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CLUSTERIZAÇÃO DE DADOS
  USANDO ALGORÍTIMOS
   IMUNOINSPIRADOS




  Antonio Augusto Conti F. Leão
           DCC/UFLA
Introdução

O sistema imunológico humano é altamente
distribuído, altamente adaptativo, naturalmente
auto-organizado, mantendo a memória de
encontros passados e tem a habilidade de
continuamente aprender sobre novos encontros.
Sob esse ponto de vista, há muito o que oferecer
como meio de inspiração para resolução de
modelos e problemas computacionais.
Introdução


Com isso, esse trabalho apresentará um
algoritmo (CAIS – Clustering with Artificial
Immune System) e tem a seguinte estrutura:

●Referencial Teórico, apresentando conceitos
básicos sobre sistemas imológicos naturais e
artificiais, com alguns algoritmos fundamentais,
como também conceitos de mineração de
dados.
Introdução



● Metodologia da implementação do algoritmo,
contendo um passo-a-passo de seu
funcionamento.
● Resultados e análise dos testes feitos com o

algoritmo criado.
● Conclusão e sugestão de melhorias.
Clusterização de Dados
           Referencial Teórico



O termo “clusterização” vem do inglês to
cluster, que significa “agrupar”, “aglomerar”.
Assim, no presente contexto, se faz o ato de
agrupar dados.
Sistema Imunológico Natural
          Referencial Teórico

I. Sistema Imunológico Inato: é capaz de
responder imediatamente a uma grande
quantidade de patógenos sem a necessidade de
uma prévia exposição dos mesmos.

II. Sistema Imunológico Adaptativo: o sistema
imune adaptativo cria e produz anticorpos
específicos contra cada patógeno, e por isso
gasta-se um tempo maior para a sua produção.
Sistema Imunológico Natural
  Referencial Teórico
Sistema Imune Natural
            Referencial Teórico
   Células apresentadoras de antígeno (APCs)
especializadas, como macrófagos, circulam pelo corpo
ingerindo e digerindo os patógenos encontrados,
fragmentando-os em peptídeos
antigênicos
Sistema Imune Natural
            Referencial Teórico
   Partes destes peptídeos se ligam a moléculas do
complexo de histocompatibilidade principal (MHC) e
são apresentados na superfície celular.
Sistema Imune Natural
            Referencial Teórico
   As células T possuem receptores de superfície que
têm a função de reconhecer diferentes complexos
MHC/peptídeo.
Sistema Imune Natural
            Referencial Teórico
    Uma vez ativados pelo reconhecimento
MHC/peptídeo, as células T se dividem e secretam
linfocinas (sinais químicos) que mobilizam outros
componentes do sistema
imunológico.
Sistema Imune Natural
             Referencial Teórico
  Diferente dos receptores das células T, entretanto, os
receptores das células B são capazes de reconhecer
partes livres solúveis dos antígenos, sem
as moléculas do MHC
Sistema Imune Natural
            Referencial Teórico
    Quando ativadas, as células B se dividem e se
diferenciam em plasmócitos, secretando anticorpos
em altas taxas
Sistema Imune Natural
     Esquema Simplificado - (VII)
   A ligação dos anticorpos aos antígenos encontrados
faz com que o patógeno seja neutralizado.
Sistemas Imunológicos Artificiais
            Referencial Teórico
●   Os sistemas imunológicos artificiais são
    metodologias de manipulação de dados,
    classificação, representação e raciocínio que
    seguem um paradigma biológico plausível: o
    sistema imunológico humano (WWW Starlab).
●   Um sistema imunológico artificial é um sistema
    computacional baseado em metáforas do sistema
    imunológico natural (Timmis, 2000a).
●   Os sistemas imunológicos artificiais são
    compostos por metodologias inteligentes,
    inspiradas no sistema imunológico biológico, para
    a solução de problemas de mundo real (Dasgupta,
    1998).
Sistemas Imunológicos Artificiais
           Referencial Teórico

