Indrodução a Bioinformática

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Apresentação apresentado na disciplina de ???? ( não lembro rsrsr) na PUC Poços de Caldas

Tema: Indrodução a Bioinformática.

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Indrodução a Bioinformática

  1. 1. Ricardo de OliveiraDanilo Carneiro de SouzaGuilherme Ferreira
  2. 2. Roteiro●Introdução●Surgimento Bioinformática●Ferramentas●Banco de Dados Público●Alinhamento de Sequência●Projeto Genoma●Computação Evolutiva para bioinformática
  3. 3. Bioinformática contribui para●Aquisição●Organização●Análise●Armazenamento●DistribuiçãoFerramenta que auxiliamcompreender o significadobiológico representadonos dados genômicos.Além de permitir estudopara novos remédios.
  4. 4. IntroduçãoDNA Informação genéticaSurgimento de uma nova ciência:Biologia MolecularAdenina - TiminaGuanina - Citosina
  5. 5. Dogma principal da biologia molecular
  6. 6. Surgimento BioInformáticaSequenciadores Automáticos Aumento da Base de DadosDécada de 90:Mecanismo para Análise de Dados(reconhecimento de padrões)Profissionalmultidisciplinar:biologia molecular,matemática, ciênciada computação!!
  7. 7. FerramentasLinguagem de Programação:Perl:●Manipulação de texto●Extenções○BioPerl○BioGraphics○DBISO: derivados UNIX, atualmenteutiliza-se mais a plataforma Linux
  8. 8. BioPerl●Iniciado em 1996 para auxiliar a pesquisa○Bioinformática○Ciências Biológicas○Genômica●Principais Módulos:○Bio::Seq○Bio::DB○Bio::SeqIO○Bio::SearchIO○Bio::Graphics
  9. 9. Bancos de Dados Públicos●Grande motivos do sucesso do projeto genoma●Tipo de sequencias armazenados:○Nucleotídeos e aminoácidos ( GenBank,EPI )○Estruturas proteínas ( PDB )●Classificação:○Primário - sequencia direta sem análise (GenBank, EPI, PDB )○Secundário - após associação e analise das sequencias ( PIR,SWISS-PROT)○Estrutural - mantem dados relativos a estrutura das proteínas○Funcional - mapas metabólicos dos organismos ( KEGG )
  10. 10. GenBank●Iniciou em 79 no Laboratório Nacional Os Alamos●Em 82 se tornou GenBank pelo NIH●Faz parte da International Nucleotide Sequence DatabaseCollaboration●Contem sequência de 100.000 organismos diferentes●Dados de 2009 contem 108,431,692 sequências
  11. 11. Alinhamentos de Sequências●Determinar o grau de similaridade entre sequências completas oufragmentos.○Similaridades ≠ Homólogo ( parentesco em comum )●Podem ser feito em programas online ClustalW, Multialin,FASTA, BLAST 2 sequences )
  12. 12. AlinhamentosAlinhamento Global●Analisa a sequência de umextremo ao outro●Procurar sequências maisconservadas homólogas●ClustalW, MultiAlinAlinhamento Local●Procura de sequênciashomologas ou análogas(Funcionalidade semelhante)●BLAST
  13. 13. Projeto Genoma●Fragmentar todos genoma dosorganismos●Sequenciar e reconstituirinformação genômica inicialExistem duas técnicas●ShotGun -> plasmidios●ShotGun Hierarquico○cromossomos artificiais debactérias ou leveduras
  14. 14. Computação Evolutiva na Bioinformática●Utilizações○Busca de semelhanças para classificação○Análise de comportamento evolutório○Analise de atividade gênica
  15. 15. AG aplicados a classificação de proteínas●Algoritmos genéticos apresentam grande desempenho em busca ecomparação de com grandes volumes de dados ;●São utilizados algoritmos genéticos para comparação e análise degenes e proteínas. São utilizados algoritmos para extração depadrões sequenciais;
  16. 16. Computação evolutiva na reconstrução deárvores filogenéticas●São árvores que ilustram relações evolutórias;● Os dados são agrupados por diferenças e semelhanças;
  17. 17. Análise de comportamento evolutório●Simular evolução de proteínas●Definir características de proteínas mutantes.●Selecionar comportamentos de substâncias sobre proteínas paradesenvolvimento de novos medicamentos
  18. 18. Bibliografia:●Bioinformática: Manual do Usuário - Vários autores -Biotecnologia Ciência e Desenvolvimento nº 27●Bioinformática aplicado à Genômica - Fabrício R. Santos e JoséMiguel de Ortega●Aplicações de algorítimo genético multiobjetivo para alinhamentode sequências biológicas - Waldo Gonzalo Cancino Ticona

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