocar el manejo de enfermedades?
  • 4.
    Seculo XVIII Seculo XXI Papa P.infestans http://www.historylearningsite.co.uk/irelan d_great_famine_of_1845.htm Foto: Romero, 2004
  • 5.
    Brasil e Argentina:10-15 aplicações de fungicidas por ciclo de cultivo (Michereff, 2005; March, 2005. C.Pers.) México: Valle de Toluca: Hasta 25 aplicações de fungicidas por ciclo de cultivo (Romero, 2003). Epidemia de P. infestas em cv. Alfa e impacto em produção (Área com sombra indica inicio de tuberização) Romero et al., 2012.
  • 6.
    “Crop losses dueto late blight have been estimated to account for 10 to 15 percent of the total global annual potato production (CIP, 1996)”. “The economic value of the crop lost, plus the costs of crop protection amount to $US 3 billion annually (Duncan, 1999)”. “In the developed world, control of potato late blight is heavily dependent on the use of fungicides. Despite frequent fungicide use, late blight epidemics have proven to be increasingly more difficult to control (Turkensteen et al., 1997; Schepers, 2000)”. Flier and others. PRI, Wageningen, Netherlands https://research.cip.cgiar.org/confluence/download/attachments/37192395/Studies_Flier.pdf?vers ion=1&modificationDate=1274366987000
  • 7.
    “The late blightdiseases have always been important, but became especially difficult over the past decade. The worldwide cost of the potato disease alone exceeds $5 billion per year, including $1 billion spent on fungicides”. H. Judelson, UC-Riverside USA
  • 8.
  • 9.
    Etiological Paradigm =>Epidemiological Paradigm Etiological Paradigm Infection Principle Epidemiological Paradigm Contagious Principle Cellular and Subcellular Interaction Genetics Tissue Physiology of Parasitism Plant Pathogen Etiology and histology Population IPC Agrotoxic Transgenics - IPM Resistance Agroecosyste m Stability Community IMC Integrated Regional Manag. +
  • 10.
    A base deeste paradigma esta o principio de contagio. E por tanto o concepto da população
  • 11.
    1. Que implicao contagio?
  • 12.
    Contagium vivum fluidum MartinusBeijerinck (1898) Tobaco Mosaic Virus Contagium Vivum Contagium Animatum F. G. J. Henle, o livro "On Miasma and Contagia” (1840). Plasma a teoria da causa infecciosa das doenças em humanos
  • 13.
    John Snow, econsiderado o pai da Epidemiologia Medica Ele ruptura o paradigma da Teoria Miasmática (no contagio) Miasma: do grego que significa, mancha, impur eza , emananacao maligna de os mortos que manchan e contamina de males a os humanos http://www.ph.ucla.edu/epi/sn ow.html O libro1885:
  • 14.
    Bombas de agua publicos Delimitação defoco Mapa original de Snob de ocurrencia de casos de cólera en la epidemia de Londres 1854. Las cruces representan los pozos de agua. Bacteria: Vibrio cholerae 500m diâmetro 700 mortes uma semana
  • 15.
    Na Epidemiologia o contagioes uma expressão do sistema epidemiológico e envolve processos de infecção no ambiente
  • 16.
    A infecção implicainoculo: Potencial de Inoculo (PI) Horsfall,1932. PI = numero de partículas “infectivas” presentes no ambiente do hospedeiro na infectado (sadio). Zentmyer e Col. 1944. PI= Poder do ambiente de produzir uma doença. Garret, 1956. PI=energia de uma unidade “infectiva” para germinar e infectar
  • 17.
    Podemos expressar oContagio como: Contagio = Capacidade Inoculo + Intensidade de Inoculo Capacidade de inoculo Tempo Potencial do inoculo = intensidade e capacidade (Horsfall e Dimond 1963) Intensidade de inoculo Distancia Intensidade= f(cantidade) Capacidade= f(biologicos)
  • 18.
    O contagio seexpressa em um Foco: Foco: Planta ou grupo de plantas que têm uma relação de contagio. Um foco tenhe forma e direção. Elaborado con datos Robles et al., 2010
  • 19.
    O Contagio emParcela (Amarelecimento letal do coqueiro) O análises do Contagio: - Simetria - dependência intensidade de foco % Incidencia del amarillamiento letal 100 100 No r 2 1 = 0.77 80 Este 2 2 = 0.76 6 2 3 = 0.83 60 40 Oeste 8 4 = 0.96 4 6 = 0.77 7 = 0.91 8 = 0.83 4 7 2 No r 2 3 4 5 6 7 = 0.81 = 0.82 = 0.80 = 0.89 = 0.87 = 0.85 80 60 3 5 6 40 7 3 20 20 1 0 312 264 216 168 120 72 24 0 24 72 120 168 216 264 312 Distancia a partir del centro de foco de infección (m) Intensidade de foco: medida da forca de contagio e se estima com a intensidade de doença no centro de foco. 0 Gongora et al., 2004
  • 20.