    Algumas Aplicações
●   Reconhecimento de Padrões
●   Segurança Computacional
●   Robótica
●   Otimização
●   Detecção de Falhas e Anomalias
●   Aprendizagem de Máquinas
Sistemas Imunológicos Artificiais
            Referencial Teórico

    Algoritmos Fundamentais ao trabalho:
●   CLONALG (CLONal selection ALGorithm)
●   AiNet (Artificial Immune NETwork)
Sistemas Imunológicos Artificiais (CLONALG)
           Referencial Teórico


   Algoritmo de Seleção Clonal (CLONALG)

 O algoritmo parte do princípio de que quando
 um linfócito reconhece um antígeno com um
 algum grau de afinidade (dada por uma medida
 de distância, como Euclidiana, por exemplo),
 ele tende a proliferar e gerar clones.
Sistemas Imunológicos Artificiais (CLONALG)
             Referencial Teórico
  ●   Gere um conjunto (P) de candidatos a solução,
      composto pelo subconjunto de células de
      memória (M) mais o restante (P{r}) da
      população (P = P{r} ∪ M);
  ●   Determine (processo de seleção) os n melhores
      indivíduos (P{n}) da população (P), baseado em
      uma medida de afinidade;
  ●   Reproduza (processo de clonagem) estes n
      melhores indivíduos, gerando uma população
      temporária de clones (C). A quantidade de filhos
      de cada indivíduo é diretamente proporcional à
      sua afinidade;
Sistemas Imunológicos Artificiais (CLONALG)
             Referencial Teórico
 ●   Submeta a população de clones a um esquema
     de hipermutação, em que a taxa de mutação é
     proporcional à afinidade do anticorpo. Uma
     população de anticorpos maduros é gerada
     (C*);
 ●   Re-selecione os melhores indivíduos de C* para
     compor o conjunto de memória M;
 ●   Substitua d anticorpos por novos indivíduos
     (diversidade). Os anticorpos com menores
     afinidades possuem maiores probabilidades de
     serem substituídos.
Sistemas Imunológicos Artificiais (aiNet)
          Referencial Teórico
       Artificial Immune Network (aiNet)

A rede imunológica artificial, chamada aiNet, é
um grafo com conexões ponderadas, não
necessariamente totalmente interconectado,
composto por um conjunto de nós,
denominados anticorpos, e conjuntos de pares
de nós chamados conexões, com um valor
característico associado, chamado de peso da
conexão ou simplesmente peso.
Sistemas Imunológicos Artificiais (aiNet)
           Referencial Teórico




Ilustração da aiNet: (a) Conjunto de antígenos a
serem reconhecidos e clusterizados, contendo três
regiões de alta concentração antigênica. (b) aiNet
com os anticorpos rotulados e os respectivos pesos
das conexões. As linhas tracejadas indicam conexões
que deverão ser detectadas e removidas com o
objetivo de gerar subgrafos desconexos, cada um
caracterizando um cluster diferente da rede.
Sistemas Imunológicos Artificiais (aiNet)
            Referencial Teórico


● Após execução do CLONALG, compare as
células de memória entre si.
● As que alcançarem uma afinidade mínima na

comparação, são colocadas em um único
conjunto.
● Após os conjuntos formados, compare os

antígenos para determinar em qual dos grupos
eles pertencem.
Metodologia


  AISF - Artificial Immune System Framework

Para a implementação do algoritmo de
clusterização, foi utilizado o AISF, uma biblioteca
de classes e funções criadas na linguagem de
programação Python, com suporte a um grande
número de processos e elementos do sistema
imune, que foi apresentado em Uchôa (2009).
Metodologia
Metodologia


CAIS – Clustering with Artificial Immune System

● Cria-se uma população inicial de células B
● Enquanto a quantidade das células B que

reconhecem os antígenos não atinjam uma
porcentagem determinada, os próximos passos
serão executados:
  ● Apresente os antígenos às células B

