1. Reinos

2. Os micro-organismos classificados no Reino Protista são unicelulares ou pluricelulares e eucariotas. Podem ser autótrofos (do grego: "autos", por si mesmo + "trophé", nutrição; literalmente "seres que alimentam a si mesmos"), ou seja, protistas que possuem clorofila e fazem a fotossíntese; no entanto, existem também outros protistas que são heterótrofos, ou seja, incapazes de fazer fotossíntese e que se alimentam de matéria orgânica. Protistas autótrofos, constituem a maior parte do plânctonmarinho e dulcícula, são os mais importantes produtores nesses ecossistemas aquáticos. Protista:

3. Fungi: O reino Fungi é um grande grupo de organismos eucariotas, cujos membros são chamados fungos, que inclui micro-organismos tais como as leveduras e bolores, bem como os mais familiares cogumelos. Os fungos são classificados num reino separado das plantas, animais e bactérias. Uma grande diferença é o facto de as células dos fungos terem paredes celulares que contêm quitina, ao contrário das células vegetais, que contêm celulose. Estas e outras diferenças mostram que os fungos formam um só grupo de organismos relacionados entre si, denominado Eumycota (fungos verdadeiros ou Eumycetes), e que partilham um ancestral comum (um grupo monofilético). Este grupo de fungos é distinto dos estruturalmente similares Myxomycetes (agora classificados em Myxogastria) e Oomycetes. A disciplina da biologia dedicada ao estudo dos fungos é a micologia, muitas vezes vista como um ramo da botânica, mesmo apesar de os estudos genéticos terem mostrado que os fungos estão mais próximos dos animais do que das plantas.