    O Contagio enuma region 120 F1 F3 F4 F5 F6 N 80 60 40 20 0 0 8 16 24 30 38 46 54 62 93 139 147 Distancia (Km) 2 0 0 4 O análises do Contagio: - Asimetria 3= r. 0 7 5 0 4= r. 0 7 1 0 5 - Dependência intensidade de foco 1 0 0 2 0 0 GN E RT AE DE I ES T GNS RTT AEE DO I EE 2 1= r8 0 . 8 2 1= r8 0 . 5 2 2 3= r. 0 9 9 1 1 4= 5 r. 0 20 8 9 2 1 1 0 0 3 %deinciadeAL % Incidencia 100 F2 5 0 0 viento 5 0 4 3 0 111 62026 035 5 3 0 4 . 0 4 81 1 11 8 42 0 . 11 111 24 D ai e t e () i npd r f k s i a ln om t ar co c a c t r ed o Gongora et al., 2004
  • 21.
    6 5 4 3 2 1 J E 20 10 20 F F 0 A M M 60 50 30 40 7080 A A 6 5 4 3 2 1 Meses 6 5 4N Meters 3á 2 6 1 5 4 3 2 1 M M 3 2 1 J J J J Time 10 20 METROS Meters METROS Disease severity Disease severity A 6 5 4 3 2 1 100 90 70 Meters N METROS 10 METROS Disease severity METROS Disease severity METROS Disease severity Meters METROS METROS Disease severi METROS Disease severity Disease severity 6 5 100 90 4 7080 60 4050 3 20 30 2 10 Meters 1 N 6 6 A 5 á 5 4 4 3 3 2 6 2 1 5 100 90 1 80 4 60 4050 20 30 6 5 4 3 2 1 Adaptado de Avila 2000 METROS N Disease severity Disease severity Disease severity METROS Disease severit 6 5 4 3 2 1 ä N 5 4 3 2 1 A 5060 708 A 30 40 METROS METROS ä DiseaseMeters severity N60 METROS METROS Disease severity Disease severity 6 Aug 5 4 3 2 1 6 5 4 3 2 1 Disease severity 6 5 4 3 2 1 Aug 6 5 4 3 2 1 Disease severity 40 METROS 80 METROS 6 5 4 3 2 1 METROS 100 Disease severity ly Disease severity Incidence ug 6 5 4 3 2 1 METROS à Disease severity n 6 5 à4 N 3 2July 1 METROS Disease severity Mais Tempo o espaco coexisten? 5 4 3 2 1 á 6 5 4 3 2 1 10 2 ã
  • 22.
    ä Que processos biológicosestao implícitos em uma epidemia? Aloinfecção 80 ä N N 60 40 Autoinfeccao Inoculo primario 0 F F M M METROS 6 5 J E A A M M Meses Disease severity 20 6 5 4 3 2 1 Inóculo secundario 6 5 4 3 2 1 N Endodemia á J J J J severity à METROS 100 6 5 4 3 2 1 Disease severity Dispersao e Sobrevivencia Patogenensis METROS 6 5 4 3 2 1 Exodemia METROS 6 5 4 3 2 1 N Disease severity à METROS 6 5 4 3 2 1 Incidence Disease severity erity N Time 6 5 4 A A S
  • 23.
    Por que umpatogeno tem suceso?
  • 24.
    Por que aconteceuma Epidemia? Patogeno Alta Intensidade 1/1 ? MANEJO CULTIVO CLIMA 1/2 Media Intensidade ¼ Baixa Intensidada
  • 25.
    O Contagio epor tanto um processo espacial dinâmico cuja forma e velocidade e medível. E resultado da dispersão de inoculo sobre uma população de plantas em um ambiente
  • 26.
    A velocidade doFoco: gradientes 100 Inoculo Secundário + Primário b) Abril 60 Mayo Junio Julio Agosto 40 Inóculo Primario Septiembre Octubre a) b) Incidencia (%) a) 80 Noviembre Anual 20 Inóculo Secundario 0 0 30 60 Distance (km) 90 Fonte de dados: INIFAP e CESVCol, 2010
  • 27.
    A compreensão do Contagioe fundamental para o manejo de doenças baseado em a prevenção
  • 28.
    Erradicação do cancrobacteriano < 0.5% foco 30 m San Paulo, Brasil Xanthomonas axonopodis pv. citri Bergamin Filo 2003
  • 29.
    Erradicação e amostragemde plantas doentes do coqueiro 4, 6 km 13, 27 km 6, 10 km 80 km Area de erradicação (Ae) = r12 Area da amostragem (Am) = r22 - Ae Mora-Aguilera y Escamilla, 2003
  • 30.
    Chile Pablo Neruda (1904-1973) Novelde literatura 1971 Confieso que he vivido: "Tiene que haber alguna relación entre las manos y la obra, entre los ojos, las visceras, la sangre del hombre y su trabajo. Pero yo no tengo la teoría. No ando con un dogma debajo del brazo para dejárselo caer en la cabeza a nadie"
  • 31.
    Conclusão: O paradigma epidemiológico,com base em o principio de contagio, e fundamental para o desenvolvimento futuro da epidemiologia. O ênfases em a subpopulação doente não e um garante para assegurar a restituição do balances produtivo “ni” a completa compreensão de epidemias.