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Seminários da Computação do Programa de Pós-graduação de Ciência da Computação da UFJF
O documento discute o uso da bioinformática e computação científica na pesquisa agropecuária realizada pela Embrapa. Apresenta brevemente a Embrapa e suas atividades de pesquisa. Explica que a bioinformática surgiu da necessidade de organizar e analisar grandes volumes de dados genômicos gerados a partir do sequenciamento do DNA. A computação científica desenvolve modelos para resolver problemas científicos complexos, frequentemente utilizando recursos de alto desempenho.
![[INTERCULTE2012] Introdução a Banco de Dados Biológicos](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/slide-121030031326-phpapp02-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
Seminários da Computação do Programa de Pós-graduação de Ciência da Computação da UFJF
- 1. Bioinformática e computação científicaaplicadas à pesquisa agropecuária Wagner Arbex arbex@cnpgl.embrapa.br Seminários da Computação Universidade Federal de Juiz de Fora Juiz de Fora – 26/4/2012
- 2. A Embrapa • EmpresaBrasileira de Pesquisa Agropecuária: • ~ 45 centros serviços e de pesquisa de produtos, temas básicos e ecorregionais país; • ~ 12 projetos ou laboratórios de pesquisa, prospecção e articulação no exterior; • Embrapa Gado de Leite • Centro Nacional de Pesquisa de Gado de Leite;
- 3. O que écomputação científica? • Algumas vezes é chamada de ciência computacional e não deve ser confundida com ciência da computação; • Desenvolve modelos matemáticos e computacionais para tratar problemas científicos e tecnológicos; • Promove/Possibilita a computação massiva e/ou complexa, o que é um “novo” paradigma de pesquisa científica;
- 4. • É comum... •... basear-se em software livre; • ... exigir recursos de computação de alto desempenho; • ... não apresentar padrão para demanda de processamento ou para uso de recursos computacionais; • ... pagar pra ver. Ou seja, testar inovações, novas tecnologias e/ou recursos tecnológicos - algumas vezes, sem comprovação de eficiência - para buscar alguma nova solução; O que é computação científica?
- 5. O que ébioinformática?
- 6. O que ébioinformática? Biologia computacional Bioinformática Proteoma Genoma
- 7. • Bioinformática: • Surgiuda necessidade de identificar, tratar, organizar, armazenar, pesquisar e recuperar dados genômicos; • O que são dados genômicos? • Era uma vez, em 1953... O que é bioinformática?
- 8. • Elizabeth IIfoi coroada rainha da Inglaterra... e continua sendo até hoje! Era uma vez, em 1953...
- 9. • Foi publicadoo primeiro livro com uma novel de Bond... James Bond... Era uma vez, em 1953...
- 10. • Já nasbancas a primeira Playboy! Era uma vez, em 1953...
- 11. • James Watsone Francis Crick descobrem a molé- cula de DNA, o ácido desoxirribonucleico; Era uma vez, em 1953...
- 12. • Em 1958,Francis Crick descreve o dogma central da biologia molecular; O que são dados genômicos?
- 13. • Em 1975,Frederick Sanger desenvolve os fundamentos para os métodos de sequencia- mento automático; O que são dados genômicos?
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- 16. • Em 2000: •Genoma da Xylella fastidiosa, a bactéria causadora da “praga do amarelinho”; • Primeiro trabalho brasileiro, em 130 anos, na capa da Nature, em 13/7/2000; Sequenciamento “a mil”
- 17. • Em 2000,o anúncio oficial da primeira versão do genoma humano, em 26/7/2000; Projeto Genoma Humano
- 18. • PGH –1990-2001/2003: • Projeto Genoma Humano; • Desenvolvido por um consórcio entre empresas privadas e públicas; • Francis Collins e Craig Venter; Transforma a biologia em ciência exata... O que são dados genômicos?
- 19. • O PGHmostrou que o genoma humano tem: • Cerca de 3.000.000.000 de nucleotídeos; • Entre 20.000 e 25.000 genes – “mas, só isso?” ...GCTAGGATCGATAGGGAACTACGATACGTATACGACTAGAGTAGAGCTAGGATCGATATA TATAGAAGCTAGCTAGGATCGATAGGGAGGATATGCGTAGCTGACGAGAAGCTAGCTAGG ATCGATATTAAACTACGATACGTATAGCTAGGATCGATAGGATACGTATACGACTAGAGTAG AGCTAGGATCGATATATATAGAAGCTAGCTAGGATCGATAGGG… O que são dados genômicos?
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- 26. seq 1 -600 bases . ... 1.. . .. . 1: TCGGCACTGTCTCATCTCTGCTGTTGCTCCTGC S A L S H L C C C S C ................................. 121: GCACAGGATGGCAAGACGCAGTAGCTGGGACTG A Q D G K T Q X L G L ................................. 241: CGGTTTCTTCCTCGGCTTCCCGGACATACCCTG R F L P R L P G H T L .......2......................... 361: CTGTGCCTGGGCCCCAGCTCTTGGTCTGAGCGC L C L G P S S W S E R 1 - ATC/I: 1 50% TCG/S: 1 50% 2 - GCA/A: 1 50% TTT/F: 1 50% 3 - CTG/L: 1 50% CCT/P: 1 50% 4 - TCT/S: 2 100% 5 - TCC/S: 1 50% CAT/H: 1 50% 6 - TTC/F: 1 50% CTC/L: 1 50% 7 - TGC/C: 1 50% AGG/R: 1 50% 8 - TGT/C: 1 50% ATT/I: 1 50% 9 - TGC/C: 1 50% TCA/S: 1 50% 10 - AAC/N: 1 50% TCC/S: 1 50% 11 - TGC/C: 1 50% ACA/T: 1 50% 12 - TGT/C: 1 50% ACA/T: 1 50% 13 - GTG/V: 1 50% CTC/L: 1 50% Mas, o que eu faço com isso?
- 27. Mas, o queeu faço com isso?
- 28. Muito Obrigado! Bioinformática ecomputação científica aplicadas à pesquisa agropecuária Wagner Arbex arbex@cnpgl.embrapa.br Seminários da Computação Universidade Federal de Juiz de Fora Juiz de Fora – 26/4/2012