O documento discute ecossistemas aquáticos no Brasil, incluindo a Amazônia, Caatinga, Cerrado e Pantanal. Ele identifica diversas áreas prioritárias para conservação da biodiversidade aquática nesses biomas com base em fatores como endemismo, espécies ameaçadas e complexidade biológica. Vinte e nove áreas são apontadas como prioritárias para conservação na Caatinga e outras são destacadas para o Cerrado e Pantanal.