Este documento discute questões metodológicas relacionadas à avaliação da qualidade da assistência no Programa Brasileiro de AIDS. A pesquisa envolveu três projetos: análise aprofundada do padrão de cuidados em cinco serviços, avaliação qualitativa de 27 serviços e avaliação estruturada de 322 serviços em sete estados brasileiros. O texto sistematiza os passos metodológicos da pesquisa e discute abordagens teóricas e conceitos utilizados na avaliação.