O Pantanal possui uma grande variedade de vegetação, incluindo espécies da Amazônia, Cerrado e Chaco Boliviano. A vegetação varia de acordo com a região, indo de gramíneas em planícies alagadas a arbustos, vegetação rasteira e árvores de grande porte em regiões mais altas, com as principais árvores sendo aroeira, ipê, figueira, palmeira e angico.