  ● Para cada célula B que atinge uma taxa mínima

    de ativação:
Metodologia

 ●  Ative a célula;
  ● Gere clones;

  ● Faça mutação nos clones;

● Verifique os clones, apresentando-os para os

  antígenos;
● Se há clone que reconheça algum antígeno

  antígenos:
  ● Selecione os melhores clones;

  ● Adicione esses melhores clones na

    população de células;
Metodologia

 ●  Atualize o tempo de vida de todas as células;
  ● Adicione novas células à população;

● Selecione todos os receptores da população

sobrevivente. Para cada receptor, os próximos
passos serão executados:
  ● Apresente um receptor à população;

  ● Para cada célula B da população e a taxa de

    afinidade com o receptor:
    ● Se o receptor atual tiver uma taxa de

      afinidade com a célula B maior que um valor
      determinado:
Metodologia

 ●  Salve a célula B em uma estrutura de
    dados;
  ● Salve a taxa de afinidade em uma estrutura

    de dado;
● Junte as duas estruturas criadas

  anteriormente em uma só;
● Ordene, por afinidade, essa estrutura;

● Para todas as células salvas nessa estrutura

  de dados, excluindo a com maior afinidade,
  elimine todas as outras;
Metodologia
Resultados e Análises
       KDD99
Resultados e Análises
   Packet Datasets




A melhor média de acertos obtida pelo
autor desse banco de dados testes foi de
96.06%
Resultados e Análises

O algoritmo CAIS não está totalmente
finalizado. A versão atual é funcional e já
mostra-se promissora, porém, possibilidade de
melhoria está clara e será feita em trabalhos
futuros.

Uma funcionalidade importante ainda em fase
de implementação e testes é de poder
determinar uma quantidade específica de
clusters.
Conclusão



A maior contribuição desse trabalho foi de de
apresentar um novo algoritmo com uma visão
diferente da existente na maior parte dos
trabalhos na área.
Essa nova visão amplia o leque de trabalhos na
área, servindo de inspiração para trabalhos
futuros.

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Clusterização de dados usando algoritmos imunoinspirados

  • 1. CLUSTERIZAÇÃO DE DADOS USANDO ALGORÍTIMOS IMUNOINSPIRADOS Antonio Augusto Conti F. Leão DCC/UFLA
  • 2. Introdução O sistema imunológico humano é altamente distribuído, altamente adaptativo, naturalmente auto-organizado, mantendo a memória de encontros passados e tem a habilidade de continuamente aprender sobre novos encontros. Sob esse ponto de vista, há muito o que oferecer como meio de inspiração para resolução de modelos e problemas computacionais.
  • 3. Introdução Com isso, esse trabalho apresentará um algoritmo (CAIS – Clustering with Artificial Immune System) e tem a seguinte estrutura: ●Referencial Teórico, apresentando conceitos básicos sobre sistemas imológicos naturais e artificiais, com alguns algoritmos fundamentais, como também conceitos de mineração de dados.
  • 4. Introdução ● Metodologia da implementação do algoritmo, contendo um passo-a-passo de seu funcionamento. ● Resultados e análise dos testes feitos com o algoritmo criado. ● Conclusão e sugestão de melhorias.
  • 5. Clusterização de Dados Referencial Teórico O termo “clusterização” vem do inglês to cluster, que significa “agrupar”, “aglomerar”. Assim, no presente contexto, se faz o ato de agrupar dados.
  • 6. Sistema Imunológico Natural Referencial Teórico I. Sistema Imunológico Inato: é capaz de responder imediatamente a uma grande quantidade de patógenos sem a necessidade de uma prévia exposição dos mesmos. II. Sistema Imunológico Adaptativo: o sistema imune adaptativo cria e produz anticorpos específicos contra cada patógeno, e por isso gasta-se um tempo maior para a sua produção.
  • 7. Sistema Imunológico Natural Referencial Teórico
  • 8. Sistema Imune Natural Referencial Teórico Células apresentadoras de antígeno (APCs) especializadas, como macrófagos, circulam pelo corpo ingerindo e digerindo os patógenos encontrados, fragmentando-os em peptídeos antigênicos
  • 9. Sistema Imune Natural Referencial Teórico Partes destes peptídeos se ligam a moléculas do complexo de histocompatibilidade principal (MHC) e são apresentados na superfície celular.
  • 10. Sistema Imune Natural Referencial Teórico As células T possuem receptores de superfície que têm a função de reconhecer diferentes complexos MHC/peptídeo.
  • 11. Sistema Imune Natural Referencial Teórico Uma vez ativados pelo reconhecimento MHC/peptídeo, as células T se dividem e secretam linfocinas (sinais químicos) que mobilizam outros componentes do sistema imunológico.
  • 12. Sistema Imune Natural Referencial Teórico Diferente dos receptores das células T, entretanto, os receptores das células B são capazes de reconhecer partes livres solúveis dos antígenos, sem as moléculas do MHC
  • 13. Sistema Imune Natural Referencial Teórico Quando ativadas, as células B se dividem e se diferenciam em plasmócitos, secretando anticorpos em altas taxas
  • 14. Sistema Imune Natural Esquema Simplificado - (VII) A ligação dos anticorpos aos antígenos encontrados faz com que o patógeno seja neutralizado.
  • 15. Sistemas Imunológicos Artificiais Referencial Teórico ● Os sistemas imunológicos artificiais são metodologias de manipulação de dados, classificação, representação e raciocínio que seguem um paradigma biológico plausível: o sistema imunológico humano (WWW Starlab). ● Um sistema imunológico artificial é um sistema computacional baseado em metáforas do sistema imunológico natural (Timmis, 2000a). ● Os sistemas imunológicos artificiais são compostos por metodologias inteligentes, inspiradas no sistema imunológico biológico, para a solução de problemas de mundo real (Dasgupta, 1998).
  • 16. Sistemas Imunológicos Artificiais Referencial Teórico Algumas Aplicações ● Reconhecimento de Padrões ● Segurança Computacional ● Robótica ● Otimização ● Detecção de Falhas e Anomalias ● Aprendizagem de Máquinas
  • 17. Sistemas Imunológicos Artificiais Referencial Teórico Algoritmos Fundamentais ao trabalho: ● CLONALG (CLONal selection ALGorithm) ● AiNet (Artificial Immune NETwork)
  • 18. Sistemas Imunológicos Artificiais (CLONALG) Referencial Teórico Algoritmo de Seleção Clonal (CLONALG) O algoritmo parte do princípio de que quando um linfócito reconhece um antígeno com um algum grau de afinidade (dada por uma medida de distância, como Euclidiana, por exemplo), ele tende a proliferar e gerar clones.
  • 19. Sistemas Imunológicos Artificiais (CLONALG) Referencial Teórico ● Gere um conjunto (P) de candidatos a solução, composto pelo subconjunto de células de memória (M) mais o restante (P{r}) da população (P = P{r} ∪ M); ● Determine (processo de seleção) os n melhores indivíduos (P{n}) da população (P), baseado em uma medida de afinidade; ● Reproduza (processo de clonagem) estes n melhores indivíduos, gerando uma população temporária de clones (C). A quantidade de filhos de cada indivíduo é diretamente proporcional à sua afinidade;
  • 20. Sistemas Imunológicos Artificiais (CLONALG) Referencial Teórico ● Submeta a população de clones a um esquema de hipermutação, em que a taxa de mutação é proporcional à afinidade do anticorpo. Uma população de anticorpos maduros é gerada (C*); ● Re-selecione os melhores indivíduos de C* para compor o conjunto de memória M; ● Substitua d anticorpos por novos indivíduos (diversidade). Os anticorpos com menores afinidades possuem maiores probabilidades de serem substituídos.
  • 21. Sistemas Imunológicos Artificiais (aiNet) Referencial Teórico Artificial Immune Network (aiNet) A rede imunológica artificial, chamada aiNet, é um grafo com conexões ponderadas, não necessariamente totalmente interconectado, composto por um conjunto de nós, denominados anticorpos, e conjuntos de pares de nós chamados conexões, com um valor característico associado, chamado de peso da conexão ou simplesmente peso.
  • 22. Sistemas Imunológicos Artificiais (aiNet) Referencial Teórico Ilustração da aiNet: (a) Conjunto de antígenos a serem reconhecidos e clusterizados, contendo três regiões de alta concentração antigênica. (b) aiNet com os anticorpos rotulados e os respectivos pesos das conexões. As linhas tracejadas indicam conexões que deverão ser detectadas e removidas com o objetivo de gerar subgrafos desconexos, cada um caracterizando um cluster diferente da rede.
  • 23. Sistemas Imunológicos Artificiais (aiNet) Referencial Teórico ● Após execução do CLONALG, compare as células de memória entre si. ● As que alcançarem uma afinidade mínima na comparação, são colocadas em um único conjunto. ● Após os conjuntos formados, compare os antígenos para determinar em qual dos grupos eles pertencem.
  • 24. Metodologia AISF - Artificial Immune System Framework Para a implementação do algoritmo de clusterização, foi utilizado o AISF, uma biblioteca de classes e funções criadas na linguagem de programação Python, com suporte a um grande número de processos e elementos do sistema imune, que foi apresentado em Uchôa (2009).
  • 26. Metodologia CAIS – Clustering with Artificial Immune System ● Cria-se uma população inicial de células B ● Enquanto a quantidade das células B que reconhecem os antígenos não atinjam uma porcentagem determinada, os próximos passos serão executados: ● Apresente os antígenos às células B ● Para cada célula B que atinge uma taxa mínima de ativação:
  • 27. Metodologia ● Ative a célula; ● Gere clones; ● Faça mutação nos clones; ● Verifique os clones, apresentando-os para os antígenos; ● Se há clone que reconheça algum antígeno antígenos: ● Selecione os melhores clones; ● Adicione esses melhores clones na população de células;
  • 28. Metodologia ● Atualize o tempo de vida de todas as células; ● Adicione novas células à população; ● Selecione todos os receptores da população sobrevivente. Para cada receptor, os próximos passos serão executados: ● Apresente um receptor à população; ● Para cada célula B da população e a taxa de afinidade com o receptor: ● Se o receptor atual tiver uma taxa de afinidade com a célula B maior que um valor determinado:
  • 29. Metodologia ● Salve a célula B em uma estrutura de dados; ● Salve a taxa de afinidade em uma estrutura de dado; ● Junte as duas estruturas criadas anteriormente em uma só; ● Ordene, por afinidade, essa estrutura; ● Para todas as células salvas nessa estrutura de dados, excluindo a com maior afinidade, elimine todas as outras;
  • 32. Resultados e Análises Packet Datasets A melhor média de acertos obtida pelo autor desse banco de dados testes foi de 96.06%
  • 33. Resultados e Análises O algoritmo CAIS não está totalmente finalizado. A versão atual é funcional e já mostra-se promissora, porém, possibilidade de melhoria está clara e será feita em trabalhos futuros. Uma funcionalidade importante ainda em fase de implementação e testes é de poder determinar uma quantidade específica de clusters.
  • 34. Conclusão A maior contribuição desse trabalho foi de de apresentar um novo algoritmo com uma visão diferente da existente na maior parte dos trabalhos na área. Essa nova visão amplia o leque de trabalhos na área, servindo de inspiração para trabalhos futuros.